Fix typos in comments.

_find_libs_to_preserve: always return set

preserve-libs: check for broken linkmap more

_pkg_visibility_check: if in graph then visible

_LockProcess.unlock: assert successful returncode

etc-update: clear term when appropriate

This solves an issue like bug #142508, but involving etc-update instead
of dispatch-conf. This is also relevant to bug #70668, which is the
same issue, though the reporter suggested to use colors to delimit the
output instead of using clear.

Fix a typo in a comment.

digraph: implement __bool__

depgraph._resolve: use temp set for autounmask

display_autounmask: optimize check_if_latest

test_asynchronous_lock: simulate SIGINT from tty

AsynchronousTask: tweak poll() logic

AsynchronousLock: implement _poll() and test

test_asynchronous_lock: test returncode more

test_asynchronous_lock: test wait and cancel

test_asynchronous_lock: test waiting

BinpkgFetcher: handle AsynchronousLock failure

EbuildBuildDir: handle AsynchronousLock failure

_LockProcess: handle process failure more

_LockProcess: handle process failure if cancelled

preserve-libs: lock vardb for removeFromContents

make.conf.txt: remove because unused/unmaintained

Fix some typos.

Use vardbapi.lock() where applicable.

movefile: handle EEXIST when os.symlink fails

_LibGraphNode: re-use the _key attribute

This allows us to avoid repeating any previous stat calls, which helps
to avoid potential race conditions due to inconsistent stat results
when the file system is being modified concurrently.

Fix a typo in a comment.

find_unused_preserved_libs: fix unmerge handling

Since commit c64d4abee145d083c70273be8fd23bd56dffe7ec (bug #286714),
preserved libs have not been properly garbage collected when packages
are unmerged without replacement, due to a difference in LinkageMap
state. It should behave correcly now.

prune_plib_registry: display preserved libs

Since commit c64d4abee145d083c70273be8fd23bd56dffe7ec, sometimes we
preserve libs for unmerged packages here (bug #286714), so we should
display them like we do in _add_preserve_libs_to_contents().

treewalk: fix plib_collisions with same cpv

--autounmask: Use >= atoms if possible

If the package is the latest avaiable it now uses >=cat/pkg-ver instead
of =cat/pkg-ver. If the package is not the latest, but the latest in
its slot, >=cat/pkg-ver:slot is used. In all other case =cat/pkg-ver
is used. Rational is that it's more likely that newer versions, added
in the future, will work with the same configuration changes as the
currently latest version than not.

preserve-libs: preserve during uninstall

This will fix bug #286714. The emerge --depclean-lib-check option will
now be ignored when FEATURES=preserve-libs is enabled, since any
libraries that have consumers will simply be preserved.

cache.sqlite: handle readonly more

porttree: use pure volatile cache if necessary

cache.volatile: discard "perms" param

cache.sqlite: handle readonly

expand_new_virt: return early for non-virtual cat

expand_new_virt: skip match for non-virtual cat

dblink: fix broken counter references

treewalk: fix inverted counter init logic

portdbapi: tweak cache permission handling

This is a reponse to the following issue:

  http://code.google.com/p/chromium-os/issues/detail?id=15234

EbuildPhase: extract binpkg env for pkg_pretend

This will fix bug #366939.

unmerge: use frozenset for syslist

dep_check_composite_db: return early from cp_list

Since this implementation is only intended to check for existence of
new-style virtuals, it's a waste of time to return more than one cpv.

depgraph: don't clear vardbapi cache in _load_vdb

Most of the memory is probably held on the heap by the installed
package instances anyway, and the cache is useful for being inherited
by subprocess in MergeProcess.

get_counter_tick_core: use cpv_all

It's more efficient to use cpv_all since cp_all calls cpv_all anyway,
and calls to cp_list induce additional stat calls.

Cache counter values, avoiding I/O when it doesn't change.

This improves merge times by up to 25%, since looping over the vardb for
each package install is slow.

