lib: document config metadata

This probably should have been part of 3458e3c89c, but I missed it.

Use https instead of http where possible

Many of the external links found in the notmuch source can be resolved
using https instead of http.  This changeset addresses as many as i
could find, without touching the e-mail corpus or expected outputs
found in tests.

nmbug: updated to modern URL for PEP 343

update link to Chip Rosenthal article about reply-to munging

The original link is currently returning an internal server error :(

completion: update the location of the bash-completion project

Alioth currently redirects to github, so point there instead.

NEWS, python: update pointer to online documentation

Currently, http://packages.python.org/notmuch/ goes through a series
of redirections and ends up pointing to readthedocs.  Since we're
using readthedocs directly anyway, just point to it directly.

readthedocs are also now sensibly using a separate domain
(readthedocs.io) for their hosted documentation as distinct from their
own domain (readthedocs.org), so use the correct tld.

doc: include notmuch-emacs-mua in documentation ToC

Without this patch, i'm seeing sphinx-build emit:

 [...]doc/man1/notmuch-emacs-mua.rst:: WARNING: document isn't included in any toctree

lib: whitespace cleanup

Cleaned the following whitespace in lib/* files:

lib/index.cc:              1 line:  trailing whitespace
lib/database.cc            5 lines: 8 spaces at the beginning of line
lib/notmuch-private.h:     4 lines: 8 spaces at the beginning of line
lib/message.cc:            1 line:  trailing whitespace
lib/sha1.c:                1 line:  empty lines at the end of file
lib/query.cc:              2 lines: 8 spaces at the beginning of line
lib/gen-version-script.sh: 1 line:  trailing whitespace

lib: add support for named queries

This relies on the optional presense of xapian field processors, and the
library config API.

lib: make a global constant for query parser flags

It's already kindof gross that this is hardcoded in two different
places. We will also need these later in field processors calling back
into the query parser.

CLI: add notmuch-config support for named queries

Most of the infrastructure here is general, only the validation/dispatch
is hardcoded to a particular prefix.

A notable change in behaviour is that notmuch-config now opens the
database e.g. on every call to list, which fails with an error message
if the database doesn't exit yet.

CLI: optionally restore config data.

The default to restore config data seems safest, especially since
currently we have no config data to mess up.

CLI: add optional config data to dump output.

Note that it changes the default dump output format, but doesn't break
existing notmuch-restore. It might break user scripts though.

lib: config list iterators

Since xapian provides the ability to restrict the iterator to a given
prefix, we expose this ability to the user. Otherwise we mimic the other
iterator interfances in notmuch (e.g. tags.c).

lib: provide config API

This is a thin wrapper around the Xapian metadata API. The job of this
layer is to keep the config key value pairs from colliding with other
metadata by transparently prefixing the keys, along with the usual glue
to provide a C interface.

The split of _get_config into two functions is to allow returning of the
return value with different memory ownership semantics.

ruby: add bindings for `notmuch_database_get_all_tags`

The Ruby bindings were missing a way to get all the tags of the
database. Now you should be able to access this with the public
instance method `all_tags` of your database object.

Example of use:
    notmuchdb = Notmuch::Database.new path, { :create => false,
     :mode => Notmuch::MODE_READ_ONLY }

    my_tags = notmuchdb.all_tags

    my_tags.each { |tag|
      print tag
    }

    my_tags.destroy!

Amended by db: improve error reporting, add test

test: copyright information updates

Files in test directories had only copyright of a single individual,
of which code was adapted here as a base of the test system.
Since then many Notmuch Developers have contributed to the test
system, which is now acknowledged with a constant string in some
of the test files.

The README file in test directory instructed new files contain a
copyright notice, but that has never been done (and it is also not
needed). To simplify things a bit (and lessen confusion) this
instruction is now removed.

As a side enchangement, all of the 3 entries in the whole source
tree cd'ing to `dirname` of "$0" now uses syntax cd "$(dirname "$0")".
This makes these particular lines work when current working directory
is e.g. /c/Program Files/notmuch/test/.
(Probably it would fail elsewhere, though.)

emacs: bind notmuch-show-resend-message to 'b' in notmuch-show mode

This binding is similar to mutt's, which is

bind {mode} b   "bounce-message"    # remail a message to another user

where {mode} is 'index', 'pager' or 'attach'.

emacs: add function to resend message to new recipients

The new function notmuch-show-message-resend re-sends
message to new recipients using #'message-resend.

