tex/src/figures/params.sh

   1 # setup default parameters for the figures
   2
   3 T=300       # K,             temperature
   4 v=1e-6      # m/s,           pulling speed
   5 x=0.05e-9   # m,             pulling step size (set to 0 for continuous pulling)
   6 k=0.050     # N/m,           cantilever spring constant
   7 N=8         # #              number of protein domains in the chain
   8 #p_f=10e-9   # m,             folded persistence length
   9 L_f=3.7e-9  # m,             folded contour length
  10 p_u=0.40e-9 # m,             unfolded persistence length
  11 L_u=28.1e-9 # m,             unfolded contour length
  12 dx=0.225e-9 # m,             Bell distance to transition state
  13 K0=5e-5     # transitions/s, Bell unforced unfolding rate
  14
  15 # histogram figure parameters
  16 NRUN=400    # #,             For histograms, take this many runs.
  17 df=20e-12   # N,             histogram bin width
  18 STEM_LEAF_OPTS="-l -b$df -m$df -H10 -v-1"