TEST=Emerge a bunch of packages, notice 25% speed improvement.
BUG=chromium-os:15112

Change-Id: I51dd617219cd1820ceeb702291bd790990995be4

vardbapi: acquire lock during counter_tick_core

dep_check_composite_db: remove unused _dep_expand

This code has been unused since dep_check started passing
token_class=Atom to use_reduce in commit
c9f7930883d62fc26af72bff0c4623db0bbc8221. Since then, any atoms
without categories are dropped by dep_check because it returns
early after catching an InvalidDependString exception.

dep_check_composite_db: implement cp_list

This is used by dep_check since commit
6f9ee9c508c1506cdf8eb0dc46796dbe30f268db.

config: call _populate_treeVirtuals directly

cpv_expand: avoid old-style virtuals more

dep_check: avoid old-style virtuals code

display_news_notification: don't populate virts

This typically isn't useful anymore, since Gentoo has stopped using
old-style virtuals.

cpv_expand: populate old-style virts on demand

If old-style virtuals code is triggered here and we are given a
vartree, use it to avoid creating a temporary instance.

unmerge: skip getvirtuals() if cat is not virtual

This allows us to avoid triggering the old-style virtual code which
scans /var/db/pkg/*/*/PROVIDE.

unmerge: use expand_new_virt for sys pkg warnings

Update timestamps in headers of modified files.

PreservedLibsRegistry: normalize counter as str

Add back cpv_exists check from previous commit.

Remove obsolete others_in_slot plibs code.

This code dates back to commit 79a2ade5a6cb5a6c2d7ace838a39a634265c5522
and the preserve-libs logic was different back then. At that time, the
dblink._preserve_libs() method would earlier register preserved libs
for the new package currently being merged, while the vardb entry was
still a -MERGING- node. Current code does not register preserve_paths
until later, so this others_in_slot code is obsolete.

treewalk: always initialize "needed"

merge_wait_queue: use deque.clear()

resume_depgraph: don't call break_refs in loop

The break_refs call was unnecessary and it broke the state of the
frozen_config instance, causing the following error:

  File "pym/_emerge/depgraph.py", line 1290, in
_wrapped_add_pkg_dep_string
    inst_pkgs = vardb.match_pkgs(atom)
AttributeError: 'vardbapi' object has no attribute 'match_pkgs'

linkmap: use exclude_pkgs for the registry too

Use new vardbapi lock function in FakeVartree.

BUG=none
TEST=Merged some packages with new code. Ran test suite.

Change-Id: Ibb9380122631bf6c79e39691233cfd641931b75a

Be careful with system pkgs + parallel-install.

This should prevent FEATURES=parallel-install from interfering with
the fixes from bug #256616 and bug #259954.

Add vardbapi reentrant lock/unlock methods.

doebuild: use EbuildBuildDir for locking

EbuildBuildDir also performs safe removal of the category when it is
empty, so ebuild.sh/dyn_clean doesn't need to do it anymore. This
fixes a race condition if one process is trying to remove the category
directory while another one is trying to create it for
PORTAGE_BUILDDIR.

PreserveLibsRegistry: add lock/unlock assertions

Also, add comments to store() about unobvious interaction with
locking due to atomic replacement of the inode.

Remove redundant pruneNonExisting() call.

Since commit f36b9fa38b5268c2a5579db62acec026625f84a9, the
PreservedLibsRegistry automatically prunes itself each time
that it is loaded.

preserve-libs: fix linkmap logic for new plibs

Together with commit f36b9fa38b5268c2a5579db62acec026625f84a9,
hopefully this solves bug #366061.

Cleanup preserved lib locking in portage.

This change makes preserved lib modification atomic, and
prepares us for narrowing the scope of the merge lock.

BUG=chromium-os:14983
TEST=Ran test suite and some example emerges.

Change-Id: I39abb6a5ec72be3274e508ef807ac1d9e69db1a8

Review URL: http://gerrit.chromium.org/gerrit/417

depgraph: simplify break_refs

emerge: fix misspell suggestion with category

A name collision in the "cp" variable caused it to malfunction.

repoman: make virtual.oldstyle a warning for now

This will give third-party repoman users some time to migrate their
repos away old-style virtuals.

