Merge branch 'namespaced' of git://tremily.us/swc-sql into assembled

* 'namespaced' of git://tremily.us/swc-sql: (24 commits)
  sql: Add sql namespacing
  *.ipynb: Use absolute URLs to link to the glossary
  index.md: Remove YAML front-matter
  Remove novice/sql namespace
  Reorganizing material to put novice + intermediate at top level
  Preparing material for Version 5 novice release
  Fixing data type error in SQL creation
  Switching to triple-tilde in Markdown code blocks in IPython Notebooks
  Resizing bounding boxes of SVGs (manually, since LibreOffice doesn't do it)
  Adding diagrams to novice SQL lessons
  Notes on what diagrams need to be drawn
  Switching to numbered list for lesson links in index files
  Filling in another 40-odd glossary entries
  Filling in glossary entries
  SQL reference sheet
  Updating SQL notes and guide
  Instructor's guide for Python
  Instructor's guide for SQL
  Updating index files
  Modfiying links to glossary in notebook files
  ...

sql: Add sql namespacing

This matches the namespacing used in the boot-camp assembly [1].  We
want the cleanups from the master branch (no YAML front-matter, and
external glossary links) because the boot-camp repository doesn't yet
have any of that global stuff.

[1]: http://git.tremily.us/?p=swc-boot-camp.git;a=commit;h=d062a622e937bc3127c39fdb3ddcbc63febd5d3f

*.ipynb: Use absolute URLs to link to the glossary

SWC has a single, global glossary [1], not per-subject glossaries.
Because this per-subject branch no longer contains the global
glossary, we need to adjust the links to point at an external
glossary.  Done automatically with:

  $ sed -i 's|\.\./\.\./gloss.html|https://github.com/swcarpentry/bc/blob/master/gloss.md|g' *.ipynb

[1]: https://github.com/swcarpentry/bc/blob/master/gloss.md

index.md: Remove YAML front-matter

We're not building this stand-alone lesson as part of a larger Jekyll
site, so remove the YAML front-matter [1].

[1]: http://jekyllrb.com/docs/frontmatter/

Remove novice/sql namespace

Now that these lessons are in a single branch, the extra namespacing
is no longer needed.

Reorganizing material to put novice + intermediate at top level

W. Trevor King: I removed everything from the original b8c7dc3 [1]
except the sql/novice -> novice/sql migration.

[1]: https://github.com/swcarpentry/bc/commit/b8c7dc3b75002b898f26df551a2c646d78e3aaca

Preparing material for Version 5 novice release

W. Trevor King: I removed everything except the sql/novice changes
from the original b66851c [1].

[1]: https://github.com/swcarpentry/bc/commit/b66851c2b765440e5c7ccb23383aff15eec31ff2

Fixing data type error in SQL creation

Switching to triple-tilde in Markdown code blocks in IPython Notebooks

W. Trevor King: I removed everything except the sql/novice changes
from the original c6e5b9c [1].

[1]: https://github.com/swcarpentry/bc/commit/c6e5b9cb15e259680e413f289d9bb96c538e7ffd

Resizing bounding boxes of SVGs (manually, since LibreOffice doesn't do it)

W. Trevor King: I removed everything except the sql/novice changes
from the original aa7606e [1].

[1]: https://github.com/swcarpentry/bc/commit/aa7606eb73d0d13b4ba7e9025944418f380544cd

Adding diagrams to novice SQL lessons

Notes on what diagrams need to be drawn

W. Trevor King: I removed everything except the sql/novice changes
from the original bc83c3f [1].

[1]: https://github.com/swcarpentry/bc/commit/bc83c3fe35ea0b153df6f330aa8ca23748b78cfc

Switching to numbered list for lesson links in index files

W. Trevor King: I removed everything except the sql/novice changes
from the original 7cd5ffa [1].

[1]: https://github.com/swcarpentry/bc/commit/7cd5ffafd7ba229d21aad44796b22146fec5054c

Filling in another 40-odd glossary entries

W. Trevor King: I removed everything except the sql/novice changes
from the original ff40e98 [1].

[1]: https://github.com/swcarpentry/bc/commit/ff40e989b920234e6ed8cdae6344d9898e2a3005

