depgraph: queue ignored deps for later traversal

This will fix an issue with some build-time deps being ignored by
--complete-graph in cases when --with-bdeps is not enabled. It
should help --rebuild to find more rebuilds in this case.

depgraph: account for new-style virtual/libc

This will fix bug #364681.

trigger_rebuilds: handle circular deps

depgraph: traverse bdeps in complete mode

This makes the graph as complete as possible, and can help --rebuild to
find more rebuilds.

depgraph: ignore unwanted virtuals

This fixes an unwanted side-effect from commit
470871eeafa89a05486d4eb6f3f7626c1f813e4d.

emerge: add --rebuild and --norebuild-atoms opts

Rebuild when build-time/run-time deps are upgraded.

If pkgA has been updated, and pkgB depends on pkgA at both
build-time and run-time, pkgB needs to be rebuilt. This
feature ensures that all packages are consistent when
dependencies that are used at both runtime and build time
are changed.

This feature only rebuilds packages one layer deep. That
means that if you upgrade libcros, for example, packages
that depend directly on libcros will be rebuilt and
reinstalled, but indirect dependencies will not be rebuilt.

BUG=chromium-os:14296

TEST=Test whether packages rebuilding a bunch of packages.

Change-Id: Idbc0532b4b1de28fd9e5a0abe3b7dbe1a3abd2c8

Review URL: http://codereview.chromium.org/6905107

repoman: remove most old-style virtual checks

PROVIDE virtuals have been banned from Gentoo's tree (see bug #365505),
so these checks aren't needed anymore. The PROVIDE.syntax check is kept
in the Package class since PROVIDE is still supported for backward
compatibility, and therefore invalid syntax can still have negative
effects. This check can be removed if/when backward compatibilty is
completely dropped.

repoman: Check for PROVIDE.

This will fix bug #365505.

Support multiple arguments in set_unless_changed() and unset_unless_changed().
Use VARIABLE=VALUE syntax for arguments of set_unless_changed().

runtests.sh: propagate arguments to runTests

Bug #365439: Add set_unless_changed() and unset_unless_changed().

depgraph: migrate implicit libc deps from Sched

Now all the virtual/libc handling is done by the depgraph, which
will be helpful when fixing bug #364681.

install_qa_check(): Simplify code and make 'l' a local variable.

Check for references to ${ROOT} in install_qa_checks.

When ROOT != /, binaries that reference ROOT will load their
dependencies from ROOT first rather than from the system-configured
path. This is a problem because the ROOT will be / on the target
system.

Besides the above, this patch also fixes incorrect parsing of scanelf
output, where we would treat the RPATHs returned by scanelf as the
names of binaries.

TEST=When "stricter" FEATURE is enabled, verify that emerge
fails when an ebuild references broken rpaths referencing
ROOT. When "stricter" FEATURE is not enabled, verify that such
references are automatically fixed. Also verify that ebuilds
with non-broken RPATHs (e.g. RPATHs referencing $ORIGIN/../lib)
are not touched by the change.

BUG=chromium-os:14271

Change-Id: I4f29cc4ea9195a1255f080284da1f676e4a2c26b

Review URL: http://codereview.chromium.org/6903153

emergelog: only set permission on creation

This will fix bug #365319.

action_info: eliminate duplicate info_pkgs match

Currently, sys-kernel/linux-headers is matched by both a plain
sys-kernel/linux-headers atom and by the virtual/os-headers new-style
virtual. For backward compatibility, we're going to have duplicates
like this for at least a few months (see bug #364673, comment #5).
Therefore, automatically eliminate duplicates in the display. Entries
that include virtual provider info are preferred over those that do
not.

_postinst_bsdflags: apply to $ROOT, not $D

Move preinst/postinst_bsdflags from bash to py

Moving these commands from shell to Python helps avoid an unnecessary
call to misc-functions.sh for the postinst_bsdflags. This improves
performance.

