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authorW. Trevor King <wking@drexel.edu>
Wed, 3 Aug 2011 00:08:27 +0000 (20:08 -0400)
committerW. Trevor King <wking@drexel.edu>
Wed, 3 Aug 2011 00:08:27 +0000 (20:08 -0400)
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index f56ba952dc437aa973d035b7e316417f3f852ca3..82537c369b52923221b2f3d13091be535c5e5e80 100644 (file)
@@ -14,11 +14,10 @@ corresponds to Carrion-Vazquez's I27<sup>RS</sup>₈.  In
 both I27<sup>RS</sup>₈ and a variant I27<sup>GLG</sup>₁₂.  Their
 I27<sup>RS</sup>₈ procedure is:
 
-* Human cardiac muscle used to generate a cDNA library [Rief 1997]
-* cDNA library amplified with PCR
+* Human cardiac muscle used to generate a [cDNA][] library ([Rief 1997][r97])
+* cDNA library amplified with [PCR][]
   - 5' primer contained a BamHI restriction site that permitted
-    in-frame cloning of the monomer into the expression vector pQE30
-    (Qiagen, Chatsworth, CA).
+    in-frame cloning of the monomer into the expression vector pQE30.
   - The 3' primer contained a BglII restriction site, two Cys codons
     located 3' to the BglII site and in-frame with the I27 domain,
     and two in-frame stop codons.
@@ -33,10 +32,10 @@ I27<sup>RS</sup>₈ procedure is:
 
 They also give the full-length sequence of I27<sup>RS</sup>₈:
 
-  Met-Arg-Gly-Ser-(His)₆-Gly-Ser-(I27-Arg-Ser)₇-I27-...-Cys-Cys
+    Met-Arg-Gly-Ser-(His)₆-Gly-Ser-(I27-Arg-Ser)₇-I27-...-Cys-Cys
 
-They point out the Arg-Ser (RS) amino acid sequence is the BamHI-BglII
-hybrid site, which makes sense (see below).
+They point out the Arg-Ser (RS) amino acid sequence is the BglII/BamHI
+hybrid site, [which makes sense](#BglII-BamHI-joint).
 
 Back on the Athena site, they have a [page describing their
 procedure][I27O-syn] (they reference the Carrion-Vazquez paper).  They
@@ -53,10 +52,10 @@ Rief
 
 In their note 11, Rief et al. explain their synthesis procedure:
 
-* λ cDNA library
+* [λ][] cDNA library
 * Titin fragments of interest were amplified by PCR
 * cloned into pET 9d
-* NH₂-terminal domain boundaries were as in [Politou 1996].
+* NH₂-terminal domain boundaries were as in [Politou 1996][p96].
 * The clones were fused with an NH₂-terminal His₆ tag and a
   COOH-terminal Cys₂ tag for immobilization on solid surfaces.
 
@@ -135,7 +134,7 @@ Inserted their poly-SP into pHK414 (I haven't been able to find any
 online sources for pHK414.  Kempe cites [R.J. Watson et al.
 *Expression of Herpes simplex virus type 1 and type 2 glyco-protein D
 genes using the Escherichia coli lac promoter.* Y. Becker (Ed.),
-*Recombinant DNA Research and Viruses*. Nijhoff, The Hague, 1985,
+*Recombinant DNA Research and Viruses.* Nijhoff, The Hague, 1985,
 pp. 327-352.][w85])
 
 ### Synthetic SP
@@ -160,6 +159,8 @@ pp. 327-352.][w85])
 
 #### pHK414 + HindIII + BamHI
 
+They cut a hole in the plasmid…
+
                    HindIII    BamHI.
     (PstI)   BglII,|               |
     CTGCAG...AGATCTA           GATCCAAGATCC
@@ -169,6 +170,8 @@ pp. 327-352.][w85])
 
 #### SP + HindIII + BamHI
 
+… and cut matching snips off their SP gene.
+
     HindIII.                                                ,BamHI_.
     |      |  Met Arg Pro Lys Pro Gln Gln Phe Phe Gly Leu Met      |
       AGC TTC ATG CGT CCG AAG CCG CAG CAG TTC TTC GGT CTC ATG
@@ -176,6 +179,8 @@ pp. 327-352.][w85])
 
 #### pSP4-1
 
+Mixing the snips together gives the plasmid with a single SP.
+
                    HindIII                                   BamHI.
     ,PstI.   BglII.|    | MetArgProLysProGlnGlnPhePheGlyLeuMet    |
     CTGCAG...AGATCTAAGCTTCATGCGTCCGAAGCCGCAGCAGTTCTTCGGTCTCATGGATCCAAGATCC
@@ -194,7 +199,7 @@ terminal G, which is part of the BamHI match sequence).
 