Filling in glossary entries

W. Trevor King: I removed everything except the sql/novice changes
from the original 20d3384 [1].

[1]: https://github.com/swcarpentry/bc/commit/20d33848883b620ef2e948e12c15e0bfc8ed3660

SQL reference sheet

Updating SQL notes and guide

Instructor's guide for Python

W. Trevor King: I removed everything except the sql/novice changes
from the original c963afa [1].

[1]: https://github.com/swcarpentry/bc/commit/c963afa71ba3a7eacada0ff5b4db6dc4f2295e81

Instructor's guide for SQL

Updating index files

W. Trevor King: I removed everything except the sql/novice changes
from the original b23e277 [1].

[1]: https://github.com/swcarpentry/bc/commit/b23e2772153844b1d8e1ee09b439653847a05ede

Modfiying links to glossary in notebook files

W. Trevor King: I removed the python/ changes from the original
bac4388 [1] as I try to isolate the SQL section.

[1]: https://github.com/swcarpentry/bc/commit/bac43889abf296672bb1dc018bcd8b53eb18dc9f

Cleaning up before submitting pull request

1. Filled in 'group by'.
2. Put data hygiene in discussion of joins.
3. Got rid of 'next steps' sections.

More database lessons for novices.  To do:
*   `group by` in aggregation
*   data hygiene
*   explain the `%%sqlite` magic

First three lessons on SQL for beginners

Merge branch 'namespaced' of git://tremily.us/swc-setup-windows-installer into assembled

* 'namespaced' of git://tremily.us/swc-setup-windows-installer:
  swc-windows-installer.sh: Install nano source syntax highlighters

Merge branch 'master' into namespaced

* master:
  swc-windows-installer.sh: Install nano source syntax highlighters

swc-windows-installer.sh: Install nano source syntax highlighters

Make writing Python source code (and a number of other languages) a
bit more exciting for the eyes and easier on the brain by coloring
strings, comments, and such.

We need to install the source tarball because the compiled zip doesn't
include the syntax highlighting scripts.  To make that easier, I've
extracted out the download / hash-check functionality into a new
download(), which I use in both the old zip_install() and the new
tar_install().  If the user doesn't have an existing ~/.nanorc, we
populate it by adding 'include' options for each of the syntax files
in the Nano tarball.  If they do have an existing ~/.nanorc, I assume
they know what they're doing ;).

Merge branch 'namespaced' of git://tremily.us/swc-setup-windows-installer into assembled

Merge branch 'master' into namespaced

* master:
  swc-windows-installer.sh: Convert script from Python to POSIX shell

Conflicts:
setup/windows-installer/swc-windows-installer.py

swc-windows-installer.sh: Convert script from Python to POSIX shell

On Mon, Jan 13, 2014 at 05:49:51AM -0800, Aron Ahmadia wrote:
> We currently have an installer that handles the issue of installing
> `nano` into msysgit for use with Git: ...
>
> This currently doesn't help for bootcamps where Python is not
> installed, so it would be handy to have a version of this that
> doesn't rely on a Python install.

POSIX shell, because an interpreted language from 1977 [1] is more
widely supported than an interpreted language from 1991 [2].  It looks
like the default msysGit install sets up the right double-click magic
too:

On Mon, Jan 13, 2014 at 10:03:24AM -0800, Ethan White wrote:
> Will a POSIX version run by simply double clicking the file?

On Mon, Jan 13, 2014 at 10:25:33AM -0800, Ethan White wrote:
> Just checked this on my Windows machine and it actually seems to
> work automatically as long as GitBash is installed and the file has
> a .sh extension. So POSIX away.

[1]: http://en.wikipedia.org/wiki/Bourne_shell
[2]: http://en.wikipedia.org/wiki/Python_language

Merge branch 'namespaced' of git://tremily.us/swc-setup-installation-test into assembled

* 'namespaced' of git://tremily.us/swc-setup-installation-test:
  swc-installation-test-2.py: Prefer pip to easy_install

Merge branch 'master' into namespaced

* master:
  swc-installation-test-2.py: Prefer pip to easy_install

swc-installation-test-2.py: Prefer pip to easy_install

For virtual-pypi-installer.  easy_install is part of Setuptools [1],
which was dead for several years.  The Distribute fork took over, but
has since been merged back into a revitalized Setuptools (since
Setuptools v0.7 [2], tagged on 2013-06-02 [3]).  Pip >= v1.4 actually
requires a modern Setuptools, not Distribute [4].  Pip also improves
on easy_install [5], which does not currently support uninstalling
packages [6].

