Removed old references to freq in calibrate.py after freq->push_speed change.

Also turned plotting back on by default (the change doesn't affect
command line usage).

Start bumps with the cantilever _off_ the surface.

Photodiode sensitivity (and thus, bump slope) decreases as the
zero-deflection photodiode input moves away from zero Volts.  In order
to mitigate the effect of this on our calibration, we need to keep
track of the zero-deflection signal.  By starting our bump off the
surface, our bumps should always start and end in the zero-deflection
regime.

This will make analysis a bit more complicated though.  I'll get to
that next.

Control bump_speed instead of bump sample frequency.

More physically useful number.  The old default speed was huge.

Various adjustments.  I should commit more often ;).

Added # comments to tweakfile syntax.

Played around with adding a white-noise floor in the vibration fitting,
but the fits didn't look all that convincing.  Some of the white-noise
code is still in place, but I think it's currently disabled ;).

Fixed some typos in TEXT_VERBOSE output in vib_analyze.py

Prepared for distribution.

Fixed lines in the Makefile that I hadn't changed when I copied it into
this project in the beginning.  Also added GPL blurbs to two py files.

Fixed C->K conversion bug in T_analyze.py

Closes 327f4db8-3119-4ec1-a762-a3115254608a

New Marisa/me calibration difference bug 327f4db8-3119-4ec1-a762-a3115254608a

Add trailing endline to calibration analysis files.

Fixed old FFT_tools portions of Makefile to calibcant

Fixed one_o_Vphoto_2_m typo in calib_analyze()

Updated to new data_logger log_dir $DEFAULT$ syntax for easier log_dir defs.

calib_save_analysis() now uses string_errors() to format output.

Add lines to analyze.calib_plot().

There aren't many points, and line connecting lines increase visibility.

Apply some fixes to get calibrations working and bump version.

Mostly namespace problems due to `from numpy import *` and the
like.  Things seem to work now.  I think we're ready for prime-time.

calibrate.py should now work.

A bunch of changes in one commit, sorry.

Moved to fledgling splittable_kwargs system to make default argument
maintenance easier.  I expect the splittable_kwargs system still has
some growing to do, but it's already better than the old system.

Merged BE database from the calibcant subdir into the main BE database.
It was a mistake to create the database there in the first place.

Added pylab flag to bump_analyze.py

Added comparison to vib_analyze_naive() in vib_analyze().

This will protect against really hideous fits :p.  It also lead to
fixes for outdated code in vib_analyze_naive() (it hadn't been used in
a while) and some outdated comments in vib_analyze().

Finally, added abs()ing for the always-positive fit parameters A and B
when using the scipy.optimize.leastsq() method.

Moved fitting from GnuplotBiDir to scipy.optimize.leastsq  in vib_analyze.

Much better fit quality.  See bug f3ba76cd-eddd-4520-bb2a-17ca371ac6b6

Fixed poor treatment of non-tweakfiles in vib_analyze.

See bug 3059911a-963c-472e-a9d3-bf0a290de1a2.

Initialized a Bugs-Everywhere bugtracking directory.

However, the 'bug' I initialized it for
  1456fd10-2036-46de-b18e-ddf8cab14ae2
was a broken workflow, not a bug :p.  Sigh.

Plot span of fitted frequencies in vib_anayze.py.

Changed guessed Q from 5 to 1, which gives about the right breadth.

I'm dubious about the fit quality though.  Looking at the fit.log
output after looking at the 20080919_cantA_tweak.vib data again reveals
  After 4 iterations the fit converged.
  final sum of squares of residuals : 9.6001e+08
  rel. change during last iteration : -2.46003e-07
for the first curve, and similar residuals (and exactly 4 iterations)
for the other curves.  Hmm.  I should probably explicitly show the range
of frequency space I'm fitting in.

Added guessed Lorentzian plot option to vib_analyze.

This explains why my Lorentzians are occasionally too sharp...
For example, consider the 2nd and 4th fit in
  cd ~/rsrch/data/z_piezo_calib/
  cc_vib_analyze.py  -ct 20080919_cantA_tweak.vib -pG

(I know, I know, should be rsrch/data/calibcant...)

Resistribute vib_analyze pylab.hold()s to avoid auto-generated axis.

With the previous setup, the first call to hold() created a subplot(111)
axis that the rest of the subplots wrote over.  Ugly.  Better now.

Crop vib_analyze pylab Lorentzian fitline when it goes off-axis.

Added fit-curve to vib_analyze's pylab output.

Gave up on the gnuplot output for now.

Fixed non-interactive pylab plotting setup in common.py

Also fixed spacing in analyze.py from last change and removed some
.pyc files from versioning.

created & fixed bug 3faa92db-cb93-4e14-a8ec-32ab4eedf83b

Added ez_setup.py installation wrapper and cleaned up License info.

Began versioning.