virtual/unfolding-disasters: Require app-text/itex2mml and perl-gcpan/MathML-Entities

We need these for compiling *.mdwn_itex pages.

dev-python/pymodbus: Update dependency from 'twisted' to 'twisted-core'

The ebuild was renamed in the Portage tree on 09 Aug 2013:

  $ cat /usr/portage/dev-python/twisted-core/ChangeLog
  ...
  *twisted-core-13.0.0-r1 (09 Aug 2013)

    09 Aug 2013; Michał Górny <mgorny@gentoo.org> +twisted-core-13.0.0-r1.ebuild:
    Migrate to twisted-r1.

    06 Aug 2013; Michał Górny <mgorny@gentoo.org> twisted-core-12.2.0.ebuild,
    twisted-core-12.3.0.ebuild, twisted-core-13.0.0.ebuild:
    Fix patch paths. Bug #479942.

  *twisted-13.0.0 (08 Apr 2013)
  ...

dev-python/pymodbus: Pymodbus is now (v1.2.0) versioned in Git on GitHub

Also bump to EAPI 5 and distutils-r1.

media-libs/aubio: Update to the current waf build system

I've patched up wscript a bit to work cleanly with the ebuild.  I
pushed the generic patches upstream [1]; if they are picked up there,
we'll obviously want to drop them here.

[1]: https://lists.aubio.org/pipermail/aubio-user/2013-April/000119.html

media-libs/aubio: Update license from GPL-2 to GPL-3

This should have been done a while ago.  The aubio commit is:

  commit 0b48dcbb71138c1e40d76c47fcc7b32157df1dd0
  Author: Paul Brossier <piem@piem.org>
  Date:   Mon Oct 26 03:31:36 2009 +0100

    COPYING: update from GPLv2 to GPLv3

net-irc/qwebirc: Update for EAPI-5

I also tried to convert shell commands to their builtin EAPI
equivalents.

net-irc/qwebirc: Add package as found online

http://opensource.sf-tec.de/repos/dakon-overlay/net-irc/qwebirc/

I couldn't find version history, but the website claims:

  dakon-overlay - Revision 64: /net-irc/qwebirc

dev-python/ipython-irc: Add my iframe IRC client

dev-python/ipythonblocks: Matt Davis' Python-teaching package

dev-python/wheel: Remove variables from HOMEPAGE

To comply with the devmanual [1].  Thanks to Jeroen Roovers for
pointing this out [2].

[1]: http://devmanual.gentoo.org/ebuild-writing/variables/index.html
[2]: https://bugs.gentoo.org/show_bug.cgi?id=459804#c1

dev-python/wheel: Add a live ebuild for Python's wheel installer

metadata/layout.conf: Configure the overlay

See portage(5) for details.

mail-client/mutt-ldap: Add dev-python/pyxdg as a runtime dependency

mail-client/mutt-ldap: Add my package (now that it's on PyPI)

app-crypt/mit-krb5: Remove now that my changes are upstream

Final patch was:

  commit 372b3e2a4f3bd9d1b2e05abec4c04b99962e582f
  Author:     W. Trevor King <wking@tremily.us>
  AuthorDate: Thu May 17 21:26:36 2012 -0400
  Commit:     Tom Yu <tlyu@mit.edu>
  CommitDate: Wed May 23 15:56:21 2012 -0400

    Convert DEBUG_REFERRALS to TRACE_* framework

which was released in 1.11.

dev-python/python-kmod: Change Git URLs from wking to agrover

Andy merged my Cython pull request back in October.

Also bump copyright years and fix copy/paste pycomedi typo in the
ChangeLog.

profiles/categories: Add list of categories

This should fix:

  # emerge -av perl-gcpan/MathML-Entities
  !!! 'perl-gcpan/MathML-Entities' has a category that is not listed in /etc/portage/categories

virtual/unfolding-disasters: Add media-fonts/freefonts dependency

gocmseq_.pfb is used by the blog for the Blinkenlights post.

virtual/unfolding-disasters: Add exif dependency for name-by-date.sh

dev-python/geopy: Update to follow migration to GitHub.

geopy has moved to Git and added support for Python 3 :).

