bump version to 0.13~rc1

ruby: Add wrapper for notmuch_query_set_omit_excluded()

ruby: Add workarounds to use in-tree build not the installed one

- Make mkmf use the notmuch.h under ../../lib
- Use libnotmuch.a instead of linking to the installed libnotmuch.so

ruby: Add wrapper for notmuch_query_add_tag_exclude

ruby: Add wrapper for notmuch_query_count_messages

emacs: fix custom queries section customization widget in notmuch-hello

The customization widget referred to a non-existing function
`notmuch-hello-insert-query-list'.  The patch changes it to the
correct one - `notmuch-hello-insert-searches'.  The relevant test is
fixed now.

test: add Emacs notmuch-hello tests for custom tags and queries section.

The tests use default values from customization widgets to make sure
that these customization widgets work (at least on basic level).

The custom queries section test is currently broken.

test: Force reply to use html2text for consistency

The output of the HTML reply test in the emacs suite can vary
depending on which HTML renderers are installed on the machine running
the tests. The renderer that is always available is emacs's builtin
html2text function. In order to get consistency, force the test to use
html2text even if other renderers are available.

emacs: Do not pass stderr of notmuch reply to JSON parser

Sometimes, notmuch reply outputs something to stderr, for example:
"Failed to verify signed part: Cannot verify multipart/signed part:
unsupported signature protocol". When this happens, replying in emacs
fails, because emacs cannot parse the error message as JSON.

This patch causes emacs to ignore stderr when reading reply from
notmuch.

emacs: Let the user choose where to compose new mails

Introduce a new defcustom notmuch-mua-compose-in that allows users to
specify where new mails are composed, either in the current window or
in a new window or frame.

Signed-off-by: Jameson Rollins <jrollins@finestructure.net>

emacs: Correctly quote non-text/plain parts in reply

Quote non-text parts nicely by displaying them with mm-display-part
before calling message-cite-original to quote them. HTML-only emails
can now be quoted correctly. We re-use some code from notmuch-show
(notmuch-show-mm-display-part-inline), which has been moved to
notmuch-lib.el.

Mark the test for this feature as not broken.

test: Replying to an HTML-only message in emacs

With the latest reply infrastructure, we should be able to nicely
quote HTML-only emails. But currently emacs quotes the raw HTML
instead of parsing it first. This commit adds a test for this case.

This test currently marked as broken.

debian: add notmuch_query_set_omit_excluded to symbols file.

This symbol is apparently part of the exclude code that was disabled
for 0.12.

debian: update packaging for new soname libnotmuch.so.3

we need
   - a new changelog stanza, because the symbols files need a new version
   - s/libnotmuch2/libnotmuch3/ everywhere
   - update symbols file, s/.so.1/.so.2/, and bump minimum versions on changed
     symbols (although the latter is just documentation)

debian: start changelog stanza for 0.13~rc1-1

This is mainly so that the soname bump in the debian symbols file
makes sense.

lib: Bump SO version from 2.0.0 to 3.0.0

We've changed the APIs of notmuch_database_open,
notmuch_database_create, and notmuch_database_close.

Amended by db: also bump string in bindings/python/notmuch/globals.py

News for changes to notmuch_database_{open,create}

ruby: Update Ruby bindings for new notmuch_database_{open, create} signatures

python: Update Python bindings for new notmuch_database_{open, create} signatures

go: Update Go bindings for new notmuch_database_{open, create} signatures

This requires changing the return types of NewDatabase and
OpenDatabase to follow the standard Go convention for returning
errors.

lib/cli: Make notmuch_database_create return a status code

This is the notmuch_database_create equivalent of the previous change.

In this case, there were places where errors were not being propagated
correctly in notmuch_database_create or in calls to it.  These have
been fixed, using the new status value.

lib/cli: Make notmuch_database_open return a status code

It has been a long-standing issue that notmuch_database_open doesn't
return any indication of why it failed.  This patch changes its
prototype to return a notmuch_status_t and set an out-argument to the
database itself, like other functions that return both a status and an
object.

In the interest of atomicity, this also updates every use in the CLI
so that notmuch still compiles.  Since this patch does not update the
bindings, the Python bindings test fails.

NEWS: Insert markdown formatting commands

To make updating the notmuchmail.org wiki 'news' section more
straightforward the content of the NEWS file has now been brought
to almost the same as the *.mdwn files in the wiki page.

