merge: handle symlink replacing dir

Previously, these symlinks would trigger a file collision message and
would then be silently dropped in cases when the file collsion did not
cause emerge to bail out due to FEATURES=protect-owned or
collision-protect.

Now, if emerge doesn't bail out due to a file collision, it will
trigger an eerror message and merge the symlink with a .backup.XXXX
extension appended to the file name, similar to handling of regular
files in commit 740f71301ed3daf44c0e77df5d5de39fe1438fb1. This will
fix bug 326685.

LinkageMapELF: remove 5-tuple unpack code

LinkageMapELF: add getOwners() method and use it

This preserves the owner information inside LinkageMap.rebuild() and
uses it to implement a getOwners() method, which makes it possible to
efficiently lookup owners of library providers and consumers.

LinkageMapELF: use a class for _obj_properies

This simplifies the interface, avoiding the need for hardcoded indexes
and making it easy to add new attributes.

LinkageMapELF: optimize memory usage

This reduces memory consumption by approximately 30%, by replacing
mutable set instances with arrays, tuples, and frozensets where
appropriate. Also, identical frozenset instances are shared when
available.

BinpkgFetcher: support selinux PORTAGE_FETCH_T

Thanks to Sven Vermeulen <sven.vermeulen@siphos.be> for the initial
patch posted on bug #375835.

EverythingSet: always create SLOT atoms

Before it would only include the SLOT in the atom if there were
multiple slots installed. However, taht could lead to unwanted upgrades
as reported in bug #338959. Therefore, always create SLOT atoms.

Optimize LinkageMapELF.findConsumers().

If there are no non-excluded providers then there's no need to search
for satisfied consumers.

Fix unused case in LinkageMapELF.findConsumers().

Currently, we never pass in more that one package via the
exclude_providers argument, so we never trigger the flaw in the logic
that this fixes.

Scheduler: fix _running_tasks for uninstalls

EbuildBuild: pass ebuild_path to EbuildFetcher

This avoids a redundant pordbapi.findname() call.

Make emerge --noreplace identical to --selective.

This removes a very subtle difference in --noreplace package selection
logic which is not very useful and triggers strange package selection
choices in some cases, as reported in bug #375571.

Scheduler: simplify _terminate_tasks

This should also fix bugs related to CompositeTask instances waiting
for queued tasks to start and not being properly terminated in this
case.

preserve-libs: search for alt providers of soname

This will fix bug #289180 by making LinkageMapELF.findconsumers()
exclude consumers from the results in cases when they are satisfied by
an alternative provider of the required soname.

Scheduler: allow concurrent fetch with --jobs > 1

This reverts behavior from bug #375331 (commit
f07f8386e945b48358c11c121960e4833c539752) for cases in which --jobs is
greater than 1. We can add a separate --fetch-jobs option later, but
for now, this preserves previous behavior for --jobs > 1.

Fix a typo in a doc string.

EbuildFetcher: handle FileNotFound

Fix a typo in a comment.

Binpkg: use fetch queue to cap fetch threads

This is analogous to commit f07f8386e945b48358c11c121960e4833c539752
for bug #375331, but for fetching from binhosts.

EbuildBuild: skip the fetch queue when possible

Since commit f07f8386e945b48358c11c121960e4833c539752, it was possible
for EbuildBuild to wait on the fetch queue even in cases in which all
required files had been previously fetched. Now this case is optimized
to skip the fetch queue, as discribed in bug #375331, comment #2.

Scheduler: enable prefetch for first package

Since commit f07f8386e945b48358c11c121960e4833c539752, the first will
have to wait for later ones to fetch unless we start its prefetcher
first.

EbuildBuild: use fetch queue to cap fetch threads

This will fix bug #375331.

Skip QA Notice for hasq/useq during *rm phases.

portageq: reference GLEP 37 in expand_virtual doc

Set PORTAGE_REPO_NAME for depend phase.

debuild: pass manifest to digestcheck()

This allows us to avoid parsing the Manifest twice.

doebuild: discard cached manifest when necessary

When we call digestgen(), it can regenerate our distfiles digests and
we don't wan to cache stale values in this case.

debuild: pass dist digests to fetch()

This allows us to avoid parsing the Manifest twice.