Recipients are read from minibuffer as a comma-separated
string (with some keyboard support including tab completion).

Final confirmation before sending is asked.

cli: tell how many messages were precisely matched when expected 1 match

In case of notmuch reply and notmuch show --part=N it is required that
search terms match to one message. If match count was != 1, error
message "Error: search term did not match precisely one message"
was too vague to explain what happened.

By appending (matched <num> messages) to the error message it
makes the problem more understandable (e.g when <num> is '0'
user reckons the query had a typo in it).

configure: combine common parts of CONFIGURE_C{,XX}FLAGS

By combining the common parts of CONFIGURE_CFLAGS and CONFIGURE_CXXFLAGS
to a separate make variable and using that as part of their
definitions makes setting of these easier, DRYer and less error prone
(especially as we cannot check potential typing errors there).

configure: check directly for xapian compaction API

This is consistent with the check for FieldProcessor, and probably a bit
more robust.

lib/cli: add library API / CLI for compile time options

This is intentionally low tech; if we have more than two options it may
make sense to build up what infrastructure is provided.

lib: optionally support single argument date: queries

This relies on the FieldProcessor API, which is only present in xapian
>= 1.3.

configure: detect Xapian:FieldProcessor

Rather than check versions, it seems more robust to do a test compile.

configure: add set -u

In case of any unset variable, make ./configure exit with nonzero value;
an attempt to expand an unset variable is a bug in the script
(usually a spelling mistake) and those should not pass through
unnoticed.

configure: replace ${CXXLAGS} with ${CXXFLAGS_for_sh}

Variable CXXLAGS expands to nothing, CXXFLAGS something unusable
here; CXXFLAGS_for_sh expands to what we expect here.

cli: remove leftover dir variable

No functional changes.

configure: SC2016: Expressions don't expand in single quotes

Fix shellcheck warnings. Use double quotes but escape $ to make it
look more intentional.

configure: SC2034: glib_cflags and glib_ldflags appear unused.

Fix shellcheck warnings.

configure: SC2059: Don't use variables in the printf format string.

Fix shellcheck warnings. Use printf "..%s.." "$foo".

configure: SC2006: Use $(..) instead of legacy `..`

Fix shellcheck warnings.

Merge emacs bug fixes from release

emacs: Tell `message-mode' that outgoing messages are email.

When composing messages (including replies, etc.), indicate to
`message-mode' definitively that the message is email (as opposed to
Usenet news) rather than having it attempt to determine this for itself.

This causes `message-mode' to observe such variables as
`message-default-mail-headers', which previously happened haphazardly.

emacs: Observe the charset of MIME parts when reading them.

`notmuch--get-bodypart-raw' previously assumed that all non-binary MIME
parts could be successfully read by assuming that they were UTF-8
encoded. This was demonstrated to be wrong, specifically when a part was
marked as ISO8859-1 and included accented characters (which were
incorrectly rendered as a result).

Rather than assuming UTF-8, attempt to use the part's declared charset
when reading it, falling back to US-ASCII if the declared charset is
unknown, unsupported or invalid.

notmuch-mutt: use env to locate perl for increased portability

Note: this patch drops -w from the shebang line, but we still have
"use warnings" in the script, which is superior anyhow.

Thanks Andreas Tolfsen for the suggestion.

debian: add versioned depends on dpkg-dev

This is needed to support build profiles (e.g. nocheck)

debian: add changelog stanza for 0.22

bump version and NEWS date for 0.22 release

NEWS: mention try-emacs-mua

A non-technical introduction for users who read NEWS to have better
chance to find ./devel/notmuch-emacs-mua when they test or experiment
with notmuch emacs MUA next time.

debian: changelog stanza for 0.22~rc1-1

version: bump to 0.22~rc1

NEWS: entry for emacs mua address completion

NEWS: document some bug fixes

NEWS: document S/MIME support

NEWS: note no-op-ness of notmuch-message-address-insinuate

NEWS: note dropping "pkg-config emacs"

NEWS: add note about xapian 1.3 support

doc: change copyright date

Yes, it is 2016

Emacs related NEWS for 0.22.

emacs: Don't indent multipart sub-parts during reply.

When generating cited messages for replay, override any existing
setting for `notmuch-show-indent-multipart' to ensure that no
indentation occurs.

debian: minimal changelog for 0.22~rc0-1

version: bump to 0.22~rc0

bindings: drop build time message on missing ruby dependency

The usual make message on everything being up to date is:

make: Nothing to be done for 'all'.

