sawsim/introduction.tex: Fix 'cross checked' -> 'cross-checked'

Thanks Em!

introduction/main.tex: Cite dyson05 for unstructured proteins

This seems like an unambiguous reference ;).

apparatus/sample-preparation.tex: Add more context for 'functionalized'

Mom was unclear about what it meant.

sawsim/methods.tex: Make C and Python references citations

This is their first occurence in this section.  Mom thinks that some
folks may not have heard of C! ;)

packaging/main.bib: Add kernighan78 and kernighan88

Seeded from Ritchie's bibliography:
  http://cm.bell-labs.com/cm/cs/bib/dmr.bib

RIP

sawsim/discussion.tex: Add caveat about unfolding range and mean/variance

sawsim/discussion.tex: Rework Bell testing to match scaffold phrasing

This fills in the derivation of the Gumbel pdf from the exponential
hazard function.  In the scaffold section, we rephrased the hazard
function and then cited NIST:gumbel to make the transition to the pdf.
Maybe this derivation would be better of in an appendix?  Or dropped
entirely?  I'll leave it for now.

sawsim/methods.tex: Add nomenclature entry for P

Thanks Mom!

Convert \exp{...} to generate e^{...}

Mom wasn't use what exp(...) meant, but she recognized the e^{...}
notation.  I'm not completely comfortable with how this looks in
nested levels during the Gumbel manipulation, but at least it's
consistent ;).  I may tweak the macro if I change my mind ;).

One sneaky bit is the factorials in the \exp{x} nomenclature entry.
Searching around, I was bailed out by the interwebs:

On 2007-08-21, Nicola Talbot <nlct@cmp.uea.ac.uk> wrote:
> ! is a makeindex special character. I haven't used nomencl, but I
> expect it requires makeindex.  Try "! instead of !

sawsim/methods.tex: Add v and \eta to the nomenclature

Thanks Mom!

sawsim/methods.tex: Add WLC and FJC params to the nomenclature

Also the hyperbolic cotangent.  Thanks Mom!

sawsim/discussion.tex: Fix 'charicteristic' -> 'characteristic' typo

Fixes a typo from 96f0b86 (sawsim/discussion.tex: Normalize to k_u and
U for eq:kramers-saddle, 2013-05-20).

root.bib: Add chauhan97, friedman05, friedman11, zhang06, ...

Also isaacs06, itkin2011, zidar11, and miao11.

Micholas Smith suggested these for background information on the
effect of ions on protein binding.  They focus on Aβ aggregation, but
the general ideas should be the same.

root.bib: Add missing $ ($30\U{$mu$m/s}$) in janovjak05 abstract

sawsim/discussion.tex: Remove cusp section and others I don't have time for

The following are theoretically tractable, but I don't have time to
write them up:

* Inverse power law potentials
* Cusp potentials
* Cusp-like potentials
* Quartic potentials

See evans97 if you're interested.

sawsim/discussion.tex: Normalize to k_u and U for eq:kramers-saddle

Also add U_b(F), l_b, \rho_b, and l_{ts} to the nomenclature.  Thanks
Mom!

sawsim/discussion.tex: Add Gumbel \mu to the nomenclature

Thanks Mom!

root.bib: Add DOI to carrion-vazquez00 and other cleanups

Also:
* Add note about surface contact image in carrion-vazquez00 and
  baljon96.
* Add URL to lu00a.
* Add DOI, URL, and eprint to lu00b.
* Fix 'Lagrangian' -> 'a Lagrangian' typo in the roters96 note.

pyafm/frameworks.tex: Link to LabVIEW compatibility paper

Thanks Uncle Ricky!

figures/main.bib: Bump pymol version and change URL to SourceForge

pymol.org (run by Schrödinger?) seems to be focused on selling
precompiled binaries, and finding links to the (open) source is
difficult.  Avoid this problem by linking directly to SourceForge.

calibcant/theory.tex: Cite roters96 for eq:model-psd

apparatus/main.bib: Add specs for Olympus TR400PSA cantilevers

sawsim/discussion.tex: Standardize variables in constant loading section

Although there's too much overlap with the existing scaffold section.
The two should be combined.

