unmerge: use frozenset for syslist

depgraph: in complete mode respect --with-bdeps

If you want the graph as complete as possible, now you'll have to use
--with-bdeps=y together with --complete-graph.

dep_check_composite_db: return early from cp_list

Since this implementation is only intended to check for existence of
new-style virtuals, it's a waste of time to return more than one cpv.

depgraph: traverse ignored DEPEND if "complete"

Strip build-time dependencies when they're ignored and we're not in --rebuild mode.

This should improve depgraph calculation performance.

TEST=Ran test suite.
BUG=chromium-os:15144

Change-Id: I9e06817201d7a17ae9b44b424d01c1a2bd89210a

MergeProcess: lock vdb earlier when appropriate

depgraph: don't clear vardbapi cache in _load_vdb

Most of the memory is probably held on the heap by the installed
package instances anyway, and the cache is useful for being inherited
by subprocess in MergeProcess.

get_counter_tick_core: use cpv_all

It's more efficient to use cpv_all since cp_all calls cpv_all anyway,
and calls to cp_list induce additional stat calls.

Cache counter values, avoiding I/O when it doesn't change.

This improves merge times by up to 25%, since looping over the vardb for
each package install is slow.

TEST=Emerge a bunch of packages, notice 25% speed improvement.
BUG=chromium-os:15112

Change-Id: I51dd617219cd1820ceeb702291bd790990995be4

dep_check_composite_db: remove unused _dep_expand

This code has been unused since dep_check started passing
token_class=Atom to use_reduce in commit
c9f7930883d62fc26af72bff0c4623db0bbc8221. Since then, any atoms
without categories are dropped by dep_check because it returns
early after catching an InvalidDependString exception.

dep_check_composite_db: implement cp_list

This is used by dep_check since commit
6f9ee9c508c1506cdf8eb0dc46796dbe30f268db.

config: call _populate_treeVirtuals directly

cpv_expand: avoid old-style virtuals more

dep_check: avoid old-style virtuals code

display_news_notification: don't populate virts

This typically isn't useful anymore, since Gentoo has stopped using
old-style virtuals.

cpv_expand: populate old-style virts on demand

If old-style virtuals code is triggered here and we are given a
vartree, use it to avoid creating a temporary instance.

unmerge: skip getvirtuals() if cat is not virtual

This allows us to avoid triggering the old-style virtual code which
scans /var/db/pkg/*/*/PROVIDE.

unmerge: use expand_new_virt for sys pkg warnings

vardbapi: disable subprocess vdb cache updates

Since commit 7535cabdf2fab76fc55df83643157613dfd66be9,
vardbapi.flush_cache() is often called within subprocesses spawned
from MergeProcess. The _aux_cache_threshold doesn't work as designed
if the cache is flushed from a subprocess like this, can lead to the
vdb cache being flushed for every single merge. This is a waste of
disk IO, so disable vdb cache updates in subprocesses.

LinkageMapELF: remove unused imports

PreservedLibsRegistry: normalize counter as str

Add back cpv_exists check from previous commit.

Remove obsolete others_in_slot plibs code.

This code dates back to commit 79a2ade5a6cb5a6c2d7ace838a39a634265c5522
and the preserve-libs logic was different back then. At that time, the
dblink._preserve_libs() method would earlier register preserved libs
for the new package currently being merged, while the vardb entry was
still a -MERGING- node. Current code does not register preserve_paths
until later, so this others_in_slot code is obsolete.

treewalk: always initialize "needed"

merge_wait_queue: use deque.clear()

resume_depgraph: don't call break_refs in loop

The break_refs call was unnecessary and it broke the state of the
frozen_config instance, causing the following error:

  File "pym/_emerge/depgraph.py", line 1290, in
_wrapped_add_pkg_dep_string
    inst_pkgs = vardb.match_pkgs(atom)
AttributeError: 'vardbapi' object has no attribute 'match_pkgs'

Fix typos in unmerge function.

BUG=none
TEST=Try unmerging some packages.

Change-Id: Ib643ec95b8da14b49a6b519e445fe57f8995c52c

linkmap: use exclude_pkgs for the registry too

Use new vardbapi lock function in FakeVartree.

