posts:simple-servers: Fix 'incomming' -> 'incoming' typo

contact:pubkey.txt: Update with a new subkey (6DF2897C)

posts:harvest: Add a post on Harvest and hcl

posts:bugs: Record my Emacs XTerm version-detection patch

contact: Add my name to the contact page

And remove the other email addresses, now that tremily has been
working for a few years.

posts:package-cache: Add a homepage for my package-cache package

Also list it on the Gentoo-overlay page.

posts:salt-stack: Use rc-service and mention particular-id install

Also remove a tremily reference and replace it with the generic
example.net.

posts:x.509-certificates: Use --outfile with --generate-privkey

Instead of redirection.  This sets up restricted permissions
(-rw-------) automatically, even if you have a permissive umask.

posts:x.509-certificates: Fix 'directoy' -> 'directory' typo

posts:gentoo-overlay: Drop app-crypt/monkeysphere

It's landed upstream [1].

[1]: https://bugs.gentoo.org/show_bug.cgi?id=313253#c13

posts:docker: Link to LXC CONFIG_MEMCG fix

posts:bower: Add a post on Bower

posts:geopy: Update URL now that GeoPy has moved to GitHub

posts:jam: Discuss the user-facing JavaScript packager

posts:salt-stack: Add Salt post

posts:docker: Add a Docker blog post

gallery.py: Pass page data through .index()

Otherwise http://localhost:4000/?pp=2 will still get you the first
page.

gallery.py: Handle query and path separately for ._url()

This avoids computing a relpath for:

  /full/path/to/gallery?pp=2

from a base-path of:

  /full/path/to/gallery

and getting:

  ../gallery?pp=2

instead of the expected:

  ?pp=2

We could avoid this by using gallery/ in the first place, but keeping
query data as a dict until the last possible moment is also nice.

gallery: Use byte-compatible sys.stdout for CGI output

We're going to be writing bytes.  In Python 2 they should go to
sys.stdout, but in Python 3 they should go to sys.stdout.buffer.

gallery.py: Convert '--scgi' to '--mode=scgi' and add a 'wsgi' mode

This is useful for serving a one-off gallery when you don't want to
bother setting up a real frontend for the CGI servers.  We use the
ProcessingComplete exception to pass out the header OrderedDict for
start_response.

gallery.py: Rework headers to use an OrderedDict

This makes it easier to manipulate and access headers (e.g. to extract
the charset).  Also:

* Use CRLF line endings for headers [1], instead of our old LF.
* Encode text/ content to bytes (other content should already be in
  bytes) [2].  The encoding used for text/ content is configurable.

[1]: http://tools.ietf.org/html/rfc2616#section-6.1
[2]: http://www.python.org/dev/peps/pep-0333/#unicode-issues

gallery.py: Python-3-compatible integer division

Avoid:

  Traceback (most recent call last):
    …
    File "/.../gallery.py", line 610, in page
      self._page(path=file_path, stream=stream)
    File "/.../gallery.py", line 719, in _page
      gallery_page = '{}/?pp={:d}'.format(gallery, page + 1)
  ValueError: Unknown format code 'd' for object of type 'float'

gallery.py: Use HTTPError.content (not .message) for custom responses

.message should only hold the standard reason phrase from RFC 2616
[1].

[1]: http://tools.ietf.org/html/rfc2616#section-6.1

gallery.py: Python-3-compatible parse_qs import

Python 2's urlparse.parse_qs moved to urllib.parse.parse_qs in Python
3.

gallery.py: Use Python-3-compatible exception syntax

Avoid:

    File "/home/wking/bin/gallery.py", line 120
      except OSError, e:
                    ^
  SyntaxError: invalid syntax

gallery.py: Factor out page extraction to CGIGalleryServer.page_from_query

This reduces duplicated code.

gallery.py: Fix 'stream' -> 'output' typo in serve_scgi

This only gets hit for invalid URLs.

gallery.py: Update copyright for 2013

posts:ecryptfs: Add a post on eCryptfs usage

Covering both ~/Private and arbitrary directories.

monfold.sh: Use $(...) instead of `...` for command substitution

It's nestable [1], and it just looks nicer.