Also remove the unnecessary src_unpack().

virtual/unfolding-disasters: Add geopy and pyproj for maplabel.py

maproute.py also uses pyproj.

virtual/unfolding-disasters: add conky[X,mpd] for my .conkyrc dotfile

From my dotfiles-public repository.

virtual/unfolding-disasters: Add timidity, abcmidi, and Lilypond for abcplay.py

virtual/unfolding-disasters: Add fontforge for font-reduce.py

virtual/unfolding-disasters: Add pdftk and Ghostscript for pdf-merge.py

virtual/unfolding-disasters: Add video utilities for gallery.py

virtual/unfolding-disasters: Add sound utilities for mkogg.py.

dev-python/FFT-tools: -Python2.6, +Python3.2 for FFT-tools 0.5

licenses/netCDF: remove license

This should have happed in

  commit 5199af4f19886b8df37ebdfc3db1459545b49a55
  Author: W. Trevor King <wking@tremily.us>
  Date:   Thu Jun 21 23:02:36 2012 -0400

    Remove dev-java

when dev-java/netcdf (the only package using the license) was removed.

net-mail/rss2email: update homepage and repository to GitHub

dev-util/be: fix the Manifest digests for the ebuild and ChangeLog

This should have been done during:

  commit 718a455de30983037c81ea0cfa03da11ff1b4b1c
  Author: W. Trevor King <wking@tremily.us>
  Date:   Sat Oct 27 14:10:36 2012 -0400

    dev-util/be: add ~amd64-linux and ~x86-linux keywords

dev-util/be: add ~amd64-linux and ~x86-linux keywords

Tested on newton and the xphys.

dev-util/be: remove description from metadata.xml

It's redunant with DESCRIPTION in the ebuild, and I'm pretty sure the
<description> tag for the package is not supposed to be a subfield of
<maintainer>.

dev-util/be: update bash-competion support and add zsh-competion to IUSE

Add zsh-completion option and {bash,zsh}-completion dependencies.
Use newbashcomp from bash-completion-r1 to install the Bash
completion script in a standard location.

dev-util/be: add ${EROOT} to rst2man.py path to support prefixed installations

dev-util/update-copyright: update to python3 branch.

sci-libs/pycomedi: add optional python-kmod dependency (with USE kmod).

sci-libs/pycomedi: allow Python >= 3.2.

dev-python/python-kmod: add Python wrappers around libkmod.

net-mail/rss2email: add live ebuild with my ConfigParser updates.

dev-python/pypid: bump aubio dependency to stay ahead of Gentoo's Portage tree.

media-libs/aubio: bump to build with upstream develop branch.

This builds against:

  Author:     Paul Brossier <piem@piem.org>
  AuthorDate: Wed Oct 3 14:31:34 2012 -0600
  Commit:     Paul Brossier <piem@piem.org>
  CommitDate: Wed Oct 3 14:31:34 2012 -0600

    interfaces/python/demo_sink.py: fix number of arguments

but I had to cleanup the autotools build framework to get things to
compile.

sci-libs/comedilib: update demo/Makefile patch and allow Python 3 bindings.

dev-python/curses-check-for-keypress: change URL underscores to hyphens.

dev-python/pgp-mime: bump to Python 3.3 to keep up with pyassuan.

dev-python/pyassuan: require Python 3.3 for socket.sendmsg() and .recvmsg().

virtual/unfolding-disasters: add dev-python/suds dependency (for entrez.py).

virtual/unfolding-disasters: require 'extras' for ikiwiki.

The rst plugin (and any other plugins) depend on dev-perl/RPC-XML.

virtual/unfolding-disasters: add www-apps/scgi dependency for gallery.py.

virtual/unfolding-disasters: add www-apps/ikiwiki dependency.

virtual/unfolding-disasters: add blog dependencies package.

virtual/thesis-tools: add dev-tex/problempack dependency.

dev-python/pgp-mime: add missing pyassuan dependency.

dev-python/pygrader: remove dev-python/lxml runtime dependency.

sci-physics/hooke: oops, update Manifest after update to igor.

This should have happened in:

  commit 3311268ccd7b6c581f357e4cf431fb7d13b51700
  Author: W. Trevor King <wking@tremily.us>
  Date:   Mon Aug 20 14:17:55 2012 -0400

    Update Hooke to use external igor package (vs. internal igorbinarywave).

dev-python/pygrader: add dev-python/jinja and /numpy runtime dependencies.

Both needed since pygrader commit:

  commit f958409d33f2f3b5a79a7f47247aa8a9073a477a
  Author: W. Trevor King <wking@drexel.edu>
  Date:   Fri Mar 23 15:18:48 2012 -0400

    Begin versioning!  (better late than never)

dev-python/pygrader: add dev-python/lxml runtime dependency.

Update Hooke to use external igor package (vs. internal igorbinarywave).

Add wxpython-2.9.4.1-r1, fixing pubsub.Publisher references.

Cleanup sci-misc/igor package.

Set simulavr docdir to .../usr/share/doc/$PF not .../usr/share/$P.

Build and install documentation when USE includes doc in simulavr.

Fix myconf -> my_conf typos in simulavr ebuild.

