Move thread_id generation code from database.cc to message.cc

It's really up to the message to decide how to generate these.

Move the _notmuch_message_sync from private to public interfaces

The idea here is to allow internal users to see a non-synced message
object, (for example, while parsing a message file and incrementally
adding terms, etc.). We're willing to take the care to get the
improved performance.

But for the public interface, keeping everything synced will be much
less confusing, (reference lots of sup bugs that happen due to
message state being altered by the user but not synced to the database).

add_message: Rename message to message_file

I still don't like the name message_file at all, but we're about
to start using a notmuch_message_t in this function so we need
to do something to keep the identifiers separate for now.

Eventually, it probably makes sense to push the message-parsing
code from database.cc to message.cc.

Prevent that last bug from reoccurring.

It's even enough to check if a "missing" header was accidentally
left off the list in the call to restrict_headers. (And it's
cheap since we only check in case no such header was found in the
message.)

Don't forget the "to" header when restrict parsing to certain headers

We recently started discarding files as "not email" if they have none
of Subject, From, nor To. Apaprently, my mail collection contains a
number of messages that I sent, that are saved without Subject and
From, (perhaps these were drafts?).

Anyway, it's fortunate I had those since they alerted me to this bug,
where we were not parsing the "To" header in some cases.

Fix missing error check.

The notmuch_message_file_open function is perfectly capable of
returning NULL. So check for it.

Generate message ID (using SHA1) when a mail message contains none.

This is important as we're using the message ID as the unique key
in our database. So previously, all messages with no message ID
would be treated as the same message---not good at all.

Rename sha1.c to libsha1.c

This way both the .c and .h files have the same name, and all of the
code imported from the "libsha1" implementation is in filenames
matching libsha1.*.

This also gives me room to make my own notmuch_sha1 wrapper functions
in sha1.c.

Merge branch from fixing up bugs after bisecting.

I'm glad that when I implemented "notmuch restore" I went through the
extra effort to take the code I had written in one sitting into over a
dozen commits. Sure enough, I hadn't tested well enough and had
totally broken "notmuch setup", (segfaults and bogus thread_id
values).

With the little commits I had made, git bisect saved the day, and I
went back to make the fixes right on top of the commits that
introduced the bugs. So now we octopus merge those in.

Bring back the insert_thread_id function.

We deleted this in favor of our fancy new thread_ids iterator
from the message object. But one of the previous callers of
insert_thread_id isn't using notmuch_message_t yet. I made
the mistake of thinking I could just call g_hash_table_insert
directly, but the problem was that nobody was splitting
up the thread_id string at its commas.

So with this, we were inserting bogus comma-separated IDs
into the hash table, so thread_id values were ballooning
out of control. Should be much better now.

Fix lifetime-maintenance bug with std::string and c_str()

Here's more evidence that C++ is a nightmare to program---or that
I'm smart enough to realize that C++ is more clever than I will
ever be.

Most of my issues with C++ have to do with it hiding things from
me that I'd really like to and expect to be aware of as a C
programmer.

For example, the specific problem here is that there's a
short-lived std::string, from which I just want to copy
the C string. I try to do that on the next line, but before
I can, C++ has already called the destructor on the std::string.

Now, C++ isn't alone in doing garbage collecting like this.
But in a *real* garbage-collecting system, everything would
work that way. For example, here, I'm still holding a pointer
to the C string contents, so if the garbage collector were
aware of that reference, then it might clean up the std::string
container and leave the data I'm still using.

But that's not what we get with C++. Instead, some things are
reference counted and collected, (like the std::string), and
some things just aren't (like the C string it contains). The
end result is that it's very fragile. It forces me to be aware
of the timing of hidden functions. In a "real" system I wouldn't
have to be aware of that timing, and in C the function just
wouldn't be hidden.

List a few more co-conspirators.

Keith's name already shows up in the git log, so it would be
wrong to not mention him. And Martin and Jamey have been
helpful in discussions about what an ideal mail system
would look like.

