Add hong10, zhao10, liu10, measey09, shan09, yuan08, liu08, ... to root.bib.
authorW. Trevor King <wking@tremily.us>
Sat, 16 Jun 2012 16:23:05 +0000 (12:23 -0400)
committerW. Trevor King <wking@tremily.us>
Sat, 16 Jun 2012 17:12:40 +0000 (13:12 -0400)
Papers by Prof. Yang.

src/root.bib

index c731c12bad82873ff2f9ccb63e9924571fd9cfeb..b7192ba4d71e171223b81004ad4bedac7e1b1bd0 100644 (file)
@@ -77,6 +77,7 @@
 @string{BBABE = "Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Bioenergetics"}
 @string{BPJ = "Biophys. J."}
 @string{BIOSENSE = "Biosensors and Bioelectronics"}
+@string{BIOTECH = "Biotechnology and Bioengineering"}
 @string{JBirchler = "Birchler, James A."}
 @string{AWBlake = "Blake, Anthony W."}
 @string{JBlawzdziewicz = "Blawzdziewicz, Jerzy"}
 @string{VBrumfeld = "Brumfeld, Vlad"}
 @string{JDBryngelson = "Bryngelson, J. D."}
 @string{ABuguin = "Buguin, A."}
+@string{ABulhassan = "Bulhassan, Ahmed"}
 @string{BBullard = "Bullard, Belinda"}
 @string{DBusam = "Busam, D."}
 @string{CBustamante = "Bustamante, Carlos"}
 @string{RCharlab = "Charlab, R."}
 @string{KChaturvedi = "Chaturvedi, K."}
 @string{CChauzy = "Chauzy, C."}
+@string{SChe = "Che, Shunai"}
+@string{CHEM = "Chemistry (Weinheim an der Bergstrasse, Germany)"}
 @string{CPC = "Chemphyschem"}
 @string{HCChen = "Chen, H. C."}
 @string{LChen = "Chen, L."}
 @string{XNChen = "Chen, X. N."}
+@string{XChen = "Chen, Xuming"}
 @string{JFCheng = "Cheng, J. F."}
 @string{MLCheng = "Cheng, M. L."}
 @string{VGCheung = "Cheung, V. G."}
 @string{YHChiang = "Chiang, Y. H."}
 @string{AChinwalla = "Chinwalla, A."}
 @string{JChoy = "Choy, Jason"}
+@string{BChu = "Chu, Benjamin"}
+@string{XChu = "Chu, Xueying"}
+@string{TYChung = "Chung, Tse-Yu"}
 @string{CLChyan = "Chyan, Chia-Lin"}
 @string{GCiccotti = "Ciccotti, Giovanni"}
 @string{AGClark = "Clark, A. G."}
 @string{FDahlquist = "Dahlquist, Frederick W."}
 @string{SDanaher = "Danaher, S."}
 @string{LDavenport = "Davenport, L."}
+@string{SDecatur = "Decatur, Sean M."}
 @string{WDeGrado = "DeGrado, William F."}
 @string{PDebrunner = "Debrunner, P."}
 @string{ADelcher = "Delcher, A."}
 @string{RSEvans = "Evans, R. S."}
 @string{MEvstigneev = "Evstigneev, M."}
 @string{DFasulo = "Fasulo, D."}
+@string{FEBS = "FEBS letters"}
+@string{XFei = "Fei, Xiaofang"}
 @string{JFernandez = "Fernandez, Julio M."}
 @string{SFerriera = "Ferriera, S."}
 @string{AEFilippov = "Filippov, A. E."}
 @string{RGuigo = "Guig\'o, R."}
 @string{HJGuntherodt = "Guntherodt, Hans-Joachim"}
 @string{NGuo = "Guo, N."}
+@string{YGuo = "Guo, Yi"}
 @string{PHanggi = {H\"anggi, Peter}}
 @string{THa = "Ha, Taekjip"}
 @string{JHaack = "Haack, Julie A."}
 @string{WHoff = "Hoff, Wouter D."}
 @string{JLHolden = "Holden, J. L."}
 @string{RAHolt = "Holt, R. A."}
+@string{XHong = "Hong, Xia"}
 @string{LHood = "Hood, L."}
 @string{JHoover = "Hoover, J."}
 @string{JHorber = "Horber, J. K. H."}
 @string{JHouck = "Houck, J."}
 @string{AHoumeida = "Houmeida, Ahmed"}
 @string{THowland = "Howland, T."}
+@string{BHsiao = "Hsiao, Benjamin S."}
 @string{CKHu = "Hu, Chin-Kun"}
+@string{BHuang = "Huang, Baiqu"}
 @string{HHuang = "Huang, Hector Han-Li"}
 @string{GHummer = "Hummer, Gerhard"}
 @string{SJHumphray = "Humphray, S. J."}
 @string{MIvemeyer = "Ivemeyer, M."}
 @string{DIzhaky = "Izhaky, David"}
 @string{SIzrailev = "Izrailev, S."}
-@string{JACS = "J Am Chem Soc"}
+%@string{JACS = "J Am Chem Soc"}
+@string{JACS = "Journal of the American Chemical Society"}
 @string{JBM = "J Biomech"}
 @string{JBT = "J Biotechnol"}
 @string{JMathBiol = "J Math Biol"}
 @string{JJAP = "Japanese Journal of Applied Physics"}
 @string{MJaschke = "Jaschke, Manfred"}
 @string{DJennings = "Jennings, D."}
+@string{HFJi = "Ji, Hai-Feng"}
 @string{RRJi = "Ji, R. R."}
 @string{YJia = "Jia, Yiwei"}
 @string{SJiang = "Jiang, Shaoyi"}
 @string{CLam = "Lam, Canaan"}
 @string{JLamb = "Lamb, Jonathan C."}
 @string{LANG = "Langmuir"}
+% "Langmuir : the ACS journal of surfaces and colloids",