Revert "ebuild(1): allow-missing-manifests for fetch"

This reverts commit 62712db56bb863b4eb0a9d9c52e7b2c3ad38df66.

This code already defaulted to the allow-missing-manifests behavior,
since the fetch() allow_missing_digests argument default is true. By
making the argument conditional on allow-missing-manifests, it changed
the behavior in the default case where allow-missing-manifests is
disabled.

Protect EBUILD_{FORCE_TEST,SKIP_MANIFEST} vars.

These belong in the blacklist, in order to avoid potential interference
from the calling environment.

fetch: fix ebuild --skip-manifest behavior

This should fix "Insufficient data for checksum verification" errors
triggered by ebuild --skip-manifest.

BUILD_TIME: use string format op for time.time()

Use portage.subprocess_getstatusoutput() more.

Avoid baseline subprocess import under python2.

emergelog: use string format op for time.time()

emergelog: remove unneeded seek for append mode

Update timestamps in headers of modified files.

filter-bash-environment.py: move imports to top

Use explicit 'mode' keyword arg with io.open().

Use explicit 'mode' keyword arg with io.open().

resume_depgraph: be careful with parent_node type

unmerge: reject USE conditionals in arguments

misc-functions.sh: fix incorrect has -o usage

Remove unneeded _unicode_decode for io.StringIO.

Since StringIO.StringIO fallback was removed in commit
5df96179611ce0e98727945b1800b43daccedfc2, we can rely on
io.StringIO.getoutput() to return unicode, so there's no
need to call _unicode_decode on the result.

Remove python-2.6 StringIO.StringIO fallback.

Since the io module in python-2.6 was broken when threading was
disabled, we needed to fall back from io.StringIO to StringIO.StringIO
in this case (typically just for Gentoo's stage1 and stage2 tarballs).
Now that python-2.7 is stable in stages and we rely on io.open() being
available, we can also rely on io.StringIO being available.

autounmask-write: create /etc/portage if needed

elog/mod_save: fix permissions for logrotate

These permissions should be compatible with our default logrotate
config as discussed in bug 374287.

elog/mod_save: ensure parent logdir exists

resume_depgraph: fix breakage from reposyntax

This is a major regression that has been triggering lots of complaints
about emerge --keep-going.

elog/mod_save: use _ensure_log_subdirs

This fixes permission issues with category subdirectories created for
FEATURES=split-elog.

prepare_build_dirs: copy logdir group permissions

The gid of PORT_LOGDIR is copied to all subdirectories, along with
0x2070 mode bits if present.

Log maintainer info for pretend and nofetch.

Also, suppress this maintainer info from going to stdout since it's
intended for the log and it doesn't necessarily need to be visible
elsewhere. This will fix bug #374809.

prepare_build_dirs: warn for logdir permission

If there is insufficient permission to use PORT_LOGDIR or the required
subdirectory, warn instead of raising an exception. Also, fall back to
using $T/build.log as a last resort.

ebuild.sh: restore old has() implementation

The needle/haystack implementation handles whitespace as originally
intended (prior to commit 659eafddd5964820ce8bdc0d90f5fcf7df04b5b7),
as discussed in bug #374791.

Signed-off-by: Brian Harring <ferringb@gmail.com>

is_valid_package_atom: fix circular import

Due to a quirk in python import behavior, this only failed
nondeterministically. However, the new preinst sanity test in the
portage-9999 ebuild tends to trigger it more often for some people.

Remove unused codecs import.

Migrate from codecs.open() to io.open().

The io.open() function is the same as the built-in open() function in
python3, and its implementation is optimized in python-2.7 and later.
In addition to the possible performance improvement, this also allows
us to avoid any future compatibility issues with codecs.open() that
may arise if it is delegated to the built-in open() function as
discussed in PEP 400.

The main caveat involved with io.open() is that TextIOWrapper.write()
raises TypeError if given raw bytes, unlike the streams returned from
codecs.open(). This is mainly an issue for python2 since literal
strings are raw bytes. We handle this by wrapping TextIOWrapper.write()
arguments with our _unicode_decode() function. Also, the
atomic_ofstream class overrides the write() method in python2 so that
it performs automatic coercion to unicode when necessary.

