fix documentation bug (leading quotes break documentation)

test/duplicate-mid: check for subject with notmuch-show

In [1] Mark showed that the the current code (d7a49e81) is not
consistent in it's handling of subjects of messages with duplicate
message-ids (or in notmuch-speak, of messages with multiple files).
notmuch-search uses indexing order and explicitedly preserves the
first. notmuch-show (apparently) uses alphabetical (or at least xapian
term order) of filenames. In a perfect world we would probably report
all subjects in the json output; at the very least we should be
consistent.

[1]: id:87378dny3d.fsf@qmul.ac.uk

lib: enforce that n_message_reindex takes headers from first file

This is still a bit stopgap to be only choosing one set of headers,
but this seems like a more defensible set of headers to choose.

test: known broken test for subject after reindexing

In [1], Mark gave a test that was behaving strangly. This turns out to
be specific to reindexing.  I suppose one could argue that picking the
lexicographically last file name is a defensible choice, but it's
almost as easy to take the first, which seems more intuitive. So mark
the current situation as broken.

[1]: id:1503859703-2973-1-git-send-email-markwalters1009@gmail.com

test/duplicate-mid: clarify index order vs filename order

The existing test for notmuch search had the first in filename order
the same as the first indexed, which made it harder to understand what
the underlying behaviour is. Add a file with a lexicographically
smaller name, but later index time to clarify this.

test: make fallback to duplicate test more robust.

The original intent of this test was to verify that notmuch show was
not crashing when the first file (where headers are being read from)
was deleted. Run the output through some sanitization so that as we
add and delete copies we don't have to update this test.

emacs: Refuse requests to refresh tree views while a refresh is running

notmuch-tree did not protect against concurrent refreshes like
notmuch-search, meaning, hitting '=' (notmuch-refresh-this-buffer)
quickly will spawn multiple parallel notmuch processes, and clobber
the existing results in the current buffer.

* notmuch-tree.el: Add a guard to notmuch-tree-refresh-view similar to
  the one in notmuch-search.

lib&cli: use g_object_new instead of g_object_newv

'g_object_newv' is deprecated, and prints annoying warnings. The
warnings suggest using 'g_object_new_with_properties', but that's only
available since glib 2.55 (i.e. a month ago as of this writing).
Since we don't actuall pass any properties, it seems we can just call
'g_object_new'.

test: notmuch_drop_mail_headers() style update

Changed "" quotes to '' as we're not supposed to dynamically
alter python program (via shell $variable expansion).

Added space to python program to match general python style.

Replaced $* with 'idiomatic' "$@" to serve as better example.

test/crypto: remove headers more robustly

In [1], Vladimir Panteleev observed that the In-Reply-To and
References headers could be wrapped in the 'default' output format of
notmuch-reply, depending on the version of Emacs creating the
message. In my own experiments notmuch-reply sometimes wraps headers
with only one message-id if that message-id is long enough. However it
happens, this causes the previous approach using grep to fail.

Since I found the proposed unwrapping shell fragment in [1] a bit hard
to follow, I decided to write a little python script instead. Then
Tomi suggested a slight generalization of my script, and here we are.

[1] id:20170817175145.3204-7-notmuch@thecybershadow.net

build: fix unbound variable in configure

Commentary by db:

This missing initialization caused configure to crash, and hence the
build to fail in environments without cppcheck.

gitignore: add .stamps

.travis.yml: Switch to "sudo: false" for faster builds

Builds not requiring sudo access run in a container, which will have
better performance and less overhead on the Travis infrastructure.

Use the apt addon to install dependencies instead of explicit apt-get
commands.

test: Fix T050-new.sh on some Travis CI machines

On some system configurations, setting a breakpoint on the "add_file"
function then issuing "continue" in gdb causes the debugger to
seemingly jump over the add_file invocation. This results in a test
failure, as the "Handle files vanishing between scandir and add_file"
subtest expects add_file to be called and fail due to the vanishing
file. The compiler optimization level also plays a role - the problem
can be reproduced with CFLAGS having -O2 but not -Og.

This problem was observed manifesting as a test failure on Travis CI
configured with "dist: trusty" and "sudo: false". It was not
reproducible on a local Docker image of Travis' runtime environment,
so Travis' virtualization infrastructure likely plays a role as well.

* T050-new.sh: Breakpoint notmuch_database_add_message instead of
  add_file to the same effect, and avoid bad gdb behaviour on Travis
  CI.

Amended by db:

s/notmuch_database_add_message/notmuch_database_index_file/

Somehow the wrapper function doesn't work as a breakpoint; perhaps due
to inlining.

