sawsim/discussion.tex: Remove double integral Kramers' testing
authorW. Trevor King <wking@tremily.us>
Fri, 21 Jun 2013 18:39:25 +0000 (14:39 -0400)
committerW. Trevor King <wking@tremily.us>
Fri, 21 Jun 2013 18:39:25 +0000 (14:39 -0400)
I don't have enough detail/support here to let it stand.

src/sawsim/discussion.tex

index bea8c66873cdd7ea282729dcc5fd9c1cd7629188..ec9d006a5fc9b1563a3344eb0a0e617c1e394357 100644 (file)
@@ -743,20 +743,6 @@ $l_{ts}$ is the characteristic length of the transition state.
 \citet{evans97} solved this unfolding rate for both inverse power law
 potentials and cusp potentials.
 
-\subsubsection{Double-integral Kramers' theory}
-
-The double-integral form of overdamped Kramers' theory may be too
-complex for analytical predictions of unfolding-force histograms.
-Rather than testing the entire \sawsim\ simulation (\cref{sec:sawsim}),
-we will focus on demonstrating that the Kramers' $k(F)$ evaluations
-are working properly.  If the Bell modeled histograms check out, that
-gives reasonable support for the $k(F) \rightarrow \text{histogram}$
-portion of the simulation.
-
-Looking for analytic solutions to Kramers' $k(F)$, we find that there
-are not many available in a closed form.  However, we do have analytic
-solutions for unforced $k$ for cusp-like and quartic potentials.
-
 \section{Review of current research}
 
 There is a long history of protein unfolding and unbinding