BUG=none
TEST=Merged some packages with new code. Ran test suite.

Change-Id: Ibb9380122631bf6c79e39691233cfd641931b75a

Be careful with system pkgs + parallel-install.

This should prevent FEATURES=parallel-install from interfering with
the fixes from bug #256616 and bug #259954.

linkmap: check for access before locking vardbapi

Use EROOT with VDB_PATH in recent changes.

Scheduler: add queue for ebuild-locks

Use a separate queue for ebuild-locks when the merge
queue allows more than 1 job (due to parallel-install),
since the portage.locks module does not behave as desired
if we try to lock the same file multiple times
concurrently from the same process.

Add FEATURES=parallel-install for finer locks.

vardbapi: acquire lock during counter_tick_core

Add vardbapi reentrant lock/unlock methods.

Rename FEATURES=no-ebuild-locks to ebuild-locks.

Use finer grained locks for install.

Narrow scope of merge locks to improve performance.

Instead of locking the DB for the entire package merge, just lock it
when we actually need to do so. Also add locks around conf_mem_file
updating and pkg_* phases.

Locking in pkg_* phases can be turned off with
FEATURES="no-ebuild-locks" if you use ebuilds that are careful not
to mess with each other during theses phases. The default is to leave
this locking enabled.

Given this new locking, I've improved the scheduler to run merge jobs
in parallel.

Time required for merging 348 packages with --usepkgonly:
  - Before patch:          29m50s
  - After patch:           10m2s
  - After patch w/o locks: 7m9s

Change-Id: I63588c4cc59fa6fe2f8327ea1e4a9e71b241d4fe

Review URL: http://gerrit.chromium.org/gerrit/498

doebuild: use EbuildBuildDir for locking

EbuildBuildDir also performs safe removal of the category when it is
empty, so ebuild.sh/dyn_clean doesn't need to do it anymore. This
fixes a race condition if one process is trying to remove the category
directory while another one is trying to create it for
PORTAGE_BUILDDIR.

PreserveLibsRegistry: add lock/unlock assertions

Also, add comments to store() about unobvious interaction with
locking due to atomic replacement of the inode.

Remove redundant pruneNonExisting() call.

Since commit f36b9fa38b5268c2a5579db62acec026625f84a9, the
PreservedLibsRegistry automatically prunes itself each time
that it is loaded.

preserve-libs: fix linkmap logic for new plibs

Together with commit f36b9fa38b5268c2a5579db62acec026625f84a9,
hopefully this solves bug #366061.

Cleanup preserved lib locking in portage.

This change makes preserved lib modification atomic, and
prepares us for narrowing the scope of the merge lock.

BUG=chromium-os:14983
TEST=Ran test suite and some example emerges.

Change-Id: I39abb6a5ec72be3274e508ef807ac1d9e69db1a8

Review URL: http://gerrit.chromium.org/gerrit/417

depgraph: simplify break_refs

emerge: fix misspell suggestion with category

A name collision in the "cp" variable caused it to malfunction.

Update timestamps in headers of modified files.

repoman: make virtual.oldstyle a warning for now

This will give third-party repoman users some time to migrate their
repos away old-style virtuals.

add_pkg_deps: removal action discard DEPEND early

add_pkg_deps: use dep priority to ignore blockers

test_rebuild: test --rebuild-if-new-rev more

add_pkg_dep_string: respect traverse_ignored_deps

I don't think this makes any difference now, but it clarifies how
traverse_ignored_deps should behave.

emerge: replace --rebuild with finer grained opts

Replace --rebuild option with --rebuild-if-* options.

--rebuild-if-new-rev [ y | n ]
  Rebuild packages when dependencies that are used at both build-time and
  run-time are built, if the dependency is not already installed with the
  same version and revision.

--rebuild-if-new-ver [ y | n ]
  Rebuild packages when dependencies that are used at both build-time and
  run-time are built, if the dependency is not already installed with the
  same version. Revision numbers are ignored.

--rebuild-if-unbuilt [ y | n ]
  Rebuild packages when dependencies that are used at both build-time and
  run-time are built.