BUG=none
TEST=Run emerge-x86-generic -eg --jobs=16 libchrome

Change-Id: I0c2af50b4d2f7644cabac84fde7fe4d682010c69

Review URL: http://codereview.chromium.org/6676107

display_preserved_libs: load plib_registry

Since commit 7535cabdf2fab76fc55df83643157613dfd66be9, the
plib_registry is modified in a subprocess, and the parent
process' copy can become stale because of this. Therefore,
explicitly load it.

emerge: add --misspell-suggestions=n option

This will fix bug #363137.

emerge: fix indent for --binpkg-respect-use help

emerge: add --help for 3 new options

emerge: add 3 new options similar to --exclude

Add --nousepkg-atoms, --useoldpkg-atoms, and --reinstall-atoms flag
to Portage

reinstall-atoms accepts a space separated list of package names or
slot atoms. Emerge will treat matching packages as if they are not
installed, and reinstall them if necessary.

useoldpkg-atoms accepts a space separated list of package names or
slot atoms. Emerge will prefer matching binary packages over newer
unbuilt packages. This is useful in case you want to request that a
particular package won't be rebuilt from source.

nousepkg-atoms accepts a space separated list of package names or
slot atoms. Emerge will ignore matching binary packages.

Change-Id: I0d73039c6a4cd63695b28ffc80215628e0e05c95

BUG=chromium-os:12507 TEST=Try out the flag

Review URL: http://codereview.chromium.org/6577024

--autounmask: Don't change masked/forced flags

This will fix bug #364701.

expand_new_virt: don't traverse blockers

expand_new_virt: validate EAPI, IUSE and USE

expand_new_virt: eliminate cpv_getkey

expand_new_virt: use stack for recursion

Bug #364467 - handle gcc-4.6-style QA warnings

Fix a typo.

emerge --info: support new-style virtuals

This will fix bug #364673.

ebuild(1): fix env FEATURES overrides bug #364035

repoman: deprecate more eclasses

repoman: cleanup gpgsign

Update timestamps in headers of modified files.

doins: tweak $DISTDIR symlink handling

Only match stuff inside $PORTAGE_ACTUAL_DISTDIR/ so that we don't
stray from PMS.

doins: dereference abs symlinks to files

Our fake $DISTDIR contains symlinks that should not be reproduced
inside $D. In order to ensure that things like dodoc
"$DISTDIR"/foo.pdf work as expected, we dereference symlinked files
that are referenced by absolute paths. Thanks to James Cloos
<cloos@jhcloos.com> for reporting this issue which he observed with
the sci-mathematics/minisat ebuild.

extract_affecting_use: test bug #363073

extract_affecting_use: allow parens in atoms

This fixes bug #363073 in which an InvalidDependString exception is
erroneously triggered by atoms containing EAPI 4 USE dependency
defaults. This case is very similar to bug #354003 which was fixed in
commit 8735222b77e66850213e2aa6a7ea48e744ba0d4f.

Remove unnecessary sync in Scheduler.py.

If we are passed a fakevartree object, it should already be sync'd, so
there is no need to sync it again here. This sync is only needed when
we create a new FakeVartree, so I moved the sync to the right place to
fix this.

BUG=chromium-os:14035
TEST=Build a bunch of packages with this patch.

Change-Id: I89d79cf946f4c0c27ad585ad7c88a41985260342

Review URL: http://codereview.chromium.org/6813084

Fix a typo in a comment.

Scheduler: add more info in docstring comments

This clarifies the purposes of _system_merge_started and _choose_pkg.

Add force-mirror FEATURE.

force-mirror: Only fetch files from configured mirrors, ignoring
SRC_URI, except when mirror is in the ebuild(5) RESTRICT variable.

BUG=chromium-os:13221
TEST=Test that ebuilds now fail with FEATURES=force-mirror if files are
not in the configured mirror.