Add an AUTHORS file.

Now that I've copied in another source file from someone else, I
want to be sure I'm keeping a good list of everyone who has helped.

Add sha1.c and libsha1.h for doing SHA-1-based message-ID generation.

This code comes courtesy of Brian Gladman and Mikhail Gusarov.

Both files are available under the GPL and were downloaded as
version 0.2 of libsha1 from git://github.com/dottedmag/libsha1.git
with the following commit:

commit d0f0e7e0dc5ce2d58972cb5a492183c0d4e58433
Author: Mikhail Gusarov <dottedmag@dottedmag.net>
Date:   Mon Oct 20 22:38:47 2008 +0700

    Version bump.

Signed-off-by: Mikhail Gusarov <dottedmag@dottedmag.net>

Add copy of GNU General Public License (version 3).

All the files were already advertising the license, but we didn't
actually have a copy of the license in the repository until now.

Add notmuch_status_to_string function.

Be kind and let the user print error messages, not just error
codes.

Implement "notmuch restore".

It's pretty easy to do with all the right infrastructure in place.
Now that I can get my tags from sup to notmuch, maybe I'll be able
to start reading mail again.

Pull out a chomp_newline function from "notmuch setup"

We'll want this same thing with "notmuch restore", (and really
anything using getline).

Add notmuch_message_add_tag and notmuch_message_remove_tag

With these two added, we now have enough functionality in the
library to implement "notmuch restore".

notmuch-private.h: Move NOTMUCH_BEGIN_DECLS earlier

We actually need this before the include of xutil.h, but
it was previously stuck randomly among various system
includes. Instead, put it at the top, right after include
the notmuch.h header that defines it.

notmuch_query_search: Clarify the documentation.

This is where we wanted to put the note to recommend the user
call notmuch_message_destroy if the lifetime of the message
is much shorter than the lifetime of the query. (Somehow this
had ended up in the documentation of notmuch_message_get_tags
before.)

notmuch.h: Fix some copy-paste errors in the documentaton.

In several places we had "results" where "tags" was intended.
It actually read fine in some cases, but this is still better.

notmuch_message_get_message_id: Fix to cache result

Previously, this would allocate new memory with every call. That
was with talloc, of course, so there wasn't any leaking (eventually).
But since we're now calling this internally we want to be a little
less wasteful. It's easy enough to just stash the result into the
message on the first call, and then just return that on subsequent
calls.

database: Add new notmuch_database_find_message

With this function, and the recently added support for
notmuch_message_get_thread_ids, we now recode the find_thread_ids
function to work just the way we expect a user of the public
notmuch API to work. Not too bad really.

Add notmuch_message_get_thread_ids function

Along with all of the notmuch_thread_ids_t iterator functions.
Using a consistent idiom seems better here rather than returning
a comma-separated string and forcing the user to parse it.

Add wrappers for regcomp and regexec to xutil.c.

These will be handy for some parsing.

Rename NOTMUCH_MAX_TERM to NOTMUCH_TERM_MAX

Just better consistency with our naming schemes.

Move find_prefix function from database.cc to message.cc

It's definitely a better fit there for now, (and can likely
eventually be made static as add_term moves from database
to message as well).

notmuch dump: Fix to print spaces between tags.

Simple little bug here made all the tags run together.

Convert notmuch_database_t to start using talloc.

This will be handy as we can hang future talloc allocations off
of the datbase now.

Move declarations for xutil.c from notmuch-private to new xutil.h.

The motivation here is that our top-level notmuch.c main program
wants to start using these, but we don't want it to see into
notmuch-private.h, (since our main program is a test vehicle
for the "public" notmuch interface in notmuch.h).

notmuch dump: Fix buffer overrun in error message.