sawsim/discussion.tex: Add N_f and N_u to the nomenclature

sawsim/discussion.tex: Clean up history of simulations section

Mom pointed out that MD wasn't in the nomenclature.

kappa-sawteeth.asy: Change colors between traces

Thanks Uncle Ricky!

sawsim/discussion.tex: Cleanup modeling evolution paragraph

Mom pointed out a missing 'in' and the 'simper' -> 'simpler' typo.
She also liked "2000's" better than "`00's".  I changed the Hänggi
references to use the new \xref command.

sawsim/discussion.tex: Fix "it's" -> "its" typo (near simplicity)

Thanks Mom!

sawsim/discussion.tex: Mention test suite distributed with sawsim

Mom didn't think it was obvious from the text, so now it's explicit.

sawsim/discussion.tex: Add D_JS, D_KL, p_m, ... to the nomenclature

Thanks Mom!

Also:
* Add chi-squared and D_chi-squared to the nomenclature
* Fix hyphen -> en-dash in Kullback--Leibler
* Label eq:sawsim:p_m (so it can be referenced from the index)
* Fix UTF-8 chi -> \chi
* Remove a dangling close-paren from eq:sawsim:X2
* Cite NIST for the chi-square comparison
* Break Gumbel and chi-squared citations into @inbook
* Add editors for the new NIST:ESH book entry

sawsim/discussion.tex: Add \sigma to the nomenclature

Thanks Mom!

sawsim/discussion.tex: Fix UTF-8 quotes to LaTeX ``...'' quotes

sawsim/discussion.tex: Fix 'behavious' -> 'behaviors' typo

Thanks Mom!

introduction/main.tex: Fix 'withing' -> 'within' typo

Thanks Mom!

calibcant/overview.tex: Add V_p, \sigma_p, and \pi to the nomenclature

Mom pointed out that they were missing.

calibcant/overview.txt: Mention that \kappa is the spring constant

Mom pointed out that it's best to do this explicitly.

blurb/abstract.tex: Replace 'OSes' with 'operating systems'

Mom didn't like the expansion '(operating system)es'.

package/siunitx.sty: Bundle siunitx 2.5q

My distribution's version of siunitx (2.2i, distributed as part of
dev-texlive/texlive-science-2011) doesn't play well with LaTeX3:

  $ pdflatex -shell-escape root
  ...
  (/usr/share/texmf-dist/tex/latex/l3packages/l3keys2e/l3keys2e.sty)

  !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
  !
  ! LaTeX error: "kernel/command-not-defined"
  !
  ! Control sequence \tl_replace_all_in:Nnn undefined.
  !
  ! See the LaTeX3 documentation for further information.
  !
  ! For immediate help type H <return>.
  !...............................................

  l.333 ...variant:Nn \tl_replace_all_in:Nnn { NnV }

Work around this by bundling the current version.  Source is at:

  https://github.com/josephwright/siunitx/

calibcant/discussion.tex: Use siunitx to align columns on decimals

calibcant/discussion.tex: Add tab:calibcant:stability

Showing that spring constant measurements are reliable over day-sized
time intervals.

methods.tex: Fix '^-1' -> '^{-1}' typos

calibcant/procedure.tex: Describe residual and approach-retract

Mom suggested more clarity.

calibcant/procedure.tex: Remove redundant stack-sharing sentence

We only need to tell them once in the caption for fig:calibcant:stack.

pyafm/stack.tex: Reference fig:calibcant:stack from fig:pyafm:stack

And mention that unfold-protein holds the control logic.

packages.tex: Make epigraphs wider

Mom pointed out that the default width comes across as a bit narrow.
I expect it is designed for epigraphs on pages that contain only a
chapter or part title, not for works where the chapter title and text
are on the same page.

pyafm/stack.tex: Use a little thermometer in the caption :)

Rename the old '\thermometer' -> '\thermometerx' to make room for the
new user-facing '\thermometer' command.

local_cmmds.tex: Use bending arrows in \tikzstack

Instead of stacking arrows of different widths.  The small arrow had
been hard to see with the big arrow behind it.  The bending is much
more elegant.

pyafm/stack.tex: Explain the thermometer icon

pyafm/overview.tex: Fix 'a software' -> 'software' typo

pyafm/overview.tex: Pull introductory text from pyafm/main.tex

Make the main.tex switchyard cleaner by pulling out text that probably
won't see much more editing.