 @string{WLau = "Lau, Wai Leung"}
 @string{RLaw = "Law, Richard"}
 @string{BLazareva = "Lazareva, B."}
 @string{HLehmann = "Lehmann, H."}
 @string{HLehrach = "Lehrach, H."}
 @string{YLei = "Lei, Y."}
+@string{PLelkes = "Lelkes, Peter I."}
 @string{OLequin = "Lequin, Olivier"}
 @string{CLethias = "Lethias, Claire"}
 @string{ALeung = "Leung, A."}
 @string{ALevitsky = "Levitsky, A."}
 @string{SLevy = "Levy, S."}
 @string{MLewis = "Lewis, M."}
+@string{BLi = "Li, Bing"}
+@string{CYLi = "Li, Christopher Y."}
 @string{HLi = "Li, Hongbin"}
 @string{JLi = "Li, J."}
-@string{LLi = "Li, Lewyn"}
+@string{LeLi = "Li, Lewyn"}
+@string{LiLi = "Li, Lingyu"}
 @string{MSLi = "Li, Mai Suan"}
 @string{PWLi = "Li, P. W."}
+@string{YLi = "Li, Yajun"}
 @string{ZLi = "Li, Z."}
 @string{YLiang = "Liang, Y."}
 @string{GLiao = "Liao, George"}
 @string{WALinke = "Linke, Wolfgang A."}
 @string{RLippert = "Lippert, R."}
 @string{JLis = "Lis, John T."}
+@string{RLiu = "Liu, Runcong"}
 @string{WLiu = "Liu, W."}
 @string{XLiu = "Liu, X."}
+@string{YLiu = "Liu, Yichun"}
 @string{GLois = "Lois, Gregg"}
 @string{JLopez = "Lopez, J."}
 @string{LANL = "Los Alamos National Laboratory"}
 @string{ALove = "Love, A."}
 @string{FLu = "Lu, F."}
 @string{HLu = "Lu, Hui"}
+@string{QLu = "Lu, Qinghua"}
 @string{MLudwig = "Ludwig, M."}
 @string{ZPLuo = "Luo, Zong-Ping"}
 @string{ZLuthey-Schulten = "Luthey-Schulten, Z."}
 @string{VAMcKusick = "McKusick, V. A."}
 @string{IMcMullen = "McMullen, I."}
 @string{JDMcPherson = "McPherson, J. D."}
+@string{TMeasey = "Measey, Thomas J."}
 @string{MAD = "Mech Ageing Dev"}
 @string{PMeier = "Meier, Paul"}
 @string{AMeller = "Meller, Amit"}
 @string{AMuruganujan = "Muruganujan, A."}
 @string{EWMyers = "Myers, E. W."}
 @string{RMMyers = "Myers, R. M."}
+@string{AMylonakis = "Mylonakis, Andreas"}
 @string{JNadeau = "Nadeau, J."}
 @string{AKNaik = "Naik, A. K."}
+@string{NANO = "Nano letters"}
 @string{NT = "Nanotechnology"}
 @string{VANarayan = "Narayan, V. A."}
 @string{ANarechania = "Narechania, A."}
 @string{PR:E = "Phys Rev E Stat Nonlin Soft Matter Phys"}
 @string{PRL = "Phys Rev Lett"}
 @string{Physica = "Physica"}
+@string{GPing = "Ping, Guanghui"}
 @string{PPodsiadlo = "Podsiadlo, Paul"}
 @string{ASPolitou = "Politou, A. S."}
 @string{APoustka = "Poustka, A."}
 @string{WPress = "Press, W."}
 @string{PNAS = "Proceedings of the National Academy of Sciences USA"}
 @string{PBPMB = "Progress in Biophysics and Molecular Biology"}
-@string{PS = "Protein Sci."}
+@string{PS = "Protein Science"}
 @string{PROT = "Proteins"}
 @string{EPuchner = "Puchner, Elias M."}
 @string{VPuri = "Puri, V."}
 @string{RRodriguez = "Rodriguez, R."}
 @string{YHRogers = "Rogers, Y. H."}
 @string{SRogic = "Rogic, S."}
+@string{MRoman = "Roman, Marisa"}
 @string{DRomblad = "Romblad, D."}
 @string{RRos = "Ros, R."}
 @string{BRosenberg = "Rosenberg, B."}
 @string{ZSchulten = "Schulten, Zan"}
 @string{ISchwaiger = "Schwaiger, Ingo"}
 @string{RSchwartz = "Schwartz, R."}
+@string{RSchweitzerStenner = "Scheitzer-Stenner, Reinhard"}
 @string{SCI = "Science"}
 @string{CEScott = "Scott, C. E."}
 @string{JScott = "Scott, J."}
 @string{PSeranski = "Seranski, P."}
 @string{RSesboue = {Sesbo\"u\'e, R.}}
 @string{EShakhnovich = "Shakhnovich, Eugene"}
+@string{GShan, "Shan, Guiye"}
 @string{JShang = "Shang, J."}
 @string{WShao = "Shao, W."}
 @string{DSharma = "Sharma, Deepak"}
 @string{CSmith = "Smith, Corey L."}
 @string{DASmith = "Smith, D. Alastair"}
 @string{HOSmith = "Smith, H. O."}
+@string{KBSmith = "Smith, Kathryn B."}
 @string{SSmith = "Smith, S."}
 @string{SBSmith = "Smith, S. B."}
 @string{TSmith = "Smith, T."}
 @string{NDSocci = "Socci, N. D."}
 @string{ESodergren = "Sodergren, E."}
 @string{CSoderlund = "Soderlund, C."}
+@string{JSpanier = "Spanier, Jonathan E."}
 @string{DSpeicher = "Speicher, David W."}
 @string{GSpier = "Spier, G."}
 @string{ASprague = "Sprague, A."}
 @string{JWang = "Wang, J."}