Change-Id: Ia50c1702bfe1b98a8d1891740e7bbb045921a905

Review URL: http://gerrit.chromium.org/gerrit/280

doins: add reference to bug #239529

The reasoning for the code from commit
55b3150af635a418ba3f1424132359c894db7ec4 is not really obvious, so
it's helpful to reference the corresponding bug report.

Fix Manifest.updateAllHashes()

Add --rebuild-ignore flag.

A space separated list of package names or slot atoms. Emerge will not rebuild
packages that depend on matching packages due to \fB\-\-rebuild\fR.

Change-Id: Ia58fe632ed06c97a22413da0341d7f8da2d65ba8

Review URL: http://gerrit.chromium.org/gerrit/209

rebuild_config: propagate runtime deps to parents

Update rebuild option to propagate runtime deps to parents.

Suggested by SebastianLuther@gmx.de

BUG=chromium-os:14858
TEST=Added unit test. Ran unit tests.

Change-Id: I7228a8558eddd1956c590de39430172476c66228

Review URL: http://gerrit.chromium.org/gerrit/202

cpv_expand: avoid old-style virtual code

This allows portageq calls to avoid loading vdb_metadata.pickle in
most cases, which greatly improves performance.

Avoid evaluation of values of variables in set_unless_changed().

emerge: skip misspell suggestion if cp exists

depgraph: autounmask account for optional deps

emerge: rename --no*-atoms to --*-exclude

ebuild.sh: make INHERITED independent of phase

When EBUILD_PHASE != depend, INHERITED comes pre-initialized
from cache. In order to make INHERITED content independent of
EBUILD_PHASE during inherit() calls, we unset INHERITED after
we make a backup copy for QA checks.

Update timestamps in headers of modified files.

depgraph: queue ignored deps for later traversal

This will fix an issue with some build-time deps being ignored by
--complete-graph in cases when --with-bdeps is not enabled. It
should help --rebuild to find more rebuilds in this case.

depgraph: account for new-style virtual/libc

This will fix bug #364681.

trigger_rebuilds: handle circular deps

depgraph: traverse bdeps in complete mode

This makes the graph as complete as possible, and can help --rebuild to
find more rebuilds.

depgraph: ignore unwanted virtuals

This fixes an unwanted side-effect from commit
470871eeafa89a05486d4eb6f3f7626c1f813e4d.

emerge: add --rebuild and --norebuild-atoms opts

Rebuild when build-time/run-time deps are upgraded.

If pkgA has been updated, and pkgB depends on pkgA at both
build-time and run-time, pkgB needs to be rebuilt. This
feature ensures that all packages are consistent when
dependencies that are used at both runtime and build time
are changed.

This feature only rebuilds packages one layer deep. That
means that if you upgrade libcros, for example, packages
that depend directly on libcros will be rebuilt and
reinstalled, but indirect dependencies will not be rebuilt.

BUG=chromium-os:14296

TEST=Test whether packages rebuilding a bunch of packages.

Change-Id: Idbc0532b4b1de28fd9e5a0abe3b7dbe1a3abd2c8

Review URL: http://codereview.chromium.org/6905107

repoman: remove most old-style virtual checks

PROVIDE virtuals have been banned from Gentoo's tree (see bug #365505),
so these checks aren't needed anymore. The PROVIDE.syntax check is kept
in the Package class since PROVIDE is still supported for backward
compatibility, and therefore invalid syntax can still have negative
effects. This check can be removed if/when backward compatibilty is
completely dropped.

repoman: Check for PROVIDE.

This will fix bug #365505.

Support multiple arguments in set_unless_changed() and unset_unless_changed().
Use VARIABLE=VALUE syntax for arguments of set_unless_changed().

runtests.sh: propagate arguments to runTests

Bug #365439: Add set_unless_changed() and unset_unless_changed().

depgraph: migrate implicit libc deps from Sched

Now all the virtual/libc handling is done by the depgraph, which
will be helpful when fixing bug #364681.

install_qa_check(): Simplify code and make 'l' a local variable.

Check for references to ${ROOT} in install_qa_checks.