The changes are basically insertion of mdwn formatting "commands".

More effort has been put into formatting the newer release entries
(0.12, 0.11 & 0.10) than older. Commit to format 0.13 entries will
be made available separately.

NEWS: spacing changes

With these whitespace changes the spacing looks generally
the same throughout the whole file.

NEWS: untabified and added file local variables block

Changed all tabs to 8 spaces (M-x untabify over region of the
whole file).

Now this looks uniformly on all viewers (using fixed-width font)
and the observed difference between this "source" file and markdown
generated html output on browser window is smaller. In markdown to
html conversions tab and 8 spaces indents differently.

Also the "Local variables:" block added to the end of this file
attempts to ensure tabs are always expanded; whether the used editor
is Emacs or Vi.

go: Update to the current notmuch_database_find_message API

The signature of notmuch_database_find_message was changed in 02a30767
to report errors and the Go bindings were never updated.  This brings
the Go bindings in sync with that change and at least makes them
compile with Go r60.3, the last release before Go 1.

python: remove a note stating wrong things about the memory management

Signed-off-by: Justus Winter <4winter@informatik.uni-hamburg.de>

python: document the Database.close function

Put a prominent warning into the docstring of Database.close, make the
function show up in the sphinx doc and refer to the warning in the
paragraph mentioning the context manager protocol.

Signed-off-by: Justus Winter <4winter@informatik.uni-hamburg.de>

python: deprecate code formatting messages as text and json

This code adds functionality at the python level that is unlikely to
be useful for anyone. Furthermore the python bindings strive to be a
thin wrapper around libnotmuch, so this code will be removed in
notmuch 0.14.

Signed-off-by: Justus Winter <4winter@informatik.uni-hamburg.de>

python: cleanup the __nonzero__ implementations

Cleanup the code, reword the docstring and use the same implementation
in the Threads, Tags and Messages classes.

__nonzero__ implements truth value testing. If __nonzero__ is not
implemented, the python runtime would fall back to `len(..) > 0` thus
exhausting the iterator.

Signed-off-by: Justus Winter <4winter@informatik.uni-hamburg.de>

python: fix NULL pointer tests

Fix the NULL pointer tests in the destructors of all classes and
Database.create.

Signed-off-by: Justus Winter <4winter@informatik.uni-hamburg.de>

python: update the docstrings of Filenames.{__len__,__unicode}

Formerly the documentation was overly verbose. Reword the comment and
use the same for both functions.

Signed-off-by: Justus Winter <4winter@informatik.uni-hamburg.de>

python: update the docstring of class Filenames

Signed-off-by: Justus Winter <4winter@informatik.uni-hamburg.de>

python: fix the documentation

Remove the reference to Filenames.as_generator in the sphinx
documentation.

Signed-off-by: Justus Winter <4winter@informatik.uni-hamburg.de>

python: fix Message.get_filenames

Do not to use the removed function Filenames.as_iterator.

Signed-off-by: Justus Winter <4winter@informatik.uni-hamburg.de>

python: remove the deprecated function Filenames.as_generator

Remove the function Filenames.as_generator that has been marked as
deprecated in 0.12.

The class Filenames implements the iterator protocol so you can
directly iterate over such objects instead.

Signed-off-by: Justus Winter <4winter@informatik.uni-hamburg.de>

emacs: eliminate search-tag-thread in favor of just search-tag

notmuch-search-tag-thread is now completely redundant with
notmuch-search-tag so we eliminate it to simplify the interface.

emacs: modify show tag functions to use new notmuch-tag interface

The main change here is to modify argument parsing so as to not force
tag-changes to be a list, and to let notmuch-tag handle prompting the
user when required.  doc strings are also updated and cleaned up.

emacs: modify search tag functions to use new notmuch-tag interface

The main change here is to modify argument parsing so as to not force
tag-changes to be a list, and to let notmuch-tag handle prompting the
user when required.  doc strings are also updated and cleaned up.

emacs: allow notmuch-tag to accept string inputs and prompt for tags

notmuch-tag is extended to accept various formats of the tag changes.
In particular, user prompting for tag changes is now incorporated
here, so it is common for modes.

The tag binary and the notmuch-{before,after}-tag-hooks are only
called if tag changes is non-nil.