 @string{MWang = "Wang, M."}
 @string{MDWang = "Wang, Michelle D."}
+@string{SWang = "Wang, Shuang"}
 @string{XWang = "Wang, X."}
 @string{ZWang = "Wang, Z."}
 @string{HWatanabe = "Watanabe, Hiroshi"}
 @string{KWatanabe = "Watanabe, Kaori"}
 @string{RHWaterston = "Waterston, R. H."}
 @string{MWei = "Wei, M."}
+@string{YWei = "Wei, Yen"}
 @string{JWeissenbach = "Weissenbach, J."}
 @string{GWen = "Wen, G."}
 @string{MWen = "Wen, M."}
 @string{YWu = "Wu, Yiming"}
 @string{GJLWuite = "Wuite, Gijs J. L."}
 @string{KWylie = "Wylie, K."}
+@string{JXi = "Xi, Jun"}
 @string{AXia = "Xia, A."}
 @string{CXiao = "Xiao, C."}
 @string{TYada = "Yada, T."}
 @string{JZhang = "Zhang, J."}
 @string{QZhang = "Zhang, Q."}
 @string{WZhang = "Zhang, W."}
+@string{ZZhang = "Zhang, Zongtao"}
 @string{JZhao = "Zhao, Jason Ming"}
+@string{LZhao = "Zhao, Liming"}
 @string{QZhao = "Zhao, Q."}
 @string{SZhao = "Zhao, S."}
 @string{LZheng = "Zheng, L."}
 @string{XHZheng = "Zheng, X. H."}
 @string{FZhong = "Zhong, F."}
+@string{MZhong = "Zhong, Mingya"}
 @string{WZhong = "Zhong, W."}
+@string{HXZhou = "Zhou, Huan-Xiang"}
 @string{SZhu = "Zhu, S."}
 @string{XZhu = "Zhu, X."}
 @string{WZhuang = "Zhuang, Wei"}
 @string{NZinder = "Zinder, N."}
 @string{RCZinober = "Zinober, Rebecca C."}
+@string{PZou = "Zou, Peng"}
 @string{RZwanzig = "Zwanzig, R."}
 @string{arXiv = "arXiv"}
 @string{PGdeGennes = "de Gennes, P. G."}
     year = 2004,
     month = dec,
     day = 10,
+    address = "Department of Chemistry, National Dong Hwa University,
+        Hualien, Taiwan.",
     journal = BPJ,
     volume = 87,
     number = 6,
     doi = "10.1529/biophysj.104.042754",
     eprint = "http://download.cell.com/biophysj/pdf/PIIS0006349504738643.pdf",
     url = "http://www.cell.com/biophysj/abstract/S0006-3495(04)73864-3",
+    language = "eng",
     keywords = "Computer
         Simulation;Elasticity;Mechanics;Micromanipulation;Microscopy, Atomic
         Force;Models, Chemical;Models, Molecular;Protein Conformation;Protein
         stability. Furthermore, pH effects were studied and it was found that
         the forces required to unfold the protein remained constant within a pH
         range around the neutral value, and forces decreased as the solution pH
-        was lowered to more acidic values."
+        was lowered to more acidic values.",
+    note = "includes pH effects",
 }
 
 @article { ciccotti86,
     title = "{M}onte {C}arlo simulation of mechanical unfolding of proteins
         based on a simple two-state model",
     year = 2010,
+    month = mar,
+    day = 1,
+    address =      "Department of Physics, Drexel University, 3141
+                   Chestnut Street, Philadelphia, PA 19104, USA.",
     journal = IJBMM,
     volume = 46,
     number = 2,
     pages = "159--166",
     issn = "0141-8130",
+    ISSN = "1879-0003",
     doi = "10.1016/j.ijbiomac.2009.12.001",
     url = "http://www.sciencedirect.com/science/article/B6T7J-
         4XWMND2-1/2/7ef768562b4157fc201d450553e5de5e",
+    language = "eng",
     keywords = "Atomic force microscopy;Mechanical unfolding;Monte Carlo
         simulation;Worm-like chain;Single molecule methods",
     abstract = "Single molecule methods are becoming routine biophysical
         DSpeicher #" and "# DDischer,
     title = "Pathway shifts and thermal softening in temperature-coupled forced
         unfolding of spectrin domains",
+    address = "Biophysical Engineering Lab, Institute for Medicine and
+        Engineering, and School of Engineering and Applied Science,
+        University of Pennsylvania, Philadelphia, Pennsylvania
+        19104-6315, USA.",
     year = 2003,
     month = nov,
     journal = BPJ,
         which otherwise propagates a helix-to-coil transition to adjacent
         repeats. In sum, structural changes with temperature correlate with
         both single-molecule unfolding forces and shifts in unfolding
-        pathways."
