blurb/acknowledgments.tex: Flesh out acknowledgements
authorW. Trevor King <wking@tremily.us>
Wed, 8 May 2013 19:28:38 +0000 (15:28 -0400)
committerW. Trevor King <wking@tremily.us>
Wed, 8 May 2013 19:31:07 +0000 (15:31 -0400)
Thank people :D.

Also add contact info and link to the Git repository for people who
only stumble across the dead-trees version of this thing.

src/blurb/acknowledgments.tex
src/packages.tex
src/pyafm/main.tex
src/root.bib

index 7e9cf206166f7c701f7fafe623e4151626144d0c..345ea3227150d606d645668a2adbf1e33fdb1366 100644 (file)
@@ -1,4 +1,39 @@
 \begin{acknowledgments}
+\epigraph{If I have seen further it is by standing on ye sholders of
+  Giants.}{Isaac Newton\citep{turnbull59}}
+
+Newton's competitive spirit gives the heroic phrasing in the quote
+above, but I don't see the need to use giants (\cref{fig:ants}).  Any
+furtherance of knowledge due to my research is due to consolidating,
+reorganizing, and tweaking the work of those that came before me.  To
+all of you in the rest of this innumerable bundle, thanks!
+
+On a professional level, my high school physics teacher Tom Hoch
+started this whole experience with a very engaging class, and I
+continue to use his block counting analogy for energy conservation
+when teaching new students.  Since then, I have been privileged to
+work under Joe Amato, Dan Schult, Jeff Buboltz, the late Marc Feldman,
+and the late Guoliang Yang, all of whom have helped mold me into the
+scientist and person I am today.  Prof.~Yang deserves extra credit,
+and his ability to shift topics from force spectroscopy to geopolitics
+and back in a minute helped keep things fresh.  Thanks to Louis Cruz
+Cruz for shepherding me through the final stages of my thesis.  My lab
+partners Marisa Roman and Runcong Liu provided lively discussions and
+a (mostly) willing audience for smoke testing my software.
+
+On a personal level, my wife Emily and broader family and friends have
+kept me sane throughout this process.  Thank you all.
+
+Thanks to my committee members---Jian-Min Yuan, Jun Xi, Michel
+Valli{\`e}res, Som Tyagi, and Prof.~Cruz---for helpful criticism and
+review.  Also thanks to Mom, for lots of pro bono editing!  Any errors
+that remain are clearly my fault, and corrections are
+welcome\footnote{%
+  Write me at \href{mailto:wking@tremily.us}{wking@tremily.us}.  You
+  can browse the thesis source at
+  \url{http://git.tremily.us/?p=thesis.git}.
+}.
+
 This work was produced using the following open source software projects:
 \begin{description}
 \item[\href{http://www.tug.org/texlive/}{\TeX live}/%
@@ -21,8 +56,18 @@ This work was produced using the following open source software projects:
   Operating system and distribution.
 \end{description}
 and many, many more.  I am deeply indebted to all of the smart,
-generous people who produce such wonderful tools.
+generous people who produce such wonderful tools.  Besides providing
+the tools, they also provide very supportive communities to help haul
+complete newbies like me up the learning curve.
 
 \sawsim\ work was supported by National Institutes of Health Grants
 R01-GM071793.
+
+\begin{figure}
+  \begin{center}
+    \includegraphics[width=4in]{figures/binary/ants}
+    \caption{A raft of 500 fire ants, reproduced from
+      \citet{mlot11}.\label{fig:ants}}
+    \end{center}
+\end{figure}
 \end{acknowledgments}
index 6de94184a0da0cc0dc09f308a19ac66ed40ecf2c..3191a36c738c34f2082550163db16a07243c51d0 100644 (file)
@@ -23,6 +23,9 @@
 % Nicer references with \cref, \Cref, etc.
 \usepackage[capitalize]{cleveref}
 
+% Epigraphs (chapter-leading quotations)
+\usepackage{epigraph}
+
 \usepackage{makeidx} % Indexing
 \makeindex
 \usepackage[intoc]{nomencl} % Abbreviation indexing
index fd70d73f247a7c27f5ffbaa4ce4744f65c786702..23843c6228abc65cbf0f0dfbf6b7597c2f713681 100644 (file)
@@ -1,6 +1,13 @@
 \chapter{Experiment control software, \pyafm, and related packages}
 \label{sec:pyafm}
 
