review.py: avoided crash when displaying final stats
hooke.conf:  deactivate hdf5 by default, activate native mfp3d
mfp3d.py:  adapted driver from Hooke GUI to work in this version
procplots.py: centerzero only uses last chunk of retract

FMjoin.py: utility script to put together all files from IgorPro force maps

Corrected a bug for the command txt when it is invoked with an unvalid plot to export.

A correction on autopeak.py due to the add of curvetools.py (a self. was missing)

Corrected some bugs in the scale of graphs.

Fixed some bugs

Scale of axis are now in engineering format.

(generalvclamp.py) Error checking in flatten plot manipulator - fixes issue 31

review.py plugin allows to review curves in groups of ten (à la Igor Pro), select some of them and save to a separate directory

Added two plugin: jumpstat.py and multidistance.py. Change to the function has_peaks. Moved some basics routines in the new file curvetools.py.

Command 'note' saves notes into 'hookedir/output' directory (a bit cleaner) and if the note file exists adds instead of overwriting the file.

New plotmanip 'centerzero' shifts the curves to 0 force

Support for HDF5 files created with Igor Pro (see wiki for how to create the HDF5 file)

Fix: genlist can now import files without extension

(fit.py) Quick kludgy patch for crash of issue 0028

(fit.py) Fixed -maybe- FJC plotting

(autopeak.py) Corrected a bug introduced in r208

(autopeak.py) Repeatedly asks for correct input.

Added multidistance plugin.

(autopeak.py) fixed autopeak documentation

(autopeak.py) autopeak can now use FJC or WLC

(fit.py) wording output is consistent with fit function used

(fit.py) WLC and FJC now aliases of fit command

Got FJC drawing right.

Better plotting of FJC but not there yet

First steps towards FJC support. New variable fit_function for flexible switching, still errors in drawing, inconsistencies etc. but the numbers in output seem sensible

Hopefully reverted to r193 after mbrucale's incident

using numpy.mean to avoid warnings; still not perfect though

correct parsing of args of peaks command; Fixes issue 0017

added cut.py plugin (by Fabrizio Benedetti, EPFL, Lausanne)

deleted spurious empty dir from tree

fixed: plot does not display on Windows at program launch (troubleshooting issue 1)
fixed: driver tries to open a directory (issue 15)

fixed counter issue

Fixed MFP1D export from Igor 4 (wavenote was not complete)

adding a folder creation with the good plot files inside

(hooke_cli.py) text export, now with measure units. Fixes issue 0014

(mfp1dexport.py) Fixed k determination, at least until we find news on the mysteries of mfp export

(mfp1dexport.py) Fixed trivial bug in K determination ; fixed optimistic __init__ leading to random crashes

(hooke_cli.py) fixed export - bug 0011

pCluster ver.1 ... working! oneClick style. Updated with automatic filter calculation.

Updated with "debug" option and some explanation.
Maybe the last update!

(mfp_igor_scripts) Scripts committed

(mfp1dexport.py , mfp_igor_scripts) Initial indirect support for the MFP1D Asylum microscope files, via exporting scripts

pcluster improved with density estimation and second PCA. next step will be to clean everything in order to use pCluster in oneClick style!

updated with density limit

Just added a new config variable, "force_multiplier", which unsurprisingly muliplies each Y on an SMFS curve. Default value is 1. This is sometimes useful for calibration.

(autopeak.py, etc.) added noflatten option to autopeak, plus small stuff here and there

(mcs.py) lower- and upper- case both working

(mcs.py , generaltccd.py) added first version of TCCD driver and utilities

Added a small feature in the 'autopeak' command. If the variable 'baseline_clicks' is set to -1, no baseline is calculated. Rather, the ordinate of the contact point (either hand-picked or automatically found depending on other autopeak arguments) is taken as the zero force point.

add doublepca and triplepca functions

(autopeak.py, flatfilts.py, hooke_cli.py) various error checkings

PCA improved: it takes columns and multiplier factor from pca_config.txt or from second argument, and save a png file.
new MULTIPCA function: multiply selected column for values 1-100 and save all plots.

(tutorial.py) updated plugin tutorial

nothing of important (new function for building a file's coordinate)

(pcluster.py) again, dirty stuff for testing

add file configuration in order to choice the pca's columns

configuration file for pca's columns

(pcluster.py) testing stuff for test datasets

(pcluster.py) fixed typo

fixed many importants bugs: flatten, c_leng(ths) and p_leng(ths)

(pcluster.py) fixed stupid crash

little changing in the list of clustering coordinates (columns view)

(flatfilts.py) fixed peaks command crashing (pcluster.py) fixed contact point determination

(autopeak.py) fixed stuff about color management

(generalvclamp.py) now linefit_between accepts whatset

(libhookecurve.py, hooke.py , fit.py, generalvclamp.py) Added color attribute to the PlotObject

(pcluster.py) temporary things for quick and dirty testing

(hooke.py) scatter_red patch to have red scatterplot

(pcluster.py) last version by paolo

(libhooke.py) fixed stupid algorithm for finding nearest contact point

(generalvclamp.py) error checking in slope command

(pcluster.py) fixed scatterplot of pca

(pcluster.py) still trying stuff

(flatfilts.py) seedouble config variables was unused; fixed

(pcluster.py) added pca, pclick - requires MDP

(pcluster.py) fixed indentation (ok)

(pcluster.py) fixed indentation (maybe)

(pcluster.py) fixed missed declaration

(hooke_cli.py , hooke.py) fixed nasty bug preventing correct datasets to be chosen

(libhooke.py) fixed crash when saving playlist with wrong path

(pcluster.py) fixed bug in saving filenames; adding coordinates

(pcluster.py) now almost working

(pcluster.py) output of basic coordinates for further analysis

(pcluster.py) now accepts fixed persistent length

(pcluster.py) fixed crash when file not recognized

added first (still to debug) version of pcluster

(autopeak.py) prints measurements before AND after choosing peaks

(autopeak.py) whatset variable now defined, led to crash in some cases, fixed

(fit.py , flatfilts.py) fixed severe bug in convfilt; now contact point is correctly calculated for every curve

(autopeak.py) autopeak outputs sigma for contour length and persistence length

(fit.py , autopeak.py) wlc fitting now uses ODR algorithms. wlc command returns standard deviations of parameters

(fit.py) wlc now returns errors from the covariance matrix -but I would not trust them

(autopeak.py) fixed stupid error when pl is fixed

(autopeak.py) automatically discards spurious peaks with nonsense persistence lengths

autopeak now in autopeak.py and eliminated from generalvclamp.py

(hooke_cli.py) added _clickize method to ease ClickPoint conversion

(fit.py) wlc and autopeak now take the persistent length in nanometers, NOT in meters