tex/src/figures/i27/1TIT.pml

   1 load 1TIT.pdb
   2                                                # transparent background
   3 set ray_opaque_background, off
   4 util.performance(0)                            # max performance (slower)
   5 cmd.space('cmyk')                              # printable CMYK colors
   6 hide everything, all                           # don't show anything except...
   7 show cartoon, all                              # ... the cartoon
   8 cmd.spectrum("count",selection="1TIT",byres=1) # rainbow by residue count
   9                                                # zoom so molecule fills window
  10 set_view (\
  11      1.000000000,    0.000000000,    0.000000000,\
  12      0.000000000,    1.000000000,    0.000000000,\
  13      0.000000000,    0.000000000,    1.000000000,\
  14      0.000000000,    0.000000000,  -80.905616760,\
  15      0.043053962,   -1.233590841,    4.578000069,\
  16     52.642337799,  109.168846130,   21.500000000 )
  17 # view matrix (from pymol.viewing.get_view)
  18 #   3x3 matrix rotating model space to camera space
  19 #   1x3 origin of rotation relative to camera in camera space
  20 #   1x3 origin of rotation relative to camera in model space
  21 #   1x1 front plane distance from the camera
  22 #   1x1 rear plane distance from the camera
  23 #   1x1 orthoscopic flag (+/-) and field of view (if abs(value) > 1)
  24 # The camera always looks down -Z with its +X left and its +Y down.
  25 # Therefore, in the default view, model +X is to the observer\'s
  26 # right, +Y is upward, and +Z points toward the observer.
  27 #
  28 # To zoom, tweak the field-of-view setting, decreasing to zoom in.
  29                                                # render with 640 pixel width
  30 png 1TIT.png, width=640
  31 quit