Change-Id: I8484d5af8dff97b431398030b33c024ff1295ba0

Review URL: http://codereview.chromium.org/6677171

filter PORTAGE_GPG_SIGNING_COMMAND for ebuild env

Merge branch 'master' of git+ssh://git.overlays.gentoo.org/proj/portage

Support PORTAGE_GPG_SIGNING_COMMAND variable.

repoman: fix profiles.desc overlay path

Thanks to Alexey Shvetsov <alexxy@gentoo.org> for reporting this issue
and testing the fix.

Display: fix fetch restrict msg for RO_DISTDIRS

This will fix bug #361463.

Minor improvements in gpgsign().
repoman_settings["PORTAGE_GPG_DIR"] is always set.

Simplify calculation of repoman_settings["PORTAGE_GPG_DIR"] in gpgsign().
os.path.expanduser() works even when HOME environment variable is not set.

chk_updated_info_files: handle --quiet

This will fix bug #361257.

Use os.path.expanduser() to simplify code.

display_merge: tweak background/logging logic

dblink: rename 'buffer' var in _elog_process

Avoid name collision with built-in 'buffer' function.

unmerge: fix lock/UnsupportedAPIException logic

UnsupportedAPIException: handle unicode in EAPI

Normally EAPI doesn't contain unicode, but as in bug #359675, it can
contain practically anything if files in /var/db/pkg are corrupt.

emerge-webrsync: drop lzma support

The lzma snapshots have been replaced by xz snapshots, as discussed in
the "RFC: Remove .lzma in favor of .xz portage snapshots" thread on the
gentoo-dev ml:

http://archives.gentoo.org/gentoo-dev/msg_7de1b57ce531fdf33d33b5b070006436.xml

MergeProcess: add fallback setcpv call

It's important that this metadata access happens in the parent process,
since closing of file descriptors in the subprocess can prevent access
to open database connections such as that used by the sqlite metadata
cache module.

MergeProcess: query blockers in the main process

Metadata cache queries may not work for some databases from within a
subprocess. For example, sqlite is known to misbehave.

display_merge: pass through noiselevel args

Scheduler: pkg_to_replace beware old-style virt

BlockerDB: add SLOT match in discardBlocker

MergeListItem: inherit _poll and _wait

MergeProcess: relocate portage reinstall code

This code goes inside _start since it needs to execute in the parent
process.

unmerge: fix PORTAGE_BACKGROUND logic

Reoranize PackageMerge/MergeListItem interaction.

PackageMerge: call wait() for conformity

Update header timestamps for modified files.

MergeProcess: call elog_process for replaced pkgs

dblink: use self.mycpv in _elog

MergeProcess: toggle vardbapi._pkgs_changed

config: blacklist PORTAGE_BACKGROUND* vars

MergeProcess: handle unicode in elog pipe

env_update: remove sleep_for_mtime_granularity

Instead of sleeping, use os.utime to avoid mtime ambiguity.

Change-Id: I359ececca19b6be9f5997ac5c8fe6fea6ea49dd5

Review URL: http://codereview.chromium.org/6676150

PollScheduler: tweak _unregister event cleanup

PollScheduler: handle missing log directory

This can be triggered by AbstractPollTask._log_poll_exception(), as
reported by Michael Haubenwallner <haubi@gentoo.org> for AIX.

dblink: fix elog bugs for unmerge phases

vartree: remove broken scheduler reference

vartree: remove unused scheduler references

Since all the merge code runs inside MergeProcess now, there's no
reason to yield to the scheduler.

MergeProcess: separate unmerge output from merge

The unmerge output has been mixed together with the merge output since
commit 7535cabdf2fab76fc55df83643157613dfd66be9 because
dblink._scheduler was set to None. Now it's fixed to produce separate
logs like it used to.

ebuild(1): fix AttributeError for merge phase

  File "pym/portage/dbapi/vartree.py", line 4043, in merge
    merge_task.start()
  File "pym/_emerge/AsynchronousTask.py", line 23, in start
    self._start()
  File "pym/_emerge/SpawnProcess.py", line 118, in _start
    self._reg_id = self.scheduler.register(files.process.fileno(),
AttributeError: 'NoneType' object has no attribute 'register'

MergeProcess: close elog_writer_fd leak

MergeProcess: Fix PORTAGE_BACKGROUND/LOG_FILE use

In this subprocess we don't want PORTAGE_BACKGROUND to suppress
stdout/stderr output since they are pipes. We also don't want to open
PORTAGE_LOG_FILE, since it will already be opened by the parent
process, so we set the PORTAGE_BACKGROUND="subprocess" value for use
in conditional logging code involving PORTAGE_LOG_FILE.

