Added Command and related classes to hooke.plugin

Based on my libbe.commands.base work for Bugs Everywhere.

Added hooke.plugin.Plugin.name attribute.

Also:
  * Reordered Plugin methods from first called -> last called.
  * Removed old Commands class.

Added tip-to-root/root-to-tip flexibility to hooke.util.graph

The old implementation only did tip-to-root.  The new default is
root-to-tip.

Added inclusion logic to hooke.plugin

Added the graph module I'd developed for Bugs-Everywhere

Beginning to rewrite Hooke to decouple from GUI.

This commit:
  * Started documenting with reStructuredText (for later use by Sphinx)
  * Added hooke.config module to handle configure files (via ConfigParser)
  * Added hooke.compat module to hold compatibility code
    (e.g. workarounds to allow Hooke to work on older Python versions).
  * Added config input/output to hooke.hooke.Hooke.
  * Stubbed out driver/plugin initialization in Hooke

Added Sphinx documentation framework

Convert from DOS to UNIX line endings.

This keeps the project consistent, since all my new files will have
UNIX line endings.  If people use tools that can't handle UNIX line
endings, we can always convert back later:

  for f in $(find . | grep -v '\.git'); do unix2dos "$f"; done

Really hideous merge of Rolf Schmidt's code.

It's hard to merge code when you're not sure which version is more
recent, what the rationale behind the changes are, or very much about
how the code is supposed to work at all ;).  I think I caught most of
the important ideas from both sides, and now I'm going to go back
through and clean things up.

Oops, fix libinput import in hooke.plugin.review.  Missed it in the merge

Removed busy loop from hooke/plugin/flatfilts.py.

Perhaps it was an attempt to pause briefly?  If so, time.sleep() would
be better.  It wasn't much of a pause though:
  $ time python -c ''
  real    0m0.111s
  user    0m0.089s
  sys     0m0.020s
  $ time python -c 'for i in range(1000): k=0'
  real    0m0.115s
  user    0m0.090s
  sys     0m0.024s

Merged with trunk

WLC and FJC output are now with 2 decimal precision.  Added a comment on autopeak on how to use the 'manual' option

Added the possibility to manually choose the peaks in 'autopeak' with the option 'manual'.

Correct number of digits of many output, improvement in the utility 'cut' and 'txt'.

Fixes bad call to wlc/fjc fit

Added modular directory structure.

Also some import and other cleanups to convince myself that the
reorganization was mostly working.

fit.py : extended FJC fit (models water bridges of PEG in water solutions)
fit quality parameter, ratio distance(fit-data)/std(flat_area)

multifit.py : WLC and eFJC as default fits
saves quality of fits

multifit.py : slope can be measured from data or form manual points
tried to scale better the YNarrow

multifit.py : slope can be measured manually
generalvclamp.py : change color of slope line to black

mfp3d.py : the retraction speed is extracted from Velocity, not RetractVelocity

multifit.py : some graphical niceties

multifit.py : proper formatting of help section

multifit.py : Fixed a wrong named var
libhook.py  : Deleted deprecated message (irritates me :D)

multifit.py :    new plugin, mouse input based
generalvclamp.py : separated code from do_slope into _slope allowing use in other funtions
hooke.conf:        activate multifit plugin by default

review.py: fixed crash when a file is not valid

review.py: avoided crash when displaying final stats
hooke.conf:  deactivate hdf5 by default, activate native mfp3d
mfp3d.py:  adapted driver from Hooke GUI to work in this version
procplots.py: centerzero only uses last chunk of retract

FMjoin.py: utility script to put together all files from IgorPro force maps

Corrected a bug for the command txt when it is invoked with an unvalid plot to export.

A correction on autopeak.py due to the add of curvetools.py (a self. was missing)

Corrected some bugs in the scale of graphs.

Fixed some bugs

Scale of axis are now in engineering format.

(generalvclamp.py) Error checking in flatten plot manipulator - fixes issue 31

review.py plugin allows to review curves in groups of ten (à la Igor Pro), select some of them and save to a separate directory

Added two plugin: jumpstat.py and multidistance.py. Change to the function has_peaks. Moved some basics routines in the new file curvetools.py.

Command 'note' saves notes into 'hookedir/output' directory (a bit cleaner) and if the note file exists adds instead of overwriting the file.