pyafm/main.tex: Explain 'stack' and why modularization is useful

Fix 'timescales' -> 'time scales', and other assorted typos

As pointed out by Granddaddy:
* "because it takes a quite a bit": The first "a" is redundant
* "timescales": this is awkward: "time-scales" is more logical than
  "timescales."  I suggest you hyphenate this word.
* "unfolding experiment, they observed ...": "the" is a typo

I went with "time scale" which we see in abstracts for evans97, lu99,
evans01, msli06, mickler07.  "timescale" shows up in dietz04, but I
agree with Graddaddy that it's awkward.  I imagine the shortening
comes from writing too much software and/or speaking German ;).

I fixed some other things I noticed along the way.

pyafm/stack.tex: Add detail to the fig:pyafm:stack caption

We declare a new \tikzline command to make it easier to draw sample
lines in captions (which can't handle fragile commands).  Hopefully
the figure is intelligable to folks now :).

calibcant/procedure.tex: Be more explicit about "brain" modules

local_cmmds.tex: Factor out TikZ stack figure into \tikzstack

Keeping changes syncronized by hand is madness :p.

I also added arrows (after suggestions from both Mom and Prof. Cruz)
showing data flow to/from the physical nodes to their associated
software package.  There's also a new dashed separator between the
software packages and the physical nodes.

sawsim/introduction.tex: Add a lead in paragraph (why this chapter?)

A number of my readers have been confused about why I lead off my
contributions with the sawsim chapter.  This paragraph is an attempt
to lay that out for them.

apparatus/procedure.tex: Add 'force curve' to the nomenclature

This term comes up a lot, and it's likely the first time most readers
will hear it.

calibcant: Move Lorentzian discussion before the PSD derivation

Prof. Cruz points out that the damped harmonic oscillator should be
old hat.  Lay out the confusion first to motivate the gory details
that follow.

apparatus/cantilever-calib.tex: Shift math intro to calibcant/overview.tex

We don't want to start glazing eyes right out of the gate ;).  I try
and focus on the text in the first two chapters, leaving the math to
the hardy souls who continue into the meat of the thesis.

diff --git a/src/apparatus: Fix "it's" -> "its" typo

abstract: Name drop I27, Na, and Ca

To help reinforce the idea that science is being done ;).

calibcant/procedure.tex: Add a calibcant/pyafm stack figure

Make the parallel with the stack used by unfold-protein painfully
obvious by duplicating the figure with a differend greyed-out brain
module.

pyafm/stack.tex: Add AFM schematic to stack dependency tree

Give folks a concrete idea of the roll of each module.  Also grey-out
the calibcant node, since it's not part of the experiment control
stack.

apparatus/afm.tex: Use braces to link AFM and piezo subfloats

Prof. Cruz felt the relationship between the two subfloats should be
more obvious.  I use TikZ to draw an overlay line connecting saved
anchor points in the two subfloats.  PGF/TikZ is awesome!

The xshifts move the anchor points from the center of the brace
endpoint line (between the teeth) to the point of the brace (at the
back of the throat).

{pyafm,packaging}/main.bib: Update version information for live packages

Now they match the versions I was using for my final data runs.

software-versions: No need for a subdirectory for a single file

software-versions: Bump to 2013-02-21T19-24-00

software-versions: Bump to 2013-01-18T23-20-28

software-versions: Bump to 2013-01-18T22-29-25

software-versions: This is the 2013-01-17T11-19-26 run of version.sh

Since I'm adding these to a Git repository for easy diffing, I've
stripped the timestamp prefix.

version.sh: A script for recording version info of a Gentoo system

You can get a reasonable way towards this with:

  $ equery list '*'

but that doesn't give you revision granularity for live ebuilds (where
ebuild version 9999 could be anything :p).  Since most of my
experimental stack is live, I wrote up this script.

apparatus/polymer-synthesis.tex: Emphasize I27 in the title

Prof. Cruz pointed out that the focus on I27 seemed poorly motivated.
Name dropping in the title, this should raise awareness that this
section explains why we use I27, as well as how you make it.