[1]: http://pubs.opengroup.org/onlinepubs/9699919799/utilities/V3_chap02.html#tag_18_06_03

monfold.sh: Use tabs instead of mixed tabs/spaces for indentation

Then folks can set the tab width to whatever they want and still get
indentation that makes sense.

monfold.sh: Use here-documents to write GPFILE

Instead of wasting a call to echo.  Here-documents are in POSIX [1].

[1]: http://pubs.opengroup.org/onlinepubs/9699919799/utilities/V3_chap02.html#tag_18_07_04

monfold.sh: Update inotify-tools link to GitHub URL

Don't just mention the Ubuntu package.

Also set the executable bit for this script.  We need Bash (and not a
generic POSIX shell) because of the process substitution:

  <(...)

feeding the while loop.

posts:comcast: Add an update on Comcast's port blocking

And clean up the old Comcast post.  The links are likely dead, but I
was able to rescue some of my old Liki notes.

posts:node: Add a post on Node and npm

beep.py: Fix tab -> spaces indentation

posts:dvd-backup: Fix "you're" -> "your" typo

posts:dvd-backup: Fix 'congfig' -> 'config' typo

posts:relative-submodules: Add a post promoting relative URLs

posts:relative-submodules: Add SVG exports of Dia graphics

posts:relative-submodules: Add Dia source for graphics

posts:open-hardware-analog-io: Add post on open analog I/O

Also update the open source force spectroscopy post to link to my
thesis.

posts:NOAA-charts: Add short post pointing to historicalcharts.noaa.gov

crunch.py: Extract unfolding frequency from unfold-protein curves

posts:open_physics_text: Fix "bureaucrat's" -> "bureaucrats" typo

posts:bugs: Mention when my SCons dir-lookup fix landed

posts:package_management: Add post following SWC discussion

contact:pubkey.txt: Update with a new subkey (1A3646ED)

posts:bibtex: Update with crossref ordering notes

Fool me once, shame on... shame on you.  Fool me... you can't get
fooled again.

posts:entrez: Link to BibTeX post

plotpick.py: Reroll around `picker` API and bump to version 0.3

plotpick.py: Force a redraw after changing the mouse-move crosshairs

There should be a way to just redraw the axes in question, but I'm not
sure what it is.

compare-unfold.py: Add --contact-slope and --output options

For more quantitative comparisons and easier automation respectively.

gyang_curve.py: Allow auxiliary files in the curve directory

I haven't bothered to trace this down to a particular version of the
LabVIEW VIs, but some of my archived experiments have the auxiliary
files in a 'params' subdirectory and some do not.  With this patch,
gyang_curve can successfully read both layouts.

posts:rss2email: Mention the rss2email project to raise visibility

In case anyone actually follows this blog ;).

posts:one-off-git-daemon: Add an --enable=receive-pack section

Also add headings for serving a single repository and serving a few
repositories, since with --enable=receive-pack the post was getting a
bit long for one section.

posts:nginx: Fix spawn-fcgi.fcgiwrap rc-update invocation

We need a four-space indent (not three) for Markdown <pre> blocks.
We're also using `#` to mark a root shell, so we don't need sudo.

posts:nginx: Export HOME=/ to spawn-fcgi process for gitweb

Since Git's 96b9e0e (config: treat user and xdg config permission
problems as errors, 2012-10-13), `git` dies with:

  fatal: unable to access '/root/.config/git/config': Permission denied

when it doesn't have access to the HOME directory where it think's its
config files are stored.  Running an strace shows:

  access("/root/.config/git/config", R_OK) = -1 EACCES (Permission denied)

Since this error is fatal, we need to set the HOME environment
variable to somewhere where the server process (the `nginx` user on my
box) *does* have access.  Regardless of the user, `HOME=/` should be
pretty safe ;).

git-grepall.sh: Add a script for grepping all local branches

Sometimes I have a lot of branches (e.g. per-assignment branches for a
single class, to support sharing work between assignments), and I
forget which feature is in which branch.  Now I can run:

  $ git-grepall.sh PATTERN

to search all the local branches.

pca.py: Update Newcastle SPSS link

The internet archive page appears to be gone (which is scary ;), but I
found a URL pointing to the current page, which has all the same
stuff.

pca.py: Add ability to drop columns (questions) from input data

pca.py: Add principal component analysis script

A good deal of this script is a huge docstring full of tests comparing
my analysis with other examples I found online.  You can run the
doctests with:

  $ python -m doctest pca.py

References:

