tex/src/figures/cantilever-data/avg_data.py

   1 #!/usr/bin/python
   2
   3 import numpy, sys
   4
   5 DATAFILE='./data/raw'
   6 KFILE='./data/spring-constants'
   7 AVGFILE='./data/averaged-data'
   8
   9 KCUTS=[45, 90]
  10
  11 def read_raw(Kcuts=KCUTS, datafile=DATAFILE):
  12     FofV = {}
  13     Ks = []
  14     for i in range(len(Kcuts)+1):
  15         Ks.append([])
  16     for line in file(datafile, 'r'):
  17         if line[0] == '#':
  18             continue # ignore comments
  19         fields = line.strip().split('\t')
  20         force = float(fields[0])
  21         rate = float(fields[1])
  22         spring = float(fields[2])
  23
  24         ispring = 0
  25         while ispring < len(Kcuts) and spring > Kcuts[ispring]:
  26             ispring += 1
  27         Ks[ispring].append(spring)
  28         if rate not in FofV.keys():
  29             FofV[rate]=[]
  30             for i in range(len(Ks)):
  31                 FofV[rate].append([])
  32         FofV[rate][ispring].append(force)
  33     return (Ks, FofV)
  34
  35 def write_k_file(Ks, kfile=KFILE):
  36     avgK = [0]*len(Ks)
  37     stdK = [0]*len(Ks)
  38     numK = [0]*len(Ks)
  39     kf = file(kfile, 'w')
  40     for i in range(len(Ks)):
  41         K = numpy.array(Ks[i])
  42         avgK[i] = K.mean()
  43         stdK[i] = K.std()
  44         numK[i] = len(K)
  45
  46         if i == 1:
  47             continue # poor calibration bumps for the older cantilevers
  48         print >> kf, "K(%d) = %g +/- %g, (# %d)" \
  49             % (i, avgK[i], stdK[i], numK[i])
  50     kf.close()
  51     return (avgK, stdK, numK)
  52
  53 def write_average_file(FofV, avgK, avgfile=AVGFILE):
  54     Vs = FofV.keys()
  55     Vs.sort()
  56     af = file(AVGFILE, 'w')
  57     print >> af, '#'+'\t'.join(\
  58         ['Pulling speed (nm/s)','Spring constant (pN/nm)',
  59          'Mean force (pN)','Std. force (pN)','Events (#)'])
  60     for V in Vs:
  61         for i,k in enumerate(avgK):
  62             if i == 1:
  63                 continue # poor calibration bumps for the older cantilevers
  64             F = numpy.array(FofV[V][i])
  65             if len(F) == 0:
  66                 continue
  67             outs= [V, k, F.mean(), F.std(), len(F)]
  68             souts = ["%.2f" % (x) for x in outs]
  69             souts[-1] = "%d" % outs[-1] # special treatment for the integer
  70             print >> af, '\t'.join(souts)
  71     af.close()
  72
  73 if __name__ == '__main__':
  74     Ks,FofV = read_raw()
  75     avgK,stdK,numK = write_k_file(Ks)
  76     write_average_file(FofV, avgK)