Fix some long URLs that had been wrapped by pybtex.

Merge branch 'master' of ssh://einstein/~/public_html/code/git/thesis

Move src/packages/ to src/package/.

This avoids errors like
  TypeError: Tried to lookup Dir 'build/packages' as a File.
when building with older SCons versions.

Standardize figure size (15cmx10cm) for fit-space/means.gp.

Give root.bib a final run through pybtex.

This just re-wrapped some author lines and swapped dietz06{a,b} (now
with months and dates to stabilize future sorts).

root.bib is now stable against future pybtex passes.

Consolidate macros in root.bib.

Reformatted root.bib with pybtex and rekeyed LaTeX source appropriately.

More key/name tuning in root.bib.

Set custom key for NIST:gumbel entry.

Additional field name cleanups in root.bib.

Set custom keys for codata entries.

Set custom keys for uniprot entries.

Differentiate Best2008 bibtex entries.

Removed duplicate keywords fields from staple08.

Remove duplicate note field from ciccotti86.

Remove duplicate note field from ryckaert77.

Consolitate duplicate schlierf04 entries.

Correct DeGrado -> WDeGrado typo.

Correct <X>BrowerToland -> BDBrowerToland typos.

Correct VMontant -> VMontana typo.

Correct MGau -> MGao typo.

Corrections to root.bib before reformating with pybtex.

unfolding.asy also needs base_afm.asy.

Use \text intead of \mathrm in \supScript.

This avoids setting the font explicitly, which allows the superscript
font to match the standard text font.

Dedicate to Heaven.

Added open source highlights to acknowledgments

Moved remaining text portions of root.tex into src/blurb/

Main benefits:
 * Alias('latex-base') (used by asyprocess) won't change when you edit
   the blurbs.  Previously, that triggered a recompile of all the
   Asymptote graphics (slow).
 * root.tex stays nice and clean, and it's easy to find and edit the
   blurb you want.

Only define \U{} and \E{} workarounds in wtk_graph.asy.

We need redefinitions beacause asymptote missaligns labels if we use
\U{} and \E{} directly.  However, lots of \mbox{} and \cdot10^{} cruft
is both ugly and brittle.  The reworked units() and new Exp() should
be used instead.

math(string) is a simple replacement for "$"+string+"$" which looks
clearer to me in most cases, so I've added that too.

Add fit lines to cantilever-sim/v-dep

Also tab-separate (vs space separate) cantilever-sim/v-dep.d/*
with:

  for f in v_dep_*; do
    awk 'BEGIN{OFS="\t"}{print $1, $2}' "$f" > tmp && mv -f tmp "$f";
  done

Converted sim-hist from Gnuplot to Asymptote.

Convert kappa-sawteeth from Gnuplot to Asymptote.

Also:
  * Cleanup Asymptote scanner rules and add descriptive comments.
  * Asymptote scanner rules no longer match directories (e.g. ".").

Convert expt-sawtooth from Gnuplot to Asymptote.

Also:
  * Stripped old comments from sim-sawtooth.asy
  * Added title to sim-sawtooth

With the newer x/y column flexibility, remove fig3a-kx.data from king_vs_best

Also:
  * added fitlines to that figure
  * removed some old cruft that should never have been versioned in
    the first place.

Converted order-dep from Gnuplot to Asymptote.

This lead to some changes in the Asymptote build system:
  * New pyfit approach: site_init.link_pyfit() over old Alias('pyfit').
    The Alias approach made path extraction ugly and brittle.
    The new approach mirrors link_wtk_graph().
  * Adjust graphFile() and pyfit to allow single column (i.e. implicit
    x, explicit y) datafiles.
  * Adjust pyfit to handle single-parameter fitting.

I also increased the horizontal spacing between the v-dep-sd histogram
insets.

Converted sim-sawtooth from Gnuplot to Asymptote.

Make v-dep shorter (the caption used to overflow the page)

Avoid non-standard macros (they seem to break Asymptote's label alignment)

Added histrograms to v-dep-sd, and legends to both v-dep* graphs.