Manifest: fix NameError in updateAllHashes

circular_dependency: fix total_flags calc

depgraph: more debug output for _add_pkg

This should make it easier to debug cases like bug 374423,
among others.

slot_collision: fix more for bug 374423

slot_collision: fix AttributeError for bug 374423

depgraph: reject USE conditionals in arguments

circular_dependency: fix REQUIRED_USE test

circular_dependency: fix ridiculously long loop

The flags from REQUIRED_USE were added to affecting_use, which was not
really necessary and was a bad idea because a number of flags in
affecting_use affects our number of loops exponentially. This will fix
bug #374397 in which the large number of flags in the REQUIRED_USE of
dev-lang/php-5.3.6-r1 triggered execution of 2 ^ 45 loops.

slot_collision: be consistent with missing IUSE

Special handling for missing IUSE that was introduced in commit
9a193d42032005396800eb30e550691513529c79 is also useful in one
more spot.

circular_dependency: show debug graph earlier

This might help in some cases like bug 374397 where we're
troubleshooting the circular_dependency code.

circular_dependency: use itertools.product()

Python's cartesian product function does exactly what we want, so use
it to simplify our code.

depgraph: include pkg.repo in debug output

Add QA Notice for hasq/useq calls (bug #199722).

Remove all hasq/useq calls for bug #199722.

ebuild.5: remove hasq docs for bug #199722

Invert has/hasq and use/useq implementations.

We need to migrate away from hasq and useq since they are deprecated
(bug #199722).

RepoConfig: ignore missing name if no location

This happens if there is an orphan entry in repos.conf.

getportageversion: omit implicit -r0 for libc

Qualify "missed update" message as WARNING.

repoman: tighten regex for useq and hasq

repoman: centralize code for ignoring comments

repoman: check for deprecated useq and hasq calls

cpv_expand: fix KeyError when settings is None

Remove the _ensure_encodings module.

This was only needed for ancient versions of python built with
USE=build since the ebuilds used to remove the encodings module in
that case. Since the StreamWriter and StreamReader classes may be
deprecated in the near future, now would be a good time to stop
using them.

logrotate.d: su portage portage

This is required for logrotate-3.8.0 as reported in bug 374287.

ebuild(1): allow-missing-manifests for fetch

make.conf.5: fix grammar

digestcheck: more allow-missing-manifests

digestcheck: support allow-missing-manifests

Also, update the man page.

add FEATURES=allow-missing-manifests

The feature is as it sounds- primarily useful for temporary
trees or instances where manifests aren't used.

Signed-off-by: Brian Harring <ferringb@gmail.com>

repoman: ElementTree.ParseError -> SyntaxError

The ElementTree.ParseError class is undocumented and isn't available
in python-2.6, so use its SyntaxError base class instead.

Show repository in error message about missing USE flags.

portageq get_repo_path: output empty if unknown

It used to output "None" for unknown repos, which was not intended.

Fix a typo in a comment.

varexpand: remove escaped newline characters

This fixes a regression reported in bug 365033, comment #14.

preserve-libs: only preserve soname symlinks

This avoids calling the LinkageMapELF.isMasterLink() method, since the
only symlinks that are strictly required are the soname symlinks.

LinkageMapElf.findConsumers(): fix $ROOT handling

The code which checks the soname symlink was missing a join with
$ROOT.

LinkageMapElf: clarify findConsumers soname code

Here it referred to an soname symlink as a "master" link, which was
inconsistent with the meaning of "master" link used in the
isMasterLink() method.

LinkageMapElf.isMasterLink(): handle libproc

The version component of the libproc-3.2.8.so soname is formed
slightly differently than most other libraries.

UseFlagDisplay: fix USE_EXPAND_HIDDEN breakage

Fix a typo in a comment.

Fix a typo in a docstring.

LinkageMapELF.isMasterLink(): literally compare

Comparing the lengths of the names alone seems like too much of an
assumption, so literally compare the beginning of the soname to the
basename of the given file.