Add perl-gcpan/MathML-Entities package using g-cpan.

I had to overide `S` in the ebuild to match the tarball extraction
directory.  Other than that, this is the plain-vanilla g-cpan package.

Upgrade perg-gcpan/Crypt-X509 to v0.51 using g-cpan.

Clarify itex2mml DESCRIPTION.

Remove media-sound/abcmidi.

Tim Harder added this package to the Portage tree on 2011/10/21, fixing
bug 76017.  This means that there's no need for me to maintain my own
version.

I'm using Gramps now instead of LifeLines.

Remove my mutt ebuild entirely.

The verbose-mime patch was added to the standard Portage ebuild
starting with mutt-1.5.21-r4 (closing Gentoo bug 348477 [1]).  The
matching upstream enhancement has not seen any recent activity [2].

[1]: https://bugs.gentoo.org/show_bug.cgi?id=348477
[2]: http://dev.mutt.org/trac/ticket/3478

Update my mutt ebuild to match Portage's for mutt-1.5.21-r7.

Standardize capitalization and fix a spelling error in use.local.desc.

Add hdfview USE description to use.local.desc.

Add netCDF license (used by dev-java/netcdf).

Bump hdf-java from 2.7 to 2.7-r1 to take precedence over the science overlay version.

Add hdfview USE flag to science overlay's dev-java/hdf-java ebuild.

Add dev-java/netcdf package.

Add dev-java/joda-time package (version 2.0 and live Git builds).

Remove 'examples' USE flag  from joda-convert, since we don't use it.

Add jodata-convert-1.1 symlink and fix GitHub tarball unpacking.

Packaged dev-java/joda-convert (a dependency of dev-java/jodata-convert-2.0.

Quote '' in dev-java/fits ebuild.

Build classpaths required by dev-java/fits' javadoc target.

Use EANT_GENTOO_CLASSPATH to avoid a call `java-pkg_getjar` in dev-java/fits.

That's what EANT_GETNTOO_CLASSPATH is for, and having a calling a
function (such as `java-pkg_getjar`) outside any of the src_*()
wrappers is not a good idea.

Also:
* Save the download as `${P}-src.jar` instead of `${P}_src.jar`.
* Fix the `java-pkg_newjar` calling syntax (I'd swapped the order).

Assorted, minor dev-java/fits cleanups

* Strip trailing whitespace from files/build.xml
* Place the built jar in build/ rather than in the base directory.
* Use ant's `-D=property=value` option to alter the project version
  and junit JAR path, rather than sedding build.xml
* Use `${doc.api}` instead of repeathing `${doc}/api` in build.xml.

Mention the two new dev-java/fits patches in the fits ChangeLog.

Add two dev-java/fits patches and cleanup so tests all pass.

Add dev-java/fits packaging nom.tam.fits.

Add ~amd64 keyword to sawsim ebuild (I've tested it on a 64-bit Clovertown E5320).

Add sci-libs/pyafm dependency to calibcant.

Add django-grappelli package.

There's already an ebuild in the piczu overlay, but it's based on the
old Subversion/Google Code repository.  Grappelli has since moved to
Git/Github.

Add django-positions package.

django-taggit is actually distributed under the 3-clause BSD license.

Add django-taggit package.

Add python[sqlite] use dependency to timebook.

Add timebook package.

Version bump to track Portage-trunk's mutt.

Convert pypiezo dependencies from pyyaml+h5py to h5config.

Add curses-check-for-keypress dependency to pypiezo.

Oops.  Cleanup h5config's IUSE (sloppy copy from pypid).

Add h5config package.

Remove a number of http:// typos in assorted ebuilds.

Add serial (pypid and pymodbus) and modbus (pypid) USE flags.

Add pypid package.

Use EAPI 3 in aubio ebuild to be unpacker-agnostic.

Oops.  Update aubio digest after tweaking keywords.

Restrict the development build of aubio to systems I've tested it on.

Add git-based aubio package (unreleased Python 2.7 fixes in the trunk).

Add django-tables2 package.

pymodbus doesn't need to depend on pyserial directly (twisted dependency).

Oops, [R]DEPENDS -> [R]DEPEND in pymodbus ebuild.

Add full dependency atoms and pyserial dependency for pymodbus.

Add pymodbus package.

Inherit eutils (for epatch) in lifelines ebuild.

Add divorce patch to lifelines.