+        pathways.",
+  doi =          "10.1016/S0006-3495(03)74747-X",
+  URL =          "http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/14581229",
+  language =     "eng",
 }
 
 @article { levinthal68,
 }
 
 @article { li05,
-    author = LLi #" and "# HHuang #" and "# CBadilla #" and "# JFernandez,
+    author = LeLi #" and "# HHuang #" and "# CBadilla #" and "# JFernandez,
     title = "Mechanical unfolding intermediates observed by single-molecule
         force spectroscopy in a fibronectin type {III} module",
     year = 2005,
         simulations of the 10FNIII module."
 }
 
-@article { li06,
+@article { msli06,
     author = MSLi #" and "# CKHu #" and "# DKlimov #" and "# DThirumalai,
     title = "Multiple stepwise refolding of immunoglobulin domain {I27} upon
         force quench depends on initial conditions",
         configurations, of the order of a few kT, can reduce Levinthal's time
         to a biologically significant size."
 }
+
+@article { hong10,
+  author =       XHong #" and "# and XChu #" and "# PZou #" and "# YLiu
+                 #" and "# GYang,
+  title =        "Magnetic-field-assisted rapid ultrasensitive
+                 immunoassays using Fe3{O4}/Zn{O}/Au nanorices as Raman
+                 probes.",
+  journal =      BIOSENSE,
+  year =         2010,
+  month =        oct,
+  day =          15,
+  address =      "Centre for Advanced Optoelectronic Functional
+                 Materials Research, Key Laboratory for UV
+                 Light-Emitting Materials and Technology of Ministry of
+                 Education, Northeast Normal University, Changchun
+                 130024, PR China.",
+  volume =       26,
+  number =       2,
+  pages =        "918--922",
+  keywords =     "Biosensing Techniques",
+  keywords =     "Electromagnetic Fields",
+  keywords =     "Equipment Design",
+  keywords =     "Equipment Failure Analysis",
+  keywords =     "Immunoassay",
+  keywords =     "Magnetite Nanoparticles",
+  keywords =     "Spectrum Analysis, Raman",
+  keywords =     "Zinc Oxide",
+  abstract =     "Rapid and ultrasensitive immunoassays were developed
+                 by using biofunctional Fe3O4/ZnO/Au nanorices as Raman
+                 probes. Taking advantage of the superparamagnetic
+                 property of the nanorices, the labeled proteins can
+                 rapidly be separated and purified with a commercial
+                 permanent magnet. The unsusceptible multiphonon
+                 resonant Raman scattering of the nanorices provided a
+                 characteristic spectroscopic fingerprint function,
+                 which allowed an accurate detection of the analyte.
+                 High specificity and selectivity of the assay were
+                 demonstrated. It was found that the diffusion barriers
+                 and the boundary layer effects had a great influence on
+                 the detection limit. Manipulation of the nanorice
+                 probes using an external magnetic field can enhance the
+                 assay sensitivity by several orders of magnitude, and
+                 reduce the detection time from 1 h to 3 min. This
+                 magnetic-field-assisted rapid and ultrasensitive
+                 immunoassay based on the resonant Raman scatting of
+                 semiconductor shows significant value for potential
+                 applications in biomedicine, food safety, and
+                 environmental defence.",
+  ISSN =         "1873-4235",
+  doi =          "10.1016/j.bios.2010.06.066",
+  URL =          "http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20667438",
+  language =     "eng",
+}
+
+@article { zhao10,
+  author =       LZhao #" and "# ABulhassan #" and "# GYang #" and "#
+                 HFJi #" and "# JXi,
+  title =        "Real-time detection of the morphological change in
+                 cellulose by a nanomechanical sensor.",
+  journal =      BIOTECH,
+  year =         2010,
+  month =        sep,
+  day =          01,
+  address =      "Department of Physics, Drexel University,
+                 Philadelphia, Pennsylvania, USA.",
+  volume =       107,
+  number =       1,
+  pages =        "190--194",
+  keywords =     "Cellulose",
+  keywords =     "Computer Systems",
+  keywords =     "Equipment Design",
+  keywords =     "Equipment Failure Analysis",
+  keywords =     "Micro-Electrical-Mechanical Systems",
+  keywords =     "Molecular Conformation",
+  keywords =     "Nanotechnology",
+  keywords =     "Transducers",
+  abstract =     "Up to now, experimental limitations have prevented
+                 researchers from achieving the molecular-level
+                 understanding for the initial steps of the enzymatic
+                 hydrolysis of cellulose, where cellulase breaks down
+                 the crystal structure on the surface region of
+                 cellulose and exposes cellulose chains for the
+                 subsequent hydrolysis by cellulase. Because one of
+                 these non-hydrolytic enzymatic steps could be the
+                 rate-limiting step for the entire enzymatic hydrolysis
+                 of crystalline cellulose by cellulase, being able to
+                 analyze and understand these steps is instrumental in
+                 uncovering novel leads for improving the efficiency of
+                 cellulase. In this communication, we report an
+                 innovative application of the microcantilever technique
+                 for a real-time assessment of the morphological change
+                 of cellulose induced by a treatment of sodium chloride.