.travis.yml: Replace manual zlib installation with "dist: trusty"

Travis now offers Ubuntu Trusty (14.04 LTS) VMs as test runners, which
is gradually becoming the default. We can opt in to using Trusty now
so that we no longer need to manually update zlib to a newer version.

.travis.yml: Add gdb and gpgsm dependencies

This allows running more tests which were previously skipped due to
missing dependencies.

.travis.yml: Invoke `make download-test-databases' before running tests

Download the test message database used for the T530-upgrade.sh test.

If the additional load on the web server is undesired, Travis can be
instructed to cache the file.

test/smtp-dummy: convert to 'goto DONE' style

Clean up several cppcheck warnings of the form

      - test/smtp-dummy.c:170: error: Resource leak: output

Conform to overall notmuch code style.

test/smtp-dummy: uncrustify

For some reason lost in the mists of time this code was indented 8 spaces.

cppcheck: call va_end in _internal_error

fix for:
    util/error_util.c:38: error: va_list 'va_args' was opened but not
    closed by va_end()

This makes the code more copy-pastable, if nothing else

cppcheck: close files during shutdown

Fix the following cppcheck errors:

    notmuch-count.c:207: error: Resource leak: input
    notmuch-tag.c:238: error: Resource leak: input

We know that the program is shutting down here, but it does no harm to
clean up a bit.

build: add target to run cppcheck

The advantage of having a target as opposed to running cppcheck by
hand

  - reuse list of source files
  - output errors in a format parsable, e.g. by emacs
  - returns exit code 1 on any error, for possibly use in other
    targets.

For the moment, leave this as an optional target. If desired, it can
be added to e.g. the release targets in the same way as the test
target.

Using two levels of directory for the stamps is arguably
overengineering, but it doesn't really cost anything, and leaves open
the possibility of putting other kinds of stamp files there.

This only checks "new" source files (w.r.t. their last check). A future target
(cppcheck-all ?) could blow away the stamp files first.

build: add .deps to CLEAN instead of listing in clean target

Seems, uh, cleaner this way.

build: add optional target parameter to quiet variable function

Sometimes using $@ as the target in the quiet build lines can be
confusing. Accept an optional second parameter in the quiet variable
function to specify the target.

build: avoid an extra shell out in quiet variable function

$(word 1, $1) yields the same result as the more complicated
$(shell echo $1 | sed -e s'/ .*//')

CLI/new: support maildir synced tags in new.tags

We reorder reading maildir flags to avoid overwriting 'new.tags'. The
inverted status of 'unread' means the maildir flag needs to be checked
a second time.

I backpedalled here on the idea of supporting 'new.tags' without
'unread' in the presence of maildir syncing.  For files in 'new/', it
seems quite natural to tag them as 'unread'.

lib: add notmuch_message_has_maildir_flag

I considered a higher level interface where the caller passes a tag
name rather than a flag character, but the role of the "unread" tag is
particularly confusing with such an interface.

lib/message: split n_m_maildir_flags_tags, store maildir flags

In a future commit this will allow querying maildir flags seperately
from tags to allow resolving certain conflicts.

test: Perform T170 tests that don't require dtach before any that do.

This avoids the later tests seeing different versions of the database
depending on whether dtach is available.

notmuch-tag.el: Fix minor grammar error

test: Use small Python script for JSON normalization instead of json.tool

json.tool does not sort or otherwise normalize the order of JSON keys
in its output, which can result in test failures on some test systems.

Instead, use a one-line Python script passed to the interpreter
directly on its command line. Use sort_keys=True for json.dump to
ensure the key order is normalized. The script works with both Python
2 and 3.

* test/test-lib.sh: Update test_expect_equal_json.

reindex: drop notmuch_param_t, use notmuch_indexopts_t instead

There are at least three places in notmuch that can trigger an
indexing action:

 * notmuch new
 * notmuch insert
 * notmuch reindex

I have plans to add some indexing options (e.g. indexing the cleartext
of encrypted parts, external filters, automated property injection)
that should properly be available in all places where indexing
happens.

I also want those indexing options to be exposed by (and constrained
by) the libnotmuch C API.

This isn't yet an API break because we've never made a release with
notmuch_param_t.

These indexing options are relevant in the listed places (and in the
libnotmuch analogues), but they aren't relevant in the other kinds of
functionality that notmuch offers (e.g. dump/restore, tagging, search,
show, reply).

So i think a generic "param" object isn't well-suited for this case.
In particular:

 * a param object sounds like it could contain parameters for some
   other (non-indexing) operation.  This sounds confusing -- why would
   i pass non-indexing parameters to a function that only does
   indexing?