Also start the slow transition to sentence-style capitalization in
section titles.

figures/binary/ants.jpg: Add ants figure

I'd meant to add this in 807439e (blurb/acknowledgments.tex: Flesh out
acknowledgements, 2013-05-08), but forgot to commit it.  Better late
than never ;).

introduction/main.tex: Add 'Why unfolding?' section

introduction/main.tex: Add a lead-in paragraph

Instead of jumping in at the top, Prof. Cruz suggested zooming out
from my work to the big picture before drilling back down.  Adding
more context can't hurt ;).

Convert existing external references to \xref, \fref, etc.

Hooray consistency!

local_cmmds.tex: Add 'section' processing to \fref

Again, matching cleveref's \cref{} formatting

local_cmmds.tex: Use `Eq.` instead of `Eqn.` in \fref

For consistency with cleveref's \cref{}.

local_cmmds.tex: Only equations need (value) in \iref

We want `Eqn. (a)` and `Fig. b`, not `Fig. (b)`.

local_cmmds.tex: Escape whitespace in \xref

Now

  (\xref{a}{equation}{c})

is rendered as

  (A Eqn. (c))

instead of

  ( A Eqn. (c) )

local_cmmds.tex: Remove posessive in \xref

Because

  Name^{ref}'s Eq. (X)

looks silly, and I couldn't find a clean way to get

  Name's^{ref} Eq.(X)

local_cmmds.tex: Add \iref, \fref, and \xref

This makes it easy to get consistent (and flexible) formatting for
references to external equations, figures, etc.  I'm surprised that
this isn't somehow bundled into cleveref or natbib.  If I get time, I
may try and pull it out into its own package.

Based Joseph Wright's answer [2] to a question about switch statements
[1].

[1]: http://tex.stackexchange.com/questions/29133/how-to-create-switch-structure-comparing-strings-in-latex
[2]: http://tex.stackexchange.com/a/29139

src/pyafm/main.tex: Add missing em-dash in Whitehead epigraph

calibcant/discussion.tex: Cite benedetti12 for valid "Lorentzian"

Maybe there is a distinction between "a Lorentzian function" and "the
Lorentzian" that I am unaware of...  At least Benedetti uses the right
function.

calibcant/theory.tex: Cite benedetti12 for eq:DHO-psd

He has a similar treatment to my theory section in his section 8.2.1
(Spectrum of a cantilever) starting on page 99.

Congratulations on graduating, Fabrizio!

blurb/acknowledgments.tex: Flesh out acknowledgements

Thank people :D.

Also add contact info and link to the Git repository for people who
only stumble across the dead-trees version of this thing.

README,root.tex: Update drexel.edu to tremily.us

That way they'll point somewhere I can maintain after graduating.

src/hooke: Initial work on a Hooke chapter

I'm stopping here and moving on to my buffer-results from February, so
I have something to show at my next committee meeting.

apparatus/cantilever-calib.tex: Avoid blank lines before \nomenclature{}

calibcant/theory.tex: Rework general derivations to remove G_1 (G_1p -> G_1)

Values for the G constants are more easily calculated from the
equipartition theorem than through chaining G definitions.  I removed
G_1 entirely, and renamed G_1p -> G_1.

I also check my results against publishes sources.  It would have been
helpful if I had discovered burnham03 earlier :p.  They have a general
PSD formula, white and 1/f noise terms, and interference-based piezo
calibration.  Institutionalizing knowledge like this (vs. relying on
vast literature searches) is a good reason to consolidate work around
a small numer of open source tools.  Sigh.

root.bib: Confirmation from Bechhoefer about missing 1/pi in A12

On Tue, May 07, 2013 at 07:19:32PM -0700, John Bechhoefer wrote:
> Right you are!  And you are the first person in > 10 years to catch
> this :)

packages.tex: Don't use footmisc (it doesn't mesh with hyperref)

From the footmisc manual:

  User interface---interactions with other packages
  ...
  hyperref

    The hyperref package has ambitions to make hyperlinks from
    footnote marks to the corresponding footnote body; naturally this
    causes grief to footmisc, and unfortunately no remedy is currently
    known. If you use footmisc, suppress hyperref’s hyper-footnotes,
    by loading it as:

    \usepackage[hyperfootnotes=false,...]{hyperref}

    Further work on the interaction between the two packages is
    proposed, but not yet scheduled.