New plotmanip 'centerzero' shifts the curves to 0 force

Support for HDF5 files created with Igor Pro (see wiki for how to create the HDF5 file)

Fix: genlist can now import files without extension

Added Alberto's mailing list comments about lib*.py to their docstrings.

From the thread:
  http://groups.google.com/group/hookesoftware/browse_thread/thread/7b893284cc317ea6#

Added config_dir to libhooke.HookeConfig to match new dir structure

Added USAGE file based on code.google.com/p/hooke/wiki/BasicAnalysis

All classes should at least subclass 'object' to avoid being old-style classes.

See, for example
  http://www.python.org/doc/newstyle/
  http://www.python.org/doc/2.5.2/ref/node33.html

Removed sha-bang from non-executable python files + whitespace cleanups.

Whitespace cleanups mostly involved removing trailing whitespace.

Added README and reorganized directory structure (breaks code)

(fit.py) Quick kludgy patch for crash of issue 0028

(fit.py) Fixed -maybe- FJC plotting

(autopeak.py) Corrected a bug introduced in r208

(autopeak.py) Repeatedly asks for correct input.

Added multidistance plugin.

(autopeak.py) fixed autopeak documentation

(autopeak.py) autopeak can now use FJC or WLC

(fit.py) wording output is consistent with fit function used

(fit.py) WLC and FJC now aliases of fit command

Got FJC drawing right.

Better plotting of FJC but not there yet

First steps towards FJC support. New variable fit_function for flexible switching, still errors in drawing, inconsistencies etc. but the numbers in output seem sensible

Hopefully reverted to r193 after mbrucale's incident

using numpy.mean to avoid warnings; still not perfect though

correct parsing of args of peaks command; Fixes issue 0017

added cut.py plugin (by Fabrizio Benedetti, EPFL, Lausanne)

deleted spurious empty dir from tree

fixed: plot does not display on Windows at program launch (troubleshooting issue 1)
fixed: driver tries to open a directory (issue 15)

fixed counter issue

Fixed MFP1D export from Igor 4 (wavenote was not complete)

adding a folder creation with the good plot files inside

(hooke_cli.py) text export, now with measure units. Fixes issue 0014

(mfp1dexport.py) Fixed k determination, at least until we find news on the mysteries of mfp export

(mfp1dexport.py) Fixed trivial bug in K determination ; fixed optimistic __init__ leading to random crashes

(hooke_cli.py) fixed export - bug 0011

pCluster ver.1 ... working! oneClick style. Updated with automatic filter calculation.

Updated with "debug" option and some explanation.
Maybe the last update!

(mfp_igor_scripts) Scripts committed

(mfp1dexport.py , mfp_igor_scripts) Initial indirect support for the MFP1D Asylum microscope files, via exporting scripts

pcluster improved with density estimation and second PCA. next step will be to clean everything in order to use pCluster in oneClick style!

updated with density limit

Just added a new config variable, "force_multiplier", which unsurprisingly muliplies each Y on an SMFS curve. Default value is 1. This is sometimes useful for calibration.

(autopeak.py, etc.) added noflatten option to autopeak, plus small stuff here and there

(mcs.py) lower- and upper- case both working

(mcs.py , generaltccd.py) added first version of TCCD driver and utilities

Added a small feature in the 'autopeak' command. If the variable 'baseline_clicks' is set to -1, no baseline is calculated. Rather, the ordinate of the contact point (either hand-picked or automatically found depending on other autopeak arguments) is taken as the zero force point.

add doublepca and triplepca functions

(autopeak.py, flatfilts.py, hooke_cli.py) various error checkings

PCA improved: it takes columns and multiplier factor from pca_config.txt or from second argument, and save a png file.
new MULTIPCA function: multiply selected column for values 1-100 and save all plots.

(tutorial.py) updated plugin tutorial

nothing of important (new function for building a file's coordinate)

(pcluster.py) again, dirty stuff for testing

add file configuration in order to choice the pca's columns

configuration file for pca's columns

(pcluster.py) testing stuff for test datasets

(pcluster.py) fixed typo

fixed many importants bugs: flatten, c_leng(ths) and p_leng(ths)

(pcluster.py) fixed stupid crash

little changing in the list of clustering coordinates (columns view)

(flatfilts.py) fixed peaks command crashing (pcluster.py) fixed contact point determination

(autopeak.py) fixed stuff about color management

(generalvclamp.py) now linefit_between accepts whatset