In all cases tag-changes is returned as a list.

emacs: create notmuch-tag.el, and move appropriate functions from notmuch.el

Tagging functions are used in notmuch.el, notmuch-show.el, and
notmuch-message.el.  There are enough common functions for tagging
that it makes sense to put them all in their own library.

No code is modified, just moved around.

emacs: fix archive thread/message function documentation.

This removes an inaccuracy in the thread archiving function, and adds
a clarification to the message archiving function.

emacs: Don't move to the next thread unless the cursor is at the end of the buffer.

When using the spacebar to scroll through a thread, hitting 'space'
when the bottom of the last message is visible should take the cursor
to the end of the buffer rather than immediately archiving the thread
and moving to the next thread.

emacs-show: open excluded matches if no other matches

Currently emacs show does not open matching but excluded
messages. This is normally the desired behaviour but is probably not
ideal if only excluded messages match. This patch opens all the
matching (necessarily excluded) messages in this case and goes to the
first one.

NEWS: add news item for 'config list'

python: strip superfluous single quote from copyright notices

Signed-off-by: Justus Winter <4winter@informatik.uni-hamburg.de>

python: add copyright and licensing information to setup.py

Signed-off-by: Justus Winter <4winter@informatik.uni-hamburg.de>

python: stylistic and pep8 fixes in setup.py
Signed-off-by: Justus Winter <4winter@informatik.uni-hamburg.de>

python: update the long description in setup.py

Signed-off-by: Justus Winter <4winter@informatik.uni-hamburg.de>

python: fix the test asserting that reading the version succeeded

Signed-off-by: Justus Winter <4winter@informatik.uni-hamburg.de>

python: simplify a path expression in setup.py

Signed-off-by: Justus Winter <4winter@informatik.uni-hamburg.de>

python: Remove unused import from setup.py

Signed-off-by: Justus Winter <4winter@informatik.uni-hamburg.de>

emacs: do not modify subject in search or show

A previous patch [0] replaced blank subject lines with '[No Subject]'
in search and show mode.  Apparently this was needed to circumvent
some bug in the printing code, but there was no need for it search or
show, and it is definitely not desirable, so we undo it here (a revert
is no longer feasible).  We should not be modifying strings in the
original message without good reason, or without a clear indication
that we are doing so, neither of which apply in this case.  For
further discussion see [0].

[0] id:"1327918561-16245-3-git-send-email-dme@dme.org"

man: Document 'config list' command

Document the 'config list' command and its output.

config: Add 'config list' command

Add a command to list all configuration items with their associated
values.

One use is as follows: a MUA may prefer to store data in a central
notmuch configuration file so that the data is accessible across
different machines, e.g. an addressbook.  The list command helps
to implement features such as tab completion on the keys.

test: Add broken test for 'config list'

Proposed functionality.

test: Add tests for 'config' command

Start a new test script.

config: Check 'config get' arity exactly

Require that 'config get' is passed exactly one additional argument,
instead of silently ignoring extra arguments. As a side-effect, produce
more specific error messages for the 'config' command as a whole.

python: wrap and use notmuch_database_destroy as destructor

Adapt the python bindings to the notmuch_database_close split.

Signed-off-by: Justus Winter <4winter@informatik.uni-hamburg.de>

ruby: Use notmuch_database_destroy instead of notmuch_database_close

Adapt the ruby bindings to the notmuch_database_close split.

Signed-off-by: Justus Winter <4winter@informatik.uni-hamburg.de>

go: Use notmuch_database_destroy instead of notmuch_database_close

Adapt the go bindings to the notmuch_database_close split.

Signed-off-by: Justus Winter <4winter@informatik.uni-hamburg.de>

Use notmuch_database_destroy instead of notmuch_database_close

Adapt notmuch-deliver to the notmuch_database_close split.

Signed-off-by: Justus Winter <4winter@informatik.uni-hamburg.de>

Use notmuch_database_destroy instead of notmuch_database_close

Adapt the notmuch binaries source to the notmuch_database_close split.

Signed-off-by: Justus Winter <4winter@informatik.uni-hamburg.de>

NEWS: Document the notmuch_database_close split

Signed-off-by: Justus Winter <4winter@informatik.uni-hamburg.de>

Split notmuch_database_close into two functions

Formerly notmuch_database_close closed the xapian database and
destroyed the talloc structure associated with the notmuch database
object. Split notmuch_database_close into notmuch_database_close and
notmuch_database_destroy.

