Merge branch 'namespaced' of git://tremily.us/swc-version-control-git into assembled

* 'namespaced' of git://tremily.us/swc-version-control-git:
  cheat-sheet.md: Fix 'Incorperate' -> 'Incorporate' typo

Merge branch 'master' into namespaced

* master:
  cheat-sheet.md: Fix 'Incorperate' -> 'Incorporate' typo

cheat-sheet.md: Fix 'Incorperate' -> 'Incorporate' typo

Merge branch 'namespaced' of git://tremily.us/swc-setup-windows-installer into assembled

* 'namespaced' of git://tremily.us/swc-setup-windows-installer:
  swc-windows-installer.py: Use regular expressions to POSIX-ify paths
  swc-windows-installer.py: Only create the python-scripts dir if it doesn't exist
  swc-windows-installer.py: Split out zip_install into its own function

Merge branch 'master' into namespaced

* master:
  swc-windows-installer.py: Use regular expressions to POSIX-ify paths
  swc-windows-installer.py: Only create the python-scripts dir if it doesn't exist
  swc-windows-installer.py: Split out zip_install into its own function

swc-windows-installer.py: Use regular expressions to POSIX-ify paths

On a Windows 7 SP1 box with Python 2.7.3:

  >>> import os.path
  >>> os.path.expanduser('~')
  'c:/Users/JohnDoe'

That wasn't matching the previous POSIX-ification patterns, which
assumed the drive prefix would be uppercase (C:).  Now we use a
regular expression to match both cases.

swc-windows-installer.py: Only create the python-scripts dir if it doesn't exist

os.makedirs, unlike 'mkdir -p', errors if the target directory already
exists [1,2].

[1]: http://docs.python.org/2/library/os.html#os.makedirs
     "Raises an error exception if the leaf directory already exists
     or cannot be created"
[2]: http://docs.python.org/3/library/os.html#os.makedirs
     "If exist_ok is False (the default), an OSError is raised if the
     target directory already exists."

swc-windows-installer.py: Split out zip_install into its own function

This makes it easy to install other packages besides nano.  I've also
added SHA1 checks to avoid installing packages that don't match the
expected hash.  This lets us trust ZipFile.extractall instead of
extracting from a hard-coded list of approved files.

Merge branch 'namespaced' of git://tremily.us/swc-version-control-git into assembled

# By Matt Davis
* 'namespaced' of git://tremily.us/swc-version-control-git:
  git -> Git where appropriate

Merge branch 'master' into namespaced

* master:
  git -> Git where appropriate

git -> Git where appropriate

W. Trevor King: The conflicts with the original f3bc1dd [1] were
trivial, involving the YAML front matter introduced by 208c61f (Add
header material and author to git and GitHub lesson, 2013-11-06).  I
haven't included 208c61f in this history because:

* This Markdown source is not necessarily destined for Jekyll.
* The author information is clear from the Git history, and explicit
  author listings in text itself are hard to keep up to date.

[1]: https://github.com/swcarpentry/bc/pull/133

Conflicts:
instructor.md

Merge branch 'namespaced' of git://tremily.us/swc-version-control-git into assembled

* 'namespaced' of git://tremily.us/swc-version-control-git:
  README.md: Update link to SWC contributing page

Merge branch 'master' into namespaced

* master:
  README.md: Update link to SWC contributing page

README.md: Update link to SWC contributing page

Catch up with the swcarpentry/website -> swcarpentry/site transition,
specifically 86ba191 (Replaced contributing.html page with contrib/
directory containing separate pages for different ways to contribute,
2013-08-22).

Merge branch 'namespaced' of git://tremily.us/swc-setup-windows-installer into assembled

* 'namespaced' of git://tremily.us/swc-setup-windows-installer:
  swc-windows-installer.py: Restore nose entry point

Merge branch 'namespaced' of git://tremily.us/swc-modular-shell-genotype into assembled

Merge branch 'namespaced' of git://tremily.us/swc-modular-shell-dictionary into assembled

Merge branch 'namespaced' of git://tremily.us/swc-modular-shell-hearing into assembled

Avoid problems due to the shared history of swc-modular-shell,
swc-modular-shell-hello, and swc-modular-shell-hearing by restoring
the subject-level files and hello script removed in
swc-modular-shell-hearing:

  $ git checkout HEAD -- modular/shell/{README.md,cheat-sheet.md,instructor.md,exercises/hello/hello}

before commiting the merge.

Conflicts:
modular/shell/cheat-sheet.md
modular/shell/exercises/hello/hello

Merge branch 'master' into namespaced

I added modular/shell/exercises/hearing/ namespacing and squashed that
into the merge.