They also get a nice dashed line highlighting the histogram source data.

Converted figures/v-dep from Gnuplot to Asympote (except for embedded histograms)

Ensure the 'asytools' and 'pyfit' aliases are defined before working on figures

Remove figure/scripts duplicate of figure/script (added in fe7fe60ef30da6cd919ce183b47668552fb10583)

Fixed tuple-concat error in site_init._recursive_glob_dir

Also:
  * Added first option to site_init.include_child_SConscripts()

Added pyfit script using Python's SciPy module for least-squares fitting

Pulled subdirs() functionality into it's own fn in site_init.py.

Generalized wtk_graph functions to allow user-controlled x/y/z columns

Add Alias('bibtex-files') dependency as SCons' LaTeX scanner doesn't seem to.

Add king_vs_best dependency rules to SCons build tree

Rework Alias('asymptote-figures').  Previous implementation didn't build the asyfig targets.

Adjustments to graphMatrixFile for much smaller output.

New implementation converts input x/y/z arrays to x and y sets
specifying coordinates for a z matrix, which asymptote handles more
cleanly than nominally non-gridded data.

Also fixed palette positioning, which was broken in the previous
implementation.

Fix exponent "^-1" -> "^{-1}" in fit-valley.asy

Removed wtk_graph.asy symlink from fit-space

Local wtk_graph creation is handled by link_wtk_graph() in the
SConscript file.

Converted figures/fit-space/fig.gp to fit-valley.asy.

But the current output PDF is big and slow :(.

Add Alias('asymptote-figures') for explicit \asyfig dependencies.

Also:
  * Use env.Alias and env.Depends vs. the bare SCons.Script forms.
  * Add figures/cantilever-sim/loading-rate.asy back to build tree.

Add dsfont files to src/packages/

Add explicit dependency thesis -> Alias('extra-packages').

SCons' LaTeX scanner doesn't pick them up automatically as of SCons
v1.3.

Really build thesis.pdf vs. old dummy Touch command.

Only add DISPLAY to the SCons build environment if the user has set it

Merge SCons transition with some Gnuplot->Asymptote work.

Conflicts:

tex/src/figures/cantilever-data/Makefile
tex/src/figures/fit-space/Makefile
tex/src/figures/fit-space/king_vs_best.gp

Removed Gnuplot portions of cantilever-data/v-dep

Added untested graphMatrixFile to wtk_graph.asy

Tranitioned king_vs_best from Gnuplot to Asymptote

sdfont -> dsfont typo correction

Transitioned build system from Make to SCons

Removed fit-space/fit.log

I don't know where it came from, but it's a Gnuplot-generated fit log
from something, so it shouldn't get versioned.

Add improved extract_fit_valley.py to fit-space Makefile flow

Use mathds over mathbb for double struck fonts

Fix DOI for wking10 in root.bib

Need to run latex between bibtex runs to resolve citation note references

Merge branch 'master' of ssh://einstein/~/public_html/code/git/thesis

Fix Kpathsea search path configuration in asyprocess.

From the Kpathsea manual:
  http://www.chemie.fu-berlin.de/chemnet/use/info/kpathsea/kpathsea_4.html

"
A search path can come from many sources. In priority order (meaning
Kpathsea will use whichever it finds first):

   1. A user-set environment variable, e.g., `TEXINPUTS'.
   2. A program-specific configuration file, e.g., an `S /a:/b' line
   in Dvips' `config.ps'.
   3. A line in a Kpathsea configuration file `texmf.cnf', e.g.,
   `TEXINPUTS=/c:/d'. See section below.
   4. The compile-time default (specified in `kpathsea/paths.h').

...

If the highest-priority search path (in the list in the previous
section) contains an extra colon (i.e., leading, trailing, or
doubled), Kpathsea inserts the next-highest-priority search path that
is set at that point.

...

