Merge calibcant/calibrate.py (for utility functions).

Since calibcant was one of my earliest packages in the area to achieve
some semblance of organization, it tended to accumulate other cruft.
I'm bringing in calibcant/calibrate.py so I can pull out the nuggets
that really belong in pyafm.

Don't initialize devices explicitly in doctests.

Rely on the internal `.load_from_config()` methods to do that for us.
This reduces duplication (e.g. device filename only set in config
defaults, not in doctests too).  It also makes it posible to use
several devices to build your AFM interface, where the old doctests
would only work with all the communication going through a single
card.

Add `default-temperature` option to AFMConfig.

Add pyafm.storage module with save_afm and load_afm.

Also remove some underscore prefixes from the AFM doctests.  I'm too
used to trying to keep the modules themselves clean, but that's no
reason to go confusing newbies ;).

Add DigitalPort, Stepper, and Temperature classes.

Also flesh out the config classes and handling.  This brings pyafm up
to speed with the new pypiezo, with respect to config- or
instance-lead initialization.

Merge TemperatureConfig and related constants from calibcant/config.py.

That's all we needed from calibcant/config.py, so remove it now.

Merge calibcant/config.py (for temperature config options).

Merge temperature.py from my unfold_protein repository.

Add `steps` and `sleep` options to `move_just_onto_surface()`.

This takes advantage of yesterday's pypiezo commit:

  commit b66d6dbcb8cd381cf7515a42ab0aee4a4841beb3
  Author: W. Trevor King <wking@drexel.edu>
  Date:   Wed Mar 14 16:18:23 2012 -0400

    Add `steps` and `sleep` options for gentler `jump()`s.

and I've bumped the minimum pypiezo version accordingly.

When I was running some calibrations yesterday, I could hear the piezo
clicking, and after the calibration the deflection was shifted half a
volt or so from the initial deflection.  I attribute this to the
violent piezo jumps shaking the cantilever chip from its original
position.  The wimpy spring-loaded wire clips used in the MultiMode
fluid cells probably aren't helping any either ;).

Use stepper.single_step instead of stepper.step_relative in AFM methods.

This avoids problems with steppers in full-step mode always rounding
the asked-for half step back to the current position.  The drawback to
the new approach is that we loose backlash protection when moving away
from the surface, but the surface fitting condition ...?

Fix deflection channel config extraction in AFM.move_just_onto_surface().

Fix tremily -> blog.tremily in homepage URL in setup.py.

Update URLs from einstein to tremily.

Also move link targets to the end of the README.

Run update-copyright.py.

Run update-copyright.py.

Complete setpoint removal started with 1139d17967014ca0fe79773796dda182b3441f9f.

Don't force integer formatting in AFM._check_target_deflection messages.

We're about to raise an exception anyway, so there's no need to be
overly picky here.

AFM._check_target_deflection doesn't have access to `setpoint` in volts.

Finish target_deflection -> deflection conversion started a few commits ago.

Original commit was e5d2a98f662eafacbb26598884f44ba4d3dc341f

Oops, ._deflection_channel is an AFMPiezo method.

Change AFM._check_target_deflection argument name to `deflection`.

Also check for negative deflections.  It can't hurt ;).

Oops, remove trailing colon from `max_def = defc.get_maxdata():`.

Sloppy copy/paste.

Oops, `def` is a reserved word in Python.  Use `defc` instead.

Add AFM._check_target_deflection to avoid approaching forever.

Also use the deflection channel config to convert `setpoint` to bits,
instead of the output z channel config.

Oops, fix min_slope_position/min_slope_postion -> min_slope_ratio typo.

I need to get more sleep ;).

Add min_slope_ratio argument to AFM.move_just_onto_surface.

To match the following calibcant commit:

  commit 7c934e1f5f0838a42a7a0b1d5a392e3f0686e1c4
  Author: W. Trevor King <wking@drexel.edu>
  Date:   Mon Jan 23 14:41:10 2012 -0500

    Add min-slope-ratio option to BumpConfig.

Add min-slope-ratio option to BumpConfig.

I was running into trouble moving to the surface with extremely long
cantilevers, as the difference between the contact slope and
non-contact drift was smaller than my hardcoded cutoff.  Now the
cutoff is configurable.

Remove buggy self argument from Temperature self() call.

Merge irrelevant "Update to data_logger v0.4." by dropping the changes.

The new h5config framework no longer uses data_logger to locate or
save data.

Update to use new h5config, pycomedi, etc.

Break AFM.stepper_approach out of ._stepper_approach_again.

Fix get -> get_temperature typo in AFM.get_temperature.

Fix problems with the transition to the new nested-Config h5config package.

Also restore BumpConfig's `initial-position` setting, since it's
critical to running a bump.  I removed it when I mistakenly thought it
was storeing the output voltage used as the initial position
(something that you'd measure during a bump).  I guess I should have
read the help string before I deleted it ;).

There are also a number of numpy array -> float conversions when
loading HDF5.  This avoids excessive numpy-fication with h5py v2.0.

Fix problems with the transition to the new nested-Config h5config package.

Also restore BumpConfig's `initial-position` setting, since it's
critical to running a bump.  I removed it when I mistakenly thought it
was storeing the output voltage used as the initial position
(something that you'd measure during a bump).  I guess I should have
read the help string before I deleted it ;).

