Tied unfolding model paragraph into single molecule methods paragraph

Fix drexe -> drexel typos in README URLs

Use \chapter{}, \section{}, and \ref{} in fdl.txt.

Also revert bustamante08 -> betterment08 spellcheck error introduced
in  96237f4dfe4fe90895e36f36199235cfb8282560

Added FDL appendix

Added README and COPYING (GNU FDL)

Added "Double T" folding pathway example

Added pathway / landscape folding model paragraph

Working through ligand/receptor figure

Working through introductory citations, HGP and Levinthal.

Fix figure 1.1 referencing/labeling

Merge branch 'master' of yang:./rsrch/notes/thesis

Some work cleaning up the introductory text

Draw Laser and Photodiode in AFM schematic.

Moved AFM-drawing functions from unfolding.asy to base_afm.asy & made substrate motion controllable

Broke the figures out into their own src subdirectory.

They used to live under the different chapters, but the new structure
will make it easier to share figure-generation code between chapters.

Broke sawsim chapter into sections and added local_words

Updated unfolding-distributions input paths in u..-d../main.tex

Added rough chapter outlines

Fix linenumbers handling and use 'subfig' drexel-thesis option

Moved chapter files to */main.tex

Merged viscocity notes

Merged my hyeon03 equation derivation

Brought in unfolding_distributions

Merged sawsim paper.

Converted to drexel-thesis class, compiles at home, multiple bibs.

Transitioned contour figure from MetaPost to Asymptote

Added latex framework and cantilever_calib appendix.

Began versioning