+\epigraph{Civilization advances by extending the number of important
+  operations which we can perform without thinking about
+  them. Operations of thought are like cavalry charges in a battle
+  they are strictly limited in number, they require fresh horses, and
+  must only be made at decisive moments.}{Alfred North
+  Whitehead\citep{whitehead11}}
+
 Velocity clamp experiments have been carried out since the initial
 work by \citet{rief97a}, so I was somewhat surprised that there
 weren't already community-driven packages for carrying out and
index 1e841c04563896543030deef80bb5cf9ba70ebf4..1c7b88bf5b8b1d99b6756b31398cd1c6c90e0b33 100644 (file)
 @string{THowland = "Howland, T."}
 @string{BHsiao = "Hsiao, Benjamin S."}
 @string{CKHu = "Hu, Chin-Kun"}
+@string{DLHu = "Hu, David L."}
 @string{BHuang = "Huang, Baiqu"}
 @string{HHuang = "Huang, Hector Han-Li"}
 @string{MHubain = "Hubain, Maurice"}
 @string{SMinoshima = "Minoshima, S."}
 @string{IMitchell = "Mitchell, Ian"}
 @string{SMitternacht = "Mitternacht, Simon"}
+@string{NJMlot = "Mlot, Nathan J."}
 @string{CMobarry = "Mobarry, C."}
 @string{NMohandas = "Mohandas, N."}
 @string{SMohanty = "Mohanty, Sandipan"}
 @string{NJP = "New Journal of Physics"}
 @string{DBNewell = "Newell, David B."}
 @string{MNewman = "Newman, M."}
+@string{INewton = "Newton, Isaac"}
 @string{SNg = "Ng, Sean P."}
 @string{NNguyen = "Nguyen, N."}
 @string{TNguyen = "Nguyen, T."}
 @string{PBPMB = "Progress in Biophysics and Molecular Biology"}
 @string{PS = "Protein Science"}
 @string{PROT = "Proteins"}
+@string{RSUP = "Published for the Royal Society at the University Press"}
 @string{EPuchner = "Puchner, Elias M."}
 @string{VPuri = "Puri, V."}
 @string{WPyckhout-Hintzen = "Pyckhout-Hintzen, Wim"}
 @string{BTiribilli = "Tiribilli, Bruno"}
 @string{TTlusty = "Tlusty, Tsvi"}
 @string{JTocaHerrera = "Toca-Herrera, Jose L."}
+@string{CATovey = "Tovey, Craig A."}
 @string{AToyoda = "Toyoda, A."}
 @string{TASME = "Transactions of the American Society of Mechanical Engineers"}
 @string{BTrask = "Trask, B."}
 @string{ZTshiprut = "Tshiprut, Z."}
 @string{JCMTsibris = "Tsibris, J.C.M."}
 @string{LTskhovrebova = "Tskhovrebova, Larissa"}
+@string{HWTurnbull = "Turnbull, Herbert Westren"}
 @string{RTurner = "Turner, R."}
 @string{AUlman = "Ulman, Abraham"}
 @string{UltraMic = "Ultramicroscopy"}
 @string{MWen = "Wen, M."}
 @string{JWetter = "Wetter, J."}
 @string{EPWhite = "White, Ethan P."}
+@string{ANWhitehead = "Whitehead, Alfred North"}
 @string{AWhittaker = "Whittaker, A."}
 @string{HKWickramasinghe = "Wickramasinghe, H. K."}
 @string{RWides = "Wides, R."}
 @string{CCWilliams = "Williams, C. C."}
 @string{MWilliams = "Williams, M."}
 @string{SWilliams = "Williams, S."}
+@string{WN = "Williams \& Norgate"}
 @string{MWilmanns = "Wilmanns, Matthias"}
 @string{GWilson = "Wilson, Greg"}
 @string{PWilson = "Wilson, Paul"}
     functional states, and inter- and intra-molecular interactions can
     be derived.},
 }
+
+@book{ turnbull59,
+  editor = HWTurnbull,
+  author = INewton,
+  title = {The correspondence of Isaac Newton},
+  year = 1959,
+  publisher = RSUP,
+  volume = 1,
+  numpages = 445,
+  url = {http://books.google.com/books?id=pr8WAQAAMAAJ},
+  note = {The ``Giants'' quote is on page 416, in a letter to Robert
+    Hooke dated February 5, 1676.},
+}
+
+@book{ whitehead11,
+  author = ANWhitehead,
+  title = {An introduction to mathematics},
+  year = 1911,
+  publisher = WN,
+  numpages = 274,
+  address = {London},
+  url = {http://archive.org/details/introductiontoma00whitiala},
+  note = {The ``civilization'' quote is on page 61.},
+}
+
+@article{ mlot11,
+  author = NJMlot #" and "# CATovey #" and "# DLHu,
+  title = {Fire ants self-assemble into waterproof rafts to survive floods},
+  year = 2011,
+  month = may,
+  day = 10,
+  address = {Schools of Mechanical Engineering, Industrial and
+             Systems Engineering, and Biology,
+             Georgia Institute of Technology, Atlanta, GA 30318, USA.},
+  journal = PNAS,
+  volume = 108,
+  number = 19,
+  pages = {7669--7673},
+  issn = {1091-6490},
+  doi = {10.1073/pnas.1016658108},
+  url = {http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21518911},
+  language = {eng},
+  keywords = {Animals},
+  keywords = {Ants},
+  keywords = {Behavior, Animal},
+  keywords = {Biophysical Phenomena},
+  keywords = {Floods},
+  keywords = {Hydrophobic and Hydrophilic Interactions},
+  keywords = {Microscopy, Electron, Scanning},
+  keywords = {Models, Biological},
+  keywords = {Social Behavior},
+  keywords = {Surface Properties},
+  keywords = {Time-Lapse Imaging},
+  keywords = {Video Recording},
+  keywords = {Water},
+  abstract = {Why does a single fire ant \species{Solenopsis invicta}
+    struggle in water, whereas a group can float effortlessly for
+    days? We use time-lapse photography to investigate how fire ants
+    \species{S.~invicta} link their bodies together to build
+    waterproof rafts. Although water repellency in nature has been
+    previously viewed as a static material property of plant leaves
+    and insect cuticles, we here demonstrate a self-assembled
+    hydrophobic surface. We find that ants can considerably enhance
+    their water repellency by linking their bodies together, a process
+    analogous to the weaving of a waterproof fabric. We present a
+    model for the rate of raft construction based on observations of
+    ant trajectories atop the raft.  Central to the construction
+    process is the trapping of ants at the raft edge by their
+    neighbors, suggesting that some ``cooperative'' behaviors may rely
+    upon coercion.},
+  note = {Higher resolution pictures are available at
+    \url{http://antlab.gatech.edu/antlab/The_Ant_Raft.html}.},
+}