dev-util/be: fix the Manifest digests for the ebuild and ChangeLog

This should have been done during:

  commit 718a455de30983037c81ea0cfa03da11ff1b4b1c
  Author: W. Trevor King <wking@tremily.us>
  Date:   Sat Oct 27 14:10:36 2012 -0400

    dev-util/be: add ~amd64-linux and ~x86-linux keywords

dev-util/be: add ~amd64-linux and ~x86-linux keywords

Tested on newton and the xphys.

dev-util/be: remove description from metadata.xml

It's redunant with DESCRIPTION in the ebuild, and I'm pretty sure the
<description> tag for the package is not supposed to be a subfield of
<maintainer>.

dev-util/be: update bash-competion support and add zsh-competion to IUSE

Add zsh-completion option and {bash,zsh}-completion dependencies.
Use newbashcomp from bash-completion-r1 to install the Bash
completion script in a standard location.

dev-util/be: add ${EROOT} to rst2man.py path to support prefixed installations

dev-util/update-copyright: update to python3 branch.

sci-libs/pycomedi: add optional python-kmod dependency (with USE kmod).

sci-libs/pycomedi: allow Python >= 3.2.

dev-python/python-kmod: add Python wrappers around libkmod.

net-mail/rss2email: add live ebuild with my ConfigParser updates.

dev-python/pypid: bump aubio dependency to stay ahead of Gentoo's Portage tree.

media-libs/aubio: bump to build with upstream develop branch.

This builds against:

  Author:     Paul Brossier <piem@piem.org>
  AuthorDate: Wed Oct 3 14:31:34 2012 -0600
  Commit:     Paul Brossier <piem@piem.org>
  CommitDate: Wed Oct 3 14:31:34 2012 -0600

    interfaces/python/demo_sink.py: fix number of arguments

but I had to cleanup the autotools build framework to get things to
compile.

sci-libs/comedilib: update demo/Makefile patch and allow Python 3 bindings.

dev-python/curses-check-for-keypress: change URL underscores to hyphens.

dev-python/pgp-mime: bump to Python 3.3 to keep up with pyassuan.

dev-python/pyassuan: require Python 3.3 for socket.sendmsg() and .recvmsg().

virtual/unfolding-disasters: add dev-python/suds dependency (for entrez.py).

virtual/unfolding-disasters: require 'extras' for ikiwiki.

The rst plugin (and any other plugins) depend on dev-perl/RPC-XML.

virtual/unfolding-disasters: add www-apps/scgi dependency for gallery.py.

virtual/unfolding-disasters: add www-apps/ikiwiki dependency.

virtual/unfolding-disasters: add blog dependencies package.

virtual/thesis-tools: add dev-tex/problempack dependency.

dev-python/pgp-mime: add missing pyassuan dependency.

dev-python/pygrader: remove dev-python/lxml runtime dependency.

sci-physics/hooke: oops, update Manifest after update to igor.

This should have happened in:

  commit 3311268ccd7b6c581f357e4cf431fb7d13b51700
  Author: W. Trevor King <wking@tremily.us>
  Date:   Mon Aug 20 14:17:55 2012 -0400

    Update Hooke to use external igor package (vs. internal igorbinarywave).

dev-python/pygrader: add dev-python/jinja and /numpy runtime dependencies.

Both needed since pygrader commit:

  commit f958409d33f2f3b5a79a7f47247aa8a9073a477a
  Author: W. Trevor King <wking@drexel.edu>
  Date:   Fri Mar 23 15:18:48 2012 -0400

    Begin versioning!  (better late than never)

dev-python/pygrader: add dev-python/lxml runtime dependency.

Update Hooke to use external igor package (vs. internal igorbinarywave).

Add wxpython-2.9.4.1-r1, fixing pubsub.Publisher references.

Cleanup sci-misc/igor package.

Set simulavr docdir to .../usr/share/doc/$PF not .../usr/share/$P.

Build and install documentation when USE includes doc in simulavr.

Fix myconf -> my_conf typos in simulavr ebuild.

Set RUNPATH for simulavr binary (so it can find libbfd).

With --enable-new-dtags, ld sets both RUNPATH and RPATH instead of
just RPATH.  On Gentoo, this has been the default since 2005 [1], but
explicit is better than implicit [2].

  $ readelf -d .../usr/bin/simulavr | grep PATH
   0x000000000000000f (RPATH)    Library rpath: [/usr/lib/binutils/avr/git]
   0x000000000000001d (RUNPATH)  Library runpath: [/usr/lib/binutils/avr/git]

From ld(1):

  The "DT_RPATH" entries are ignored if "DT_RUNPATH" entries exist.

So the fact that there is a RPATH entry doesn't matter.

[1]: http://comments.gmane.org/gmane.comp.gnu.binutils/57379
[2]: http://www.python.org/dev/peps/pep-0020/

Adjust simulavr docdir so docs get installed in ".../share/doc/${P}".

Patch simulavr to work around bug 35737 (poisoned interrupts).

Add dev-embedded/simulavr.

Add EGIT_PROJECT to obexpushd ebuild (store repo as obexpushd.git).

With the old ebuild, the repository was stored as mainline.git.

Add dev-embedded/teensy-hid-listen (PJRC's HID listener).

Change email to tremily.  I'll update metadata.xml on future rev-bumps.

Add dev-embedded/teensy-loader-cli (PJRC's microcontroller programmer).

