[Pablo Oliveira] Bug#745303: notmuch new corrupts database throwing 'Xapian::Database...
authorDavid Bremner <david@tethera.net>
Sun, 20 Apr 2014 11:12:58 +0000 (20:12 +0900)
committerW. Trevor King <wking@tremily.us>
Fri, 7 Nov 2014 18:01:46 +0000 (10:01 -0800)
b1/579f8a3f02cf8fdea61809fad310b29402e1b9 [new file with mode: 0644]

diff --git a/b1/579f8a3f02cf8fdea61809fad310b29402e1b9 b/b1/579f8a3f02cf8fdea61809fad310b29402e1b9
new file mode 100644 (file)
index 0000000..d5d7eaa
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,222 @@
+Return-Path: <david@tethera.net>\r
+X-Original-To: notmuch@notmuchmail.org\r
+Delivered-To: notmuch@notmuchmail.org\r
+Received: from localhost (localhost [127.0.0.1])\r
+       by olra.theworths.org (Postfix) with ESMTP id 14DA6431FBD\r
+       for <notmuch@notmuchmail.org>; Sun, 20 Apr 2014 04:13:20 -0700 (PDT)\r
+X-Virus-Scanned: Debian amavisd-new at olra.theworths.org\r
+X-Spam-Flag: NO\r
+X-Spam-Score: 0\r
+X-Spam-Level: \r
+X-Spam-Status: No, score=0 tagged_above=-999 required=5 tests=[none]\r
+       autolearn=disabled\r
+Received: from olra.theworths.org ([127.0.0.1])\r
+       by localhost (olra.theworths.org [127.0.0.1]) (amavisd-new, port 10024)\r
+       with ESMTP id i0TnvAZXO+EB for <notmuch@notmuchmail.org>;\r
+       Sun, 20 Apr 2014 04:13:16 -0700 (PDT)\r
+Received: from mx.xen14.node3324.gplhost.com (gitolite.debian.net\r
+       [87.98.215.224]) (using TLSv1 with cipher AES256-SHA (256/256 bits))\r
+       (No client certificate requested)\r
+       by olra.theworths.org (Postfix) with ESMTPS id D1D11431FBC\r
+       for <notmuch@notmuchmail.org>; Sun, 20 Apr 2014 04:13:15 -0700 (PDT)\r
+Received: from remotemail by mx.xen14.node3324.gplhost.com with local (Exim\r
+       4.72) (envelope-from <david@tethera.net>)\r
+       id 1WbpgP-0005EB-SQ; Sun, 20 Apr 2014 11:13:13 +0000\r
+Received: (nullmailer pid 27941 invoked by uid 1000); Sun, 20 Apr 2014\r
+       11:12:58 -0000\r
+From: David Bremner <david@tethera.net>\r
+To: notmuch@notmuchmail.org\r
+Subject: [Pablo Oliveira] Bug#745303: notmuch new corrupts database throwing\r
+       'Xapian::DatabaseCorruptError'\r
+User-Agent: Notmuch/0.17+202~gb65f328 (http://notmuchmail.org) Emacs/24.3.1\r
+       (x86_64-pc-linux-gnu)\r
+Date: Sun, 20 Apr 2014 20:12:58 +0900\r
+Message-ID: <87ioq4uudh.fsf@maritornes.cs.unb.ca>\r
+MIME-Version: 1.0\r
+Content-Type: message/rfc822\r
+Content-Disposition: inline\r
+X-BeenThere: notmuch@notmuchmail.org\r
+X-Mailman-Version: 2.1.13\r
+Precedence: list\r
+List-Id: "Use and development of the notmuch mail system."\r
+       <notmuch.notmuchmail.org>\r
+List-Unsubscribe: <http://notmuchmail.org/mailman/options/notmuch>,\r