 * bremner suggests online a generic param object would actually be
   passed as a list of param objects, argv-style.  In this case (at
   least in the obvious argv implementation), the params might be some
   sort of generic string.  This introduces a problem where the API of
   the library doesn't grow as new options are added, which means that
   when code outside the library tries to use a feature, it first has
   to test for it, and have code to handle it not being available.
   The indexopts approach proposed here instead makes it clear at
   compile time and at dynamic link time that there is an explicit
   dependency on that feature, which allows automated tools to keep
   track of what's needed and keeps the actual code simple.

My proposal adds the notmuch_indexopts_t as an opaque struct, so that
we can extend the list of options without causing ABI breakage.

The cost of this proposal appears to be that the "boilerplate" API
increases a little bit, with a generic constructor and destructor
function for the indexopts struct.

More patches will follow that make use of this indexopts approach.

database: add n_d_index_file (deprecates n_d_add_message)

We need a way to pass parameters to the indexing functionality on the
first index, not just on reindexing.  The obvious place is in
notmuch_database_add_message.  But since modifying the argument list
would break both API and ABI, we needed a new name.

I considered notmuch_database_add_message_with_params(), but the
functionality we're talking about doesn't always add a message.  It
tries to index a specific file, possibly adding a message, but
possibly doing other things, like adding terms to an existing message,
or failing to deal with message objects entirely (e.g. because the
file didn't contain a message).

So i chose the function name notmuch_database_index_file.

I confess i'm a little concerned about confusing future notmuch
developers with the new name, since we already have a private
_notmuch_message_index_file function, and the two do rather different
things.  But i think the added clarity for people linking against the
future libnotmuch and the capacity for using index parameters makes
this a worthwhile tradeoff.  (that said, if anyone has another name
that they strongly prefer, i'd be happy to go with it)

This changeset also adjusts the tests so that we test whether the new,
preferred function returns bad values (since the deprecated function
just calls the new one).

We can keep the deprecated n_d_add_message function around as long as
we like, but at the next place where we're forced to break API or ABI
we can probably choose to drop the name relatively safely.

NOTE: there is probably more cleanup to do in the ruby and go bindings
to complete the deprecation directly.  I don't know those languages
well enough to attempt a fix; i don't know how to test them; and i
don't know the culture around those languages about API additions or
deprecations.

show: workaround for the missing file problem

This patch fixes the 'Deleted first duplicate file does not stop
notmuch show from working' test.

If a message to be shown has several duplicated files, and for some
reason the first file in the list is not available anymore, notmuch
will exit with an error.

This is clearly a problem in the database, but we are not going to let
this problem be a show-stopper. Let's walk through the list, and show
the first existing file.

Signed-off-by: Yuri Volchkov <yuri.volchkov@gmail.com>

test: show id:<> works even if the first duplicate is deleted

Signed-off-by: Yuri Volchkov <yuri.volchkov@gmail.com>

insert: strip trailing / in folder path

This patch fixes the "Insert message into folder with trailing /"
test. The problem was insufficient path canonization.

From database's point of view, "Sent" and "Sent/" are different
folders. If user runs (note the last '/'):

    notmuch insert --folder=maildir/Sent/ < test.msg

notmuch will create an extra XDIRECTORY record for the folder
'Sent/'. This means that database will have _TWO_ records for _ONE_
physical folder: 'Sent' and 'Sent/'. However, the 'notmuch new'
command will update only records related to the first one (the correct
one).

Now, if user moved the email file (e.g. from 'Sent/new' to
'Sent/cur'), 'notmuch new' will add a record about the new file, but
will not delete the old record.

Signed-off-by: Yuri Volchkov <yuri.volchkov@gmail.com>

database: move striping of trailing '/' into helper function

Stripping trailing character is not that uncommon
operation. Particularly, the next patch has to perform it as
well. Lets move it to the separate function to avoid code duplication.

Also the new function has a little improvement: if the character to
strip is repeated several times in the end of a string, function
strips them all.

Signed-off-by: Yuri Volchkov <yuri.volchkov@gmail.com>

perf-test: add memory test for notmuch-insert

In the future it might be worthwhile selecting corpus messages to
insert, but that seems a bit overcomplicated for now

perf-test: renumber tests

One test per number so ordering is clear.

test: move generate_message, add_message into test-lib-common.sh

The plan is to use at least the former in the perf test suite.

lib: clarify description of notmuch_database_add_message

Since we're accumulating the index when we add a new file to the
message, the semantics have slightly changed.  This tries to align the
documentation with the actual functionality.

emacs: Use make-process when available

make-process is a new function introduced in Emacs 25, which provides
greater control over process creation. Crucially, it allows
separately redirecting stderr directly to a buffer, which allows us to
avoid needing to use the shell to redirect to a temporary file in
order to correctly distinguish stdout and stderr.

