Added illysam branch

W. Trevor King (2010-6-3):
This branch originally had a separate root from the default branch,
despite being a fork.  The history of the forking has been lost, so
I'm grafting it on at a likely place.  The graft should help with
merging future changes, but don't consider it to be the true history
of this branch.

fixed: plot does not display on Windows at program launch (troubleshooting issue 1)
fixed: driver tries to open a directory (issue 15)

fixed counter issue

Fixed MFP1D export from Igor 4 (wavenote was not complete)

adding a folder creation with the good plot files inside

(hooke_cli.py) text export, now with measure units. Fixes issue 0014

(mfp1dexport.py) Fixed k determination, at least until we find news on the mysteries of mfp export

(mfp1dexport.py) Fixed trivial bug in K determination ; fixed optimistic __init__ leading to random crashes

(hooke_cli.py) fixed export - bug 0011

pCluster ver.1 ... working! oneClick style. Updated with automatic filter calculation.

Updated with "debug" option and some explanation.
Maybe the last update!

(mfp_igor_scripts) Scripts committed

(mfp1dexport.py , mfp_igor_scripts) Initial indirect support for the MFP1D Asylum microscope files, via exporting scripts

pcluster improved with density estimation and second PCA. next step will be to clean everything in order to use pCluster in oneClick style!

updated with density limit

Just added a new config variable, "force_multiplier", which unsurprisingly muliplies each Y on an SMFS curve. Default value is 1. This is sometimes useful for calibration.

(autopeak.py, etc.) added noflatten option to autopeak, plus small stuff here and there

(mcs.py) lower- and upper- case both working

(mcs.py , generaltccd.py) added first version of TCCD driver and utilities

Added a small feature in the 'autopeak' command. If the variable 'baseline_clicks' is set to -1, no baseline is calculated. Rather, the ordinate of the contact point (either hand-picked or automatically found depending on other autopeak arguments) is taken as the zero force point.

add doublepca and triplepca functions

(autopeak.py, flatfilts.py, hooke_cli.py) various error checkings

PCA improved: it takes columns and multiplier factor from pca_config.txt or from second argument, and save a png file.
new MULTIPCA function: multiply selected column for values 1-100 and save all plots.

(tutorial.py) updated plugin tutorial

nothing of important (new function for building a file's coordinate)

(pcluster.py) again, dirty stuff for testing

add file configuration in order to choice the pca's columns

configuration file for pca's columns

(pcluster.py) testing stuff for test datasets

(pcluster.py) fixed typo

fixed many importants bugs: flatten, c_leng(ths) and p_leng(ths)

(pcluster.py) fixed stupid crash

little changing in the list of clustering coordinates (columns view)

(flatfilts.py) fixed peaks command crashing (pcluster.py) fixed contact point determination

(autopeak.py) fixed stuff about color management

(generalvclamp.py) now linefit_between accepts whatset

(libhookecurve.py, hooke.py , fit.py, generalvclamp.py) Added color attribute to the PlotObject

(pcluster.py) temporary things for quick and dirty testing

(hooke.py) scatter_red patch to have red scatterplot

(pcluster.py) last version by paolo

(libhooke.py) fixed stupid algorithm for finding nearest contact point

(generalvclamp.py) error checking in slope command

(pcluster.py) fixed scatterplot of pca

(pcluster.py) still trying stuff

(flatfilts.py) seedouble config variables was unused; fixed

(pcluster.py) added pca, pclick - requires MDP

(pcluster.py) fixed indentation (ok)

(pcluster.py) fixed indentation (maybe)

(pcluster.py) fixed missed declaration

(hooke_cli.py , hooke.py) fixed nasty bug preventing correct datasets to be chosen