[1]: http://pythonhosted.org/setuptools/
[2]: http://pythonhosted.org/distribute/
[3]: https://bitbucket.org/pypa/setuptools/commits/tag/0.7
[4]: http://www.pip-installer.org/en/latest/installing.html#id6
[5]: http://www.pip-installer.org/en/latest/other-tools.html#easy-install
[6]: http://pythonhosted.org/setuptools/easy_install.html#uninstalling-packages

Merge branch 'namespaced' of git://tremily.us/swc-version-control-git into assembled

* 'namespaced' of git://tremily.us/swc-version-control-git:
  cheat-sheet.md: Fix 'Incorperate' -> 'Incorporate' typo

Merge branch 'master' into namespaced

* master:
  cheat-sheet.md: Fix 'Incorperate' -> 'Incorporate' typo

cheat-sheet.md: Fix 'Incorperate' -> 'Incorporate' typo

Merge branch 'namespaced' of git://tremily.us/swc-setup-windows-installer into assembled

* 'namespaced' of git://tremily.us/swc-setup-windows-installer:
  swc-windows-installer.py: Use regular expressions to POSIX-ify paths
  swc-windows-installer.py: Only create the python-scripts dir if it doesn't exist
  swc-windows-installer.py: Split out zip_install into its own function

Merge branch 'master' into namespaced

* master:
  swc-windows-installer.py: Use regular expressions to POSIX-ify paths
  swc-windows-installer.py: Only create the python-scripts dir if it doesn't exist
  swc-windows-installer.py: Split out zip_install into its own function

swc-windows-installer.py: Use regular expressions to POSIX-ify paths

On a Windows 7 SP1 box with Python 2.7.3:

  >>> import os.path
  >>> os.path.expanduser('~')
  'c:/Users/JohnDoe'

That wasn't matching the previous POSIX-ification patterns, which
assumed the drive prefix would be uppercase (C:).  Now we use a
regular expression to match both cases.

swc-windows-installer.py: Only create the python-scripts dir if it doesn't exist

os.makedirs, unlike 'mkdir -p', errors if the target directory already
exists [1,2].

[1]: http://docs.python.org/2/library/os.html#os.makedirs
     "Raises an error exception if the leaf directory already exists
     or cannot be created"
[2]: http://docs.python.org/3/library/os.html#os.makedirs
     "If exist_ok is False (the default), an OSError is raised if the
     target directory already exists."

swc-windows-installer.py: Split out zip_install into its own function

This makes it easy to install other packages besides nano.  I've also
added SHA1 checks to avoid installing packages that don't match the
expected hash.  This lets us trust ZipFile.extractall instead of
extracting from a hard-coded list of approved files.

Merge branch 'namespaced' of git://tremily.us/swc-version-control-git into assembled

# By Matt Davis
* 'namespaced' of git://tremily.us/swc-version-control-git:
  git -> Git where appropriate

Merge branch 'master' into namespaced

* master:
  git -> Git where appropriate

git -> Git where appropriate

W. Trevor King: The conflicts with the original f3bc1dd [1] were
trivial, involving the YAML front matter introduced by 208c61f (Add
header material and author to git and GitHub lesson, 2013-11-06).  I
haven't included 208c61f in this history because:

* This Markdown source is not necessarily destined for Jekyll.
* The author information is clear from the Git history, and explicit
  author listings in text itself are hard to keep up to date.

[1]: https://github.com/swcarpentry/bc/pull/133

Conflicts:
instructor.md

Merge branch 'namespaced' of git://tremily.us/swc-version-control-git into assembled

* 'namespaced' of git://tremily.us/swc-version-control-git:
  README.md: Update link to SWC contributing page

Merge branch 'master' into namespaced

* master:
  README.md: Update link to SWC contributing page

README.md: Update link to SWC contributing page

Catch up with the swcarpentry/website -> swcarpentry/site transition,
specifically 86ba191 (Replaced contributing.html page with contrib/
directory containing separate pages for different ways to contribute,
2013-08-22).