* notmuch-lib.el: Use make-process when it is available; fall back to
  the previous method when not.

emacs: Refactor subprocess stderr propagation

Load subprocess error output to a string in the callers, and propagate
the error messages as a string parameter instead of a path to file
names.

Required to be able to avoid using temporary files for subprocess
error output.

* notmuch-lib.el: Update notmuch-check-async-exit-status,
  notmuch-check-exit-status: accept an err parameter instead of
  err-file; shift the responsibility of loading error messages from
  files up the call stack.

doc: Disable SmartyPants in generated manual pages

By default, Sphinx tries to pre-process text through SmartyPants,
which attempts to convert ASCII quotes and dashes to Unicode
characters. Unfortunately, this mangles technical text such as command
lines. For instance, this excerpt from notmuch-tag.rst:

  **notmuch** **tag** **--batch** [--input=<*filename*>]

got turned into:

  notmuch tag –batch [–input=<filename>]

That's an en-dash and an em-dash respectively.

Not only are these characters visually confusing and could easily be
mistaken for a single dash, copying and pasting such command lines
into a terminal is doomed to result in incomprehensible error
messages.

* doc/conf.py: Disable SmartyPants.

emacs: set query-context to nil if its "" or "*"

The queries "" and "*" are special cased in the notmuch library to
match all messages, but only if they're the entire query. They can't
be combined with other queries, such as "* AND foo", in which case
they "leak" down to the Xapian query parser.

Notmuch show and tree buffers inadvertently combine the thread query
with said special queries, causing incorrect collapsing of
messages. Handle the special queries specially. We already do a
similar thing in notmuch-search-filter.

test: insert into the folder with trailing /

From database's point of view, "Drafts" and "Drafts/" are different
folders

Signed-off-by: Yuri Volchkov <yuri.volchkov@gmail.com>
Amended: add test_subtest_known_broken (db)

completion: add bash completion for "notmuch reindex"

The main thing that notmuch reindex does is to use search terms, so we
can reuse a bunch of the existing completion framework.

fix typo

test: remove remainder of previously killed basic test

In the commit 51cd69feb1d131db7a468e33e0fa2e043caad41e the part of the
test "test runs if prerequisite is satisfied" has been
removed. However, there was a remainder of that test - variable
'haveit'.

Kill it, to not to confuse people.

Signed-off-by: Yuri Volchkov <yuri.volchkov@gmail.com>

Use rooted paths in .gitignore files

A leading / in paths in a .gitignore file matches the beginning of the
path, meaning that for patterns without slashes, git will match files
only in the current directory as opposed to in any subdirectory.

Prefix relevant paths with / in .gitignore files, to prevent
accidentally ignoring files in subdirectories and possibly slightly
improve the performance of "git status".

test: Update extant references to corpus.mail

971cdc72cdb80f060193bc0914dc9badcc29696b renamed corpus.mail to
corpora.mail. Although 971cdc72cdb80f060193bc0914dc9badcc29696b
updated some of the remaining corpus.mail references, two remained,
causing the test suite to leave behind an unignored corpora.mail
directory.

remove boolean "first" argument from format_part_sprinter

This argument seems to be unused, and format_part_sprinter isn't
required to meet any specific API so it seems cleaner and simpler to
drop it.

test: add test for ,S message without 'unread' in new.tags

This is arguably overkill, but it helps to understand the complicated
interactions here between maildir tags and configuration.

test: add missing quotes in maildir-sync test.

Oops. ';' is significant in the shell. Who knew.

Merge branch 'release'

merge in debian-only changes

cli/new: improve error reporting

Recently a user reported a crash in notmuch new, but because of
missing error reporting, all they could say was "A Xapian exception
occured". This commit adds the extra information available about
the error message in the exception.

debian: start changelog for next debian upload

do not use bullets in debian/NEWS

see lintian's debian-news-entry-uses-asterisk for justification

remove obsolete lintian-override (see https://bugs.debian.org/865055)