See also:
http://tex.stackexchange.com/questions/71664/why-are-all-of-my-footnotes-hyperlinked-to-the-titlepage

I can't delay the hyperref import until after footmisc, because the
hyperref import happens inside drexel-thesis.

calibcant/discussion.tex: Fix 'eq:eq:peak-frequency' -> 'eq:peak-frequency'

root.bib: Add livadaru03 and burnham03 and mark typos

Typos in equations listed in bechhoefer02, schlierf06, livadaru03, and
puchner08.  I have contacted the listed author in each case, but so
far there are no published errata :(.  To be fair, I only emailed
Bechhoefer a few hours ago ;).

Excerpts from the relevant emails:

On Tue, Apr 08, 2008 at 07:16:34PM -0400, W. Trevor King wrote:
> ...
> > My double integral is exploding, so I was double checking your formulas.
> I believe you swapped signs in the exponent in your Kramers' rate equation.
>
> It should be
>  k^-1 = 1/D \int_{x_-}^{x_+} e^{  \beta U(x)} [ \int_{0}^{x} e^{- \beta U(x')} dx' ] dx
> not
>  k^-1 = 1/D \int_{x_-}^{x_+} e^{- \beta U(x)} [ \int_{0}^{x} e^{  \beta U(x')} dx' ] dx
>
> See, for example, H\"anggi et al., Rev. Mod. Phys 1990,
>   http://prola.aps.org/abstract/RMP/v62/i2/p251_1
> Equation 4.56b,
> or Socci et al., J Chem Phy 1996
>   http://arxiv.org/pdf/cond-mat/9601091
> Equation 2.

On Wed, Apr 09, 2008 at 09:03:02AM +0200, Michael Schlierf wrote:
> For your second email: So far I am pretty sure about our published
> solution as it worked out. So have you double checked your integral
> borders? Try Kramers first in a simple potential, like a cusp-like or
> flat one. For those some analytical solutions are known and you could
> compare.

On Fri, Sep 07, 2012 at 07:09:17AM -0400, W. Trevor King wrote:
> On Fri, Sep 07, 2012 at 09:28:41AM +0200, Roland Netz wrote:
> > sorry for the confusion: Yes, the formula Eq 46 contains typos, as
> > you correctly point out.
>
> Ah.  Some sort of heads-up on the article page would be useful,
> because at least Puchner [1] quotes the typo-containing version.

On Wed, Sep 12, 2012 at 01:37:23AM +0000, Puchner, Georg Elias Michael wrote:
> thanks for pointing this out, I wasn't aware of this typo and also
> think they should have published and erratum.
>
> I dug into my old data and code (I am not doing force spectroscopy
> andy more since some years) and implemented your corrected
> version. I attached a comparison of my old transformation equation
> (black line with the parameters γ=22° and b=0.4 nm as published) and
> the fixed equation (dashed red line with γ=41° and b=0.11 nm)
>
> As you see, the quality is only slightly increased for some peaks
> but the parameters now make more sense...

On Tue, May 07, 2013 at 07:05:31PM -0400, W. Trevor King wrote:
> I'm citing your thermal spring constant calculation [1] in my thesis
> [2] to confirm my derivation of the overdamped power spectral density
> of a harmonic oscillator.  I was just double-checking my PSD (at the
> end of section 5.2.1 “Highly damped case”, currently around page 48)
> against your equation A12:
>
>   x²(ω) = (2kBTγ) / [k²(1+ω²τ₀²)]       (A12)
>
> It looks like you're missing a factor of 1/π...

pyafm/stack.tex: Fix \citetalias{...} from 'swig' to 'beazley96'

local_cmmds.tex: Add \order and \cf commands

pyafm/conclusions.tex: Mention materassi09 and aioanei11 as alternatives

calibcant/procedure.tex: Mention materassi09's alternative bump technique

sawsim/discussion.tex: Talk about benedetti11 in relation to my analysis

root.bib: Add kuhn05, materassi09, aioanei11, and benedetti11

The first three include alternatives to Hooke, and the last treats my
king10 theory with a simulation-avoiding bent.