+       <mailto:notmuch-request@notmuchmail.org?subject=unsubscribe>\r
+List-Archive: <http://notmuchmail.org/pipermail/notmuch>\r
+List-Post: <mailto:notmuch@notmuchmail.org>\r
+List-Help: <mailto:notmuch-request@notmuchmail.org?subject=help>\r
+List-Subscribe: <http://notmuchmail.org/mailman/listinfo/notmuch>,\r
+       <mailto:notmuch-request@notmuchmail.org?subject=subscribe>\r
+X-List-Received-Date: Sun, 20 Apr 2014 11:13:20 -0000\r
+\r
+Return-path: <bounces+20140420-bremner=debian.org@packages.qa.debian.org>\r
+Envelope-to: david@tethera.net\r
+Delivery-date: Sun, 20 Apr 2014 07:30:17 -0300\r
+Received: from quantz.debian.org ([206.12.19.122])\r
+       by yantan.tethera.net with esmtps (TLS1.2:DHE_RSA_AES_128_CBC_SHA1:128)\r
+       (Exim 4.80)\r
+       (envelope-from <bounces+20140420-bremner=debian.org@packages.qa.debian.org>)\r
+       id 1Wbp0q-00021g-Q2\r
+       for david@tethera.net; Sun, 20 Apr 2014 07:30:17 -0300\r
+Received: from qa by quantz.debian.org with local (Exim 4.80)\r
+       (envelope-from <bounces+20140420-bremner=debian.org@packages.qa.debian.org>)\r
+       id 1Wbp0o-0003Bg-Ij\r
+       for david@tethera.net; Sun, 20 Apr 2014 10:30:14 +0000\r
+Received: from buxtehude.debian.org ([140.211.166.26]) from C=NA,ST=NA,\r
+ L=Ankh Morpork,O=Debian SMTP,OU=Debian SMTP CA,CN=buxtehude.debian.org,\r
+ EMAIL=hostmaster@buxtehude.debian.org (verified)      by quantz.debian.org with\r
+ esmtps (TLS1.2:DHE_RSA_AES_128_CBC_SHA1:128)  (Exim 4.80)     (envelope-from\r
+ <debbugs@buxtehude.debian.org>)       id 1Wbp0n-0003B9-Mk     for\r
+ notmuch@packages.qa.debian.org; Sun, 20 Apr 2014 10:30:13 +0000\r
+Received: from debbugs by buxtehude.debian.org with local (Exim 4.80)\r
+ (envelope-from <debbugs@buxtehude.debian.org>)        id 1Wbp0l-0001NM-Ou; Sun,\r
+ 20 Apr 2014 10:30:11 +0000\r
+X-Loop: owner@bugs.debian.org\r
+Subject: Bug#745303: notmuch new corrupts database throwing\r
+ 'Xapian::DatabaseCorruptError'\r
+Reply-To: Pablo Oliveira <pablo@sifflez.org>, 745303@bugs.debian.org\r
+Resent-From: Pablo Oliveira <pablo@sifflez.org>\r
+Original-Sender: Pablo Oliveira <pablo.oliveira@gmail.com>\r
+Resent-To: debian-bugs-dist@lists.debian.org\r
+Resent-CC: Carl Worth <cworth@debian.org>\r
+X-Loop: owner@bugs.debian.org\r
+Resent-Date: Sun, 20 Apr 2014 10:30:07 +0000\r
+Resent-Message-ID: <handler.745303.B.13979896494645@bugs.debian.org>\r
+X-Debian-PR-Message: report 745303\r
+X-Debian-PR-Package: notmuch\r
+X-Debian-PR-Keywords: \r
+X-Debian-PR-Source: notmuch\r
+Received: via spool by submit@bugs.debian.org id=B.13979896494645 (code B);\r
+ Sun, 20 Apr 2014 10:30:07 +0000\r
+Received: (at submit) by bugs.debian.org; 20 Apr 2014 10:27:29 +0000\r
+X-Spam-Checker-Version: SpamAssassin 3.3.2-bugs.debian.org_2005_01_02\r