This makes it possible for long running programs to close the xapian
database and thus release the lock associated with it without
destroying the data structures obtained from it.

This also makes the api more consistent since every other data
structure has a destructor function.

The comments in notmuch.h are a courtesy of Austin Clements.

Signed-off-by: Justus Winter <4winter@informatik.uni-hamburg.de>

emacs: Put notmuch-hello-sections in custom group notmuch-hello

new: Fix missing end_atomic in remove_filename on error

Previously, if we failed to find the message by filename in
remove_filename, we would return immediately from the function without
ending its atomic block.  Now this code follows the usual goto DONE
idiom to perform cleanup.

new: Print final fatal error message to stderr

This was going to stdout.  I removed the newline at the beginning of
printing the fatal error message because it wouldn't make sense if you
were only looking at the stderr stream (e.g., you had redirected
stdout to /dev/null).

new: Handle fatal errors in remove_filename and _remove_directory

Previously such errors were simply ignored.  Now they cause an
immediate cleanup and abort.

new: Consistently treat fatal errors as fatal

Previously, fatal errors in add_files_recursive were not treated as
fatal by its callers (including itself!).  This makes
add_files_recursive errors consistently fatal and updates all callers
to treat them as fatal.

emacs: Put notmuch-print-mechanism in custom group notmuch-show

config: Fix free in 'config get' implementation.

The array returned by g_key_file_get_string_list() should be freed with
g_strfreev(), not free().

emacs: modify help message for notmuch-search-line-faces to reflect preferred "deleted" tag name.

No functional change here.  The help message previously referred to
the "delete" tag, but "deleted" is now preferred, so hopefully this
will reduce any potential confusion.

vim: simplify build

There should be no functional changes, except that you don't need to
make the directories before installing.

Signed-off-by: Felipe Contreras <felipe.contreras@gmail.com>

vim: fix regex after "notmuch show" output change

The new field "excluded" was added to the output and made this regex fail.

Signed-off-by: Felipe Contreras <felipe.contreras@gmail.com>

lib: work around talloc_steal usage from C++ code

Implicit typecast from 'void *' to 'T *' is okay in C, but not in
C++. In talloc_steal, an explicit cast is provided for type safety in
some GCC versions. Otherwise, a cast is required. Provide a template
function for this to maintain type safety, and redefine talloc_steal
to use it.

The template must be outside the extern "C" block (NOTMUCH_BEGIN_DECLS
and NOTMUCH_END_DECLS), but keep it within the GCC visibility #pragma.

No functional changes, apart from making the library build with
compilers other than recent GCC.

Signed-off-by: Jani Nikula <jani@nikula.org>

Record dependencies during build instead of before

Previously, the makefile created dependency files in a separate, first
pass.  In particular, include-ing the dependency files would cause
make to attempt to rebuild those files using the dependency-generation
rules in the makefile.  Unfortunately, this approach required obtuse
rules and silently delayed the start of the build process (by quite a
bit on a clean tree without any dependency files).  Worse, this
required the dependency files to themselves depend on all of the
headers the source file depended on, which meant that, if a header
file was removed, the depedency file could not be updated because of a
missing dependency (!), which would cause make to silently fail.

This patch eliminates the dependency generation rules and instead
generates dependency files as a side-effect of the regular build rule.
On the first build, we don't need to know the dependencies beforehand;
the object file doesn't exist, so it will be built anyway.  On
subsequent builds, if a header file is updated, the dependency rules
generated by the previous build will force a rebuild.  If a source
file is updated, the dependency rules may be stale, but it doesn't
matter because the updated source file will force a rebuild.

In the final case above, the stale dependency rules may refer to a
header file that no longer exists but is also no longer needed.  In
order to prevent this from breaking the build, we also pass gcc the
-MP option, which generates phony targets for every depended-on header
file, so make won't complain if it can't find them during a later
build.

show: Remove empty message_set_{start,sep,end} fields

Setting these to NULL is equivalent to the empty string now.

show: Support NULL values for message_set_{start, sep, end}

Many formats don't need these, so it's more convenient if they don't
have to set them at all.

show: Remove unused fields from notmuch_show_format

These fields were only used by old-style formatters.