Just a little bug I noticed while editing nearby code.

notmuch setup: Collapse internal whitespace within message-id

I'm too lazy to see what the RFC says, but I know that having
whitespace inside a message-ID is sure to confuse things. And
besides, this makes things more compatible with sup so that
I have some hope of importing sup labels.

notmuch dump: Fix the sorting of results.

To properly support sorting in notmuch_query we know use an
Enquire object. We also throw in a QueryParser too, so we're
really close to being able to support arbitrary full-text
searches.

I took a look at the supported QueryParser syntax and chose
a set of flags for everything I like, (such as supporting
Boolean operators in either case ("AND" or "and"), supporting
phrase searching, supporting + and - to include/preclude terms,
and supporting a trailing * on any term as a wildcard).

add_message: Add a type:mail ("Kmail") term to all documents.

This gives us an easy way to specify "all mail messages" in a search
query. We simply look for this term.

notmuch setup: Print a few protecting spaces after progress reports.

This is to help keep the report looking clean when a new report
is shorter than a previous reports, (say, when crossing the
boundary from over one minute remaining to less than one minute
remaining).

This used to be here, but I must have accidentally dropped it
when reformatting the progress report recently.

.gitignore: Ignore generated file Makefile.dep

Forgot to add this when I first add dependency checking to the
Makefile.

database: Remove two little bits of dead code.

query: Remove the magic NOTMUCH_QUERY_ALL

Using the address of a static char* was clever, but really
unnecessary. An empty string is much less magic, and even
easier to understand as the way to query everything from
the database.

notmuch dump: Free each message as it's used.

Previously we were leaking[*] memory in that the memory footprint of
a "notmuch dump" run would continue to grow until the output was
complete, and then finally all the memory would be freed.

Now, the memory footprint is small and constant, O(1) rather than
O(n) in the number of messages.

[*] Not leaking in a valgrind sense---every byte was still carefully
being accounted for and freed eventually.

Add destroy functions for results, message, and tags.

None of these are strictly necessary, (everything was leak-free
without them), but notmuch_message_destroy can actually be useful
for when one query has many message results, but only one is needed
to be live at a time.

The destroy functions for results and tags are fairly gratuitous, as
there's unlikely to be any benefit from calling them. But they're all
easy to add, (all of these functions are just wrappers for talloc_free),
and we do so for consistency and completeness.

Rename our talloc destructor functions to _destructor.

I want to reserve the _destroy names for some public functions
I'm about to add.

Implement 'notmuch dump'.

This is a fairly big milestone for notmuch. It's our first command
to do anything besides building the index, so it proves we can
actually read valid results out from the index.

It also puts in place almost all of the API and infrastructure we
will need to allow searching of the database.

Finally, with this change we are now using talloc inside of notmuch
which is truly a delight to use. And now that I figured out how
to use C++ objects with talloc allocation, (it requires grotty
parts of C++ such as "placement new" and "explicit destructors"),
we are valgrind-clean for "notmuch dump", (as in "no leaks are
possible").

Rename private notmuch_message_t to notmuch_message_file_t

This is in preparation for a new, public notmuch_message_t.

Eventually, the public notmuch_message_t is going to grow enough
features to need to be file-backed and will likely need everything
that's now in message-file.c. So we may fold these back into one
object/implementation in the future.

Makefile: Add automatic dependency tracking to the Makefile.

With this, I really don't miss anything from automake.

notmuch: Fix setup so that accepting the default mail path works.

The recent change from GIOChannel to getline, (with a semantic
change of the newline terminator now being included in the
result that setup_command sees), broke this.

message: Use g_hash_table_destroy instead of g_hash_table_unref

I'm trying to chase down 3 still-reachable pointers to glib hash
tables.

This change didn't help with that, but I think destroy might be a
better semantic match for what I actually want. (It shouldn't matter
though since I never take any additional references.)

add_message: Fix memory leak of thread_ids GPtrArray.

We were properly feeing this memory when the thread-ids list was not
empty, but leaking it when it was.