+       (2011-06-06) on buxtehude.debian.org\r
+X-Spam-Level: \r
+X-Spam-Status: No, score=-11.7 required=4.0 tests=BAYES_00,DKIM_SIGNED,\r
+       DKIM_VALID,FOURLA,FREEMAIL_FROM,HAS_PACKAGE,RCVD_IN_DNSWL_LOW,SPF_PASS,\r
+       XMAILER_REPORTBUG autolearn=ham version=3.3.2-bugs.debian.org_2005_01_02\r
+X-Spam-Bayes: score:0.0000 Tokens: new, 27; hammy, 151; neutral, 154;\r
+ spammy,       0. spammytokens: hammytokens:0.000-+--H*r:TLSv1.2, 0.000-+--H*r:2a01,\r
+       0.000-+--H*M:reportbug, 0.000-+--H*MI:reportbug, 0.000-+--H*r:e35\r
+Received: from mail-wi0-f180.google.com ([209.85.212.180])     by\r
+ buxtehude.debian.org with esmtps (TLS1.0:RSA_ARCFOUR_SHA1:128)        (Exim 4.80)\r
+ (envelope-from <pablo.oliveira@gmail.com>)    id 1Wboy9-0001CO-AU     for\r
+ submit@bugs.debian.org; Sun, 20 Apr 2014 10:27:29 +0000\r
+Received: by mail-wi0-f180.google.com with SMTP id q5so940697wiv.7 for\r
+ <submit@bugs.debian.org>; Sun, 20 Apr 2014 03:27:22 -0700 (PDT)\r
+Dkim-Signature: v=1; a=rsa-sha256; c=relaxed/relaxed;        d=gmail.com;\r
+ s=20120113;\r
+        h=sender:content-type:mime-version:content-transfer-encoding:from:to\r
+         :subject:message-id:date;\r
+        bh=Q5LV/RJYYOrWDXBusbipXSlCjmTsFUpEmaxzW6bSI60=;\r
+        b=JgK28RCIuQrA+d2KUARhJMgNDd+2rzV8WvsnpjHIEY38Drq0zJMKo2rR4RGCpQJPFK\r
+         OsxQ5tn44GqR5AObuYAe824dkjVQrL8jdDOSmRL2ZdHXe8AmBKkjeWc3sZaucH7+uZSH\r
+         eM4P9E11Fg/4qvREEANAxuAAqt4bJOryNMU0FhKFQOA5jtQixLZwLsnsDFk/22b8jeKx\r
+         xqUvND/qRSSNOnUH4uitTfIfE+Q4O1VvSUD7f0L+O2Sm7nAshtZzar6XxpEpYU1tZfNl\r
+         AjSfasaMOiUvghtBvBGFF2nf+GUaSfT73XxCCbfaybdUkND9Jez51qsRqC9JscQhlckT\r
+         3h4w==\r
+X-Received: by 10.194.184.207 with SMTP id ew15mr15146683wjc.31.1397989642284;\r
+        Sun, 20 Apr 2014 03:27:22 -0700 (PDT)\r
+Received: from [127.0.1.1] ([2a01:e35:2f37:f6f0:b9b7:3b70:3c2:ed6f]) by\r
+ mx.google.com with ESMTPSA id fx6sm9055036wib.4.2014.04.20.03.27.20 for\r
+ <multiple recipients>        (version=TLSv1.2\r
+ cipher=ECDHE-RSA-AES128-GCM-SHA256 bits=128/128);        Sun,\r
+ 20 Apr 2014 03:27:21 -0700 (PDT)\r
+Sender: Pablo Oliveira <pablo.oliveira@gmail.com>\r
+From: Pablo Oliveira <pablo@sifflez.org>\r
+To: Debian Bug Tracking System <submit@bugs.debian.org>\r
+Message-ID: <20140420102715.7745.23944.reportbug@ix>\r
+X-Mailer: reportbug 6.5.0\r
+Date: Sun, 20 Apr 2014 12:27:15 +0200\r
+Delivered-To: submit@bugs.debian.org\r
+Delivered-To: notmuch@packages.qa.debian.org\r
+Precedence: list\r
+X-Loop: notmuch@packages.qa.debian.org\r
+X-Debian: PTS\r
+X-Debian-Package: notmuch\r
+X-PTS-Package: notmuch\r
+X-PTS-Keyword: bts\r
+List-Unsubscribe: <mailto:pts@qa.debian.org?body=unsubscribe%20notmuch>\r