The igor package works with Python 2.7.

Add matplotlib to igor's runtime dependencies.

Add numpy to igor's runtime dependencies.

Add sci-misc/igor package.

Fix pymodbus HOMEPAGE link.

Add http://http-git.tremily.us URL for sawsim.

Remove dev-java

The hdfview changes were accepted upstream in the science overlay:

  commit 709daeff6aa4a3691d83f26a2fb837748cb21478
  Author: Sébastien Fabbro <sebfabbro@gmail.com>
  Date:   Mon May 14 23:26:29 2012 +0100

    dev-java/hdf-java: Version bump. Added use flag hdfview. Adapted from the wtk overlay

    (Portage version: 2.1.10.56/git/Linux x86_64, unsigned Manifest commit)

At the same time Sébastien pulled in the other dependencies.  I hope I
never have to package any Java for Gentoo again ;).

Add live app-crypt/mit-krb5 ebuild.

Add live ebuild for dev-python/python-ldap.

Add http-git.tremily.us URL for monkeysphere.

Add http://http-git.tremily.us URL for msva-perl.

Add dev-tex/problempack package.

Add dev-python/chemdb package.

Remove Python 3 restriction from h5config (upstream improvements).

Add dev-python/pyassuan package.

Add dev-python/pygrader package.

Add dev-python/pgp-mime package.

Add `doc` USE flag to pycomedi.

Update pyafm dependencies.

Add assorted aubio patches to get the current Git trunk working.

Also:
* Update to EAPI 4
* Update to `git-2` eclass
* Remove the `alsa` USE flag, since ASLA support was removed from
  aubio with:
    commit 705aec8b92b6bbe0394c6fe809706ad49828834e
    Author: Paul Brossier <piem@piem.org>
    Date:   Fri Sep 25 22:12:56 2009 +0200
      ext/midi: remove all midi stuff borrowed from fluidsynth, now unused
* Create an `m4` directory by hand to avoid:
    aclocal-1.11: couldn't open directory `m4': No such file or directory
* Break `econf` out into `src_configure` for EAPI >= 2.
* Don't try and install documentation that no longer exists.
* Other changes to catch up with the trunk's aubio-0.3.2-r2.ebuild.

Update comedilib ebuild to fix doc installation.

Oops, tremily.us -> blog.tremily.us in pypid HOMEPAGE.

Update URLs from einstein to tremily.

Fix unpacking for joda-convert-1.1 ebuild.

The problem was pointed out by Darek as a side comment in bug #405923,
but my fix is slightly different than his proposed:

  unpack "${A}"
  mkdir joda-convert-1.1
  mv JodaOrg*/* joda-convert-1.1/
  S=$(pwd)/joda-convert-1.1

Update netcdf-9999 build-xml.patch and remove netcdf-4.3 ebuild.

There's no way to get a stable bundle of the "4.3" source, so I
removed that ebuild.  I also updated my build-xml patch so it applys
cleanly to the current Git source, which should fix 405923.

Adjust SRC_URI in dev-util/be for non-live builds.

Add dev-python/cherrypy dependency to dev-util/be.

Add drexel-thesis dependency to thesis-tools and convert URLs to tremily.

Add ~amd64 keyword to drexel-thesis and update to EAPI 4.

Also update URLs from einstein to tremily.

Add ~amd64 keyword to draftmark and update to EAPI 4.

There's a WWW::Shorten import hiding deeper inside twirssi.pl.

Add net-im/twirssi package.

Add `doc` use flag to dev-util/be ebuild.

Use the external dev-util/update-copyright to generate hooke.license.

Add dev-util/update-copyright package.

Add ~amd64 keyword to thesis-tools.

My patches to comedi-calibrate were accepted upstream.

Make /var/lib/comedi/calibrations available to the comedi group.

Override localstatedir in comedi-calibrate's econf call (now "${EPREFIX}"/var).

Add comedi_calibrate man page.

Downloaded from
  http://comedi.org/git?p=comedi/comedilib.git;a=blob_plain;f=man/comedi_calibrate.8;hb=HEAD
until I can get it moved into the comedi_calibrate repository.

Add sci-misc/comedi-calibrate package.

Add ~amd64 keyword to stepper, and update to git-2 and EAPI 4.

Update be to git-2 and EAPI 4 (+ style fixes).

Fix pycomedi license (to GPL-3).

Add ~amd64 keyword to calibcant, and update to git-2 and EAPI 4.

Add ~amd64 keyword to pyafm, and update to git-2 and EAPI 4.

Oops, update digest for pycomedi.

Add ~amd64 keyword to pypiezo, and update to git-2 and EAPI 4.

Update copyright years for comedilib, comedi-headers, and pycomedi.

Add ~amd64 keyword to pycomedi, and update to git-2 and EAPI 4.

Add ~amd64 keyword to comedi-headers, and update to git-2 and EAPI 4.

Add ~amd64 keyword to comedilib, and update to git-2 and EAPI 4.

Update sawsim to `git-2` eclass and EAPI 4.

Don't compress doc//img, since Hooke can't read a bzipped ico file.

Generalize update_copyright error message in hooke ebuild.

Oops, update thesis-tools' Manifest.

Minor itex2mml cleanups to make repoman happy.

Unset DEPEND in thesis-tools.

Add empty IUSE to mxconns to keep repoman happy.