Bring hooke.plugin.tutorial up to date with Plugin/Command architecture.

Fix NoteIndexList.index implementation and add NoteIndexList.items

Add NoteIndexList.index() so other classes can avoid ._index

Fix PointRequest and improve command line handling of selection and point requests.

Fix run cleanup if the UI ends without clearing non-Hooke msgs from the Queue.

If the UI closes before the last command finishes (e.g. if bin/hooke
is run in a pipe), there may be cruft (e.g. CommandExit instances)
left in the engine-to-UI queue before the Hooke instance that the
CommandEngine appends on closing.  The new implementation keeps
digging through the queue until it finds a Hooke instance, where the
old implementation only looked at the first message that came off the
queue.

Also added some useful debugging logs for UI<->Engine communication.

Oops.  Fix "'." -> ".'" in dependency warning message.

Add dependency checking to hooke.plugin.load_graph

Add multi-y TODO comment to gui.panel.plot

Updated README tutorial reference and troubleshooting steps.

Removed hooke/ui/gui/playlist.py, the last outdated .py file in .../gui/

The remaining gui.* submods aren't all updated to the current
architecture, but there shouldn't be any more file removals necessary.

Consolidated point-handling modules in hooke.ui.gui into gui.dialog.points

Remove outdated TODO: comments from hooke.ui.gui

Flesh out HookeFrame._on_set_selected_playlist with 'jump to playlist' call

Don't save non-string portions of *.info in playlist xml files

Ran update_copyright.py

Grr. Uncomment authors & file lines un update_copyright.py again.

Also escape quotes (") in minidom's _write_data.

Adjust hooke.playlist to allow spaces in .info keys.

Add hooke.compat.minidom to fix Python's XML generation issue5752.

xml.dom.minidom.Element.writexml doesn't escape some special
characters (e.g. '\n').  See
  http://bugs.python.org/issue5752

importing hooke.compat.minidom fixes this bug dynamically.

Updated gui.panel.note and simplified hooke.plugin.note.

Previous hooke.plugin.note had assumed curve.info['note'] was a list
of strings.  The current implementation is simpler (and class
agnostic) with get/set commands.

NotePanel now works as a UI to the current curve's .info['note'], but
it has exposed some issues with .info in Playlist.flatten().

Also removed some outdated binding cruft from gui/__init__.py (now
handled by the panels themselves) and an outdated _callback setting
from panel.commands (it's set in the base Panel.__init__()).

Update the curve in ui.gui after a vclamp plugin command.

Don't plot data blocks that are missing a selected x/y column

Remove debugging printout from gui.panel.commands

Rename _on_mouse_over -> _on_motion in panel.propertyeditor

Add help tooltips to commands in gui.panel.commands

Added axes-selection choice widgets to gui.panel.plot's navbar.

Remove LocalWords (accidental Emacs spellcheck) from hooke.driver.jpk

Make gui.panel.plot's toolbar optional & start generalizing axes selection

genrst calls xsltproc to generate gui_flow.svg.

Unfortunately, Sphinx doesn't seem to recognize that gui_flow.xml will
turn into gui_flow.svg after graph.xsl's transformation (but perhaps
I'm just doing something wrong?).  We work around that by running the
transformation and linking hacking.txt to the generated svg file
instead of the source xml.  Of course, this adds an additional build
dependency (xsltproc), but xslt processors should be common enough
that that's not a big deal.

The change was made in the scons cache file doc/.sconsrc-sphinx.
I also added the generated file (doc/img/gui_flow/gui_flow.svg) to
.hgignore.

Added note about GUI architecture to doc/hacking.txt + doc/img/gui_flow/.

doc/img/gui_flow/
|-- gui_flow.xml              XML definition of the information-flow graph.
|-- graph.xsl                 XSLT translating gui_flow.xml -> gui_flow.svg
`-- math.sqrt.template.xsl    Template for calculating sqrt(x) in XSLT.

Periodically I get the hare-brained idea that I want to do something
with XSLT.  I'm not sure what I was thinking ;).  It's done now though,
and it seems a shame to waste it.

