pyafm/stack.tex: Add AFM schematic to stack dependency tree

Give folks a concrete idea of the roll of each module.  Also grey-out
the calibcant node, since it's not part of the experiment control
stack.

apparatus/afm.tex: Use braces to link AFM and piezo subfloats

Prof. Cruz felt the relationship between the two subfloats should be
more obvious.  I use TikZ to draw an overlay line connecting saved
anchor points in the two subfloats.  PGF/TikZ is awesome!

The xshifts move the anchor points from the center of the brace
endpoint line (between the teeth) to the point of the brace (at the
back of the throat).

{pyafm,packaging}/main.bib: Update version information for live packages

Now they match the versions I was using for my final data runs.

software-versions: No need for a subdirectory for a single file

software-versions: Bump to 2013-02-21T19-24-00

software-versions: Bump to 2013-01-18T23-20-28

software-versions: Bump to 2013-01-18T22-29-25

software-versions: This is the 2013-01-17T11-19-26 run of version.sh

Since I'm adding these to a Git repository for easy diffing, I've
stripped the timestamp prefix.

version.sh: A script for recording version info of a Gentoo system

You can get a reasonable way towards this with:

  $ equery list '*'

but that doesn't give you revision granularity for live ebuilds (where
ebuild version 9999 could be anything :p).  Since most of my
experimental stack is live, I wrote up this script.

apparatus/polymer-synthesis.tex: Emphasize I27 in the title

Prof. Cruz pointed out that the focus on I27 seemed poorly motivated.
Name dropping in the title, this should raise awareness that this
section explains why we use I27, as well as how you make it.

Also start the slow transition to sentence-style capitalization in
section titles.

figures/binary/ants.jpg: Add ants figure

I'd meant to add this in 807439e (blurb/acknowledgments.tex: Flesh out
acknowledgements, 2013-05-08), but forgot to commit it.  Better late
than never ;).

introduction/main.tex: Add 'Why unfolding?' section

introduction/main.tex: Add a lead-in paragraph

Instead of jumping in at the top, Prof. Cruz suggested zooming out
from my work to the big picture before drilling back down.  Adding
more context can't hurt ;).

Convert existing external references to \xref, \fref, etc.

Hooray consistency!

local_cmmds.tex: Add 'section' processing to \fref

Again, matching cleveref's \cref{} formatting

local_cmmds.tex: Use `Eq.` instead of `Eqn.` in \fref

For consistency with cleveref's \cref{}.

local_cmmds.tex: Only equations need (value) in \iref

We want `Eqn. (a)` and `Fig. b`, not `Fig. (b)`.

local_cmmds.tex: Escape whitespace in \xref

Now

  (\xref{a}{equation}{c})

is rendered as

  (A Eqn. (c))

instead of

  ( A Eqn. (c) )

local_cmmds.tex: Remove posessive in \xref

Because

  Name^{ref}'s Eq. (X)

looks silly, and I couldn't find a clean way to get

  Name's^{ref} Eq.(X)

local_cmmds.tex: Add \iref, \fref, and \xref

This makes it easy to get consistent (and flexible) formatting for
references to external equations, figures, etc.  I'm surprised that
this isn't somehow bundled into cleveref or natbib.  If I get time, I
may try and pull it out into its own package.

Based Joseph Wright's answer [2] to a question about switch statements
[1].

[1]: http://tex.stackexchange.com/questions/29133/how-to-create-switch-structure-comparing-strings-in-latex
[2]: http://tex.stackexchange.com/a/29139

src/pyafm/main.tex: Add missing em-dash in Whitehead epigraph

calibcant/discussion.tex: Cite benedetti12 for valid "Lorentzian"

Maybe there is a distinction between "a Lorentzian function" and "the
Lorentzian" that I am unaware of...  At least Benedetti uses the right
function.

calibcant/theory.tex: Cite benedetti12 for eq:DHO-psd

He has a similar treatment to my theory section in his section 8.2.1
(Spectrum of a cantilever) starting on page 99.

Congratulations on graduating, Fabrizio!

blurb/acknowledgments.tex: Flesh out acknowledgements

Thank people :D.

Also add contact info and link to the Git repository for people who
only stumble across the dead-trees version of this thing.

