Fix \notation -> \nomenclature in singledomain_constantloading.tex

Fixed cantilever-data figure Makefile dependencies (again :p)

Added \equiv to the notation list.

Fixed up cantilever-data/Makefile to trigger DATA_DIRS generation.

All cantilever-data/*.sh scrips now exit on errors.

Completed cantilever data figure integration.

Renamed "plot-splits" to the more obvious "v-dep"

Working cantilever-data generation into the Makefile

Brought in cantilever-data generation scripts.

Added temporary caption to fig:cantilever:loading-rate (thanks Mom).

Added monte-carlo.asy figure (and the epsdice package it depends on).

Added a second pass through BibTeX to pick up any references in
the "note" field.  There don't seem to be any new inclusions after
that point.

Corrected press92 key (had been 02.  Oops :p).

Relabeled eq:model-psd.  We don't fit the post-equipartition theorem
version (eq:DHO-psd), because we're preparing to test the fit, and
we don't gain anything by plugging in a few more scaling factors.

Cleaned up cantilever-calib equations.

Replaced all remaining \cite{} calls with natbib's \citep{} and
\citet{}.

Switched from semicolon to comma to separate multiple citations.

Switched from plainnat to unsrtnat so citations are numbered in
the order in which they appear.

Upgraded to drexel-thesis v0.7 (\iffinal).

Use a bit less negative space for \logp{}

Fixed the bulk of Mom's remaining typos and clarification requests

Fixed typos Mom found in the appenidicies + switched cantilver-calib to cref

Use - instead of _ in labels (I think it looks nicer :).

Note that using multiple references in \cref in appendicies
  \cref{eq:res-thm,eq:res-simple}
breaks with cleveref v0.14.2 (but works with v0.15.3).  The errors were:
  ! Missing number, treated as zero.
  <to be read again>
                     {
  l.94 Applying \cref{eq:res_thm,eq:res_simple}
Caused by \@results like
  {2147483647}\@result
rather than the newer
  2147483647,\@result

Addressed Mom's concerns about WLC indexing and fixed some sawsim typos

Add Index and Nomenclature sections

Moved figures/contour/contour.asy to asyfig workflow

Fix i_dep.d -> i-dep.d

Add FIGS variable to asyprocess Makefiles to reduce duplication

Also moved the other two schematic ASY figures over from external
builds to asyfig.

Added labels to cantilever simulation figures

Pull out cantilever peak index simulation figure.

Use packages.tex in asyprocess calls

Working my 2009 Biophys Soc poster into cantilever/

Several large asymptote figures, so rather than using fully external
asy (non-matching fonts, etc) or \usepackage[inline]{asymptote}
(recompiles all asy graphics every time), I've switched to asyfig
  http://www.ctan.org/tex-archive/macros/latex/contrib/asyfig/
The current CTAN version is v0.1b, but that wasn't quite flexible
enough, but Will Robertson versions in git, so I cloned his branch
  http://github.com/wspr/asyfig
and added what I needed
  http://www.physics.drexel.edu/~wking/code/git/asyfig.git/

I don't think it's all working yet, but there's a lot of work since my
last commit, so here's a checkpoint ;).

Fix other errata listed on wiki.creativecommons.org/Legalcode_errata

Added I27 introduction to sec:cantilever

Added Introduction \section{Thesis Outline}.

Spellchecked introduction/main.tex.

Changed title (again :p) to:
  "Temperature and cantilever dependent protein unfolding"

Changed title to "Mechanical protein unfolding analysis"

Oops.  \copyrightCCBYSA -> \copyrighttextCCBYSA

Move Sawsim into paragraph fully into sawsim/introduction.tex

GNU FDL too restrictive, use CC-by-sa instead.

Tied unfolding model paragraph into single molecule methods paragraph

Fix drexe -> drexel typos in README URLs

Use \chapter{}, \section{}, and \ref{} in fdl.txt.

Also revert bustamante08 -> betterment08 spellcheck error introduced
in  96237f4dfe4fe90895e36f36199235cfb8282560

Added FDL appendix

Added README and COPYING (GNU FDL)

Added "Double T" folding pathway example

Added pathway / landscape folding model paragraph

Working through ligand/receptor figure

Working through introductory citations, HGP and Levinthal.

Fix figure 1.1 referencing/labeling

Merge branch 'master' of yang:./rsrch/notes/thesis

Some work cleaning up the introductory text

Draw Laser and Photodiode in AFM schematic.

Moved AFM-drawing functions from unfolding.asy to base_afm.asy & made substrate motion controllable

Broke the figures out into their own src subdirectory.

They used to live under the different chapters, but the new structure
will make it easier to share figure-generation code between chapters.

Broke sawsim chapter into sections and added local_words

Updated unfolding-distributions input paths in u..-d../main.tex

Added rough chapter outlines

Fix linenumbers handling and use 'subfig' drexel-thesis option

Moved chapter files to */main.tex

Merged viscocity notes

Merged my hyeon03 equation derivation

Brought in unfolding_distributions

Merged sawsim paper.

Converted to drexel-thesis class, compiles at home, multiple bibs.

Transitioned contour figure from MetaPost to Asymptote

Added latex framework and cantilever_calib appendix.

Began versioning