Merge branch 'namespaced' of git://tremily.us/swc-setup-windows-installer into assembled

* 'namespaced' of git://tremily.us/swc-setup-windows-installer:
  swc-windows-installer.py: Restore nose entry point

Merge branch 'namespaced' of git://tremily.us/swc-modular-shell-genotype into assembled

Merge branch 'namespaced' of git://tremily.us/swc-modular-shell-dictionary into assembled

Merge branch 'namespaced' of git://tremily.us/swc-modular-shell-hearing into assembled

Avoid problems due to the shared history of swc-modular-shell,
swc-modular-shell-hello, and swc-modular-shell-hearing by restoring
the subject-level files and hello script removed in
swc-modular-shell-hearing:

  $ git checkout HEAD -- modular/shell/{README.md,cheat-sheet.md,instructor.md,exercises/hello/hello}

before commiting the merge.

Conflicts:
modular/shell/cheat-sheet.md
modular/shell/exercises/hello/hello

Merge branch 'master' into namespaced

I added modular/shell/exercises/hearing/ namespacing and squashed that
into the merge.

* master: (90 commits)
  Changing 'git clone' URL in shell README to the read-only git:// URL.
  Fix shell header
  Added some words about the history command and bang-history # direct access.
  Fix old typo on file size.
  Clean up ambiguity between file and filename.
  There is no executable in the boot-camps directory - need to cd to shell dir first.
  remove some spaces getting in the way of bold
  Seem to have the tables figured out - they need a header - annoying
  Can we get some documentation on tables
  A few more changes to be consistent and clear.
  Some formatting and flow changes:
  Update shell/Readme.md
  Update shell/Readme.md
  Update shell/Readme.md
  shell/Readme.md: Fix 'swsc' -> 'swc' typo
  shell/Readme.md: Use USERNAME and YYYY-MM-PLACE in git clone instructions
  fixed links
  shell/Readme.md: use explicit URL (with https://)
  Conversion of all rst to corresponding markdown files
  removed references to 2013-01-chicago (those became YYYY-MM-PLACE) and thehackerwithin (those became USERNAME).
  ...

modular/shell: Start reorganizing the shell material

Mostly split the examples out into their own directories with READMEs,
but there was a lot of editing to partially convert the long-form
notes into a condensed instructor.md targeted at instructors.  I've
gotten to the pipes section and run out of steam.  Erik may be taking
over the rest of the rewrite...

W. Trevor King: I dropped everything from the original 7ba5e9d except
for the modular/shell/exercises/hearing/README.md addition.  I also
merged in the history of the shell notes from
git://tremily.us/swc-modular-shell master so you can follow the
development of the README content.

Merge branch 'master' into namespaced

This is a no-op merge, explicitly considering and rejecting the
de-namespacing from the master branch.  After this merge, future
merges from the master branch will pick up any content changes.

  $ git merge --log --no-ff --strategy ours master

* master:
  generate_data.py: Remove nesting shellExample/

generate_data.py: Add nesting modular/shell/exercises/hearing/

This gives the submodule-averse the nesting they'd usually get by
merging the master branch in a submodule at
modular/shell/exercises/hello.

generate_data.py: Remove nesting shellExample/

There's no need to hard-code target directories in this repository.
Anyone consuming this material can use submodules and pick their own
target directory.

Added Da for Shell example

Merge branch 'master' into namespaced

* master:
  swc-windows-installer.py: Restore nose entry point

swc-windows-installer.py: Restore nose entry point

This restores the nose entry point which was removed in 94caead
(swc-windows-installer.py: Remove IPython and nose entry points,
2013-10-21).

On Tue, Oct 22, 2013 at 11:36:21AM -0700, Ethan White wrote:
> IPython works fine for me on Windows 7 for both Anaconda and Canopy
> with no added entry points needed.
>
> Nosetests does not appear to have an entry point on Anaconda and I
> forgot to test it with Canopy.

I used a slightly different bin path than we'd used previously, to
respect 806fedf (swc-windows-installer.py: Rework install paths to use
~/.swc, 2013-10-21).

