swc-installation-test-2.py: Add IPython notebook dependencies

You can get a successful IPython import even if you haven't installed
the dependencies you need for viewing notebooks.  This adds explicit
dependencies based on the current listings in IPython's setup.py.

swc-installation-test-2.py: Print full DependencyError chain

If a requirement is not satisfied due to an and_dependency or
or_dependency failure, raise a new DependencyError and attach the
original error as its cause (this would be easier if we didn't have to
preserve Python 2.x support).  This way we can print the whole chain
(e.g. virtual-shell failed because sh is not installed), instead of
just the lowest level error.

Also indent the messages, because:

  check for virtual-editor failed:
    or-dependency not satisfied for virtual-editor
    For instructions on installing an up-to-date version, see
    http://software-carpentry.org/setup/
    cause:
    check for Notepad++ (notepad++) failed:
      could not find 'notepad++' executable
      For instructions on installing an up-to-date version, see
      http://software-carpentry.org/setup/

is more readable than:

  check for virtual-editor failed:
  or-dependency not satisfied for virtual-editor
  For instructions on installing an up-to-date version, see
  http://software-carpentry.org/setup/
  cause:
  check for Notepad++ (notepad++) failed:
  could not find 'notepad++' executable
  For instructions on installing an up-to-date version, see
  http://software-carpentry.org/setup/

swc-installation-test-2.py: Add and_dependencies to Python package setup

Not used by any packages yet, but I'm about to use it for IPython.

swc-installation-test-2.py: Add gedit to virtual-editor

For Gnome users.

swc-installation-test-2.py: Add Pandas (pandas) >= 0.8

It's being used in 2013-01-columbia.

swc-installation-test-2.py: Handle unparsable versions gracefully

This avoids raising NotImplementedError from my IPython 0.14.dev.  We
don't want to have to start ranking alpha, beta, dev, r6, etc., so
just print the unparsable version and minimum version, and leave it to
the student to decide if their version satisfies the condition.  It's
unlikely that students have such pre-/post-release software installed
anyway.

swc-installation-test-2.py: Add ipython (script) >= 0.13

And make sure the IPython package has the same minimum version.
IPython 0.12 can't display more recent notebooks.

setup/README.md: Install-testing script care and feeding

setup: Move installation test scripts under setup/

There will be a lot of other stuff in the boot camp repository.  Stay
organized by keeping "how to set up and test your machine" stuff in a
subdirectory.

swc-installation-test-2.py: Comment out 'mercurial' dependency

There can be trouble detecting the Python package, especially on MS
Windows where the installed version of Python used to run the script
may not know about installed version of Mercurial.  Because nobody is
likely to use Mercurial's Python interface in a SWC class (they'll
probably stick to the command line interface), comment out this
dependency.

swc-installation-test-2.py: Add 'virtual-pypi-installer' and 'pip'

Students who need a Python Package Index (PyPI) installer should be
fine with either easy_install or pip [1].

[1]: http://pypi.python.org/pypi/pip
     http://www.pip-installer.org/

swc-installation-test: Return 1 on failure

I doubt anyone will check the exit status for these scripts, but it's
still good to follow conventions.

swc-installation-test-2.py: Better error message for unknown checks

swc-installation-test-2.py: Document command line arguments

swc-installation-test-2.py: Add MakeDependency class

On the fairly ancient SunOS 5.10 (January 2005), `make` doesn't
support `--version`.  Looking into the POSIX.2 specs [1], it doesn't
have to.  On FreeBSD [2] and in GNU Make [3], there is a MAKE_VERSION
variable, and the Sun executable has something similar:

  $ strings make | grep MAKE_VERSION
  .MAKE_VERSION

but it just expands to an empty string.

Since reading a makefile from stdin *is* in POSIX [1], we can use that
to test `make` if `make --version` fails.  If we get something for
MAKE_VERSION, use that.  If we get something for MAKE (required by
POSIX [2]), then call that a valid, but unkown, version.

