scan: Add stepper_tweaks (--no-stepper-tweaks) to UnfoldScanner.run()
authorW. Trevor King <wking@tremily.us>
Thu, 7 Feb 2013 06:13:42 +0000 (01:13 -0500)
committerW. Trevor King <wking@tremily.us>
Thu, 7 Feb 2013 06:18:55 +0000 (01:18 -0500)
commit34c56ef4d2c1e14110f744937149ea6147029513
tree6b9c3268d11f392b271182997cec4293d79f2584
parent30183b2a4c37c1a178f28615e317d2cde0af2874
scan: Add stepper_tweaks (--no-stepper-tweaks) to UnfoldScanner.run()

This is useful if you're not around to monitor a long run.  If the
laser is disrupted (e.g. via a bubble in the fluid cell), the
photodiode voltage can flatlign, even if you aren't off the surface.
A confused UnfoldScanner with *think* it's off the surface, and charge
blindly in, crushing the cantilever into itsy bits ;).

Laser disruption detection is a great reason to measure the total
photodiode voltage.  Unfortunately, that signal is not carried on the
cable between the MultiMode and the NanoScope.  I tried jumping it out
of the MultiMode by hand, but after a few weeks like that, the board
died.  I'm not sure it was related, but I think it's safer to just
disable stepper tweaks when you're not around to monitor the signal.
unfold.py
unfold_protein/scan.py