For example, given
  setenv TEXINPUTS /home/karl:
and a `TEXINPUTS' value from `texmf.cnf' of
  .:$TEXMF//tex
then the final value used for searching will be:
  /home/karl:.:$TEXMF//tex

Fix \notation -> \nomenclature in singledomain_constantloading.tex

Fixed cantilever-data figure Makefile dependencies (again :p)

Added \equiv to the notation list.

Fixed up cantilever-data/Makefile to trigger DATA_DIRS generation.

All cantilever-data/*.sh scrips now exit on errors.

Completed cantilever data figure integration.

Renamed "plot-splits" to the more obvious "v-dep"

Working cantilever-data generation into the Makefile

Brought in cantilever-data generation scripts.

Added temporary caption to fig:cantilever:loading-rate (thanks Mom).

Added monte-carlo.asy figure (and the epsdice package it depends on).

Added a second pass through BibTeX to pick up any references in
the "note" field.  There don't seem to be any new inclusions after
that point.

Corrected press92 key (had been 02.  Oops :p).

Relabeled eq:model-psd.  We don't fit the post-equipartition theorem
version (eq:DHO-psd), because we're preparing to test the fit, and
we don't gain anything by plugging in a few more scaling factors.

Cleaned up cantilever-calib equations.

Replaced all remaining \cite{} calls with natbib's \citep{} and
\citet{}.

Switched from semicolon to comma to separate multiple citations.

Switched from plainnat to unsrtnat so citations are numbered in
the order in which they appear.

Upgraded to drexel-thesis v0.7 (\iffinal).

Use a bit less negative space for \logp{}

Fixed the bulk of Mom's remaining typos and clarification requests

Fixed typos Mom found in the appenidicies + switched cantilver-calib to cref

Use - instead of _ in labels (I think it looks nicer :).

Note that using multiple references in \cref in appendicies
  \cref{eq:res-thm,eq:res-simple}
breaks with cleveref v0.14.2 (but works with v0.15.3).  The errors were:
  ! Missing number, treated as zero.
  <to be read again>
                     {
  l.94 Applying \cref{eq:res_thm,eq:res_simple}
Caused by \@results like
  {2147483647}\@result
rather than the newer
  2147483647,\@result

Addressed Mom's concerns about WLC indexing and fixed some sawsim typos

Add Index and Nomenclature sections

Moved figures/contour/contour.asy to asyfig workflow

Fix i_dep.d -> i-dep.d

Add FIGS variable to asyprocess Makefiles to reduce duplication

Also moved the other two schematic ASY figures over from external
builds to asyfig.

Added labels to cantilever simulation figures

Pull out cantilever peak index simulation figure.

Use packages.tex in asyprocess calls

Working my 2009 Biophys Soc poster into cantilever/

Several large asymptote figures, so rather than using fully external
asy (non-matching fonts, etc) or \usepackage[inline]{asymptote}
(recompiles all asy graphics every time), I've switched to asyfig
  http://www.ctan.org/tex-archive/macros/latex/contrib/asyfig/
The current CTAN version is v0.1b, but that wasn't quite flexible
enough, but Will Robertson versions in git, so I cloned his branch
  http://github.com/wspr/asyfig
and added what I needed
  http://www.physics.drexel.edu/~wking/code/git/asyfig.git/

I don't think it's all working yet, but there's a lot of work since my
last commit, so here's a checkpoint ;).

Fix other errata listed on wiki.creativecommons.org/Legalcode_errata

Added I27 introduction to sec:cantilever

Added Introduction \section{Thesis Outline}.

Spellchecked introduction/main.tex.

Changed title (again :p) to:
  "Temperature and cantilever dependent protein unfolding"

Changed title to "Mechanical protein unfolding analysis"

Oops.  \copyrightCCBYSA -> \copyrighttextCCBYSA

Move Sawsim into paragraph fully into sawsim/introduction.tex

GNU FDL too restrictive, use CC-by-sa instead.

Tied unfolding model paragraph into single molecule methods paragraph