There are also a number of numpy array -> float conversions when
loading HDF5.  This avoids excessive numpy-fication with h5py v2.0.

Import missing SurfaceError from pypiezo.surface.

Import missing FlatFit from pypiezo.surface.

Update config arguments to bit/volt/meter conversion functions.

Add bit/volt/meter converter imports to pyafm.afm.

Remove unneccessary inputs from pyafm.afm.

Update setup.py to reflect the fact that we're no longer a single module.

Restructure and convert to new, nestable h5config.

Convert calibcant to the new, nestable h5config.

Convert calibcant to the new, nestable h5config.

convert to H5config and bump to v0.7.

convert to H5config and bump to v0.7.

Correct vibrationss -> vibrations typo in calib_save() call.

vibs -> vibrations in calib_save() keyword call from calibrate.calib().

Ts -> temperatures in calib_save() keyword call from calibrate.calib().

Massive rewrite (v 0.6) to base everything on Cython and revamped pypiezo.

Massive rewrite (v 0.6) to base everything on Cython and revamped pypiezo.

Clarify stepper motion during additional surface location attempts.

Don't set handler log level; just use the logger log level.

Fix typo target_def -> target_deflection.

Catch FlatFit errors from all .get_surface_position calls.

Add optional temperature controller attribute.

Fix typos pyiezo -> piezo.

Add self to _stepper_approach_again arguments :p.

Add /posts/ to homepage URL in setup.py.

Minor rewrite of README intro section.

Minor rewrite of README intro section.

Correct setpoint -> target_deflection typo.

Correct axis.channel_config -> axis.axis_channel_config typo.

Set `axis = ...` earlier in AFM.move_just_onto_surface().

Fix LOG formatting error.

Fix pymodules typo in setup.py.

Begin versioning.

Cleaned up README and package with pure distutils (vs. setuputils).

Also:
* Don't make calibcant modules executible.  Scripts should be handled
  explicitly through distutils.
* Ran ./update_copyright.py

Cleaned up README and package with pure distutils (vs. setuputils).

Also:
* Don't make calibcant modules executible.  Scripts should be handled
  explicitly through distutils.
* Ran ./update_copyright.py

Update to piezo v0.3 (based on data_logger 0.4) and bump to v0.5.

Fix relative import syntax.

Fixes broken implementation from
  81f9df69442d686bed368ac6db2180cd482f1acb

Ran update_copyright.py

Ran update_copyright.py

Use relative imports (PEP 328) for calibcant sibling imports.

Use relative imports (PEP 328) for calibcant sibling imports.

Bumped to version 0.4.

Updated to depend on newly packaged piezo package.

Bumped to version 0.4.

Updated to depend on newly packaged piezo package.

Began versioning.

Reposition cantilever between each bump to adjust for piezo creep.

Updated documentation for calibcant.calibrate.calib_aquire.

Removed old references to freq in calibrate.py after freq->push_speed change.

Also turned plotting back on by default (the change doesn't affect
command line usage).

Removed old references to freq in calibrate.py after freq->push_speed change.

Also turned plotting back on by default (the change doesn't affect
command line usage).

Start bumps with the cantilever _off_ the surface.

Photodiode sensitivity (and thus, bump slope) decreases as the
zero-deflection photodiode input moves away from zero Volts.  In order
to mitigate the effect of this on our calibration, we need to keep
track of the zero-deflection signal.  By starting our bump off the
surface, our bumps should always start and end in the zero-deflection
regime.

This will make analysis a bit more complicated though.  I'll get to
that next.

Control bump_speed instead of bump sample frequency.

More physically useful number.  The old default speed was huge.

Various adjustments.  I should commit more often ;).

Added # comments to tweakfile syntax.

Played around with adding a white-noise floor in the vibration fitting,
but the fits didn't look all that convincing.  Some of the white-noise
code is still in place, but I think it's currently disabled ;).

Fixed some typos in TEXT_VERBOSE output in vib_analyze.py

Prepared for distribution.

Fixed lines in the Makefile that I hadn't changed when I copied it into
this project in the beginning.  Also added GPL blurbs to two py files.

Prepared for distribution.

Fixed lines in the Makefile that I hadn't changed when I copied it into
this project in the beginning.  Also added GPL blurbs to two py files.

New Marisa/me calibration difference bug 327f4db8-3119-4ec1-a762-a3115254608a

Updated to new data_logger log_dir $DEFAULT$ syntax for easier log_dir defs.

Apply some fixes to get calibrations working and bump version.

Mostly namespace problems due to `from numpy import *` and the
like.  Things seem to work now.  I think we're ready for prime-time.

calibrate.py should now work.

A bunch of changes in one commit, sorry.

Moved to fledgling splittable_kwargs system to make default argument
maintenance easier.  I expect the splittable_kwargs system still has
some growing to do, but it's already better than the old system.

Merged BE database from the calibcant subdir into the main BE database.
It was a mistake to create the database there in the first place.

calibrate.py should now work.

A bunch of changes in one commit, sorry.

Moved to fledgling splittable_kwargs system to make default argument
maintenance easier.  I expect the splittable_kwargs system still has
some growing to do, but it's already better than the old system.

Merged BE database from the calibcant subdir into the main BE database.
It was a mistake to create the database there in the first place.

Fixed non-interactive pylab plotting setup in common.py

Also fixed spacing in analyze.py from last change and removed some
.pyc files from versioning.

Began versioning.

Began versioning.