Set RUNPATH for simulavr binary (so it can find libbfd).

With --enable-new-dtags, ld sets both RUNPATH and RPATH instead of
just RPATH.  On Gentoo, this has been the default since 2005 [1], but
explicit is better than implicit [2].

  $ readelf -d .../usr/bin/simulavr | grep PATH
   0x000000000000000f (RPATH)    Library rpath: [/usr/lib/binutils/avr/git]
   0x000000000000001d (RUNPATH)  Library runpath: [/usr/lib/binutils/avr/git]

From ld(1):

  The "DT_RPATH" entries are ignored if "DT_RUNPATH" entries exist.

So the fact that there is a RPATH entry doesn't matter.

[1]: http://comments.gmane.org/gmane.comp.gnu.binutils/57379
[2]: http://www.python.org/dev/peps/pep-0020/

Adjust simulavr docdir so docs get installed in ".../share/doc/${P}".

Patch simulavr to work around bug 35737 (poisoned interrupts).

Add dev-embedded/simulavr.

Add EGIT_PROJECT to obexpushd ebuild (store repo as obexpushd.git).

With the old ebuild, the repository was stored as mainline.git.

Add dev-embedded/teensy-hid-listen (PJRC's HID listener).

Change email to tremily.  I'll update metadata.xml on future rev-bumps.

Add dev-embedded/teensy-loader-cli (PJRC's microcontroller programmer).

The igor package works with Python 2.7.

Add matplotlib to igor's runtime dependencies.

Add numpy to igor's runtime dependencies.

Add sci-misc/igor package.

Fix pymodbus HOMEPAGE link.

Add http://http-git.tremily.us URL for sawsim.

Remove dev-java

The hdfview changes were accepted upstream in the science overlay:

  commit 709daeff6aa4a3691d83f26a2fb837748cb21478
  Author: Sébastien Fabbro <sebfabbro@gmail.com>
  Date:   Mon May 14 23:26:29 2012 +0100

    dev-java/hdf-java: Version bump. Added use flag hdfview. Adapted from the wtk overlay

    (Portage version: 2.1.10.56/git/Linux x86_64, unsigned Manifest commit)

At the same time Sébastien pulled in the other dependencies.  I hope I
never have to package any Java for Gentoo again ;).

Add live app-crypt/mit-krb5 ebuild.

Add live ebuild for dev-python/python-ldap.

Add http-git.tremily.us URL for monkeysphere.

Add http://http-git.tremily.us URL for msva-perl.

Add dev-tex/problempack package.

Add dev-python/chemdb package.

Remove Python 3 restriction from h5config (upstream improvements).

Add dev-python/pyassuan package.

Add dev-python/pygrader package.

Add dev-python/pgp-mime package.

Add `doc` USE flag to pycomedi.

Update pyafm dependencies.

Add assorted aubio patches to get the current Git trunk working.

Also:
* Update to EAPI 4
* Update to `git-2` eclass
* Remove the `alsa` USE flag, since ASLA support was removed from
  aubio with:
    commit 705aec8b92b6bbe0394c6fe809706ad49828834e
    Author: Paul Brossier <piem@piem.org>
    Date:   Fri Sep 25 22:12:56 2009 +0200
      ext/midi: remove all midi stuff borrowed from fluidsynth, now unused
* Create an `m4` directory by hand to avoid:
    aclocal-1.11: couldn't open directory `m4': No such file or directory
* Break `econf` out into `src_configure` for EAPI >= 2.
* Don't try and install documentation that no longer exists.
* Other changes to catch up with the trunk's aubio-0.3.2-r2.ebuild.

Update comedilib ebuild to fix doc installation.

Oops, tremily.us -> blog.tremily.us in pypid HOMEPAGE.

Update URLs from einstein to tremily.

Fix unpacking for joda-convert-1.1 ebuild.

The problem was pointed out by Darek as a side comment in bug #405923,
but my fix is slightly different than his proposed:

  unpack "${A}"
  mkdir joda-convert-1.1
  mv JodaOrg*/* joda-convert-1.1/
  S=$(pwd)/joda-convert-1.1

Update netcdf-9999 build-xml.patch and remove netcdf-4.3 ebuild.

There's no way to get a stable bundle of the "4.3" source, so I
removed that ebuild.  I also updated my build-xml patch so it applys
cleanly to the current Git source, which should fix 405923.

Adjust SRC_URI in dev-util/be for non-live builds.

Add dev-python/cherrypy dependency to dev-util/be.

Add drexel-thesis dependency to thesis-tools and convert URLs to tremily.

Add ~amd64 keyword to drexel-thesis and update to EAPI 4.

Also update URLs from einstein to tremily.