Clean up lattice and off-latice references in the sawsim intro.
authorW. Trevor King <wking@tremily.us>
Tue, 26 Jun 2012 01:12:27 +0000 (21:12 -0400)
committerW. Trevor King <wking@tremily.us>
Tue, 26 Jun 2012 15:17:13 +0000 (11:17 -0400)
Also reference the snippet about simulation timescales in
introduction/main.tex.

src/sawsim/introduction.tex

index a0522d95cc61ec7bbc6b00aa656c94b730ef9eef..7c3d3e8a0930fff88e05943ef7d9ded6de78d547 100644 (file)
@@ -6,15 +6,16 @@ Much theoretical and computational work has been done in order to
 extract information about the structural, kinetic, and energetic
 properties of the protein molecules from the experimental data of
 force-induced protein unfolding measurements.  Steered molecular
-dynamics simulations\citep{lu98}, as well as calculations and
-simulations using lattice\citep{lu99} and off-lattice
+dynamics simulations\citep{lu98,lu99}, as well as calculations and
+simulations using lattice\citep{klimov99,socci99} and off-lattice
 models\citep{klimov00,li01}, have provided insights into structural
 and energetic changes during force-induced protein unfolding.
 However, these simulations often involve time scales that are orders
-of magnitude smaller than those of the experiments, and the parameters
-used in the calculations are often neither experimentally controllable
-nor measurable (TODO: example parameters of each type).  As a result,
-a Monte Carlo simulation approach based on a simple two-state kinetic
+of magnitude smaller than those of the experiments
+(\cref{sec:single-molecule}), and the parameters used in the
+calculations are often neither experimentally controllable nor
+measurable (TODO: example parameters of each type).  As a result, a
+Monte Carlo simulation approach based on a simple two-state kinetic
 model for the protein is usually used to analyze data from mechanical
 unfolding experiments.  A comparison of the force curves measured
 experimentally and those generated from simulations can yield the