+                 This sensitive nanomechanical approach to define
+                 changes in surface structure of cellulose has the
+                 potential to permit a real-time assessment of the
+                 effect of the non-hydrolytic activities of cellulase on
+                 cellulose and thereby to provide a comprehensive
+                 understanding of the initial steps of the enzymatic
+                 hydrolysis of cellulose.",
+  ISSN =         "1097-0290",
+  doi =          "10.1002/bit.22754",
+  URL =          "http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20653025",
+  language =     "eng",
+}
+
+@article { liu10,
+  author =       RLiu #" and "# MRoman #" and "# GYang,
+  title =        "Correction of the viscous drag induced errors in
+                 macromolecular manipulation experiments using atomic
+                 force microscope.",
+  journal =      RSI,
+  year =         2010,
+  month =        jun,
+  address =      "Department of Physics, Drexel University,
+                 Philadelphia, Pennsylvania 19104, USA.",
+  volume =       81,
+  number =       6,
+  pages =        "063703",
+  keywords =     "Algorithms",
+  keywords =     "Artifacts",
+  keywords =     "Macromolecular Substances",
+  keywords =     "Mechanical Processes",
+  keywords =     "Microscopy, Atomic Force",
+  keywords =     "Models, Theoretical",
+  keywords =     "Motion",
+  keywords =     "Protein Folding",
+  keywords =     "Signal Processing, Computer-Assisted",
+  keywords =     "Viscosity",
+  abstract =     "We describe a method to correct the errors induced by
+                 viscous drag on the cantilever in macromolecular
+                 manipulation experiments using the atomic force
+                 microscope. The cantilever experiences a viscous drag
+                 force in these experiments because of its motion
+                 relative to the surrounding liquid. This viscous force
+                 superimposes onto the force generated by the
+                 macromolecule under study, causing ambiguity in the
+                 experimental data. To remove this artifact, we analyzed
+                 the motions of the cantilever and the liquid in
+                 macromolecular manipulation experiments, and developed
+                 a novel model to treat the viscous drag on the
+                 cantilever as the superposition of the viscous force on
+                 a static cantilever in a moving liquid and that on a
+                 bending cantilever in a static liquid. The viscous
+                 force was measured under both conditions and the
+                 results were used to correct the viscous drag induced
+                 errors from the experimental data. The method will be
+                 useful for many other cantilever based techniques,
+                 especially when high viscosity and high cantilever
+                 speed are involved.",
+  ISSN =         "1089-7623",
+  doi =          "10.1063/1.3436646",
+  URL =          "http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20590242",
+  language =     "eng",
+}
+
+@article { measey09,
+  author =       TMeasey #" and "# KBSmith #" and "# SDecatur #" and "# 
+                 LZhao #" and "# GYang #" and "# RSchweitzerStenner,
+  title =        "Self-aggregation of a polyalanine octamer promoted by
+                 its {C}-terminal tyrosine and probed by a strongly
+                 enhanced vibrational circular dichroism signal.",
+  journal =      JACS,
+  year =         2009,
+  month =        dec,
+  day =          30,
+  address =      "Department of Chemistry, Drexel University, 3141
+                 Chestnut Street, Philadelphia, Pennsylvania 19104,
+                 USA.",
+  volume =       131,
+  number =       51,
+  pages =        "18218--18219",
+  keywords =     "Amyloid",
+  keywords =     "Circular Dichroism",
+  keywords =     "Dimerization",
+  keywords =     "Oligopeptides",
+  keywords =     "Peptides",
+  keywords =     "Protein Conformation",
+  keywords =     "Tyrosine",
+  abstract =     "The eight-residue alanine oligopeptide
+                 Ac-A(4)KA(2)Y-NH(2) (AKY8) was found to form
+                 amyloid-like fibrils upon incubation at room
+                 temperature in acidified aqueous solution at peptide
+                 concentrations >10 mM. The fibril solution exhibits an
+                 enhanced vibrational circular dichroism (VCD) couplet
+                 in the amide I' band region that is nearly 2 orders of
+                 magnitude larger than typical polypeptide/protein
+                 signals in this region. The UV-CD spectrum of the
+                 fibril solution shows CD in the region associated with
+                 the tyrosine side chain absorption. A similar peptide,
+                 Ac-A(4)KA(2)-NH(2) (AK7), which lacks a terminal
+                 tyrosine residue, does not aggregate. These results
+                 suggest a pivotal role for the C-terminal tyrosine
+                 residue in stabilizing the aggregation state of this
+                 peptide. It is speculated that interactions between the
+                 lysine and tyrosine side chains of consecutive strands
+                 in an antiparallel arrangement (e.g., cation-pi
+                 interactions) are responsible for the stabilization of
+                 the resulting fibrils. These results offer
+                 considerations and insight regarding the de novo design
+                 of self-assembling oligopeptides for biomedical and
+                 biotechnological applications and highlight the
+                 usefulness of VCD as a tool for probing amyloid fibril
+                 formation.",
+  ISSN =         "1520-5126",
+  doi =          "10.1021/ja908324m",
+  URL =          "http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19958029",
+  language =     "eng",
+}
+
+@article { shan09,
+  author =       GShan #" and "# SWang #" and "# XFei #" and "# YLiu
+                 #" and "# GYang,
+  title =        "Heterostructured Zn{O}/Au nanoparticles-based resonant
+                 Raman scattering for protein detection.",
+  journal =      JPC:B,
+  year =         2009,
+  month =        feb,
+  day =          05,
+  address =      "Center for Advanced Optoelectronic Functional
+                 Materials Research, Northeast Normal University,
+                 Changchun 130024, P. R. China.",
+  volume =       113,
+  number =       5,
+  pages =        "1468--1472",
+  keywords =     "Animals",
+  keywords =     "Gold",
+  keywords =     "Humans",
+  keywords =     "Immunoglobulin G",
+  keywords =     "Metal Nanoparticles",
+  keywords =     "Microscopy, Electron, Transmission",
+  keywords =     "Spectrum Analysis, Raman",
+  keywords =     "Zinc Oxide",
+  abstract =     "A new method of protein detection was explored on the
+                 resonant Raman scattering signal of ZnO nanoparticles.