* master: (90 commits)
  Changing 'git clone' URL in shell README to the read-only git:// URL.
  Fix shell header
  Added some words about the history command and bang-history # direct access.
  Fix old typo on file size.
  Clean up ambiguity between file and filename.
  There is no executable in the boot-camps directory - need to cd to shell dir first.
  remove some spaces getting in the way of bold
  Seem to have the tables figured out - they need a header - annoying
  Can we get some documentation on tables
  A few more changes to be consistent and clear.
  Some formatting and flow changes:
  Update shell/Readme.md
  Update shell/Readme.md
  Update shell/Readme.md
  shell/Readme.md: Fix 'swsc' -> 'swc' typo
  shell/Readme.md: Use USERNAME and YYYY-MM-PLACE in git clone instructions
  fixed links
  shell/Readme.md: use explicit URL (with https://)
  Conversion of all rst to corresponding markdown files
  removed references to 2013-01-chicago (those became YYYY-MM-PLACE) and thehackerwithin (those became USERNAME).
  ...

modular/shell: Start reorganizing the shell material

Mostly split the examples out into their own directories with READMEs,
but there was a lot of editing to partially convert the long-form
notes into a condensed instructor.md targeted at instructors.  I've
gotten to the pipes section and run out of steam.  Erik may be taking
over the rest of the rewrite...

W. Trevor King: I dropped everything from the original 7ba5e9d except
for the modular/shell/exercises/hearing/README.md addition.  I also
merged in the history of the shell notes from
git://tremily.us/swc-modular-shell master so you can follow the
development of the README content.

Merge branch 'master' into namespaced

This is a no-op merge, explicitly considering and rejecting the
de-namespacing from the master branch.  After this merge, future
merges from the master branch will pick up any content changes.

  $ git merge --log --no-ff --strategy ours master

* master:
  generate_data.py: Remove nesting shellExample/

generate_data.py: Add nesting modular/shell/exercises/hearing/

This gives the submodule-averse the nesting they'd usually get by
merging the master branch in a submodule at
modular/shell/exercises/hello.

generate_data.py: Remove nesting shellExample/

There's no need to hard-code target directories in this repository.
Anyone consuming this material can use submodules and pick their own
target directory.

Added Da for Shell example

Merge branch 'master' into namespaced

* master:
  swc-windows-installer.py: Restore nose entry point

swc-windows-installer.py: Restore nose entry point

This restores the nose entry point which was removed in 94caead
(swc-windows-installer.py: Remove IPython and nose entry points,
2013-10-21).

On Tue, Oct 22, 2013 at 11:36:21AM -0700, Ethan White wrote:
> IPython works fine for me on Windows 7 for both Anaconda and Canopy
> with no added entry points needed.
>
> Nosetests does not appear to have an entry point on Anaconda and I
> forgot to test it with Canopy.

I used a slightly different bin path than we'd used previously, to
respect 806fedf (swc-windows-installer.py: Rework install paths to use
~/.swc, 2013-10-21).

README.md: Add nesting modular/shell/exercises/genotype/

This gives the submodule-averse the nesting they'd usually get by
merging the master branch in a submodule at
modular/shell/exercises/genotype.

Merge branch 'master' into namespaced

This is a no-op merge, explicitly considering and rejecting the
de-namespacing from the master branch.  After this merge, future
merges from the master branch will pick up any content changes.

* master:
  README.md: Remove nesting shell/exercises/

README.md: Remove nesting shell/exercises/

There's no need to hard-code target directories in this repository.
Anyone consuming this material can use submodules and pick their own
target directory.

Moved exercises into subfolders of the corresponding topics

W. Trevor King: I removed everything except the shell exercises from
39e0701, since this branch is focusing on the genotype exercises.

Adding exercises from the Software Carpentry 4.0 website

W. Trevor King: I removed everything except the shell exercises from
da170d3, since this branch is focusing on the genotype exercises.

Added shell exercises and old setdict exercises to version control

git-svn-id: http://svn.software-carpentry.org/swc@1490 c7c5a9dc-0650-43d5-b785-a4005efbfd0f

W. Trevor King: I removed the setdict exercises from the cherry-picked
commit, since this branch is focusing on the genotype exercises.

Updated shell exercise data file

git-svn-id: http://svn.software-carpentry.org/swc@1416 c7c5a9dc-0650-43d5-b785-a4005efbfd0f

Added sample of dbSNP for shell (and maybe other) exercises.

git-svn-id: http://svn.software-carpentry.org/swc@1412 c7c5a9dc-0650-43d5-b785-a4005efbfd0f

dictionary.txt: Add nesting modular/shell/exercises/dictionary/

This gives the submodule-averse the nesting they'd usually get by
merging the master branch in a submodule at
modular/shell/exercises/dictionary.