Preserve elog message continuity during updates.

This integrates the fix from commit
8209aeab647b1ab80a64d5931069b3533776ef75 with the asynchronous merge
changes from commit 7535cabdf2fab76fc55df83643157613dfd66be9.

Merge packages asynchronously in Portage.

This allows for the scheduler to continue to run while packages are
being merged and installed, allowing for additional parallelism and
making better use of the CPUs.

Review URL: http://codereview.chromium.org/6713043

Update Portage to sync BlockerDB at init.

Currently, Portage syncs the BlockerDB before every merge. This slows
down merges considerably because it requires reading the entire vardb
from disk. Since Portage doesn't merge conflicting packages anyway, we
can optimize this by just reading the vardb at initialization and
caching that.

Change-Id: I6701926f022ef3aa2da10482fc8b09573ae24610

Review URL: http://codereview.chromium.org/6688037

emerge: support [ y | n ] for --ask

This allows --ask to be enabled via EMERGE_DEFAULT_OPTS, and then
temporarily disabled via the command-line. This may be useful for
programs that call emerge non-interactively, as in bug #360233.

Optimize ebuild.sh to cache preprocessing output.

Right now ebuild.sh runs preprocessing steps multiple times during the
same build. It processes the same environment and produces the same
output every time. This slows down the build unnecessarily.

This optimization cuts build time for 50 binary packages with 16 jobs
from 3m22 to 2m33 (33%).

Change-Id: I72ac84cce2eb60d17736cc5f5343d4a858ec86f4

Review URL: http://codereview.chromium.org/6733008

get_dep_chain: handle InvalidDependString

chk_updated_cfg_files: fix whitespace in message

Thanks to Dennis Schridde in bug #359681.

portageq owners: list orphans via stderr

emerge_main: add "args" parameter (sys.argv[1:])

Also, fix local portage.debug import so that "global portage" is
not necessary.

TaskSequence: also call CompositeTask._cancel()

This is a regression from commit
363a7478a100495d2e8597bc6c6d2fdac94339e0 but it's usually not
noticeable with Ctrl-C since SIGINT is propagated to nested processes.

Update timestamps in headers of modified files.

PackageVirtualDbapi: fix get() for reposyntax

CompositeTask: fix _wait for TASK_QUEUED

Though this case might never have been triggered, the logic was broken
for cases in which self.cancelled was false and a task was queued. In
this case we need to call back into the scheduler until the queued task
is started or we are cancelled, whichever comes first.

ebuild-ipc: import errno

EbuildIpcDaemon: use non-blocking write

This prevents the Scheduler from hanging if the client is killed before
we can send the reply, as reported by David James:

  http://codereview.chromium.org/6713003

This commit depends on ebuild-ipc (the client) opening the other side
of this fifo before it sends its request, which has already been added
in commit eff879ff0ce7dcc1ce68d5f16de1ec73051f8c18.

ebuild-ipc: use non-blocking read

This makes it possible for the daemon to send a reply without blocking,
thereby improving performance and also making it possible for the
daemon to do a non-blocking write without a race condition.

This reverts part of commit 81fc303212b8379219cf5d463c8717359b972dba,
which probably didn't help portability anyway. Now, ebuild-ipc is using
non-blocking read with os.read and EAGAIN handling, just like
EbuildIpcDaemon since commit 7e5b81da12dd7bd59f6620840dc0d824e3f4d69a
(known compatible with FreeBSD).

AsynchronousLock: implement _cancel