+                 A probe for the target protein was constructed by
+                 binding the ZnO/Au nanoparticles to secondary protein
+                 by eletrostatic interaction. The detection of proteins
+                 was achieved by an antibody-based sandwich assay. A
+                 first antibody, which could be specifically recognized
+                 by target protein, was attached to a solid silicon
+                 surface. The ZnO/Au protein probe could specifically
+                 recognize and bind to the complex of the target protein
+                 and first antibody. This method on the resonant Raman
+                 scattering signal of ZnO nanoparticles showed good
+                 selectivity and sensitivity for the target protein.",
+  ISSN =         "1520-6106",
+  doi =          "10.1021/jp8046032",
+  URL =          "http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19138135",
+  language =     "eng",
+}
+
+@article { yuan08,
+  author =       JMYuan #" and "# CLChyan #" and "# HXZhou #" and "#
+                 TYChung #" and "# HPeng #" and "# GPing #" and "#
+                 GYang,
+  title =        "The effects of macromolecular crowding on the
+                 mechanical stability of protein molecules.",
+  journal =      PS,
+  year =         2008,
+  month =        dec,
+  day =          09,
+  address =      "Department of Physics, Drexel University,
+                 Philadelphia, Pennsylvania 19104, USA.",
+  volume =       17,
+  number =       12,
+  pages =        "2156--2166",
+  keywords =     "Circular Dichroism",
+  keywords =     "Dextrans",
+  keywords =     "Kinetics",
+  keywords =     "Microscopy, Atomic Force",
+  keywords =     "Microscopy, Scanning Probe",
+  keywords =     "Protein Folding",
+  keywords =     "Protein Stability",
+  keywords =     "Protein Structure, Secondary",
+  keywords =     "Thermodynamics",
+  keywords =     "Ubiquitin",
+  abstract =     "Macromolecular crowding, a common phenomenon in the
+                 cellular environments, can significantly affect the
+                 thermodynamic and kinetic properties of proteins. A
+                 single-molecule method based on atomic force microscopy
+                 (AFM) was used to investigate the effects of
+                 macromolecular crowding on the forces required to
+                 unfold individual protein molecules. It was found that
+                 the mechanical stability of ubiquitin molecules was
+                 enhanced by macromolecular crowding from added dextran
+                 molecules. The average unfolding force increased from
+                 210 pN in the absence of dextran to 234 pN in the
+                 presence of 300 g/L dextran at a pulling speed of 0.25
+                 microm/sec. A theoretical model, accounting for the
+                 effects of macromolecular crowding on the native and
+                 transition states of the protein molecule by applying
+                 the scaled-particle theory, was used to quantitatively
+                 explain the crowding-induced increase in the unfolding
+                 force. The experimental results and interpretation
+                 presented could have wide implications for the many
+                 proteins that experience mechanical stresses and
+                 perform mechanical functions in the crowded environment
+                 of the cell.",
+  ISSN =         "1469-896X",
+  doi =          "10.1110/ps.037325.108",
+  URL =          "http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18780817",
+  language =     "eng",
+}
+
+@article { liu08,
+  author =       YLiu #" and "# MZhong #" and "# GShan #" and "# YLi
+                 #" and "# BHuang #" and "# GYang,
+  title =        "Biocompatible Zn{O}/Au nanocomposites for
+                 ultrasensitive {DNA} detection using resonance Raman
+                 scattering.",
+  journal =      JPC:B,
+  year =         2008,
+  month =        may,
+  day =          22,
+  address =      "Centre for Advanced Optoelectronic Functional
+                 Materials Research, Institute of Genetics and Cytology,
+                 Northeast Normal University, Changchun, People's
+                 Republic of China. ycliu@nenu.edu.cn",
+  volume =       112,
+  number =       20,
+  pages =        "6484--6489",
+  keywords =     "Base Sequence",
+  keywords =     "DNA",
+  keywords =     "Gold",
+  keywords =     "Microscopy, Electron, Transmission",
+  keywords =     "Nanocomposites",
+  keywords =     "Sensitivity and Specificity",
+  keywords =     "Spectrum Analysis, Raman",
+  keywords =     "Zinc Oxide",
+  abstract =     "A novel method for identifying DNA microarrays based
+                 on ZnO/Au nanocomposites functionalized with
+                 thiol-oligonucleotide as probes is descried here. DNA
+                 labeled with ZnO/Au nanocomposites has a strong Raman
+                 signal even without silver acting as a surface-enhanced
+                 Raman scattering promoter. X-ray photoelectron spectra
+                 confirmed the formation of a three-component sandwich
+                 assay, i.e., constituted DNA and ZnO/Au nanocomposites.