However, since

commit d038b9320949c79503fe4b76870aaabf279405ab
Author: David Bremner <david@tethera.net>
Date:   Mon Jun 1 09:08:59 2015 +0200

    build: integrate building ruby bindings into notmuch build process

if one doesn't have the ruby dependencies installed, the message has
been:

Missing dependency, skipping ruby bindings

Restore the usual behaviour by dropping the message. It's redundant
during build anyway, since the configure script already outputs:

Checking for ruby development files... No (skipping ruby bindings)

emacs: Add notmuch homepage to package header

So user can find out notmuch's homepage with:

  C-h P ('describe-package') notmuch

emacs: Fix packaging

Refer to (info "(elisp) Library Headers") for package conventions.

complete ghost-on-removal-when-shared-thread-exists

To fully complete the ghost-on-removal-when-shared-thread-exists
proposal, we need to clear all ghost messages when the last active
message is removed from a thread.

Amended by db: Remove the last test of T530, as it no longer makes sense
if we are garbage collecting ghost messages.

On deletion, replace with ghost when other active messages in thread

There is no need to add a ghost message upon deletion if there are no
other active messages in the thread.

Also, if the message being deleted was a ghost already, we can just go
ahead and delete it.

Introduce _notmuch_message_has_term()

It can be useful to easily tell if a given message has a given term
associated with it.

Add internal functions to search for alternate doc types

Publicly we are only exposing the non-ghost documents (of "type"
"mail").  But internally we might want to inspect the ghost messages
as well.

This changeset adds two new private interfaces to queries to recover
information about alternate document types.

fix thread breakage via ghost-on-removal

implement ghost-on-removal, the solution to T590-thread-breakage.sh
that just adds a ghost message after removing each message.

It leaks information about whether we've ever seen a given message id,
but it's a fairly simple implementation.

Note that _resolve_message_id_to_thread_id already introduces new
message_ids to the database, so i think just searching for a given
message ID may introduce the same metadata leakage.

test thread breakage when messages are removed and re-added

This test (T590-thread-breakage.sh) has known-broken subtests.

If you have a two-message thread where message "B" is in-reply-to "A",
notmuch rightly sees this as a single thread.

But if you:

 * remove "A" from the message store
 * run "notmuch new"
 * add "A" back into the message store
 * re-run "notmuch new"

Then notmuch sees the messages as distinct threads.

This happens because if you insert "B" initially (before anything is
known about "A"), then a "ghost message" gets added to the database in
reference to "A" that is in the same thread, which "A" takes over when
it appears.

But if "A" is subsequently removed, no ghost message is retained, so
when "A" appears, it is treated as a new thread.

I see a few options to fix this:

ghost-on-removal
----------------

We could unilaterally add a ghost upon message removal.  This has a
few disadvantages: the message index would leak information about what
messages the user has ever been exposed to, and we also create a
perpetually-growing dataset -- the ghosts can never be removed.

ghost-on-removal-when-shared-thread-exists
------------------------------------------

We could add a ghost upon message removal iff there are other
non-ghost messages with the same thread ID.

We'd also need to remove all ghost messages that share a thread when
the last non-ghost message in that thread is removed.

This still has a bit of information leakage, though: the message index
would reveal that i've seen a newer message in a thread, even if i had
deleted it from my message store

track-dependencies
------------------

rather than a simple "ghost-message" we could store all the (A,B)
message-reference pairs internally, showing which messages A reference
which other messages B.

Then removal of message X would require deleting all message-reference
pairs (X,B), and only deleting a ghost message if no (A,X) reference
pair exists.

This requires modifying the database by adding a new and fairly weird
table that would need to be indexed by both columns.  I don't know
whether xapian has nice ways to do that.

scan-dependencies
-----------------

Without modifying the database, we could do something less efficient.

Upon removal of message X, we could scan the headers of all non-ghost
messages that share a thread with X.  If any of those messages refers
to X, we would add a ghost message.  If none of them do, then we would
just drop X entirely from the table.

---------------------

One risk of attempted fixes to this problem is that we could fail to
remove the search term indexes entirely.  This test contains
additional subtests to guard against that.