 ### Synthesizing pSP4-2
 
-pSP4-1 is split in two parallel rections
+The single-SP plasmid, pSP4-1, is split in two parallel reactions.
 
 #### PstI + BamHI
 
@@ -239,7 +244,7 @@ I27<sup>RS</sup>₈ procedure
 Like Kempe, Carrion-Vazquez et al. flank the I27 gene with BglII and
 BamHI, but they reverse the order.  Here's the output of their PCR:
 
-  BamHI-I27-BglII-Cys-Cys-STOP-STOP
+    BamHI-I27-BglII-Cys-Cys-STOP-STOP
 
 From the PDB entry for I27 ([1TIT][]), the amino acid sequence is:
 
@@ -281,9 +286,9 @@ From the [Qiagen site][pQE30], the section around the linker
 nucleotides 115 through 203 is:
 
         ,RGS-His epitope__________________. ,BamHI.
-    Met Arg Gly Ser His His His His His His Gly Ser Ala Cys Glu Leu ...
-    ATG AGA GGA TCG CAT CAC CAT CAC CAT CAC GGA TCC GCA TGC GAG CTC ...
-    CGT CTC TTC GAT ACG ACA ACG ACA ACG ACA TTC GAA TAC GTA TCT AGA ...
+    Met Arg Gly Ser His His His His His His Gly Ser Ala Cys Glu Leu
+    ATG AGA GGA TCG CAT CAC CAT CAC CAT CAC GGA TCC GCA TGC GAG CTC
+    CGT CTC TTC GAT ACG ACA ACG ACA ACG ACA TTC GAA TAC GTA TCT AGA
 
           ,SmaI__.
     ,KpnI_.                         HindIII
@@ -327,11 +332,11 @@ need to use a third restiction enzyme to insert their I27.
   sequence?  If there is, why do Carrion-Vazquez et al. not
   acknowledge it when they write [3]:
 
-    The full-length construct, I27<sup>RS</sup>₈, results in the following
-    amino acid additions: (i) the amino-terminal sequence is
-    Met-Arg-Gly-Ser-(His)6-Gly-Ser-I27 codons; (ii) the junction
-    between the domains (BamHI-BglII hybrid site) is Arg-Ser; and
-    (iii) the protein terminates in Cys-Cys.
+  > The full-length construct, I27<sup>RS</sup>₈, results in the
+  > following amino acid additions: (i) the amino-terminal sequence is
+  > Met-Arg-Gly-Ser-(His)6-Gly-Ser-I27 codons; (ii) the junction
+  > between the domains (BamHI-BglII hybrid site) is Arg-Ser; and
+  > (iii) the protein terminates in Cys-Cys.
 
   Since they don't acknowledge an I27-Arg-Ser-Cys-Cys ending, might
   there be more amino acids in the C terminal addition?
@@ -341,7 +346,9 @@ need to use a third restiction enzyme to insert their I27.
 Since I'm stuck trying to get I27 into either plasmid, let's try and
 work backward from
 
-  Met-Arg-Gly-Ser-(His)₆-Gly-Ser-(I27-Arg-Ser)₇-I27-Cys-Cys
+    Met-Arg-Gly-Ser-(His)₆-Gly-Ser-(I27-Arg-Ser)₇-I27-Cys-Cys
+
+#### <a id="BglII-BamHI-joint">BglII/BamHI joint</a>
 
 The BglII/BamHI overlap would produce the expected Arg-Ser joint.
 
