index.html.itex: Convert index.html to itex2MML-generated source

For easy math inclusion.  Also fill in the bulk of my talk, up to the
salt stuff.  All of the figure generation is handled by the Makefile,
just run `make` and point your browser at the generated index.html.

monte-carlo.asy: Use epsdice package for the dice

In the thesis, this is imported at globally, but for stand-alone
Asymptote graphics we need this local import.

media/src/binary: Add binary images from around the web

I tried to extract these from citable papers.

media/src/tikz: Add TikZ images

These were extracted from my thesis using GIMP.  I tried to render
them using TikZ' "external" library, but couldn't get that working in
the time I had to spare.

media/src/matplotlib: Add plots from cantilever calibration.

All from 2013-02-07T08-20-46.  It would be nice to render these
automatically, but I don't have time to work that out now.

media/src/labview: Add LabVIEW screenshot from my thesis

Prof. Yang's pulling phase.

media/src/asy: Add Asympote graphics from my thesis

media/src/pymol: Add PyMol scripts for I27 images

1TIT.pdb is from the PDB.  1TIT.pml is from my thesis.  The
1TIT-atoms.pml and 1TIT-hbonds.pml variants are adapted from 1TIT.pml.

media/perovskite.svg: Add piezo crystal structure

Source URL:
* http://en.wikipedia.org/wiki/File:Perovskite.svg

media/logo/scipy.svg: Check in initial logo download

Source URL:
* http://www.scipy.org/Download?action=AttachFile&do=get&target=scipy.svg

media/logo: Convert SVG logos from width/height to viewBox

Now they'll scale appropriately to fit the height I'll specify in
index.html.

media/logo/tux.png: Autocrop in GIMP

No need to hard-code whitespace into the image.

media/logo/tux.png: Convert from old GIF format

PNG is the new hotness.

media/logo: Check in initial logo downloads (with notes)

Source URLs:
* http://www.isc.tamu.edu/~lewing/linux/sit3-shine.7.gif -> tux.gif
* http://www.gnu.org/graphics/heckert_gnu.svg -> gnu.svg
* http://www.python.org/community/logos/python-logo-inkscape.svg -> python.svg
* http://www.gentoo.org/images/gentoo-logo.svg -> gentoo.svg

typos

Allow override of HTML escaping in code blocks

This way, authors can use HTML for special formatting.

change markdown code sample syntax

merge master into dev

Merge branch 'remotes-plugin-natural-bindings' of https://github.com/toy/reveal.js into dev

rvl.io > slid.es

re-arrange readme

setup instructions #357

add package and serve grunt tasks (closes #437)

fix ios flicker bug with linear transition #410

remotes plugin more natural bindings: tap — next, zoom-out — activate overview, zoom-in — deactivate overview

merge marked tweak

remove automatic quotation marks on blockquote/q (closes #434)

remove lang prefix from marked.js to fix highlight issue

minify marked #433

merge showdown to marked migration

Replace the ShowDown Markdown engine with marked

Moved my code to auto escape html to the right place

Adds support for auto escaping HTML in code blocks.

update control styles for fragments

add isVerticalSlide utility method

greatly improved rtl, slides and progress are now reversed #339

avoid errors in old ie from code highlighting

slight readme tweak

update readme to cover #388

only auto-play media when data-autoplay is set (#388)

auto play/pause youtube video when entering/leaving slide (#388)

auto play/pause html5 media when entering/leaving slide (#388)

add config option for disabling all fragments

fix control arrow anti-aliasing in ff

available fragment routes reflected in control arrows (closes #411)

greatly simplify next/prev fragment routines

also update controls and progress on sync

update progress bar on window resize

add sync method

add support for data-trim attribute on code elements (closes #419)

note included languages in highlight.js build #421

support code highlighting of a few more common languages #421

indentation tweak #417

Merge branch 'master' of https://github.com/bozor/reveal.js into dev

Merge pull request #425 from marcvangend/master

Use webkitRequestFullscreen if available

Use the newer element.webkitRequestFullscreen method if available, to support all key events in fullscreen mode.

Merge pull request #418 from danse/patch-1

typo

typo

Merge branch 'master' of https://github.com/hakimel/reveal.js into dev

ie8 tweaks

Added a Zoom-in fragment transition

remove ?notes from readme

more state backgrounds

forward all attributes for markdown slides (#413)

Added support for data-state in section when using external markdown files.

adjust order in readme

Merge pull request #398 from jmdobry/multiplex-docs

Clarified documentation for multiplex plugin.

correction to navigate top/right/bottom/left methods (closes #409)

add a few more state background (#396)

return current fragment index through getIndices, replaces getCurrentFragmentIndex #395

fix previous slide navigation logic (closes #397)

Merge branch 'master' of https://github.com/ainformatico/reveal.js into dev

increase min-height of cube/page transitions

merge mutiplex fragment fix #395

hide rolling links backface

fix prevents loading remote plugin several times when notes are enabled

returning index only when current fragment is defined

Clarified documentation for multiplex plugin.

Thanks to @davidbanham for his help.

simplified getCurrentFragmentIndex impl

support for transition speed settings (closes #392)

removed no longer required helper method

fix url in readme (closes #393)

broadcasting fragments state in multiplex plugin (#394)

always use https google font urls (closes #382)

readme code type fix

Update README.md

readme update

note about #39 in readme

support for varied transitions between slides (#39)

always construct controls and progress bar at startup (closes #384)

protocol-relative paths for google webfonts (closes #382)

Merge branch 'master' of https://github.com/theoreticaLee/reveal.js into dev

Merge branch 'md-error-handling' of https://github.com/jakubholynet/reveal.js into dev

Merge branch 'patch-1' of https://github.com/jish/reveal.js into dev

Add Reveal.js license to package.json

More verbose error slide (HTTP necessary)

Better error reporting for external Markdown files

1. Show an alert when loading the file throws an exception
2. Whenever the status isn't success (2xx) - upon exception or e.g.
  "file not found" - replace the section's content with information
  about the failure (instead of being silent about it and showing
  a blank slide).

We need to inform the user something went wrong, not just be silent
about it. An experienced developer, upon seing a blank slide, will
likely check the javascript console - but the rest will profit from
being told about the problem (and solution) explicitely.

Update README.md

Changing the link to grunt.js installation instructions.

add availableRoutes to the api (#371)

disable wrapping in code blocks (closes #375)