Use 'hooke' log vs. print to output debugging messages in hooke.ui.gui

Also remove crufty old gui.plugin.plot

Removed some old cruft from hooke/ui/gui/

Moved MemoDialog from hookepropertyeditor -> dialog.text.

Moved HookeScalarFormatter from formatter -> panel.plot.

Make hooke.config.HookeConfigParser's options case sensitive (vs. all lowercase)

prettyformat -> hooke.util.si, and 'plot SI format' option to GUI

Several changes while getting 'plot' panel working

Use RawConfigParser instead of SafeConfigParser as base class in hooke.config.

This allows us to use things like the upcomming
  plot x format = %.3g

Fixed curve/playlist choice argument handling in panel.propertyeditor2

Fix postprocess_get_curve in the case that nothing in the playlist panel is selected

Don't expand plugins in CommandsPanel by deefault (too much space)

Rework update_copyright and short_license to allow unwrapped paragraphs.

The GUI's about popup does it's own wrapping, so the text we send in
should be unwrapped.

Added 'get playlist' and hooke.plugin.playlists

Added hooke.plugin.license and removed get-warrenty info from short_license.

Also uncommented update_authors() and update_files() in
update_copyright, since I'm no longer testing the pyfile code ;).

Add hooke/license.py to .hgignore

Added pyfile output to update_copyright.py.

This creates hooke/license.py with licensing strings and functions.
I've updated the copyright blurbs in the command line startup message
and the GUI about message, but haven't actually added the advertised
'warrenty' and 'license' details yet.

Fix Command._run signatures in hooke.command and hooke.ui.commandline.

The commandline bits revert some changes from 6e29dc38540b where I'd
confused
  UserInterface.run(self, commands, ui_to_command_queue, command_to_ui_queue)
with
  Command._run(self, hooke, inqueue, outqueue, params)

Add ability to bypass troublesome imports to hooke.util.pluggable.submods.

This allows you to, for example, run the command line UI without
having the GUI's required wxwindows installed.

get prev/next playlist buttons working in the navbar

Cleaned up playlist panel's curve selection

Filled in the playlist panel's _on_delete handling

Restored the playlist panel + cleanups now that I can load stuff into it ;).

Docstring cleanups in gui.panel.commands

Can successfully run 'load playlist' from CommandsPanel

Fill out prop_from_arguments so PropertyPanel displays command args.

Added simple PathProperty (same as StringProperty).

Outstanding types:
      3 object
      3 dict
      1 function

hooke.plugin.playlist.AddGlobCommand's 'input' argument type 'glob' -> 'string'

Added FloatProperty and ChoiceProperty.

ChoiceProperty will be used for 'curve', 'playlist', and possibly 'driver'.

We'll group the outstanding types following:
  PathProperty():
      5 file
      2 path
  To be renamed:
      1 glob   -->   string
  To be determined:
      3 object
      3 dict
      1 function
  Handled by callbacks, to allow clicking on plots:
      1 point

Added BoolProperty and StringProperty

A grep through hooke/plugins/ shows what we need to implement.
I've checked the completed properties with '+'.

  $ grep 'type=' hooke/plugin/*.py | sed -n "s/.* type='\([^']*\)'.*/\1/p" | sort | uniq -c
 +    8 bool
      2 curve
      3 dict
      1 driver
      5 file
      7 float
      1 function
      1 glob
 +   22 int
      3 object
      2 path
      1 playlist
      1 point
 +    6 string

Added gui.panel.propertyeditor2 to work around *nix+wxPropertyGrid issues.

The basic framework works, but only IntProperty is currently implemented.

Argument-less command execution in GUI working!

Added gui.panel.output for displaying text output

Added gui.panel.output for displaying text output

Oops.  Remove PerspectiveHooks relic of aborted MixIn refactoring

Reordered gui.HookeFrame methods to group by category

Got 'Perspectives' menu working

Break out hooke.util.pluggable.submods.