Remove show-message.c

There are no more calls to show_message_body.

show: Remove support for old-style formatters in show_message

show_message used to have a compatibility path for old-style
formatters.  This removes that.

Sync schemata with current code structure

The schema itself hasn't changed, but many of the references to
functions in notmuch-show.c were out of date.

emacs: have tag-completion return all tags for nil input

Previously the function would fail if the initial input was nil.  Now
it will return a list of all tags, which obviously makes much more
sense.

News for raw format changes

debian: add gnupg-agent to notmuch recommends

gnupg-agent is required for message decryption, so this should help
stem some issues encountered by users trying to decrypt messages.

emacs: include tags from excluded messages in tag tab completion

The new message exclude functionality will hide tags that only exist
on excluded messages.  However, one might very well want to manually
modify excluded tags.  This makes sure tags from excluded messages are
always available in tab completion.

emacs: update call in tag-completion function

"search-tags" is deprecated, so use the more modern and supported
"search --output=tags".

emacs: get rid of trailing spaces in notmuch-hello view

This patch removes trailing spaces in notmuch-hello view.

A side effect of this change is that tag/query buttons no longer
include a space at the end.  This means that pressing RET when the
point is at the first character after the tag/query button no longer
works (note that this is the standard behavior for buttons).  We may
change this behavior in the future (without adding trailing spaces
back) if people would find this change inconvenient.

emacs: make show set --exclude=false

Show has to set --exclude=false to deal with cases where it is asked
to show a single excluded message. It uses JSON so it can easily pass
the exclude information to the user.

test: add some exclude tests

Systematically test the exclude options for search. Also move the
search existing exclude tests into the new test. There is some overlap
between the two sets of tests but many of the existing ones are there
because they triggered bugs in the past so I have kept them to ensure
coverage.

cli: move show to the new --exclude= option naming scheme.

This moves notmuch show to the --exclude=(true|false) naming
scheme. When exclude=false show returns all threads that match
including those that only match in an excluded message. The excluded
messages are flagged.

When exclude=true the behaviour depends on whether --entire-thread is
set. If it is not set then show only returns the messages which match
and are not excluded. If it is set then show returns all messages in
the threads that match in a non-excluded message, flagging the excluded
messages in these threads. The rationale is that it is awkward to use
a thread with some missing messages.

cli: move search to the new --exclude= naming scheme.

This commit replaces the --no-exclude option with a
--exclude=(true|false|flag) option. The default is to omit the
excluded messages.

The flag option only makes sense if output=summary (as otherwise there
is nowhere to print the flag). In summary output exclude=false and
exclude=flag give almost identical output:
they differ in that with the exclude=flag option the match count
(i.e., the x in [x/n] in the output) is the number of matching
non-excluded messages rather than the number of matching messages.

Note this changes the default for output=summary when no --exclude=
option is given: it used to default to flag and now defaults to true
(i.e. omit excluded messages). This is neccesary to keep the cli
output uncluttered and for speed reasons.

cli: move count to the new --exclude=(true|false|flag) naming scheme.

Move the option --no-exclude to the --exclude= scheme. Since there is
no way to flag messages only true and false are implemented. Note
that, for consistency with other commands, this is implemented as a
keyword option rather than a boolean option.

lib: change default for notmuch_query_set_omit_excluded

emacs: do not modify the alist passed to notmuch-sort-saved-searches

Sort modifies its input as a side effect. Pass it a copy in
notmuch-sort-saved-searches to not modify the notmuch-saved-searches
alist.

configure: change gmime version in help message to 2.6

Since GMime 2.6 is now the stable version upstream, and probably the
most tested by notmuch developers, it makes sense to suggest that to
users to install.

configure: print info about required gmime 2.4 or 2.6 versions

In case required gmime (2.4 or 2.6) version if not found print information
about both alternatives (and currently minimal 2.6 version that is needed).

configure: add empty line after each missing component message

Currently whenever message about missing GMime, Glib or talloc is
printed the message is 2 lines, component info and its http location
in next line. In the future the amount of lines will vary. To ease
reading in these cases newline is added after each message.

emacs: fix off-by-one error in notmuch-hello column alignment

Expected results for few tests are fixed, the relevant test is
unmarked broken.