+Resent-Sender: Debian QA <qa@quantz.debian.org>\r
+MIME-Version: 1.0\r
+Content-Type: text/plain\r
+\r
+Package: notmuch\r
+Version: 0.17-5+b1\r
+Severity: normal\r
+\r
+Dear Maintainer,\r
+\r
+I'm using an offlineimap postsynchook to index my mail with `notmuch new`.\r
+Twice this week, the following error was thrown:\r
+\r
+    Hook stderr:terminate called after throwing an instance of 'Xapian::DatabaseCorruptError'\r
+    /home/poliveira/bin/index-mail: line 2:  7613 Aborted\r
+    notmuch new\r
+\r
+Afterwards, running `notmuch new` produces the following output:\r
+\r
+    notmuch new\r
+    Welcome to a new version of notmuch! Your database will now be upgraded.\r
+    Your notmuch database has now been upgraded to database format version 1.\r
+    A Xapian exception occurred adding message: No termlist for document 70352.\r
+    Error: A Xapian exception occurred. Halting processing.\r
+    Processed 1 file in almost no time.\r
+    No new mail.\r
+    Note: A fatal error was encountered: A Xapian exception occurred\r
+\r
+Yet notmuch was not recently updated on my system.\r
+All further notmuch commands fail with:\r
+    notmuch search tag:spam\r
+    terminate called after throwing an instance of 'Xapian::DatabaseCorruptError'\r
+    Aborted\r
+\r
+To restore a working system I must dump notmuch tags, reindex all my\r
+mail, and restore the tags. (Which is pretty long, since I keep\r
+a large amount of mails).\r
+\r
+Apart from notmuch, two other clients access the notmuch database:\r
+    * emacs-notmuch\r
+    * afew (9744c18c)\r
+\r
+Thanks,\r
+\r
+Pablo\r
+\r
+*** Reporter, please consider answering these questions, where appropriate ***\r
+\r
+   * What led up to the situation?\r
+   * What exactly did you do (or not do) that was effective (or\r
+     ineffective)?\r
+   * What was the outcome of this action?\r
+   * What outcome did you expect instead?\r
+\r
+*** End of the template - remove these template lines ***\r
+\r
+\r
+-- System Information:\r
+Debian Release: jessie/sid\r
+  APT prefers testing-updates\r
+  APT policy: (500, 'testing-updates'), (500, 'testing')\r
+Architecture: amd64 (x86_64)\r
+Foreign Architectures: i386\r
+\r
+Kernel: Linux 3.13-1-amd64 (SMP w/4 CPU cores)\r
+Locale: LANG=en_US.UTF-8, LC_CTYPE=en_US.UTF-8 (charmap=UTF-8)\r
+Shell: /bin/sh linked to /bin/dash\r
+\r
+Versions of packages notmuch depends on:\r
+ii  libc6           2.18-4\r
+ii  libglib2.0-0    2.40.0-2\r
+ii  libgmime-2.6-0  2.6.19-3\r
+ii  libnotmuch3     0.17-5+b1\r
+ii  libtalloc2      2.1.0-1\r
+\r
+Versions of packages notmuch recommends:\r
+ii  gnupg-agent    2.0.22-3\r
+ii  notmuch-emacs  0.17-5\r
+\r
+notmuch suggests no packages.\r
+\r
+-- no debconf information\r
+\r