README.md: Add nesting modular/shell/exercises/genotype/

This gives the submodule-averse the nesting they'd usually get by
merging the master branch in a submodule at
modular/shell/exercises/genotype.

Merge branch 'master' into namespaced

This is a no-op merge, explicitly considering and rejecting the
de-namespacing from the master branch.  After this merge, future
merges from the master branch will pick up any content changes.

* master:
  README.md: Remove nesting shell/exercises/

README.md: Remove nesting shell/exercises/

There's no need to hard-code target directories in this repository.
Anyone consuming this material can use submodules and pick their own
target directory.

Moved exercises into subfolders of the corresponding topics

W. Trevor King: I removed everything except the shell exercises from
39e0701, since this branch is focusing on the genotype exercises.

Adding exercises from the Software Carpentry 4.0 website

W. Trevor King: I removed everything except the shell exercises from
da170d3, since this branch is focusing on the genotype exercises.

Added shell exercises and old setdict exercises to version control

git-svn-id: http://svn.software-carpentry.org/swc@1490 c7c5a9dc-0650-43d5-b785-a4005efbfd0f

W. Trevor King: I removed the setdict exercises from the cherry-picked
commit, since this branch is focusing on the genotype exercises.

Updated shell exercise data file

git-svn-id: http://svn.software-carpentry.org/swc@1416 c7c5a9dc-0650-43d5-b785-a4005efbfd0f

Added sample of dbSNP for shell (and maybe other) exercises.

git-svn-id: http://svn.software-carpentry.org/swc@1412 c7c5a9dc-0650-43d5-b785-a4005efbfd0f

dictionary.txt: Add nesting modular/shell/exercises/dictionary/

This gives the submodule-averse the nesting they'd usually get by
merging the master branch in a submodule at
modular/shell/exercises/dictionary.

Merge branch 'master' into namespaced

This is a no-op merge, explicitly considering and rejecting the
de-namespacing from the master branch.  After this merge, future
merges from the master branch will pick up any content changes.

  $ git merge --log --no-ff --strategy ours master

* master:
  dictionary.txt: Remove nesting 1-Shell/

dictionary.txt: Remove nesting 1-Shell/

There's no need to hard-code target directories in this repository.
Anyone consuming this material can use submodules and pick their own
target directory.

Merge branch 'namespaced' of git://tremily.us/swc-modular-shell-hello into assembled

Avoid problems due to the shared history of swc-modular-shell and
swc-modular-shell-hello by restoring the subject-level files removed
in swc-modular-shell-hello:

  $ git checkout HEAD -- modular/shell/{README.md,cheat-sheet.md,instructor.md}

Conflicts:
modular/shell/instructor.md

Merge branch 'namespaced' of git://tremily.us/swc-modular-shell into assembled

Merge branch 'namespaced' of git://tremily.us/swc-modular into assembled

Merge remote-tracking branch 'shell/namespaced' into namespaced

This is a no-op merge, explicitly considering and rejecting the
tool-level removal of the hello script.  This avoids merge conflicts
if an aggregation branch wants to merge both our namespaced branch and
the tool-level namespaced branch.

* shell/namespaced: (91 commits)
  modular/shell: Start reorganizing the shell material
  Changing 'git clone' URL in shell README to the read-only git:// URL.
  Fix shell header
  Added some words about the history command and bang-history # direct access.
  Fix old typo on file size.
  Clean up ambiguity between file and filename.
  There is no executable in the boot-camps directory - need to cd to shell dir first.
  remove some spaces getting in the way of bold
  Seem to have the tables figured out - they need a header - annoying
  Can we get some documentation on tables
  A few more changes to be consistent and clear.
  Some formatting and flow changes:
  Update shell/Readme.md
  Update shell/Readme.md
  Update shell/Readme.md
  shell/Readme.md: Fix 'swsc' -> 'swc' typo
  shell/Readme.md: Use USERNAME and YYYY-MM-PLACE in git clone instructions
  fixed links
  shell/Readme.md: use explicit URL (with https://)
  Conversion of all rst to corresponding markdown files
  ...