@@ -421,15 +428,15 @@ so we'll assume the final plasmid was:
 
 #### Continuing to the first plasmid, pI27-1 must have been
 
-  remote ...    ,RGS-His epitope__________________. ,BamHI. I27...
-         ... Met Arg Gly Ser His His His His His His Gly Ser Leu Ile ...
-  ???    ... ATG AGA GGA TCG CAT CAC CAT CAC CAT CAC GGA TCC CTA ATA ...
-  ???    ... CGT CTC TTC GAT ACG ACA ACG ACA ACG ACA TTC GAA GAT TAT ...
+    remote ...    ,RGS-His epitope__________________. ,BamHI. I27...
+           ... Met Arg Gly Ser His His His His His His Gly Ser Leu Ile ...
+    ???    ... ATG AGA GGA TCG CAT CAC CAT CAC CAT CAC GGA TCC CTA ATA ...
+    ???    ... CGT CTC TTC GAT ACG ACA ACG ACA ACG ACA TTC GAA GAT TAT ...
 
-  ........I27 ,BglII.                 continuation of pQE30?
-  ... Glu Leu Arg Ser Cys Cys STOPSTOP...
-  ... GAA TTG AGA TCT TGC TGC TAG TAG ...
-  ... CTT AAC CTC GAG GTA GTA GCT GCT ...
+    ........I27 ,BglII.                 continuation of pQE30?
+    ... Glu Leu Arg Ser Cys Cys STOPSTOP...
+    ... GAA TTG AGA TCT TGC TGC TAG TAG ...
+    ... CTT AAC CTC GAG GTA GTA GCT GCT ...
 
 ### Potential pQE30 insertion points
 
@@ -442,11 +449,16 @@ so we'll assume the final plasmid was:
 
 
 [cv99]: http://dx.doi.org/10.1073/pnas.96.7.3694
+[r97]: http://dx.doi.org/10.1126/science.276.5315.1109
+[PCR]: http://en.wikipedia.org/wiki/Polymerase_chain_reaction
+[cDNA]: http://en.wikipedia.org/wiki/Complementary_DNA
+[λ]: http://en.wikipedia.org/wiki/Lambda_phage
 [AthenaES]: http://www.athenaes.com/
 [I27O]: http://www.athenaes.com/I27OAFMReferenceProtein.php
 [I27O-tb]: http://www.athenaes.com/tech_brief_I27O_protein.php
 [I27O-syn]: http://www.athenaes.com/Projects_Polyproteins.php
 [k85]: http://dx.doi.org/10.1016/0378-1119(85)90318-X
+[p96]: http://dx.doi.org/10.1006/jmbi.1996.0050
 [gcode]: http://en.wikipedia.org/wiki/Genetic_code
 [renz]: http://en.wikipedia.org/wiki/Restriction_enzyme
 [BamHI]: http://en.wikipedia.org/wiki/BamHI
@@ -459,11 +471,11 @@ so we'll assume the final plasmid was:
 [w85]: http://books.google.com/books?id=eA6iSmR0I4wC
 [1TIT]: http://www.pdb.org/pdb/explore/explore.do?structureId=1TIT
 [NM_003319.4]: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NM_003319
-[Q8WZ42] http://www.uniprot.org/blast/?about=Q8WZ42[12677-12765]
-[var] http://web.expasy.org/cgi-bin/variant_pages/get-sprot-variant.pl?VAR_040140
-[pQE30-a] http://www.qiagen.com/literature/vectors_pqe.aspx
-[pQE30-b] http://www.qiagen.com/literature/pqesequences/pqe-30w.txt
-[pUC19-a] http://bccm.belspo.be/db/lmbp_plasmid_details.php?NM=pUC19
-[pUC19-b] http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nucleotide/M77789?report=genbank
+[Q8WZ42]: http://www.uniprot.org/blast/?about=Q8WZ42[12677-12765]
+[var]: http://web.expasy.org/cgi-bin/variant_pages/get-sprot-variant.pl?VAR_040140
+[pQE30-a]: http://www.qiagen.com/literature/vectors_pqe.aspx
+[pQE30-b]: http://www.qiagen.com/literature/pqesequences/pqe-30w.txt
+[pUC19-a]: http://bccm.belspo.be/db/lmbp_plasmid_details.php?NM=pUC19
+[pUC19-b]: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nucleotide/M77789?report=genbank
 
 [[!tag tags/theory]]