Merge tag 'debian/0.25-6'

uploaded to unstable

debian: actually stop shipping 50notmuch.el

Merge tag 'debian/0.25-5'

uploaded to unstable

debian upload 0.25-5

fix typo in -4

test: add broken tests for maildir syncing

Users should be able to specify synced tags in new.tags

Merge tag 'debian/0.25-4'

uploaded to unstable

debian: upload 0.25-4

replace notmuch-emacs with elpa-emacs as a recommend

Merge tag 'debian/0.25-3'

uploaded to unstable

debian: changelog stanza for 0.25-3

debian: add maintainer scripts to remove old startup file

We do it for notmuch and notmuch-emacs because the history is a bit
unclear. It seems to be safe to call when that conffile is not owned
by a given package

add "notmuch reindex" subcommand

This new subcommand takes a set of search terms, and re-indexes the
list of matching messages.

lib: add notmuch_message_reindex

This new function asks the database to reindex a given message.
The parameter `indexopts` is currently ignored, but is intended to
provide an extensible API to support e.g. changing the encryption or
filtering status (e.g. whether and how certain non-plaintext parts are
indexed).

lib: add _notmuch_message_remove_indexed_terms

Testing will be provided via use in notmuch_message_reindex

cli/search: print total number of files matched in summary output.

The structured output formats already have all of the filenames. This
is an easy bit of UI change to make the multiple files visible.

lib: add notmuch_thread_get_total_files

This is relatively inexpensive in terms of run time and implementation
cost as we are already traversing the list of messages in a thread.

lib: add notmuch_message_count_files

This operation is relatively inexpensive, as the needed metadata is
already computed by our lazy metadata fetching. The goal is to support
better UI for messages with multipile files.

lib: index message files with duplicate message-ids

The corresponding xapian document just gets more terms added to it,
but this doesn't seem to break anything. Values on the other hand get
overwritten, which is a bit annoying, but arguably it is not worse to
take the values (from, subject, date) from the last file indexed
rather than the first.

test: add known broken tests for duplicate message id

There are many other problems that could be tested, but these ones we
have some hope of fixing because it doesn't require UI changes, just
indexing changes.

lib: refactor notmuch_database_add_message header parsing

This function is large and hard to understand and modify. Start to
break it down into meaningful pieces.

lib: factor out message-id parsing to separate file.

This is really pure C string parsing, and doesn't need to be mixed in
with the Xapian/C++ layer. Although not strictly necessary, it also
makes it a bit more natural to call _parse_message_id from multiple
compilation units.

lib/n_d_add_message: refactor test for new/ghost messages

The switch is easier to understand than the side effects in the if
test. It also potentially allows us more flexibility in breaking up
this function into smaller pieces, since passing private_status around
is icky.

lib: isolate n_d_add_message and helper functions into own file

'database.cc' is becoming a monster, and it's hard to follow what the
various static functions are used for. It turns out that about 1/3 of
this file notmuch_database_add_message and helper functions not used
by any other function. This commit isolates this code into it's own
file.

Some side effects of this refactoring:

- find_doc_ids becomes the non-static (but still private)
  _notmuch_database_find_doc_ids
- a few instances of 'string' have 'std::' prepended, avoiding the
  need for 'using namespace std;' in the new file.

Merge tag 'debian/0.25-2'

uploaded to unstable

debian: update gmime dependencies

- build against gmime 3.0 by preference
- drop gmime-2.4-dev, no longer supported upstream

Merge tag 'debian/0.25-1'

notmuch Debian 0.25-1 upload (same as 0.25)

debian: add changelog entry for 0.25

NEWS: set date

version: bump to 0.25

NEWS: formatting fixups

These are from Tomi, split from the previous commit

NEWS for release 0.25: Emacs: support for stashing message timestamp

emacs: Add commentary for MELPA users

We have a steady trickle of people using notmuch-emacs from melpa with
distro packages of notmuch, and then being confused when it doesn't
work. Try to warn people what a foot-gun this is; this commentary
should be copied to the melpa web site.

debian: changelog for 0.25~rc1-2

debian: finalize changelog for 0.25~rc1-1

version: bump to 0.25~rc1

debian: allow emacs25 as a build depend

It's a bit crazy to require emacs 24 installed just to build, when it
isn't required to run.

emacs: convert remaining format-versions from 3 to 4

This is needed for consistent beheviour between notmuch built against
gmime-2.6 and gmime-3.0 w.r.t. error reporting.

fix the generated documentation output

Fix orthography

use modern debian/copyright

avoid false lintian warning about "iff"

resolve lintian tag debhelper-but-no-misc-depends notmuch-emacs

This is likely not strictly necessary given that notmuch-emacs is a
transitional package.  But having a simple consistency until we
eventually remove the transitional notmuch-emacs package seems ok too,
and fewer arbitrary lintian warnings will make real lintian warnings
more visible.