[1]: http://pubs.opengroup.org/onlinepubs/009695399/utilities/make.html#tag_04_84_04
[2]: http://lists.freebsd.org/pipermail/freebsd-questions/2010-October/222214.html
[3]: http://www.gnu.org/software/make/manual/html_node/Features.html#index-MAKE_005fVERSION-1021
[4]: http://pubs.opengroup.org/onlinepubs/009695399/utilities/make.html#tag_04_84_13_08

swc-installation-test-2.py: Add CommandDependency.stdin

I'm about to implement a version check for 'make' where I want to pass
a test Makefile in via stdin.

swc-installation-test-2.py: Convert .version_option to .version_options

I'm about to implement a version check for 'make' where a single
option doesn't cut it.  For version of Python before 3.3,
shlex.quote() doesn't exist [1], so use pipes.quote() instead [2].

[1]: http://docs.python.org/3/library/shlex.html#shlex.quote
[2]: http://bugs.python.org/issue9723

swc-installation-test-2.py: Add OS-version detection

Using assorted functions from the `platform` module.  On my Linux box:

  $ python2.7
  Python 2.7.3 (default, Dec  5 2012, 10:56:01)
  [GCC 4.5.4] on linux2
  Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
  >>> import platform
  >>> platform.linux_distribution()
  ('Gentoo Base System', '2.1', '')
  >>> platform.mac_ver()
  ('', ('', '', ''), '')
  >>> platform.win32_ver()
  ('', '', '', '')

On an OS X box:

  $ python2.6
  Python 2.6.1 (r261:67515, Aug  2 2010, 20:10:18)
  [GCC 4.2.1 (Apple Inc. build 5646)] on darwin
  Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
  >>> import platform
  >>> platform.linux_distribution()
  ('', '', '')
  >>> platform.mac_ver()
  ('10.6.8', ('', '', ''), 'i386')
  >>> platform.win32_ver()
  ('', '', '', '')

I don't have access to an MS Windows box, but presumably it returns
something like:

  >>> platform.linux_distribution()
  ('', '', '')
  >>> platform.mac_ver()
  ('', ('', '', ''), '')
  >>> platform.win32_ver()
  ('XP', '5.1.2600', 'SP2', 'Multiprocessor Free')

We only want to print the one that applies (e.g. don't print a
'linux_distribution' entry on OS X), so we skip entries where value[0]
is an empty string.

swc-installation-test-2.py: Use the more portable platform.uname()

From the docs [1,2]:

  platform.uname():
    Fairly portable uname interface...  Entries which cannot be
    determined are set to ''.

  os.uname():
    ... Availability: recent flavors of Unix.

[1]: http://docs.python.org/2/library/platform.html#platform.uname
[2]: http://docs.python.org/2/library/os.html#os.uname

swc-installation-test-2.py: Isolate system-info indent in _print_info

This way shifting the indents if you add a longer key is a single-line
operation.

swc-installation-test-1.py: Give instructions for 'python command not found'

swc-installation-test-2.py: Sort shells in order of preference

Placing the often-symlinked `sh` at the end of the list.  This way if
a user has Bash installed, it doesn't show up as plain old Bourne.

swc-installation-test-2.py: Break after first successful or-dependency

No need to test the other dependencies once you find one that matches.

swc-installation-test-2.py: Give suggested install hints

I can't give package-specific links yet, but they will hopefully be in
place soon.  I made the "email your instructor" suggestion optional,
because it is easy for me to imagine a course large enough that the
instructor could not field all requests.  To disable, change

  print_suggestions(instructor_fallback=True)

to

  print_suggestions(instructor_fallback=False)

swc-installation-test-1.py: Give suggested install hints

This can link to the "howto setup Python" notes from SWC once those
get a more precise link than:

  http://software-carpentry.org/setup/

swc-installation-test-2.py: Don't say how to get a terminal

We already told them how to do this in swc-installation-test-1.py,
hopefully they remember ;).

swc-installation-test-2.py: Avoid BaseException.message warning

Dodge the logic which (at least in Python 2.6.1) raises:

  DeprecationWarning: BaseException.message has been deprecated as of Python 2.6

We're setting the .message attribute explicitly, so the deprecation
warning does not apply to us.  The fix was suggested by Brett Cannon:

On Sun Jul 8 02:42:18 CEST 2007, Brett Cannon wrote [1]:
> You can get around this easily enough with a subclass that uses a
> property for message::
>
>   class gerror(Exception):
>     def _get_message(self, message): return self._message
>     def _set_message(self, message): self._message = message
>     message = property(_get_message, _set_message)