Merge branch 'master' into HEAD

This is a no-op merge, explicitly considering and rejecting the
submodules from the master branch.  After this merge, future merges
from the master branch will pick up any content changes.

* master:
  exercises/hearing: Add the cochlear implant example submodule

Merge branch 'master' into namespaced

* master:
  instructor.md: Update hello path with deeper hello/hello nesting

exercises/hearing: Add the cochlear implant example submodule

Drop exercises from the submodule name in case we want to reorganize
later.  We won't have any other 'hearing' submodules.

Added a dictionary to 1-Shell directory to demonstrate searching
in less.  Necessary to replace /usr/share/dict/american-english
that went away when we changed VMs.

Merge branch 'master' into namespaced

This is a no-op merge, explicitly considering and rejecting the
submodules from the master branch.  After this merge, future merges
from the master branch will pick up any content changes.

  $ git merge --log --no-ff --strategy ours master

* master:
  exercises/hello: Add the hello script example submodule

instructor.md: Update hello path with deeper hello/hello nesting

The hello script is at .../exercises/hello/hello now, not
.../exercises/hello, because .../exercises/hello is the submodule
directory.

exercises/hello: Add the hello script example submodule

Drop exercises from the submodule name in case we want to reorganize
later.  We won't have any other 'hello' submodules.

Merge branch 'master' into namespaced

This is a no-op merge, explicitly considering and rejecting the
de-namespacing from the master branch.  After this merge, future
merges from the master branch will pick up any content changes.

  $ git merge --log --no-ff --strategy ours master

* master:
  hello: Remove nesting 1-Shell/

hello: Add nesting modular/shell/exercises/hello/

This gives the submodule-averse the nesting they'd usually get by
merging the master branch in a submodule at
modular/shell/exercises/hello.

hello: Remove nesting 1-Shell/

There's no need to hard-code target directories in this repository.
Anyone consuming this material can use submodules and pick their own
target directory.

Added more to shell tutorial. Also added a hello world program

W. Trevor King: I dropped everything from the original d25bc30 except
for the 1-Shell/hello addition.

Merge branch 'master' into namespaced

This is a no-op merge, explicitly considering and rejecting the
submodules from the master branch.  After this merge, future merges
from the master branch will pick up any content changes.

  $ git merge --log --no-ff --strategy ours master

* master:
  shell: Add a submodule with POSIX shell examples

README.md: Add nesting modular/

This gives the submodule-averse the nesting they'd usually get by
merging the master branch in a submodule at modular/.  They'll have to
merge the submodule's 'namespaced' branches by hand to pull in the
equivalent content.

shell: Add a submodule with POSIX shell examples

README.md: Summarize the purpose of this repository

Merge branch 'master' into namespaced

This is a no-op merge, explicitly considering and rejecting the
de-namespacing from the master branch.  After this merge, future
merges from the master branch will pick up any content changes.

  $ git merge --log --no-ff --strategy ours master

* master:
  README.md: Remove nesting modular/shell/

README.md: Remove nesting modular/shell/

There's no need to hard-code target directories in this repository.
Anyone consuming this material can use submodules and pick their own
target directory.

modular/shell: Start reorganizing the shell material

Mostly split the examples out into their own directories with READMEs,
but there was a lot of editing to partially convert the long-form
notes into a condensed instructor.md targeted at instructors.  I've
gotten to the pipes section and run out of steam.  Erik may be taking
over the rest of the rewrite...

Merge branch 'cheat-sheet' into master

* cheat-sheet: (37 commits)
  Cheatsheet based on @LJWilliams's version (PR #30) with updates to match the Guide
  Update shell_cheatsheet.md
  Update shell_cheatsheet.md
  Update shell_cheatsheet.md
  ...

Changing 'git clone' URL in shell README to the read-only git:// URL.

It had been showing the HTTPS URL but about 50% of the time that would ask
people for their usernames and passwords even though they just wanted to clone.
The read-only URL should never involve username/password stuff.

Fix shell header

Made the title line into title markup and rephrased the intro title so that it make sense.

Added some words about the history command and bang-history # direct access.

Fix old typo on file size.

Clean up ambiguity between file and filename.

There is no executable in the boot-camps directory - need to cd to shell dir first.