README,root.tex: Update drexel.edu to tremily.us

That way they'll point somewhere I can maintain after graduating.

src/hooke: Initial work on a Hooke chapter

I'm stopping here and moving on to my buffer-results from February, so
I have something to show at my next committee meeting.

apparatus/cantilever-calib.tex: Avoid blank lines before \nomenclature{}

calibcant/theory.tex: Rework general derivations to remove G_1 (G_1p -> G_1)

Values for the G constants are more easily calculated from the
equipartition theorem than through chaining G definitions.  I removed
G_1 entirely, and renamed G_1p -> G_1.

I also check my results against publishes sources.  It would have been
helpful if I had discovered burnham03 earlier :p.  They have a general
PSD formula, white and 1/f noise terms, and interference-based piezo
calibration.  Institutionalizing knowledge like this (vs. relying on
vast literature searches) is a good reason to consolidate work around
a small numer of open source tools.  Sigh.

root.bib: Confirmation from Bechhoefer about missing 1/pi in A12

On Tue, May 07, 2013 at 07:19:32PM -0700, John Bechhoefer wrote:
> Right you are!  And you are the first person in > 10 years to catch
> this :)

packages.tex: Don't use footmisc (it doesn't mesh with hyperref)

From the footmisc manual:

  User interface---interactions with other packages
  ...
  hyperref

    The hyperref package has ambitions to make hyperlinks from
    footnote marks to the corresponding footnote body; naturally this
    causes grief to footmisc, and unfortunately no remedy is currently
    known. If you use footmisc, suppress hyperref’s hyper-footnotes,
    by loading it as:

    \usepackage[hyperfootnotes=false,...]{hyperref}

    Further work on the interaction between the two packages is
    proposed, but not yet scheduled.

See also:
http://tex.stackexchange.com/questions/71664/why-are-all-of-my-footnotes-hyperlinked-to-the-titlepage

I can't delay the hyperref import until after footmisc, because the
hyperref import happens inside drexel-thesis.

calibcant/discussion.tex: Fix 'eq:eq:peak-frequency' -> 'eq:peak-frequency'

root.bib: Add livadaru03 and burnham03 and mark typos

Typos in equations listed in bechhoefer02, schlierf06, livadaru03, and
puchner08.  I have contacted the listed author in each case, but so
far there are no published errata :(.  To be fair, I only emailed
Bechhoefer a few hours ago ;).

Excerpts from the relevant emails:

On Tue, Apr 08, 2008 at 07:16:34PM -0400, W. Trevor King wrote:
> ...
> > My double integral is exploding, so I was double checking your formulas.
> I believe you swapped signs in the exponent in your Kramers' rate equation.
>
> It should be
>  k^-1 = 1/D \int_{x_-}^{x_+} e^{  \beta U(x)} [ \int_{0}^{x} e^{- \beta U(x')} dx' ] dx
> not
>  k^-1 = 1/D \int_{x_-}^{x_+} e^{- \beta U(x)} [ \int_{0}^{x} e^{  \beta U(x')} dx' ] dx
>
> See, for example, H\"anggi et al., Rev. Mod. Phys 1990,
>   http://prola.aps.org/abstract/RMP/v62/i2/p251_1
> Equation 4.56b,
> or Socci et al., J Chem Phy 1996
>   http://arxiv.org/pdf/cond-mat/9601091
> Equation 2.

On Wed, Apr 09, 2008 at 09:03:02AM +0200, Michael Schlierf wrote:
> For your second email: So far I am pretty sure about our published
> solution as it worked out. So have you double checked your integral
> borders? Try Kramers first in a simple potential, like a cusp-like or
> flat one. For those some analytical solutions are known and you could
> compare.

On Fri, Sep 07, 2012 at 07:09:17AM -0400, W. Trevor King wrote:
> On Fri, Sep 07, 2012 at 09:28:41AM +0200, Roland Netz wrote:
> > sorry for the confusion: Yes, the formula Eq 46 contains typos, as
> > you correctly point out.
>
> Ah.  Some sort of heads-up on the article page would be useful,
> because at least Puchner [1] quotes the typo-containing version.