+                 The resonance multiple-phonon Raman signal of the
+                 ZnO/Au nanocomposites as a spectroscopic fingerprint is
+                 used to detect a target sequence of oligonucleotide.
+                 This method exhibits extraordinary sensitivity and the
+                 detection limit is at least 1 fM.",
+  ISSN =         "1520-6106",
+  doi =          "10.1021/jp710399d",
+  URL =          "http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18444675",
+  language =     "eng",
+}
+
+@article { guo08,
+  author =       YGuo #" and "# AMylonakis #" and "# ZZhang #" and "#
+                 GYang #" and "# PLelkes #" and "# SChe #" and "#
+                 QLu #" and "# YWei,
+  title =        "Templated synthesis of electroactive periodic
+                 mesoporous organosilica bridged with oligoaniline.",
+  journal =      CHEM,
+  year =         2008,
+  address =      "Department of Chemistry, Drexel University,
+                 Philadelphia, Pennsylvania 19104, USA.",
+  volume =       14,
+  number =       9,
+  pages =        "2909--2917",
+  keywords =     "Aniline Compounds",
+  keywords =     "Cetrimonium Compounds",
+  keywords =     "Electrochemistry",
+  keywords =     "Hydrolysis",
+  keywords =     "Microscopy, Electron, Transmission",
+  keywords =     "Molecular Structure",
+  keywords =     "Organosilicon Compounds",
+  keywords =     "Particle Size",
+  keywords =     "Porosity",
+  keywords =     "Spectroscopy, Fourier Transform Infrared",
+  keywords =     "Surface Properties",
+  keywords =     "Thermogravimetry",
+  keywords =     "X-Ray Diffraction",
+  abstract =     "The synthesis and characterization of novel
+                 electroactive periodic mesoporous organosilica (PMO)
+                 are reported. The silsesquioxane precursor,
+                 N,N'-bis(4'-(3-triethoxysilylpropylureido)phenyl)-1,4-quinonene-diimine
+                 (TSUPQD), was prepared from the emeraldine base of
+                 amino-capped aniline trimer (EBAT) using a one-step
+                 coupling reaction and was used as an organic silicon
+                 source in the co-condensation with tetraethyl
+                 orthosilicate (TEOS) in proper ratios. By means of a
+                 hydrothermal sol-gel approach with the cationic
+                 surfactant cetyltrimethyl-ammonium bromide (CTAB) as
+                 the structure-directing template and acetone as the
+                 co-solvent for the dissolution of TSUPQD, a series of
+                 novel MCM-41 type siliceous materials (TSU-PMOs) were
+                 successfully prepared under mild alkaline conditions.
+                 The resultant mesoporous organosilica were
+                 characterized by Fourier transform infrared (FT-IR)
+                 spectroscopy, thermogravimetry, X-ray diffraction,
+                 nitrogen sorption, and transmission electron microscopy
+                 (TEM) and showed that this series of TSU-PMOs exhibited
+                 hexagonally patterned mesostructures with pore
+                 diameters of 2.1-2.8 nm. Although the structural
+                 regularity and pore parameters gradually deteriorated
+                 with increasing loading of organic bridges, the
+                 electrochemical behavior of TSU-PMOs monitored by
+                 cyclic voltammetry demonstrated greater
+                 electroactivities for samples with higher concentration
+                 of the incorporated TSU units.",
+  ISSN =         "0947-6539",
+  doi =          "10.1002/chem.200701605",
+  URL =          "http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18224650",
+  language =     "eng",
+}
+
+@article { li07,
+  author =       LiLi #" and "# BLi #" and "# GYang #" and "# CYLi,
+  title =        "Polymer decoration on carbon nanotubes via physical
+                 vapor deposition.",
+  journal =      LANG
+  year =         2007,
+  month =        jul,
+  day =          31,
+  address =      "A. J. Drexel Nanotechnology Institute and Department
+                 of Materials Science and Engineering, Drexel
+                 University, Philadelphia, Pennsylvania 19104, USA.",
+  volume =       23,
+  number =       16,
+  pages =        "8522--8525",
+  keywords =     "Microscopy, Atomic Force",
+  keywords =     "Microscopy, Electron, Transmission",
+  keywords =     "Nanotubes, Carbon",
+  keywords =     "Polymers",
+  keywords =     "Surface Properties",
+  keywords =     "Volatilization",
+  abstract =     "The polymer decoration technique has been widely used
+                 to study the chain folding behavior of polymer single
+                 crystals. In this article, we demonstrate that this
+                 method can be successfully adopted to pattern a variety
+                 of polymers on carbon nanotubes (CNTs). The resulting
+                 structure is a two-dimensional nanohybrid shish kebab
+                 (2D NHSK), wherein the CNT forms the shish and the
+                 polymer crystals form the kebabs. 2D NHSKs consisting
+                 of CNTs and polymers such as polyethylene, nylon 66,
+                 polyvinylidene fluoride and poly(L-lysine) have been
+                 achieved. Transmission electron microscopy and atomic
+                 force microscopy were used to study the nanoscale
+                 morphology of these hybrid materials. Relatively
+                 periodic decoration of polymers on both single-walled