This test also ensures that the right number of ghost messages exist
in each situation; this will help us ensure we don't accumulate ghosts
indefinitely or leak too much information about what messages we've
seen or not seen, while still making it easy to reassemble threads
when messages come in out-of-order.

test: add test-binary to print the number of ghost messages

This one-liner seems preferable to the complications of depending on
delve, getting the binary name right and parsing the output.

lib: clean up _notmuch_database_split_path

Make the logic it a bit easier to read. No functional changes.

lib: fix handling of one character long directory names at top level

The code to skip multiple slashes in _notmuch_database_split_path()
skips back one character too much. This is compensated by a +1 in the
length parameter to the strndup() call. Mostly this works fine, but if
the path is to a file under a top level directory with one character
long name, the directory part is mistaken to be part of the file name
(slash == path in code). The returned directory name will be the empty
string and the basename will be the full path, breaking the indexing
logic in notmuch new.

Fix the multiple slash skipping to keep the slash variable pointing at
the last slash, and adjust strndup() accordingly.

The bug was introduced in

commit e890b0cf4011fd9fd77ebd87343379e4a778888b
Author: Carl Worth <cworth@cworth.org>
Date:   Sat Dec 19 13:20:26 2009 -0800

    database: Store the parent ID for each directory document.

just a little over two months after the initial commit in the Notmuch
code history, making this the longest living bug in Notmuch to date.

test: test one character long directory names at top level

Yes, it's broken. Reported by h01ger on IRC.

test: cope with glass backend file naming variations

In several places in the test suite we intentionally corrupt the Xapian
database in order to test error handling. This corruption is specific to
the on-disk organization of the database, and that changed with the
glass backend. We use the previously computed default backend to make
the tests adapt to changing names.

configure: add test for default xapian backend

This is mainly for the test suite.  We already expect the tests to be
run in the same environment as configure was run, at least to get the
name of the python interpreter. So we are not really imposing a new
restriction.

test/atomicity: guard chert-only optimization

This should potentially be updated to have an equivalent optimization
for the glass backend, but it in my unscientific tests, the glass backend
without the optimization is faster then the chert backend with.

test: improve error handling in lib-error tests

There is at least one bug fixed here (missing parameter to printf), even
if exiting via segfault is considered OK.

emacs: make use of `message-make-from'

Please put my address in CC when replying.  Thanks!

From 4b9ab261a0ea8a31065e310c5150f522be86d37b Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: stefan <aeuii@posteo.de>
Date: Fri, 8 Apr 2016 22:47:06 +0200
Subject: [PATCH] emacs: make use of `message-make-from'

Will respect `mail-from-style'.

emacs: Always insert crypto buttons.

When no decryption or signature examination is
happening (i.e. `notmuch-crypto-process-mime' is `nil') insert buttons
that indicate this, rather than remaining silent.

emacs: Allow part preferences to depend on message content.

Currently the preference for which sub-part of a multipart/alternative
part is shown is global. Allow to the user to override the settings on a
per-message basis by providing the ability to call a function that has
access to the message to return the discouraged type list.

The original approach is retained as the default.

configure: autodetect xapian-1.3

Mimic the handling of python2 versus python3. In particular if both
xapian-config and xapian-config-1.3 are found, use xapian-config

cli/new: add better error messages for FILE_ERROR

The code in add_file seems to assume that NOTMUCH_STATUS_FILE_ERROR is
never returned from add_message. This turns out to be false (although it
seems to only happen in certain fairly rare race conditions).

CLI: add print_status_database

This could probably be used at quite a few places in the existing code,
but in the immediate future I plan to use in some new code in
notmuch-dump

nmbug: ignore # comments

Lines starting with # have always (for a long time, anyway) been ignored
by notmuch-restore, but have not been generated by notmuch-dump
previously.  In order to make nmbug robust against such output, ignore
comment lines.

emacs: Improve the acquisition of text parts.

`notmuch-get-bodypart-text' assumed that it is always possible to
acquire text/* parts via the sexp output format. This is not true if the
part in question has a content type of application/octet-stream but is
being interpreted as text/* based on the extension of the part filename.

Rework `notmuch-get-bodypart-text' to use the raw output format to
address this and make the implementation common with that of
`notmuch-get-bodypart-binary'.

emacs: Neaten `notmuch-show-insert-bodypart-internal'.

emacs: `notmuch-show-insert-part-multipart/encrypted' should not assume the presence of a button.

Missed in c802d12a1e43fe69f2fcf7a2f7d44018a55bfb65.

test/test-lib.el: revert setting notmuch-mua-reply-insert-header-p-function

in d27d90875dfb1 (2016-02-20) notmuch-mua-reply-insert-header-p-function
was set to notmuch-show-reply-insert-header-p-never as its default was
changed to something else. Now that default is set back to *-never so
this change done in d27d90875dfb1 is not needed anymore.