Hervé Abdi.  Factor Rotations in Factor Analyses.  In: Lewis-Beck M.,
  Bryman, A., Futing T. (Eds.) (2003). Encyclopedia of Social Sciences
  Research Methods. Thousand Oaks (CA): Sage.
Trevor Park.  A Note on Terse Coding of Kaiser's Varimax Rotation
  Using Complex Number Representation.  (March 2003).
Andrew Wiesner's factor analysis notes.
Daniel Denis's factor analysis notes.  (2009).
Archived version of the University of Newcastle upon Tyne's "How to
  Perform and Interpret Factor Analysis using SPSS".  (November 2005).

posts:factor_analysis: Add a post on Factor Analysis

This is the statistical approach used to analyze Software Carpentry
surveys, so I've been figuring out how it works.

posts:catalyst: Link to HOWTO commit and fix 'amd64' -> 'x86'

posts:catalyst: Add post about building the SWC bootable ISO

posts:sympy: Add post demonstrating usage

posts:one-off-git-daemon: Add a git://192.168.1.2/ example

Sometimes requiring a project name is not useful (e.g. all students
are sharing the same project).

posts:bugs: Mention comments on Python's #9263

This came up while digging into an rss2email report by Dmitry Bogatov
[1].

[1]: http://article.gmane.org/gmane.mail.rss2email/13
     http://article.gmane.org/gmane.mail.rss2email/14

posts:bugs: Update URL for my utf_8 iText patch

The original patch page is gone, but the change has been accepted
upstream via the itext-questions@ list.

posts:bugs: Mention my Gnuplot '<&n' file descriptor patch

Now accepted :).  Thanks Ethan!

posts:One-off_Git_daemon: Add post describing ad-hoc usage

mw2txt.py: Update to version 0.2 (mostly Python 3 conversion)

Also:
* Use logging module instead of `if debug: print(...)`.
* Rework coloring to work with a logger (e.g. don't print debugging
  info directly to stdout).
* Upgrade from optparse to argparse.
* Add --verbose argument.

pdf-merge.py: Bump to version 0.3

Changes since 0.2:

77a9ba6 pdf-merge.py: Upgrade to Python 3.x
0c3b4c3 pdf-merge.py: Add KEYWORD metavar for --keyword.
8003741 pdf-merge.py: Add -v/--version option
8966242 pdf-merge.py: Fix 'perserving' -> 'preserving' typo in module doctest
5cef5f7 pdfmerge.py: Bump copyright year
71c7be5 pdf-merge.py: Update dump parser for pdftk v1.45
c75bc05 Add `--pdfmarks` option to pdf-merge.py.
abdbff4 Remove `[:-len('&#0;')]` from Unicode parsing of pdftk output in pdf-merge.py.
8efa8f6 Credit Larry Cai <larry.caiyu@gmail.com> for suggesting Unicode handling.

pdf-merge.py: Upgrade to Python 3.x

This probably breaks Python 2.x support.  If you can't upgrade your
Python implementation, you'll have to stick to older versions of this
script.

pdf-merge.py: Add KEYWORD metavar for --keyword.

This should make the `--keyword KW1 --keyword KW2 ...` usage more
obvious.

pdf-merge.py: Add -v/--version option

pdf-merge.py: Fix 'perserving' -> 'preserving' typo in module doctest

pdfmerge.py: Bump copyright year

pdf-merge.py: Update dump parser for pdftk v1.45

On Tue, Jan 29, 2013 at 08:15:57AM -0800, Tsung-Han Yang wrote:
> I've attached the dumpdata message. I've just installed pdftk on
> windows yesterday. I've attached the diff file with -u, too.
> ...
> It looks like my pdf has some metadata like "InfoBegin" without ":"
> in the line.