Merge branch 'master' into namespaced

This is a no-op merge, explicitly considering and rejecting the
de-namespacing from the master branch.  After this merge, future
merges from the master branch will pick up any content changes.

  $ git merge --log --no-ff --strategy ours master

* master:
  dictionary.txt: Remove nesting 1-Shell/

dictionary.txt: Remove nesting 1-Shell/

There's no need to hard-code target directories in this repository.
Anyone consuming this material can use submodules and pick their own
target directory.

Merge branch 'namespaced' of git://tremily.us/swc-modular-shell-hello into assembled

Avoid problems due to the shared history of swc-modular-shell and
swc-modular-shell-hello by restoring the subject-level files removed
in swc-modular-shell-hello:

  $ git checkout HEAD -- modular/shell/{README.md,cheat-sheet.md,instructor.md}

Conflicts:
modular/shell/instructor.md

Merge branch 'namespaced' of git://tremily.us/swc-modular-shell into assembled

Merge branch 'namespaced' of git://tremily.us/swc-modular into assembled

Merge remote-tracking branch 'shell/namespaced' into namespaced

This is a no-op merge, explicitly considering and rejecting the
tool-level removal of the hello script.  This avoids merge conflicts
if an aggregation branch wants to merge both our namespaced branch and
the tool-level namespaced branch.

* shell/namespaced: (91 commits)
  modular/shell: Start reorganizing the shell material
  Changing 'git clone' URL in shell README to the read-only git:// URL.
  Fix shell header
  Added some words about the history command and bang-history # direct access.
  Fix old typo on file size.
  Clean up ambiguity between file and filename.
  There is no executable in the boot-camps directory - need to cd to shell dir first.
  remove some spaces getting in the way of bold
  Seem to have the tables figured out - they need a header - annoying
  Can we get some documentation on tables
  A few more changes to be consistent and clear.
  Some formatting and flow changes:
  Update shell/Readme.md
  Update shell/Readme.md
  Update shell/Readme.md
  shell/Readme.md: Fix 'swsc' -> 'swc' typo
  shell/Readme.md: Use USERNAME and YYYY-MM-PLACE in git clone instructions
  fixed links
  shell/Readme.md: use explicit URL (with https://)
  Conversion of all rst to corresponding markdown files
  ...

Merge branch 'master' into HEAD

This is a no-op merge, explicitly considering and rejecting the
submodules from the master branch.  After this merge, future merges
from the master branch will pick up any content changes.

* master:
  exercises/hearing: Add the cochlear implant example submodule

Merge branch 'master' into namespaced

* master:
  instructor.md: Update hello path with deeper hello/hello nesting

exercises/hearing: Add the cochlear implant example submodule

Drop exercises from the submodule name in case we want to reorganize
later.  We won't have any other 'hearing' submodules.

Added a dictionary to 1-Shell directory to demonstrate searching
in less.  Necessary to replace /usr/share/dict/american-english
that went away when we changed VMs.

Merge branch 'master' into namespaced

This is a no-op merge, explicitly considering and rejecting the
submodules from the master branch.  After this merge, future merges
from the master branch will pick up any content changes.

  $ git merge --log --no-ff --strategy ours master

* master:
  exercises/hello: Add the hello script example submodule

instructor.md: Update hello path with deeper hello/hello nesting

The hello script is at .../exercises/hello/hello now, not
.../exercises/hello, because .../exercises/hello is the submodule
directory.

exercises/hello: Add the hello script example submodule

Drop exercises from the submodule name in case we want to reorganize
later.  We won't have any other 'hello' submodules.

Merge branch 'master' into namespaced

This is a no-op merge, explicitly considering and rejecting the
de-namespacing from the master branch.  After this merge, future
merges from the master branch will pick up any content changes.

  $ git merge --log --no-ff --strategy ours master

* master:
  hello: Remove nesting 1-Shell/

hello: Add nesting modular/shell/exercises/hello/

This gives the submodule-averse the nesting they'd usually get by
merging the master branch in a submodule at
modular/shell/exercises/hello.

hello: Remove nesting 1-Shell/

There's no need to hard-code target directories in this repository.
Anyone consuming this material can use submodules and pick their own
target directory.

Added more to shell tutorial. Also added a hello world program

W. Trevor King: I dropped everything from the original d25bc30 except
for the 1-Shell/hello addition.

Merge branch 'master' into namespaced

This is a no-op merge, explicitly considering and rejecting the
submodules from the master branch.  After this merge, future merges
from the master branch will pick up any content changes.