Add mutt package incorperating pgp_verbose_mime patch.

Add virtual monkeysphere-validation-agent package.

Add msva-perl package.

Also give monkeysphere group rwx permissions on /var/lib/monkeysphere.

Add elog discussing monkeysphere group.

Rework /var/lib/monkeysphere creation so it is owned by monkeysphere:monkeysphere (not monkeysphere:root).

enewuser/enewgroup in monkeysphere ebuild.

Correct dev-tex -> virtual in thesis-tools ChangeLog.

Correct be -> monkeysphere in monkeysphere ChangeLog.

Add Crypt-X509 package (generated with g-cpan).

This is a dependency for msva-perl.

Fix monkeywphere -> monkeysphere typo in ChangeLog.

Add monkeysphere package.

Add bash-completion USE flag to be.

Add SUPPORT_PYTHON_ABIS and RESTRICT_PYTHON_ABIS to geopy ebuild.

Add geopy package.

Update FFT-tools license to GPLv3+.

Add mxconns package.

Add jinja dependency to BE ebuild.

Update comedilib/demo/Makefile patch.

Adjust source directory for non-git obexpushd (e.g. obexpushd-0.11.2.ebuild).

obexpushd currently requires bluez/bluetooth.

Add app-mobilephone/opexpushd package.

Bump itex2mml to 9999 (build from Bazaar repository).

Add itex2mml-1.3.5.ebuild from Gentoo bug 194499.

thesis-tools now required the latex USE flag for asymptote.

Calibcant doesn't actually use the X flag.

Add sci-physics/calibcant package.

Add H5Py and PyYAML dependencies for pypiezo.

Add sci-libs/pyafm package.

Pycomedi depends on sci-libs/comedilib, not sci-misc/comedilib.

Add sci-libs/pypiezo package.

Move pycomedi from dev-python to sci-libs.

Add dev-python/pycomedi package.

Add sci-libs/stepper package.

Fix FFT-tools DESCRIPTION.

Fix ${P} -> ${PN} in sawsim's EGIT_REPO_URI.

Oops, update comedi-headers/Manifest after changing ChangeLog.

Override RUBYOPT when configuring Comedilib ruby binding installation.

With an unmasked RUBYOPT="-rauto_gem" [1] the .config file ignores the
DESTDIR environmental variable, for reasons I have not isolated.  This
leads to sandbox violations during `ruby setup.rb install` when the
ebuild tries to install directly to
/usr/lib/ruby/site_ruby/1.8/comedi.rb rather than
${D}/usr/lib/ruby/site_ruby/1.8/comedi.rb.

error message:
   * Call stack:
   *     ebuild.sh, line  56:  Called src_install
   *   environment, line 5179:  Called die
   * The specific snippet of code:
   *           ruby setup.rb install || die "ruby setup.rb install failed";

chmod sandbox violation:
  F: chmod
  S: deny
  P: /usr/lib/ruby/site_ruby/1.8/comedi.rb
  A: /usr/lib/ruby/site_ruby/1.8/comedi.rb
  R: /usr/lib/ruby/site_ruby/1.8/comedi.rb
  C: ruby setup.rb install
and an identical violation with `F: open_wr`.

[1] Set by dev-ruby/rubygems via /etc/env.d/10rubygems.

Update Comedi related ebuilds now that upstream moved from CVS to Git.

Add curses-check-for-keypress ebuild.

Add PyYAML depedency to Hooke ebuild.

Updated be ebuild for rst2man man page generation.

Update comedilib's econf call to use EPREFIX and fix localstatedir.

Fix or cleanup URLs in sawsim ebuild.

Add FFT-tools ebuild.

Add udev rules to assign /dev/comedi* to the comedi group.

Sample .abc files have been moved in recent abcmidi tarballs.

Bump abcmidi to 2011.01.01 and fix 9999->2010.09.28 in its ChangeLog.

Remove comedilib-9999-comedi.i.patch.

Changes accepted upstream:

revision 1.13
date: 2010-12-20 09:50:21 -0500;
author: abbotti;
state: Exp;
lines: +16 -2;
commitid: bYxCcTeCEsZcX11v;

Add sampl_t and lsampl_t array_class()es to comedi.i.

This makes it easier (possible?) to setup comedi_insn_struct and
comedi_cmd_struct instances.

Patch from W. Trevor King.