Thanks, of course, to valgrind along with the G_SLICE=always-malloc
environment variable which makes leak checking with glib almost
bearable.

database.cc: Document better pieces of glib that we're using.

message.c: Free leaked memory in notmuch_message object

We were careful to free this memory when we finished parsing the
headers, but we missed it for the case of closing the message
without ever parsing all of the headers.

notmuch: Use GNU libc getline() instead of glib GIOChannel

Less reliance on glib is always nice for our memory-leak testing
efforts.

notmuch_database_open: Fix error message for file-not-found.

I was incorrectly using the return value of stat (-1) instead of
errno (ENOENT) to try to construct the error message here.

Also, while we're here, reword the error message to not have
"stat" in it, which in spite of what a Unix programmer will
tell you, is not actually a word.

Add some explanation about NOTMUCH_BASE to setup_command.

Since we allow the user to enter a custom directory, we need to
let the user know how to make this persistent. Of course, a better
answer would be to take what the user entered and shove it into
a ~/.notmuch-config file or so, but for now this will have to do.

notmuch_database_create/open: Fix to handle NULL as documented.

When documenting these functions I described support for a
NOTMUCH_BASE environment variable to be consulted in the case
of a NULL path. Only, I had forgotten to actually write the
code.

This code exists now, with a new, exported function:

     notmuch_database_default_path

notmuch_message_get_header: Fix bogus return of NULL header.

A simple bug meant that the correct value was being inserted into
the hash table, but a NULL value would be returned in some cases.
(If the value was already in the hash table at the beginning of
the call the the correct value would be returned, but if the
function had to parse to reach it then it would return NULL.)

This was tripping up the recently-added code to ignore messages
with NULL From:, Subject:, and To: headers, (which is fortunate
since otherwise the broken parsing might have stayed hidden for
longer).

notmuch: Revamp help message a bit.

The big update here is the addition of the dump and restore commands
which are next on my list. Also, I've now come up with a syntax for
documenting the arguments of sub-commands.

notmuch: Ignore files that don't look like email messages.

This is helpful for things like indexes that other mail programs
may have left around. It also means we can make the initial
instructions much easier, (the user need not worry about moving
away auxiliary files from some other email program).

Protect definition of _GNU_SOURCE.

I was getting a duplicate definition of this from somewhere, so
getting compiler warnings without this protection.

Remove test programs, xapian-dump and notmuch-index-message

These were just little tests while getting comfortable with
GMime and xapian. I'll likely use pieces of these as notmuch
continues, but for now let's not distract anyone looking
at notmuch with these.

And the code will live on in the history if I need to look
at it.

notmuch: Reword the progress report slightly.

I noticed this style during a recent Debian install and I liked
how much less busy it is compared to what we had before, (while
still telling the user everything she might want).

Rework message parsing to use getline rather than mmap.

The line-based parsing can be a bit awkward when wanting to peek
ahead, (say, for folded header values), but it's so convenient
to be able to trust that a string terminator exists on every
line so it cleans up the code considerably.

Don't hash headers we won't end up using.

Just saving a little work here.

Document which pieces of glib we're still using.

Looks like we can copy in a hash-table implementation, (from cairo,
say), and then a few _ascii_ functions from glib, (we'll need to
switch a few current uses if things like isspace, etc. to locale-
independent versions as well). So not too hard to free ourselves
of glib for now, (until we add GMime back in later, of course).

Hook up our fancy new notmuch_parse_date function.

With all the de-glib-ification out of the way, we can now use it
to allow for date-based sorting of Xapian search results.

notmuch_parse_date: Handle a NULL date string gracefully.

The obvious thing to do is to treat a missing date as the beginning
of time. Also, remove a useless cast from another return of 0.

date.c: Rename function to notmuch_parse_date

Now completing the process of making this function "our own".

The documentation is deleted here, because we already have
the documentation we want in notmuch-private.h.

date.c: Add hard-coded definition of HAVE_TIMEZONE

The original code expected this to be set by running configure.
We'll just manually set it here for now. This isn't as portable
as if we were doing some compile-time examination of the current
system, but I don't need portability now.