  $ git merge --log --no-ff --strategy ours master

* master:
  shell: Add a submodule with POSIX shell examples

README.md: Add nesting modular/

This gives the submodule-averse the nesting they'd usually get by
merging the master branch in a submodule at modular/.  They'll have to
merge the submodule's 'namespaced' branches by hand to pull in the
equivalent content.

shell: Add a submodule with POSIX shell examples

README.md: Summarize the purpose of this repository

Merge branch 'master' into namespaced

This is a no-op merge, explicitly considering and rejecting the
de-namespacing from the master branch.  After this merge, future
merges from the master branch will pick up any content changes.

  $ git merge --log --no-ff --strategy ours master

* master:
  README.md: Remove nesting modular/shell/

README.md: Remove nesting modular/shell/

There's no need to hard-code target directories in this repository.
Anyone consuming this material can use submodules and pick their own
target directory.

modular/shell: Start reorganizing the shell material

Mostly split the examples out into their own directories with READMEs,
but there was a lot of editing to partially convert the long-form
notes into a condensed instructor.md targeted at instructors.  I've
gotten to the pipes section and run out of steam.  Erik may be taking
over the rest of the rewrite...

Merge branch 'cheat-sheet' into master

* cheat-sheet: (37 commits)
  Cheatsheet based on @LJWilliams's version (PR #30) with updates to match the Guide
  Update shell_cheatsheet.md
  Update shell_cheatsheet.md
  Update shell_cheatsheet.md
  ...

Changing 'git clone' URL in shell README to the read-only git:// URL.

It had been showing the HTTPS URL but about 50% of the time that would ask
people for their usernames and passwords even though they just wanted to clone.
The read-only URL should never involve username/password stuff.

Fix shell header

Made the title line into title markup and rephrased the intro title so that it make sense.

Added some words about the history command and bang-history # direct access.

Fix old typo on file size.

Clean up ambiguity between file and filename.

There is no executable in the boot-camps directory - need to cd to shell dir first.

remove some spaces getting in the way of bold

Seem to have the tables figured out - they need a header - annoying

Can we get some documentation on tables

A few more changes to be consistent and clear.

* q is for quit (mnemonics)
* tab completion seemed to have invalid examples/instructions
* made a table of less commands
* explained why less commands work in man
* redirection exercise was ambiguous: files that contain 4 in their contents, or whose names contain the number 4?
* mkdir is to 'make' a directory (mnemonics)
* combined sort exercise block

Some formatting and flow changes:

* try to bring formatting of subheadings into consistency by promoting all bolded headings to hierarchichal headings
* add Paul Wilson as author
* initial directory changing and git checkout flow was not consistent with following commands
* added excercise around man pages and ls
* added comment on mental model of directory hierarchy
* labeled exercise at end of path section
* clarified conditions under which different ls commands were equivalent

Update shell/Readme.md

Fix markup to highlight `find` command.

Update shell/Readme.md

Improve wording in `cp` file backup example.

Update shell/Readme.md

Fix typo and some missing words.

shell/Readme.md: Fix 'swsc' -> 'swc' typo

shell/Readme.md: Use USERNAME and YYYY-MM-PLACE in git clone instructions

fixed links

[wtk]:
This pulled in a few workshop-specific link changes, but I cherry
picked it to get the "GUI" -> "browser" update.

shell/Readme.md: use explicit URL (with https://)

Conversion of all rst to corresponding markdown files

We use git-flavoured markdown

W. Trevor King: I dropped everything from the original 4ba1cf2 except
for the shell/Readme.md modification.

removed references to 2013-01-chicago (those became YYYY-MM-PLACE) and thehackerwithin (those became USERNAME).

W. Trevor King: I dropped everything from the original 87034d8 except
for the shell/Readme.md modification.

removing links from readmes, removed old.md, not sure what that was.

W. Trevor King: I dropped everything from the original 500753d except
for the shell/Readme.md modification.

Fix one more s,Shell-1,shell,

Fix paths in shell section

fixes links in shell readme

Updated URL

Updated URL

Updated URL

Updated for Jan12th bootcamp

 moved a lot of files to folders that will mesh with the directory structure intended for the master branch, in case we merge this in. A bunch of things still need to be done. The software engineering section isn't completely moved and the readmes are still in rst rather than md.

W. Trevor King: I removed everything from the original 00149bc except
the 1-Shell -> shell move.

Fixed github URL.

Updated shell tutorial to reflect new VM.  Also minor
edits for clarity.  Added reference to xargs, command
history.

Corrected git command

Modified 1-Shell to use swc in place of thw and \nSWC-bootcamp in place of UofCSCBC2012 so as to have correct org and repo name.

Changed presenter name

Done with the shell tutorial...at last

More updates to shell tutorial

More updates to shell tutorial

More updates to shell tutorial

Added more to shell tutorial. Also added a hello world program

More updates