On Wed, Sep 12, 2012 at 01:37:23AM +0000, Puchner, Georg Elias Michael wrote:
> thanks for pointing this out, I wasn't aware of this typo and also
> think they should have published and erratum.
>
> I dug into my old data and code (I am not doing force spectroscopy
> andy more since some years) and implemented your corrected
> version. I attached a comparison of my old transformation equation
> (black line with the parameters γ=22° and b=0.4 nm as published) and
> the fixed equation (dashed red line with γ=41° and b=0.11 nm)
>
> As you see, the quality is only slightly increased for some peaks
> but the parameters now make more sense...

On Tue, May 07, 2013 at 07:05:31PM -0400, W. Trevor King wrote:
> I'm citing your thermal spring constant calculation [1] in my thesis
> [2] to confirm my derivation of the overdamped power spectral density
> of a harmonic oscillator.  I was just double-checking my PSD (at the
> end of section 5.2.1 “Highly damped case”, currently around page 48)
> against your equation A12:
>
>   x²(ω) = (2kBTγ) / [k²(1+ω²τ₀²)]       (A12)
>
> It looks like you're missing a factor of 1/π...

pyafm/stack.tex: Fix \citetalias{...} from 'swig' to 'beazley96'

local_cmmds.tex: Add \order and \cf commands

pyafm/conclusions.tex: Mention materassi09 and aioanei11 as alternatives

calibcant/procedure.tex: Mention materassi09's alternative bump technique

sawsim/discussion.tex: Talk about benedetti11 in relation to my analysis

root.bib: Add kuhn05, materassi09, aioanei11, and benedetti11

The first three include alternatives to Hooke, and the last treats my
king10 theory with a simulation-avoiding bent.

pyafm: Use 'open source' instead of 'FLOSS'

Less jargon, and more consistency (e.g. with my title ;).  The libre
distinction is small, and not particularly critical to this paper.  I
think it is essential that labs let you see their experiment control
software (eakly open source).  Whether or not their license allows for
sharing is less critical, although without significant funding
differences, I expect share-alike software to quickly surpass
no-derivatives software in terms of functionality.

Fixes suggested by my mom (Lynn Duncan)

Mostly in one of the following categories:
* Fixing typos
* Reducing colloquialism and jargon
* Adding clarification and background

blurb/vita.tex: Add a CV using bibunits and currvita

The CV is still commented out (\include{blurb/vita}), but it will be
ready to go once I get into the final drafts.

blurb/acknowledgments.tex: Change 'Graphical' -> 'Graphics'

Hopefully this makes it clear that these are languages for writing
graphics, not languages where you program via a graphical interface.

blurb/acknowledgments.tex: Link to GNU, Linux, and Gentoo separately

It doesn't take up any more space, and it gives folks who may not
recognize the names easy access to more context.

root.tex: Add commented out 'approvalform' option

So I don't forget when I produce the final copy.

sawsim/discussion.tex: Fix '1li00' -> 'li00' typo

packaging/main.bib: Python prefers the '' prefix

pyafm/main.bib: Add reference for OMEGA

sawsim/discussion.tex: Fix minted markup for sawsim snippets

src/root.bib: Fix 'RWTillamnn' -> 'RWTillmann' typo

This was a typo in the metadata at Science.  I sent them an email
suggesting they correct their data, but didn't fix all of my own :p.

src/root.bib: Fix 'HJHudspeth' -> 'AJHudspeth' typo

sawsim/discussion.tex: Fix Python citetalias

calibcant/discussion.tex: Fill in section on data archival

calibcant/discussion.tex: Pluralize 'formulae'

calibcant/discussion.tex: Fix 'florian95' -> 'florin95' typo

root.bib: Fix markup issues for BDrake, YMartin, and HKWickramasinghe

Also remove a duplicate martin87 entry.

sawsim/discussion.tex: Fix 'Propogation' -> 'Propagation' typo

calibcant/discussion.tex: Fix simplifying multiplication for eq:peak-frequency

We can divide out all the things that *aren't* zero, and still have
the right hand side be equal to zero.  However, that doesn't mean that
the new right hand side is the same as the old right hand side ;).

