index.html.itex: List new software in conclusions

Try to convey the scope of my additions ;).

media/src/asy/fit-valley*asy: Fix 'k_{uo}' -> 'k_{u0}' typos

index.html.itex: Distinguish between conclusions and future work

index.html.itex: Claim my stuff (the pyafm stack and sawsim)

Make it obvious what I'm contributing.  I have the inconsistency slide
about calibcant, so it probably doesn't need a similar tweak.

index.html.itex: More detailed titles on TOC slides

To help folks understand why we're doing Monte Carlo simulations and
salt experiments.

index.html.itex: Make scale examples smaller

We don't want them to seem like conclusions.

pbs-0.5M-CaCl2-hist.asy: Use a linear y-axis (unfolding frequency)

On a log scale, significant differences don't seem so significant ;).

index.html.itex: Add a calibcant calculation flow chart

index.html.itex: Realign kappa results to fit on small screens

With 1024x768 resolution, the original alignment had been pushing the
x standard deviation units (nm) off the screen.

index.html.itex: Add acknowledgments

index.html.itex: Add conclusions for salt, hardware, and software

index.html.itex: Cite Sandal-2009 for Hooke

index.html.itex: Add Hooke slide

No time for details, but let people know that going from unfolding
curves to histograms is not trivial.

index.html.itex: Use half-width unfolding schematic for sawsim intro

It doesn't matter with a tall, skinny schematic, but it's a half-width
slot.

index.html.itex: Label piezo crystal as PZT

Otherwise I will surely forget its name ;).

Add histograms comparing PBS unfolding with PBS + 0.5 M CaCl2

These are the histograms (and the unfolding force series from which
they are constructed) used in the sawsim fits on the following slide.
`diff --git a/Makefile b/Makefile
index 3e7e510..6fa0f2c 100644
--- a/Makefile
+++ b/Makefile
@@ -53,7 +53,8 @@ THUMBNAILS = \
  $(DEST)/fit-valley-fw-fh.png \
  $(DEST)/1TIT-hbond-fw-fh.png \
  $(DEST)/fit-valley-PBS-hw-hh.png \
- $(DEST)/fit-valley-PBS-0.5M-CaCl2-hw-hh.png
+ $(DEST)/fit-valley-PBS-0.5M-CaCl2-hw-hh.png \
+ $(DEST)/pbs-0.5M-CaCl2-hist-fw-fh.png

 # $(DEST)/landscape-cant-hw-hh.png

css/local.css: Highlight the active entry in the table of contents

index.html.itex: Add a table of contents at the start of each section

index.html.itex: Fix 'Sawsim' -> 'Salt' for salty buffer slides

A copy-paste error.

media/src/asy/fit-valley-PBS*: Add sawsim fit valleys for salt data

wtk_graph.asy: Fix palette positioning in graphMatrixFile

We know where the figure axes end (k_u0 and dx) in graph coordinates,
and the palette() function expects and initial and final pair in graph
coordinates, but we want the palette offset to be in frame
coordinates.  This means we need to take our figure corners from graph
coordinate through picture coordinates to frame frame coordinates, add
our offset, and go back through picture coordinates to graph
coordinates before passing the values in to palette().

fit-valley.dat: dx data is in meters, not nm

.gitignore: Add index.html (generated from index.html.itex)

beige.css: Treat objects (SVG) and videos like images

With the same borders, etc.  Principle of least surprise ;).

beige.css: Use white borders for images

The dark borders are a bit too distracting for me.

css/theme/font: Use local fonts, not Google's live versions

I still want to be able to give this talk if I don't have network
access ;).

index.html.itex: Convert index.html to itex2MML-generated source

For easy math inclusion.  Also fill in the bulk of my talk, up to the
salt stuff.  All of the figure generation is handled by the Makefile,
just run `make` and point your browser at the generated index.html.

monte-carlo.asy: Use epsdice package for the dice

In the thesis, this is imported at globally, but for stand-alone
Asymptote graphics we need this local import.

media/src/binary: Add binary images from around the web

I tried to extract these from citable papers.

media/src/tikz: Add TikZ images

These were extracted from my thesis using GIMP.  I tried to render
them using TikZ' "external" library, but couldn't get that working in
the time I had to spare.

media/src/matplotlib: Add plots from cantilever calibration.

