Remove space between function name and '(' in entrez.py.
authorW. Trevor King <wking@drexel.edu>
Sat, 16 Apr 2011 01:39:21 +0000 (21:39 -0400)
committerW. Trevor King <wking@drexel.edu>
Sat, 16 Apr 2011 01:39:21 +0000 (21:39 -0400)
posts/entrez/entrez.py

index 60ae214c167564c648729ed2d8854d2967d5088f..61948b272f8d9751854205b46aa1be2a60642bcc 100755 (executable)
@@ -205,13 +205,13 @@ def _query_einfo(db=None):
     Either list all available databases with db=None, or
     Specific information on a particular database (e.g. pubmed) with db=pubmed.
     """
-    params = urlencode ({
+    params = urlencode({
             'db': db,
             'tool': TOOL,
             'email': EMAIL})
 
     LOG.info("getting einfo from '%s?%s'" % (EINFO_URL, params))
-    f = urllib.urlopen ("%s?%s" % (EINFO_URL, params))
+    f = urllib.urlopen("%s?%s" % (EINFO_URL, params))
     string = f.read()
     f.close()
     LOG.debug('got:\n%s' % string)
@@ -404,7 +404,7 @@ def _query_esearch(term, db='pubmed', field=None,
         if field != None:
             validate_field(field)
         validate_search_term(term, valid_fields)
-    params = urlencode ({
+    params = urlencode({
             'tool': TOOL,
             'email': EMAIL,
             'term': term,
@@ -420,7 +420,7 @@ def _query_esearch(term, db='pubmed', field=None,
             'sort': sort})
 
     LOG.info("getting esearch from '%s?%s'" % (ESEARCH_URL, params))
-    f = urllib.urlopen ("%s?%s" % (ESEARCH_URL, params))
+    f = urllib.urlopen("%s?%s" % (ESEARCH_URL, params))
     string = f.read()
     f.close()
     LOG.debug('got:\n%s' % string)
@@ -502,7 +502,7 @@ def _query_efetch(id, db='pubmed',
     for d in id:
         idstring += "%s," % d
     idstring = idstring[:-1] # remove trailing comma
-    params = urlencode ({
+    params = urlencode({
             'tool': TOOL,
             'email': EMAIL,
             'id': idstring,
@@ -512,7 +512,7 @@ def _query_efetch(id, db='pubmed',
             'rettype': rettype})
 
     LOG.info("getting efetch from '%s?%s'" % (EFETCH_URL, params))
-    f = urllib.urlopen ("%s?%s" % (EFETCH_URL, params))
+    f = urllib.urlopen("%s?%s" % (EFETCH_URL, params))
     string = f.read()
     f.close()
     LOG.debug('got:\n%s' % string)
@@ -602,7 +602,7 @@ def _query_elink(id, term=None, db='all', dbfrom='pubmed',
         idstring += "%s," % d
     idstring = idstring[:-1] # remove trailing comma
 
-    params = urlencode ({
+    params = urlencode({
             'tool': TOOL,
             'email': EMAIL,
             'id': idstring,
@@ -619,7 +619,7 @@ def _query_elink(id, term=None, db='all', dbfrom='pubmed',
             'retmode': retmode})
 
     LOG.info("getting elink from '%s?%s'" % (ELINK_URL, params))
-    f = urllib.urlopen ("%s?%s" % (ELINK_URL, params))
+    f = urllib.urlopen("%s?%s" % (ELINK_URL, params))
 
     if cmd == 'prlinks' and retmode == 'ref':
         # Just get the link, we don't need the provider's webpage HTML.