When someone comes along that wants to port notmuch to another
system, they will already have all the #ifdefs in place and
will simply need to add the appropriate machinery to set the
defines.

date.c: Don't use glib's slice allocator.

This change is gratuitous. For now, notmuch is still linking
against glib, so I don't have any requirement to remove this,
(unlike the last few changes where good taste really did
require the changes).

The motivation here is two-fold:

1. I'm considering switching away from all glib-based allocation
soon so that I can more easily verify that the memory management
is solid. I want valgrind to say "no leaks are possible" not
"there is tons of memory still allocated, but probably reachable
so who knows if there are leaks or not?". And glib seems to make
that impossible.

2. I don't think there's anything performance-sensitive about the
allocation here. (In fact, if there is, then the right answer
would be to do this parsing without any allocation whatsoever.)

date.c: Remove occurrences of gboolean.

While this is surely one of the most innocent typedefs, it still
annoys me to have basic types like 'int' re-defined like this.
It just makes it harder to copy the code between projects, with
very little benefit in readability.

For readability, predicate functions and variables should be
obviously Boolean-natured by their actual *names*.

date.c: Remove all occurrences of g_return_val_if_fail

That's got to be one of the hardest macro names to read, ever,
(it's phrased with an implicit negative in the condition,
rather than something simple like "assert").

Plus, it's evil, since it's a macro with a return in it.

And finally, it's actually *longer* than just typing "if"
and "return". So what's the point of this ugly idiom?

date.c: Keep the comments clean.

Never know when the children might be reading over my shoulder,
for example. :-)

date.c: Change headers/defines t owork within notmuch.

We can't rely on any gmime-internal headers, (and fortunately we
don't need to). We also aren't burdened with any autconf machinery
so don't reference any of that.

date.c: Remove a bunch of undesired code.

We're only interested in the date-parsing code here.

date.c: Convert from LGPL-2+ to GPL-3+

As authorized by LGPL-2 term (3).

date.c: Add new file directly from gmime2.4-2.4.6/gmime/gmime-utils.c

We're sucking in one gmime implementation file just to get the
piece that parses an RFC 822 date, because I don't want to go
through the pain of replicating that.

notmuch: Switch from gmime to custom, ad-hoc parsing of headers.

Since we're currently just trying to stitch together In-Reply-To
and References headers we don't need that much sophistication.
It's when we later add full-text searching that GMime will be
useful.

So for now, even though my own code here is surely very buggy
compared to GMime it's also a lot faster. And speed is what
we're after for the initial index creation.

notmuch: Ignore .notmuch when counting files.

We were correctly ignoring this when adding files, but not when
doing the initial count. Clearly we need better code sharing
here.

notmuch: Start actually adding messages to the index.

This is the beginning of the notmuch library as well, with its
interface in notmuch.h. So far we've got create, open, close, and
add_message (all with a notmuch_database prefix).

The current add_message function has already been whittled down from
what we have in notmuch-index-message to add only references,
message-id, and thread-id to the index, (that is---just enough to do
thread-linkage but nothing for full-text searching).

The concept here is to do something quickly so that the user can get
some data into notmuch and start using it. (The most interesting stuff
is then thread-linkage and labels like inbox and unread.)  We can
defer the full-text indexing of the body of the messages for later,
(such as in the background while the user is reading mail).

The initial thread-stitching step is still slower than I would like.
We may have to stop using libgmime for this step as its overhead is
not worth it for the simple case of just parsing the message-id,
references, and in-reply-to headers.

xapian-dump: Rewrite to generate C code as output.

This was for some time testing, (to see how fast xapian could be
if we were strictly adding documents and not doing any other IO
or computation). The answer is that xapian is quite fast, (on
the order of 1000 documents per second).

Start a new top-level executable: notmuch.