ViewMenu now works with new gui layout

Oops, meant to include hooke.ui.gui.panel.selection in last commit.

hooke.ui.gui was getting complicated, so I stripped it down for a moment.

I want HookeFrame to be a callback clearinghouse.  Flow will look like

     panels/menus/navbars
        |       ^
  callbacks   methods
        v       |v--(response processors)-,
       Hooke Frame                       engine
                `---(execute_command)----^

With the following naming scheme in HookeFrame:
  callbacks:           _on_*
  response processors: _postprocess_*

Also:
* more use of hooke.util.pluggable for handling extendible submods.

Broke menu, navbar, statusbar, panel.notebook, and panel.welcome out of gui

Rearranged gui.panel.commands

Major rework of gui.panel.playlist.

I'm trying to get as much of the Playlist handling out into this
submod as possible, which should make for a cleaner gui/__init__.py.
Still, some ways to go, and the current situation is untested.

Added in_callback() to hooke.util.callback and pulled out is_iterable().

Also added hooke.util.caller with caller_name() which is useful for
in_callback().

Added hooke.util.callback defining the @callback decorator.

Bound events down through folders.  To go: commands, propgrid, results

Cleaning up hooke.ui.gui.  Can initialize, but without most bindings.

Following the wxPython style guide:
  http://wiki.wxpython.org/wxPython%20Style%20Guide
Most of removing IDs and breaking out GUI elements into their own classes.

Fix hooke -> commands typos in ui and ui.commandline.

Restore hooke.jpg which was damaged by an old update_copyright.py run

Rework gui/__init__.py imports

Hack merge illysam's hooke.py into hooke/ui/gui/__init__.py

Restore illysam's hooke.py with GUI initialization code

Started converting GUI to new UserInterface architecture

Run reload_config when initializing UIs

Markup corrections in doc/gui.txt

Finished remarking doc/gui.txt in Sphinx's reStructuredText.

Also moved hooke.plugin.plot to hooke.ui.gui.plugin.plot, since it was
breaking Sphinx compilation.

Merged Rolf Schmidt's illysam branch

Use numpy.loadtxt instead of newer numpy.genfromtxt in Hemingway driver.

From
  http://docs.scipy.org/doc/numpy/user/basics.io.genfromtxt.html
"In particular, genfromtxt is able to take missing data into account,
when other faster and simpler functions like loadtxt cannot"

We prefer loadtxt because:
  * It's faster and we don't need to handle missing data.
  * It's older (genfromtxt added in Numpy in 2009/01/19, released in
    v1.3.0), so it's more likely to be in the user's stock Numpy
    installation.

Moved hooke.driver.hemingclamp to hemingway and updated to new Driver architecture

Moved Closing from hooke.driver.jpk to hooke.util.util

Added calibration file support to the JPK driver.

I'm not sure about my interpretation of the calibration file format.
I've emailed JPK for clarification, so we'll see what they have to say.

Also:
* Check for 'filetype' attributes when loading playlists.  If it
  exists, try to load using the matching driver before going through
  the whole list of available drivers.  This should speed up checks
  for curves that were identified by some previous playlist activity
  (or by hand if the user is generating playlists from scratch).
* Pass curve info into Driver.read().  This allows playlist attributes
  to affect curve loading.  The particular example that motivated this
  was
    <CHANNEL-NAME>_<BASE-NAME>_to_<TARGET-NAME>_calibration_file
  for the JPK driver, but it is a good idea in general.  Experiment
  temperature should probably be set this way vs. its current global
  config setting.
* Added Driver.logger(), to reduce code duplication.

Use PEP 343's 'with' instead of try:/finally: x.close()

Bring hooke.config and hooke.util.peak doctests up to speed

Also override hooke.util.encoding.get_encoding in test/unicode_output.py

Import os.path when we use it in test/*_driver.py

Adjust test/wtk_driver.py since I didn't add all my original files.

Skip PoorFit curves in flatfilt and convfilt.

Avoid possible negative p[2] values in SurfacePositionModel.

Updated JPK driver for JPK's version 0.5 format and new driver architecture