The new lines in the dump are due to the addition of m_begin_mark in
pdftk between v1.44.1 and v1.45:

Sid Stewart wrote:
> Added record delimiters to dump_data output to help make parsing
> more reliable.

posts:mutt-ldap: Add title, README link, and PiPI tag.

posts:mutt-ldap: Mention Wade and Niels and add tags

mutt-ldap.py: Pulled out into its own repository

script-publish.py: Fix double-spacing in <pre> by removing \n

This makes the HTML less readable, but it's not worth the trouble to
make these HTML-readability endlines optional.

script-publish.py: Don't print raw strings to the log

Print their repr() instead, since the strings may contain funky
characters and missed control codes.

script-publish.py: Add DOCTYPE and <meta charset="..." />

<meta charset="..." /> is new in HTML5.

script-publish.py: More newlines in the output HTML source

These newlines don't affect the rendered HTML, but they make the HTML
source more readable.  The `previous_tail` bit keeps unstyled text
from clobbering newlines that were attached to a preceding <br />.

script-publish.py: Use -o/--output instead of -t/--target

This seems to be more conventional.  As a side benefit, we can now use
-t as the short form of --term.

script-publish.py: Drop empty text chunks

Firefox 10.0.11 was having trouble with:

  <span style="..." />

Which, instead of being a no-op, was changing the default styling of
every element after that tag.

script-publish.py: Add more control codes (reset1, reset2, ...)

These new codes were from a typescript where I had used the `reset`
command.  Xterm doesn't support rs3, but I thought I'd add it for
completeness.

The reset commands are listed in order of decreasing complication
(rs3, rs2, rs1), so that if rs1 is a subset of rs2, we don't match
part of an rs2 entry with our rs1 regexp and leave the rest unmatched.
Ideally, we'll only match the low level escape codes, and compound
escapes like rs2 will be handled automatically by taking care of their
constituent parts.  Until we get to that point, we'll need to be
careful about the order of ControlCodes.

script-publish.py: Add debugging output for the chunk stream

So you can take a look at the raw stream before we start dumping
stuff.  I also made the SGR skipping message more explicit.

script-publish.py: Also reference the console_codes(4) man page

This page discusses the console escapes and control codes implemented
by the Linux console.

script-publish.py: Use Unicode horizontal tabs

Replace the ControlCodeMatch instances with textual tabs, since they
are appropriately handled in `<pre>` blocks.

script-publish.py: Allow emulator selection with --term

This means we have to delay ControlCode initialization until the user
has actually selected a terminal.  The curses.setupterm() logic also
assumes that the selected terminal doesn't change after the initial
call.  For our script, this is a safe assumption.  If that assumtion
eventually breaks down, you'll have to cache the last-setup terminal
somewhere, and call setupterm() whenever the current control code's
`.term` doesn't match the cached value.

I also fixed a bug where args.encoding was not being passed to
ScriptServerApp.

script-publish.py: Add my terminal-escape-to-HTML conversion script

So students can follow along (and easily archive) the instructor's
live terminal session.  I convert all the escape sequences that turned
up during some simple messing around (including opening an Emacs
window), but there are surely some escape sequences that I don't catch
yet.  Also, the HTML output doesn't understand anything about windows
or cursors, so anything inside a curses application (e.g. Emacs) will
probably come out horribly mangled.  Still, things should recover
quickly once you get back to the command line.

If you do want to record curses sessions, you'll probably want to
record scripts with timing information and play them back in an actual
terminal emulator ;).

font:GoodCityModern-reduced: Update to add a 0x20 (space)

Still compiled with:

  $ font-reduce.py -r 0x9f,0x9f -t 0xfc,0xfc -o GoodCityModern-reduced.woff /usr/share/fonts/freefonts/gocmseq_.pfb

but, I just tweaked font-reduce.py, so the new font has a space
character.  On Gentoo, gocmseq_.pfb is bundled in the
media-fonts/freefonts package.

font:Pecita-reduced: Upgrade to Pecita 4.0.0 alpha and add 0x20 (space)

Upgrade from 3.3.0 to a recently downloaded 4.0.0 alpha and reduce with:

  $ font-reduce.py -s 'http://pecita.eu/police-en.php' -l 'OFL (SIL Open Font License)' Pecita.otf

I just tweaked font-reduce.py, so the new font has a space character.

font-reduce.py: Add special space handling

For some reason, FontForge doesn't like selecting spaces with
`select(('ranges',),...)`.  No idea why, but this works around the
problem.

Reported-by: David Loyall <david.loyall@nebraska.gov>

font-reduce.py: Improve ranges/targets error handling and logging

Now the ranges in the fontlog reflect the actual ranges (instead of
being hardcoded to match the defaults).  Also raise an explicit error
if the number of ranges does not match the number of targets.

mkogg.py: Upgrade from optparse to argparse

mkogg.py: Prefix imports with underscores for a clean namespace