[1]: http://mail.python.org/pipermail/python-dev/2007-July/073777.html

swc-installation-test-2.py: Only require Git >= 1.7 (not >= 1.8)

Xcode 4.0.2 for OS X 10.6.8 shipped with Git 1.7.3.4.

swc-installation-test-2.py: Add EasyInstallDependency class

Distribute's easy_install supports --version (at least since 0.6.21),
but Setuptool's original version does not (at least as of 0.6c9).
Assume that if we get some kind of reasonable output from
`easy_install --version` we're dealing with the Setuptools version.

swc-installation-test-2.py: Add a virtual-shell and non-Bash shells

Commit to POSIX.2 [1] compatibility by allowing additional shells.  If
anyone has something besides sh, bash, or dash installed, they
probably know how to use it ;).

[1]: http://pubs.opengroup.org/onlinepubs/009695399/utilities/xcu_chap02.html
     IEEE Std 1003.2-1992

swc-installation-test-2.py: Don't require a specific Bash version

I have access to a machine running OS X 10.6.8, which has:

  $ bash --version
  GNU bash, version 3.2.48(1)-release (x86_64-apple-darwin10.0)
  Copyright (C) 2007 Free Software Foundation, Inc.

That means no associative arrays, but for SWC purposes, it should
still get the job done.  All we really need is POSIX.2.

swc-installation-test-2.py: Fix version extraction for sqlite3-python

The 'sqlite3' package has the same version as the standard library.
We only check for it because sometimes (e.g. on Gentoo) Python may be
compiled without this package.

swc-installation-test-2.py: Fix 'mercurial' version extraction

The Mercurial Python package stores its version in strange places.

swc-installation-test-2.py: Refactor PythonPackageDependency._get_version

Split it into pieces for easier subclassing.

swc-installation-test-2.py: Add import_module for older Pythons

importlib is new in Python 2.7 / 3.1.  Add a minimal workaround for
earlier versions.

swc-installation-test-2.py: Don't parse missing versions

swc-installation-test-2.py: import print_function for Python 2.6

Otherwise `print()` actually prints `()`, where we want it to print a
blank line.

swc-installation-test-2.py: Don't chain exceptions (yet)

Exception chaining (PEP 3134, 'raise ... from') raises SyntaxErros in
Python 2.x.  Comment the chaining out until SWC starts teaching only
Python 3.x.

swc-installation-test-2.py: Print successfully-found versions

This makes it easy to see what a user has installed.

swc-installation-test-2.py: Don't print duplicate exceptions

For example, if you have an outdated 'python', you only want to hear
about that once, not once for each PythonPackageDependency.

swc-installation-test-2.py: Cache check errors

Avoid running the same check (e.g. 'python') over and over.

swc-installation-test-2.py: `PythonDependency`s should depend on Python

swc-installation-test-2.py: Add exe_extension for MS Windows compat.

Use distutils' new_compiler() to get the appropriate exe_extension for
the user's system.  This way command names can always be specified in
their bare form, and we'll automatically add the right executable
extension for other platforms.

swc-installation-test-2.py: Add virtual-editor and virtual-browser

Often we don't care which editor is installed, so long as at least one
is installed.  This commit tweaks Dependency and adds a
VirtualDependency class to support such virtual dependencies.  You
can't get very fancy with boolean logic, but an all-and and all-or
lists will probably be sufficient for our needs.

swc-installation-test-2.py: Add some editors and browsers

Based on a list of possibilities mentioned by Cait Pickens in an
internal email.

swc-installation-test-2.py: sort CHECKS into topics

swc-installation-test: Consolidate and reorganize test scripts

Merge Konrad Hinsen and Fernando Perez's installation-testing scripts

workshop_checklist.py: Add installation-testing script

This script was linked to by Eric Bray [1] and hosted on Fernando
Perez's website [2].

[1]: https://github.com/swcarpentry/website/issues/38#issuecomment-11386945
[2]: http://fperez.org/py4science/workshop_checklist.py

swc-installation-test.py: Add installation-testing script

The content of this script was posted by Greg Wilson and attributed to
Konrad Hinsen [1].

[1]: https://github.com/swcarpentry/website/issues/38#issuecomment-11189525