calibcant/discussion.tex: POE is approximate (first order Taylor)

calibcant/discussion.tex: Cleanup peak-frequency discussion

Add $f_\text{max}$ for clarity, and link to this equation from the
vibration figure.

root.bib: Fix math markup in tlusty98 note

calibcant: flesh out calibcant chapter

Figures, references, theory, etc.

calibcant/theory.tex: Increase linking to apparatus/cantilever-calib

calibcant/theory.tex: Cleanup after de-appendicizing

I added a new command \abs{} for absolute values, which uses \lvert
and \rvert.  This works better than |...|, because the lines stretch
to enclose their argument.  The nomencl package also refuses to add
entries containing the pipe symbol to the nomenclature.

pyafm/discussion.tex: Fix 'fig:fig:...' -> 'fig:...' typo

sawsim/discussion.tex: Fix '\ie ' -> '\ie\ ' typo

LaTeX macros gobble the trailing space, unless we escape it with '\ '.

calibcant: Move most of the derivation in from the appendix

Shrink the cantilever-calib appendix down just the bits where I've
added tons of intermediate steps.

apparatus/cantilever-calib.tex: Summarize the experiment procedure

Folks might find the raw equation unenlightening.  Hopefully a few
words about the procedure will help this teaser sink in so they're
ready for the calibcant chapter.

calibcant/main.tex: Label chapter and sections

Most of the theory derivation (except for the long integrals) will
move here from the current calibration appendix.  The new labels allow
us to link into the calibcant-based chapter (vs. a theory-only
chapter), where I can highlight my work.

apparatus/cantilever-calib.tex: Move nomenclature out of paragraph

This makes it easier to read the text of the paragraph itself, which
had previously ended a paragraph with a sentence (fixed now).

sawsim/discussion.tex: Remove Who's who (only I care ;)

pyafm: Fill in the chapter on my control stack

Use minted for syntax highlighting in code excerpts (yay pygments!).

figures/labview-comparision: Data and figures comparing control stacks

This should be automated, but I don't have time now.

Update to TeXLive 2011 needs protected caption subrefs

To avoid:

  ! Argument of \@caption has an extra }.

fragile \subref{} calls in \caption{} arguments need to be
\protect-ed.  For details, see:

  http://tex.stackexchange.com/questions/31817/texlive-2011-and-subfig

where egreg points out that the change probably happened in the bump
to caption 3.2.

root.bib: Add missing @string definition for APL

root.bib: Add missing commas in martin87 and meyer88

pyafm: Split into per-section files

This makes the source for a particular section easier to find.

apparatus/cantilever-calib.tex: Use '\cite{...}' instead of '\citep{...}'

\citep doesn't seem to work inside \nomenclature.

Replace '\cite{...}' with '\citep{...}'

This way we get the configured natbib formatting.

cantilever/discussion.tex: Update sawsim link

Shortly after this thesis is finalized I should graduate ;).  Point
folks reading the thesis to my personal site for sawsim, instead of
the Drexel site that I may no longer control.

Also:
* Add a more informative section title.
* Use \citet{} instead of hardcoding Walton et al.
* Use \url{} for a clickable link.

cantilever/main.tex: Clarify title with "stiffness effect"

cantilever/simulations.tex: Link to sec:sawsim:cantilever

cantilever/theory.tex: Cite Walton 2008 as motivation

introduction/main.tex: Expand on the landscape/pathway distinction

introduction/main.tex: Tighten single molecule lead-in

Replace "imposes certain limitations on" with "limits" ;).

Merge remote-tracking branch 'local/master'

With thesis development distributed over a number of machines, I lost
track of a few repositories.  This pulls in some changes from a
recently rediscovered repo.

* local/master:
  Relabel src/unfolding/rate.tex as sec:unfolding-rate.
  Consolidate references to cantilever calibration summary as sec:cantilever-calib:intro.
  Remove cruft from SCons generator bodies.