Of course, there's not much that this program does yet. It's got
some structure for some sub-commands that don't do anything. And
it has a main command that prints some explanatory text and then
counts all the regular files in your mail archive.

Fix more memory leaks.

These were more significant than the previous leak because these were
in the loop and leaking memory for every message being parsed. It
turns out that g_hash_table_new should probably be named
g_hash_table_new_and_leak_memory_please. The actually useful function
is g_hash_table_new_full which lets us pass a free function, (to free
keys when inserting duplicates into the hash table). And after all,
weeding out duplicates is the only reason we are using this hash table
in the first place.

It almost goes without saying, valgrind found these leaks.

Fix a one-time memory leak.

This was a single object in main outside any loops, so there was
no impact on performance or anything, but obviously we still want
to patch this.

Of course, valgrind gets the credit for seeing this.

Avoid reading a byte just before our allocated buffer.

When looking for a trailing ':' to introduce a quotation we peek at
the last character before a newline. But for blank lines, that's not
where we want to look. And when the first line in our buffer is a
blank line, we're underrunning our buffer. The fix is easy---just
bail early on blank lines since they have no terms anyway.

Thanks to valgrind for pointing out this error.

Generate random thread IDs instead of using an arbitrary Message-ID.

Previously, we used as the thread-id the message-id of the first
message in the thread that we happened to find. In fact, this is a
totally arbitrary identifier, so it might as well be random. And an
advantage of actually using a random identifier is that we now have
fixed-length thead identifiers, (and the way is open to even allow
abbreviated identifiers like git does---though we're less likely to
show these identifiers to actual users).

Change progress report to show "instantaneous" rate. Also print total time.

Instead of always showing the overall rate, we wait until the end
to show that. Then, on incremental updates we show the rate over the
last increment. This makes it much easier to actually watch what's
happening, (and it's easy to see the efect of xapian's internal
10,000 document flush).

Protect against missing message id while indexing files

Walk address groups and parse each address separately

Signed-off-by: Keith Packard <keithp@keithp.com>

Reduce the verbosity of the progress indicator.

It's fast enough that we can wait for 1000 messages before updating.

Add support for message-part mime parts.

We could (and probably should) reparse and index all the headers from
the embedded message, but I'm not choosing to do that now---I'm just
indexing the body of the embedded message.

Avoid segfault on message with no subject.

It's fun how turning a program loose on 500,000 messages will find
lots of littel corner cases.

Add some sort of progress indicator.

It's nice to let the user know that something is happening.

Avoid complaints about messages with empty mime parts.

Avoid complaints about empty address lists.

Document the little details separating the sup and notmuch indexes.

As can be seen here, there are not a lot of differences. I've verified
this by using sup-sync to import a month of mail from the sup mailing
list, and comparing the database term-by-term, value-by-value, and
data-by-data with that created by notmuch. There are no differences
other than those documented here.

Avoid trimming initial whitespace while looking for signatures.

I ran into a message with an indented stack trace that my indexer
was mistaking for a signature.

Index an attachment's filename extension as well.

I hadn't realized that sup used a special term for this. But there
you go.

Index the filename of any attachment.

[sup-compat] Don't index mime parts with content-disposition of attachment

Here's another change which I'm making for sup compatibility against
my better judgment. It seems that sup never indexes content from
mime parts with content-disposition of attachment. But these
attachments are often very indexable, (for example, the first one
I encountered was a small shell script).

So I'll have to think a bit about whether or not I want to revert
this commit. To do this properly we would really want to distinguish
between attachments that are indexable, (such as text), and those
that aren't, (such as binaries). I know the mime-type alone isn't
alwas sufficient here as even this little plaintext shell script
was attached as octet-stream.

And if we wanted to get really fancy we could run things like antiword
to generate text from non-text attachments and index their output.

Add label "attachment" when an attachment is seen.

Split thread_id value on commas before inserting into hash.

One thread_id value may have multiple thread IDs in it so we need
to separate them out before inserting into our hash.