Update timestamps in headers of modified files.

doins: add reference to bug #239529

The reasoning for the code from commit
55b3150af635a418ba3f1424132359c894db7ec4 is not really obvious, so
it's helpful to reference the corresponding bug report.

Fix Manifest.updateAllHashes()

cpv_expand: avoid old-style virtual code

This allows portageq calls to avoid loading vdb_metadata.pickle in
most cases, which greatly improves performance.

Avoid evaluation of values of variables in set_unless_changed().

emerge: skip misspell suggestion if cp exists

depgraph: autounmask account for optional deps

ebuild.sh: make INHERITED independent of phase

When EBUILD_PHASE != depend, INHERITED comes pre-initialized
from cache. In order to make INHERITED content independent of
EBUILD_PHASE during inherit() calls, we unset INHERITED after
we make a backup copy for QA checks.

depgraph: account for new-style virtual/libc

This will fix bug #364681.

repoman: remove most old-style virtual checks

PROVIDE virtuals have been banned from Gentoo's tree (see bug #365505),
so these checks aren't needed anymore. The PROVIDE.syntax check is kept
in the Package class since PROVIDE is still supported for backward
compatibility, and therefore invalid syntax can still have negative
effects. This check can be removed if/when backward compatibilty is
completely dropped.

repoman: Check for PROVIDE.

This will fix bug #365505.

Support multiple arguments in set_unless_changed() and unset_unless_changed().
Use VARIABLE=VALUE syntax for arguments of set_unless_changed().

runtests.sh: propagate arguments to runTests

Bug #365439: Add set_unless_changed() and unset_unless_changed().

depgraph: migrate implicit libc deps from Sched

Now all the virtual/libc handling is done by the depgraph, which
will be helpful when fixing bug #364681.

install_qa_check(): Simplify code and make 'l' a local variable.

Check for references to ${ROOT} in install_qa_checks.

When ROOT != /, binaries that reference ROOT will load their
dependencies from ROOT first rather than from the system-configured
path. This is a problem because the ROOT will be / on the target
system.

Besides the above, this patch also fixes incorrect parsing of scanelf
output, where we would treat the RPATHs returned by scanelf as the
names of binaries.

TEST=When "stricter" FEATURE is enabled, verify that emerge
fails when an ebuild references broken rpaths referencing
ROOT. When "stricter" FEATURE is not enabled, verify that such
references are automatically fixed. Also verify that ebuilds
with non-broken RPATHs (e.g. RPATHs referencing $ORIGIN/../lib)
are not touched by the change.

BUG=chromium-os:14271

Change-Id: I4f29cc4ea9195a1255f080284da1f676e4a2c26b

Review URL: http://codereview.chromium.org/6903153

emergelog: only set permission on creation

This will fix bug #365319.

action_info: eliminate duplicate info_pkgs match

Currently, sys-kernel/linux-headers is matched by both a plain
sys-kernel/linux-headers atom and by the virtual/os-headers new-style
virtual. For backward compatibility, we're going to have duplicates
like this for at least a few months (see bug #364673, comment #5).
Therefore, automatically eliminate duplicates in the display. Entries
that include virtual provider info are preferred over those that do
not.

_postinst_bsdflags: apply to $ROOT, not $D

Move preinst/postinst_bsdflags from bash to py

Moving these commands from shell to Python helps avoid an unnecessary
call to misc-functions.sh for the postinst_bsdflags. This improves
performance.

BUG=none
TEST=Run emerge-x86-generic -eg --jobs=16 libchrome

Change-Id: I0c2af50b4d2f7644cabac84fde7fe4d682010c69

Review URL: http://codereview.chromium.org/6676107

display_preserved_libs: load plib_registry

Since commit 7535cabdf2fab76fc55df83643157613dfd66be9, the
plib_registry is modified in a subprocess, and the parent
process' copy can become stale because of this. Therefore,
explicitly load it.

emerge: add --misspell-suggestions=n option

This will fix bug #363137.

emerge: fix indent for --binpkg-respect-use help