When ROOT != /, binaries that reference ROOT will load their
dependencies from ROOT first rather than from the system-configured
path. This is a problem because the ROOT will be / on the target
system.

Besides the above, this patch also fixes incorrect parsing of scanelf
output, where we would treat the RPATHs returned by scanelf as the
names of binaries.

TEST=When "stricter" FEATURE is enabled, verify that emerge
fails when an ebuild references broken rpaths referencing
ROOT. When "stricter" FEATURE is not enabled, verify that such
references are automatically fixed. Also verify that ebuilds
with non-broken RPATHs (e.g. RPATHs referencing $ORIGIN/../lib)
are not touched by the change.

BUG=chromium-os:14271

Change-Id: I4f29cc4ea9195a1255f080284da1f676e4a2c26b

Review URL: http://codereview.chromium.org/6903153

emergelog: only set permission on creation

This will fix bug #365319.

action_info: eliminate duplicate info_pkgs match

Currently, sys-kernel/linux-headers is matched by both a plain
sys-kernel/linux-headers atom and by the virtual/os-headers new-style
virtual. For backward compatibility, we're going to have duplicates
like this for at least a few months (see bug #364673, comment #5).
Therefore, automatically eliminate duplicates in the display. Entries
that include virtual provider info are preferred over those that do
not.

_postinst_bsdflags: apply to $ROOT, not $D

Move preinst/postinst_bsdflags from bash to py

Moving these commands from shell to Python helps avoid an unnecessary
call to misc-functions.sh for the postinst_bsdflags. This improves
performance.

BUG=none
TEST=Run emerge-x86-generic -eg --jobs=16 libchrome

Change-Id: I0c2af50b4d2f7644cabac84fde7fe4d682010c69

Review URL: http://codereview.chromium.org/6676107

display_preserved_libs: load plib_registry

Since commit 7535cabdf2fab76fc55df83643157613dfd66be9, the
plib_registry is modified in a subprocess, and the parent
process' copy can become stale because of this. Therefore,
explicitly load it.

emerge: add --misspell-suggestions=n option

This will fix bug #363137.

emerge: fix indent for --binpkg-respect-use help

emerge: add --help for 3 new options

emerge: add 3 new options similar to --exclude

Add --nousepkg-atoms, --useoldpkg-atoms, and --reinstall-atoms flag
to Portage

reinstall-atoms accepts a space separated list of package names or
slot atoms. Emerge will treat matching packages as if they are not
installed, and reinstall them if necessary.

useoldpkg-atoms accepts a space separated list of package names or
slot atoms. Emerge will prefer matching binary packages over newer
unbuilt packages. This is useful in case you want to request that a
particular package won't be rebuilt from source.

nousepkg-atoms accepts a space separated list of package names or
slot atoms. Emerge will ignore matching binary packages.

Change-Id: I0d73039c6a4cd63695b28ffc80215628e0e05c95

BUG=chromium-os:12507 TEST=Try out the flag

Review URL: http://codereview.chromium.org/6577024

--autounmask: Don't change masked/forced flags

This will fix bug #364701.

expand_new_virt: don't traverse blockers

expand_new_virt: validate EAPI, IUSE and USE

expand_new_virt: eliminate cpv_getkey

expand_new_virt: use stack for recursion

Bug #364467 - handle gcc-4.6-style QA warnings

Fix a typo.

emerge --info: support new-style virtuals

This will fix bug #364673.

ebuild(1): fix env FEATURES overrides bug #364035

repoman: deprecate more eclasses

repoman: cleanup gpgsign

Update timestamps in headers of modified files.

doins: tweak $DISTDIR symlink handling

Only match stuff inside $PORTAGE_ACTUAL_DISTDIR/ so that we don't
stray from PMS.

doins: dereference abs symlinks to files

Our fake $DISTDIR contains symlinks that should not be reproduced
inside $D. In order to ensure that things like dodoc
"$DISTDIR"/foo.pdf work as expected, we dereference symlinked files
that are referenced by absolute paths. Thanks to James Cloos
<cloos@jhcloos.com> for reporting this issue which he observed with
the sci-mathematics/minisat ebuild.