+                 and multi-walled CNTs was observed. It is envisaged
+                 that this unique method offers a facile means to
+                 achieve patterned CNTs for nanodevice applications.",
+  ISSN =         "0743-7463",
+  doi =          "10.1021/la700480z",
+  URL =          "http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17602575",
+  language =     "eng",
+}
+
+@article { su06,
+  author =       MSu #" and "# YYang #" and "# GYang,
+  title =        "Quantitative measurement of hydroxyl radical induced
+                 {DNA} double-strand breaks and the effect of
+                 {N}-acetyl-{L}-cysteine.",
+  journal =      FEBS,
+  year =         2006,
+  month =        jul,
+  day =          24,
+  address =      "Department of Physics, Drexel University,
+                 Philadelphia, PA 19104, USA.",
+  volume =       580,
+  number =       17,
+  pages =        "4136--4142",
+  keywords =     "Acetylcysteine",
+  keywords =     "Animals",
+  keywords =     "DNA Damage",
+  keywords =     "Humans",
+  keywords =     "Hydroxyl Radical",
+  keywords =     "Microscopy, Atomic Force",
+  keywords =     "Nucleic Acid Conformation",
+  keywords =     "Plasmids",
+  abstract =     "Reactive oxygen species, such as hydroxyl or
+                 superoxide radicals, can be generated by exogenous
+                 agents as well as from normal cellular metabolism.
+                 Those radicals are known to induce various lesions in
+                 DNA, including strand breaks and base modifications.
+                 These lesions have been implicated in a variety of
+                 diseases such as cancer, arteriosclerosis, arthritis,
+                 neurodegenerative disorders and others. To assess these
+                 oxidative DNA damages and to evaluate the effects of
+                 the antioxidant N-acetyl-L-cysteine (NAC), atomic force
+                 microscopy (AFM) was used to image DNA molecules
+                 exposed to hydroxyl radicals generated via Fenton
+                 chemistry. AFM images showed that the circular DNA
+                 molecules became linear after incubation with hydroxyl
+                 radicals, indicating the development of double-strand
+                 breaks. The occurrence of the double-strand breaks was
+                 found to depend on the concentration of the hydroxyl
+                 radicals and the duration of the reaction. Under the
+                 conditions of the experiments, NAC was found to
+                 exacerbate the free radical-induced DNA damage.",
+  ISSN =         "0014-5793",
+  doi =          "10.1016/j.febslet.2006.06.060",
+  URL =          "http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16828758",
+  language =     "eng",
+}
+
+@article { lli06,
+  author =       LiLi #" and "# YYang #" and "# GYang #" and "# XChen
+                 #" and "# BHsiao #" and "# BChu #" and "#
+                 JSpanier #" and "# CYLi,
+  title =        "Patterning polyethylene oligomers on carbon nanotubes
+                 using physical vapor deposition.",
+  journal =      NANO,
+  year =         2006,
+  month =        may,
+  address =      "A. J. Drexel Nanotechnology Institute and Department
+                 of Materials Science and Engineering, Drexel
+                 University, Philadelphia, Pennsylvania 19104, USA.",
+  volume =       6,
+  number =       5,
+  pages =        "1007--1012",
+  keywords =     "Microscopy, Atomic Force",
+  keywords =     "Nanotechnology",
+  keywords =     "Nanotubes, Carbon",
+  keywords =     "Polyethylenes",
+  keywords =     "Volatilization",
+  abstract =     "Periodic patterning on one-dimensional (1D) carbon
+                 nanotubes (CNTs) is of great interest from both
+                 scientific and technological points of view. In this
+                 letter, we report using a facile physical vapor
+                 deposition method to achieve periodic polyethylene (PE)
+                 oligomer patterning on individual CNTs. Upon heating
+                 under vacuum, PE degraded into oligomers and
+                 crystallized into rod-shaped single crystals. These PE
+                 rods periodically decorate on CNTs with their long axes
+                 perpendicular to the CNT axes. The formation mechanism
+                 was attributed to ``soft epitaxy'' growth of PE
+                 oligomer crystals on CNTs. Both SWNTs and MWNTs were
+                 decorated successfully with PE rods. The intermediate
+                 state of this hybrid structure, MWNTs absorbed with a
+                 thin layer of PE, was captured successfully by
+                 depositing PE vapor on MWNTs detached from the solid
+                 substrate, and was observed using high-resolution
+                 transmission electron microscopy. Furthermore, this
+                 hybrid structure formation depends critically on CNT
+                 surface chemistry: alkane-modification of the MWNT
+                 surface prohibited the PE single-crystal growth on the
+                 CNTs. We anticipate that this work could open a gateway
+                 for creating complex CNT-based nanoarchitectures for
+                 nanodevice applications.",
+  ISSN =         "1530-6984",
+  doi =          "10.1021/nl060276q",
+  URL =          "http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16683841",
+  language =     "eng",
+}