All from 2013-02-07T08-20-46.  It would be nice to render these
automatically, but I don't have time to work that out now.

media/src/labview: Add LabVIEW screenshot from my thesis

Prof. Yang's pulling phase.

media/src/asy: Add Asympote graphics from my thesis

media/src/pymol: Add PyMol scripts for I27 images

1TIT.pdb is from the PDB.  1TIT.pml is from my thesis.  The
1TIT-atoms.pml and 1TIT-hbonds.pml variants are adapted from 1TIT.pml.

media/perovskite.svg: Add piezo crystal structure

Source URL:
* http://en.wikipedia.org/wiki/File:Perovskite.svg

media/logo/scipy.svg: Check in initial logo download

Source URL:
* http://www.scipy.org/Download?action=AttachFile&do=get&target=scipy.svg

media/logo: Convert SVG logos from width/height to viewBox

Now they'll scale appropriately to fit the height I'll specify in
index.html.

media/logo/tux.png: Autocrop in GIMP

No need to hard-code whitespace into the image.

media/logo/tux.png: Convert from old GIF format

PNG is the new hotness.

media/logo: Check in initial logo downloads (with notes)

Source URLs:
* http://www.isc.tamu.edu/~lewing/linux/sit3-shine.7.gif -> tux.gif
* http://www.gnu.org/graphics/heckert_gnu.svg -> gnu.svg
* http://www.python.org/community/logos/python-logo-inkscape.svg -> python.svg
* http://www.gentoo.org/images/gentoo-logo.svg -> gentoo.svg

typos

Allow override of HTML escaping in code blocks

This way, authors can use HTML for special formatting.

change markdown code sample syntax

merge master into dev

Merge branch 'remotes-plugin-natural-bindings' of https://github.com/toy/reveal.js into dev

rvl.io > slid.es

re-arrange readme

setup instructions #357

add package and serve grunt tasks (closes #437)

fix ios flicker bug with linear transition #410

remotes plugin more natural bindings: tap — next, zoom-out — activate overview, zoom-in — deactivate overview

merge marked tweak

remove automatic quotation marks on blockquote/q (closes #434)

remove lang prefix from marked.js to fix highlight issue

minify marked #433

merge showdown to marked migration

Replace the ShowDown Markdown engine with marked

Moved my code to auto escape html to the right place

Adds support for auto escaping HTML in code blocks.

update control styles for fragments

add isVerticalSlide utility method

greatly improved rtl, slides and progress are now reversed #339

avoid errors in old ie from code highlighting

slight readme tweak

update readme to cover #388

only auto-play media when data-autoplay is set (#388)

auto play/pause youtube video when entering/leaving slide (#388)

auto play/pause html5 media when entering/leaving slide (#388)

add config option for disabling all fragments

fix control arrow anti-aliasing in ff

available fragment routes reflected in control arrows (closes #411)

greatly simplify next/prev fragment routines

also update controls and progress on sync

update progress bar on window resize

add sync method

add support for data-trim attribute on code elements (closes #419)

note included languages in highlight.js build #421

support code highlighting of a few more common languages #421

indentation tweak #417

Merge branch 'master' of https://github.com/bozor/reveal.js into dev

Merge pull request #425 from marcvangend/master

Use webkitRequestFullscreen if available

Use the newer element.webkitRequestFullscreen method if available, to support all key events in fullscreen mode.

Merge pull request #418 from danse/patch-1

typo

typo

Merge branch 'master' of https://github.com/hakimel/reveal.js into dev

ie8 tweaks

Added a Zoom-in fragment transition

remove ?notes from readme

more state backgrounds

forward all attributes for markdown slides (#413)

Added support for data-state in section when using external markdown files.

adjust order in readme

Merge pull request #398 from jmdobry/multiplex-docs

Clarified documentation for multiplex plugin.

correction to navigate top/right/bottom/left methods (closes #409)

add a few more state background (#396)

return current fragment index through getIndices, replaces getCurrentFragmentIndex #395

fix previous slide navigation logic (closes #397)

Merge branch 'master' of https://github.com/ainformatico/reveal.js into dev

increase min-height of cube/page transitions

merge mutiplex fragment fix #395