Conflicts:
src/apparatus/main.tex
src/unfolding/rate.tex

src/pyafm/main.tex: Add a space after \pyafm in the header

src/figures/fit-space/extract_fit_valley.py: print -> print()

src/figures/script/pyfit: print -> print()

src/figures/cantilever-data/make_v_dep_plots.sh: print -> print()

Fix embedded Python syntax to avoid:

  ./make_v_dep_plots.sh
    File "<string>", line 1
      print '%.2f' % 131.97793902439034
                 ^
  SyntaxError: invalid syntax

src/figures/cantilever-data/get_v_dep.sh: print -> print()

Fix embedded Python syntax to avoid:

  cd .. && ./get_v_dep.sh
    File "<string>", line 1
      print '%.2f' % 131.97793902439034
                 ^
  SyntaxError: invalid syntax

src/figures/cantilever-data/avg_data.py: Vs.sort() -> sorted()

Avoid:

  cd .. && python avg_data.py
  Traceback (most recent call last):
    File "avg_data.py", line 78, in <module>
      write_average_file(FofV, avgK)
    File "avg_data.py", line 55, in write_average_file
      Vs.sort()
  AttributeError: 'dict_keys' object has no attribute 'sort'

src/figures/cantilever-data: Modernize print statements

Old                 New
===============     ================
print >> x, ...     x.write(...)
print ...           print(...)
'%s' % (...)        '{}'.format(...)
===============     ================

The old `print >> ` syntax wasn't Python 3 compliant.

src/figures: Use open() instead of file() in Python scripts

file() is gone in Python 3, and open() was always the prefered method
for opening files.  I just didn't know that when I wrote the original
code ;).

root.bib: add roman12 entry for Marisa's thesis

Stub out pyafm and calibcant chapters.

Add Prof. Cruz as an advisor.

Merge unfolding and tension chapters back into sawsim chapter.

In order to focus on my contributions, I think it would be clearer to
bundle the theory into the sawsim chapter.  They're all very closely
related, and it means I can keep patting myself on the back throughout
the chapter so the reader doesn't loose focus ;).

This commit is mostly a reworking of the sawsim chapter.

Other changes:

* Dissable old SCons asymptote build.  I'm using the build-asy.py
  script for this now, and I haven't worked out how to wedge that into
  SCons yet.  The problem is all this scratch-directory linking.
* Add an E. coli index point in apparatus/polymer-synthesis.tex.
* Add blub/gumbel.tex (not currently included) to work out the
  different probability distribution nomenclature.
* Add wlc-extension.asy, wlc-model.asy, fjc-extension.asy,
  fjc-model.asy, landscape-bell.asy, and wiggle.asy.
* unfolding.asy: pull Wiggle out into wiggle.asy.
* cantilever/theory.tex: flesh out energy landscape caption.
* introduction/main.tex: link rief02 for simulation/experiment
  comparison.
* local_cmmds.tex: add \Langevin, \insilico, \invitro, \invivo,
  \pysawsim.  Comment out \r and \rs (which aren't used?) because they
  were colliding with something inside Angstroms (\AA).
* root.bib: Add wikipedia:gumbel, gumbel58, wikipedia:GEV,
  wikipedia:gompertz, wikipedia:gumbel-t1, wikipedia:gumbel-t2,
  dudko08, baljon96, fisher99a, fisher99b, zlatanova00, viani99,
  capitanio02, binnig86, williams86, martin87, and meyer88.  Also fix
  a few BibTeX markup issues.
* packages.tex: fix struct -> struck typo and import booktabs and
  fancyvrb.  Also disable lineno usage in final mode.
* root.tex: disable lineno usage in final mode and remove unfolding
  chapter.
* sim-hist.asy: smaller size.
* fit-valley.asy, sim-sawtooth.asy: smaller size, more consistent axis
  labeling.
* kappa-sawteeth.asy: more consistent axis labeling.

Shrink expt-sawtooth.asy to a more reasonable size.

Also make the x-axis label more explicit ("Distance" was too vague).

Consolidate fig:afm-schematic and fig:piezo-schematic into one figure.

Also cite binnig86 (AFM with STM sensor) and meyer88 (AFM with optical
lever) when introducing the AFM.

Limit default graphMatrixFile palette to 8192 colors.

For some reason, leaving it at the default 32761 gives me unfilled
color bars for z scaling.

Use 1/3 instead of 0.\bar{3} in monte-carlo.asy.

I'm already using \bar{} for the complex conjugate.