tex/src/figures/biotin-streptavidin/1SWE.pml

   1 load 1SWE.pdb
   2                                                # transparent background
   3 set ray_opaque_background, off
   4 util.performance(0)                            # max performance (slower)
   5 cmd.space('cmyk')                              # printable CMYK colors
   6 hide everything, all                           # don't show anything except...
   7 show cartoon, all                              # ... the cartoon streptavidin
   8 show sticks, hetatm                            # ... and stick biotins
   9 color red, hetatm                              # make the biotin red
  10                                                # zoom so molecule fills window
  11 set_view (\
  12      0.020578306,    0.172470704,    0.984799862,\
  13      0.637113333,    0.756843209,   -0.145860136,\
  14     -0.770495117,    0.630429447,   -0.094308868,\
  15      0.000000000,    0.000000000, -113.425636292,\
  16     13.857005119,  -12.095066071,    9.181341171,\
  17     89.425636292,  137.425643921,   20.000000000 )
  18 # view matrix (from pymol.viewing.get_view)
  19 #   3x3 matrix rotating model space to camera space
  20 #   1x3 origin of rotation relative to camera in camera space
  21 #   1x3 origin of rotation relative to camera in model space
  22 #   1x1 front plane distance from the camera
  23 #   1x1 rear plane distance from the camera
  24 #   1x1 orthoscopic flag (+/-) and field of view (if abs(value) > 1)
  25 # The camera always looks down -Z with its +X left and its +Y down.
  26 # Therefore, in the default view, model +X is to the observer\'s
  27 # right, +Y is upward, and +Z points toward the observer.
  28 #
  29 # To zoom, tweak the field-of-view setting, decreasing to zoom in.
  30                                                # render with 640 pixel width
  31 png 1SWE.png, width=640
  32 quit