NEWS: Consolidate nmbug-status and notmuch-report sections

These are the same tool; the nmbug-status text just landed before the
name change.  We can also drop the message-url details from NEWS,
since they're already in the man page.

emacs: `notmuch-show-forward-message' can use `notmuch-mua-new-forward-messages'

Which allows `notmuch-mua-new-forward-message' to be removed.

emacs: Add `notmuch-show-forward-open-messages'.

Add a function to forward all open messages in the current view of a
thread. Bind this to "F".

emacs: Improve crypto button labels.

Make the labels for both encryption and signature buttons share a common
format, in which both report the status if it is not one of those known.

NEWS: Document the notmuch-report branch

notmuch-report: Add notmuch-report(1) and notmuch-report.json(5) man pages

To describe the script and config file format, so folks don't have to
dig through NEWS or the script's source to get that information.

The Makefile and conf.py are excerpted from the main doc/ directory
with minor simplifications and adjustments.  The devel/nmbug/ scripts
are largely independent of notmuch, and separating the docs here
allows packagers to easily build the docs and install the scripts in a
separate package, without complicating notmuch's core build/install
process.

notmuch-report.json: Rename from status-config.json

status-config.json wasn't obviously associated with the old
nmubg-status, now notmuch-report.  The new name is
${CONFIGURED_SCRIPT}.json, so the association should be clear.

notmuch-report: Rename from nmbug-status

This script generates reports based on notmuch queries, and doesn't
really have anything to do with nmbug, except for sharing the NMBGIT
environment variable.

status-config.json: Remove parens from query entry

These are now added by nmbug-status.

nmbug-status: Wrap query phrases in parentheses when and-ing together

For example:

  "query": ["tag:a", "tag:b or tag:c"]

is now converted to:

  ( tag:a ) and ( tag:b or tag:c )

instead of the old:

  tag:a and tag:b or tag:c

This helps us avoid confusion due to Xapian's higher-precedence AND
[1], where the old query would be interpreted as:

  ( tag:a and tag:b ) or tag:c

[1]: http://xapian.org/docs/queryparser.html

nmbug-status: Add meta.message-url config setting

So you can link to archives other than Gmane.  For example, I'm doing
this in [1].

[1]: https://github.com/wking/nmbug-oci

emacs: Change the default notmuch-mua-reply-insert-header-p-function

Set notmuch-show-reply-insert-header-p-never as the default value for
notmuch-mua-reply-insert-header-p-function.

doc/reply: Clarify how reply-to header is handled

Current documentation and comments in the code do not correspond to
the actual code and tests in the test suite ("Un-munging Reply-To" in
T230-reply-to-sender.sh). Fix it.

test: canonicalize quotes in xapian error messages

These differ between 1.2 and 1.3, so we transform the 1.2 backquote to a
single quote for compatibility

test: replace single giant term with large phrase

We only need a long string, not a single long term to trigger batch
mode.  The giant term triggers a bug/incompatibility in Xapian 1.3.4
that throws an exception because it is longer than the Xapian term size
limit.

lib: NOTMUCH_DEPRECATED macro also for older compilers

Some compilers (older than gcc 4.5 and clang 2.9) do support
__attribute__ ((deprecated)) but not
__attribute__ ((deprecated("message"))).

Check if clang version is at least 3.0, or gcc version
is at least 4.5 to define NOTMUCH_DEPRECATED as the
latter variant above. Otherwise define NOTMUCH_DEPRECATED
as the former variant above.

For a bit simpler implementation clang 2.9 is not included
to use the newer variant. It is just one release, and the
older one works fine. Clang 3.0 was released around 2011-11
and gcc 5.1 2015-04-22 (therefore newer macro for gcc 4.5+)

emacs: hello: promote '?' as the universal help key

Move the brief help text at the bottom of the hello screen to the
notmuch-hello-mode help, and promote '?' as the universal help key
across Notmuch. This unclutters the hello screen, and allows for a
more verbose description in the mode help. Hopefully, this change is
useful for both experienced and new users alike.

While at it, improve the links to Notmuch and hello screen
customization.

python: update the README

Signed-off-by: Justus Winter <justus@gnupg.org>

test/README: have matching test script file names

A while ago test script names were changed to format
Tddd-basename.sh. Update README to reflect that.

While at it, included some small requirements updates.