(libhooke.py) fixed crash when saving playlist with wrong path

(pcluster.py) fixed bug in saving filenames; adding coordinates

(pcluster.py) now almost working

(pcluster.py) output of basic coordinates for further analysis

(pcluster.py) now accepts fixed persistent length

(pcluster.py) fixed crash when file not recognized

added first (still to debug) version of pcluster

(autopeak.py) prints measurements before AND after choosing peaks

(autopeak.py) whatset variable now defined, led to crash in some cases, fixed

(fit.py , flatfilts.py) fixed severe bug in convfilt; now contact point is correctly calculated for every curve

(autopeak.py) autopeak outputs sigma for contour length and persistence length

(fit.py , autopeak.py) wlc fitting now uses ODR algorithms. wlc command returns standard deviations of parameters

(fit.py) wlc now returns errors from the covariance matrix -but I would not trust them

(autopeak.py) fixed stupid error when pl is fixed

(autopeak.py) automatically discards spurious peaks with nonsense persistence lengths

autopeak now in autopeak.py and eliminated from generalvclamp.py

(hooke_cli.py) added _clickize method to ease ClickPoint conversion

(fit.py) wlc and autopeak now take the persistent length in nanometers, NOT in meters

(generalvclamp.py) fixed stupid fencepost error that crashed autopeak

(generalvclamp.py) fixed crash in autopeak due to too few points available for a fit

(hooke.conf) default T now 28 celsius

(hooke_cli.py , generalvclamp.py) when asks filename, you know of what

(generalvclamp.py, hooke.conf) automated and half-automated baseline for autopeak

(flatfilts.py) deleted useless convconf command

(flatfilts.py) setconv stub fixed

(flatfilts.py) documentation and cosmetic changes

(generalvclamp.py, hooke.conf) autopeak WLC fit interval - now also in nanometers

(fit.py) Continuing to sandbox stuff for better contact point algorithm

Default playlist loaded at startup.

(hooke_cli.py) Implemented info command

(hooke_cli.py) Fixed small error catching in do_copylog

(generalvclamp.py) catching all exceptions in plotmanip_flatten so to avoid unnecessary crashes

added a couple of 'del' commands at the end to avoid possible memory leaks

Implemented fcfilt - similar to flatfilt, but for force clamp curves.
Cleaned up older commands (e.g. using self._delta instead of self.measure_N_points)

(libhooke.py) find_graph_coords now takes finds the point closer to clicked point, and not justi n x axis as before
(macro.py) uses workdir in hooke.conf instead of self.currentdir

(macro.py) now uses safeinput call

(hooke:cli.py) changed previously forgotten alphainput in do_exit

(libinput.py) new function 'safeinput', more general and friendlier syntax
      fixed some bugs in numinput
(hooke_cli.py, viewer.py,libviewer.py) now use safeinput calls

(jpk.py) Added deflection, but a lot of things still behaving weirdly

(fit.py) Solved stupid regression -now wlc does not crash if you click two times the same point

(hooke_cli.py) Updated note command to incrementally save notes -a lot of headaches when Hooke crashes should be relieved

(libviewer.py, viewer.py, liboutlet.py, libinput.py) added some comments
(libviewer.py, viewer.py, liboutlet.py) now using safe inputs

updated startup copyright notice

(hooke_cli.py) fixed tab problem
(liboutlet.py) fixed outlet.pop()
(hooke.conf) reverted to default file (oops)

(liboutlet.py) collector of command line output
(libviewer.py, viewer.py) outlet output handling and sample code
(libinput.py) safer than raw_input functions
(flatfitls.py, generalclamp.py,hooke_cli.py, generalvclamp.py, fit.py) commands here now also send input to outlet
(hooke_cli.py) inputs now use libinput calls

(picoforcealt.py) Alternative driver for picoforce
(picoforce.py) Fixed error message in Zdomains

JPK driver now consistent with hooke conventions, wlc and peaks now seem to work on JPK curves

Added first draft of jpk.py driver for JPK instruments -still not full,nor consistent.

Added copyright information (I settled on LGPLv3)