Apply Nick Alexander's patch so that Sagex that embeds positions in module, cdef class, and def class docstrings.

Eric Huss's readonly variable patch:

There's a minor bug, if you try to cdef a readonly variable at the module
scope, the compiler raises an UnboundLocalError exception.  The attached
patch seems to clear up the problem and gets the compiler to report the
correct error.

Modified usage banner.

Had to also put the type code in for the signed case.

Made some error output more verbose.

Added support for automatic conversion of input types to Py_ssize_t.

Made annoted C files easier to read.

Fix one warning was too high a level

Made the output generated by Pyrex much more verbose with better context information.

For example:

  /* "/Volumes/HOME/s/devel/sage-1/sage/matrix/matrix_generic_sparse.pyx":581
    x = set(v.keys()).intersection(set(w.keys()))
    a = 0
    for k in x:             # <<<<<<<<<<<<<<
        a = a + v[k]*w[k]
    return a
 */
  __pyx_3 = PyObject_GetIter(__pyx_v_x); if (!__pyx_3) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 581; goto __pyx_L1;}
  for (;;) {

Changed that error to a warning.

Fixed an error in a call to the error function.

Fix a Py_ssize_t build problem.

Add a new option "-e" or "--embed-positions" to Pyrex.

  -p, --embed-positions          If specified, the positions in Pyrex files of each
                                 function definition is embedded in its docstring.

This is very useful to support interactive viewing of *Pyrex* source
code in, e.g, IPython.

Change so that warning for multiple declarations are printed by default.

Delete spurious print statement (that was used for debugging).

Add correct setting of tp_name to the full module name in Nodes.py.

  This required a number of changes to a few files.  Basically, the
  full module name is determined in Main.py. It is then passed around
  a bit until it is used when generating tp_name.

  This change was needed because otherwise pickling of extension classes
  with full module names like sage.rings.integer.Integer would fail
  (since Python would look for integer.Integer instead).  NOTE: This is
  pickling of the extension class itself, not of instances (which could
  also fail, because the class doesn't pickle).

Print out the usage message if pyrexc is called with no options and no input source files.

Don't list experimental macosx only options.  Never needed in context of SAGE.

Add to help that multiple include directories are allowed.

Added nice error messages with context information.

Finally, you can see the line itself where the error occured,
instead of just the line number!!

Print "warning: " before warnings, so they look different than errors.

Added a "Warning" class, and changed it so redeclaring or re-importing is a warning rather than an error.

    Because Pyrex has no #ifndef macro, it is impossibly painful to use
    pxi files for declarations in a large project.  SAGE is a large project.
    Also, in Python it is not an error to import a module twice.  Thus
    more in line with Python's behavior, multiple declarations of the same
    symbol is no longer an error.

Version of Pyrex distributed with SAGE on October 19, 2006

Official Pyrex version 0.9.4.1