Add a PyMOL builder to SCons and generalize PYMOL_PATH setup.
[thesis.git] / tex / src / cantilever-calib / solve_general.tex
1 \subsection{General form}
2
3 The procedure here is exactly the same as the previous section.  The
4 integral normalizing $G_0$, however, becomes a little more
5 complicated.
6
7 Fourier transforming \cref{eq:DHO} and applying \cref{eq:four-deriv} we have
8 \begin{align}
9   (-m\omega^2 + i \gamma \omega + k) x(\omega) &= F(\omega)
10                                               \label{eq:DHO-freq} \\
11   (\omega_0^2-\omega^2 + i \beta \omega) x(\omega) &= \frac{F(\omega)}{m} \\
12   |x(\omega)|^2 &= \frac{|F(\omega)|^2/m^2}
13                         {(\omega_0^2-\omega^2)^2 + \beta^2\omega^2} \;,
14                                               \label{eq:DHO-xmag}
15 \end{align}
16 where $\omega_0 \equiv \sqrt{k/m}$ is the resonant angular frequency
17 and $\beta \equiv \gamma / m$ is the drag-aceleration coefficient.
18 \index{Damped harmonic oscillator}\index{beta}\index{gamma}
19 \nomenclature{$\omega_0$}{Resonant angular frequency (radians per second)}
20 \index{$\omega_0$}
21
22 We compute the \PSD\ by plugging \cref{eq:DHO-xmag} into \cref{eq:psd-def}
23 \begin{equation}
24   \PSD(x, \omega)
25         = \normLimT \frac{2 |F(\omega)|^2/m^2}
26                          {(\omega_0^2-\omega^2)^2 + \beta^2\omega^2} \;.
27                                                \label{eq:DHO-psd-F}
28 \end{equation}
29 \index{PSD@\PSD}
30
31 Plugging \cref{eq:GOdef} into \cref{eq:DHO-psd-F} we have
32 \begin{equation}
33   \PSD(x, \omega) = \frac{G_0/m^2}{(\omega_0^2-\omega^2)^2 +\beta^2\omega^2}\;.
34      \label{eq:model-psd}
35 \end{equation}
36 Integrating over positive $\omega$ to find the total power per unit time yields
37 \begin{align}
38   \iOInf{\omega}{\PSD(x, \omega)}
39      &= \frac{G_0}{2m^2}
40       \iInfInf{\omega}{\frac{1}{(\omega_0^2-\omega^2)^2 + \beta^2\omega^2}}
41       = \frac{G_0}{2m^2} \cdot \frac{\pi}{\beta\omega_0^2}
42       = \frac{G_0 \pi}{2m^2\beta\omega_0^2}
43       = \frac{G_0 \pi}{2m^2\beta \frac{k}{m}} \\
44      &= \frac{G_0 \pi}{2m \beta k} \;.
45 \end{align}
46 The integration is detailed in \cref{sec:integrals}.
47 By the corollary to Parseval's theorem (\cref{eq:parseval-var}), we have
48 \begin{equation}
49   \avg{x(t)^2} = \frac{G_0 \pi}{2m^2\beta\omega_0^2} \;.  \label{eq:DHO-var}
50 \end{equation}
51
52 Plugging \cref{eq:DHO-var} into the equipartition theorem
53 (\cref{eq:equipart}) we have
54 \begin{align}
55   k \frac{G_0 \pi}{2m \beta k} &= k_BT \\
56   G_0 &= \frac{2}{\pi} k_BT m \beta \;.  \label{eq:GO}
57 \end{align}
58
59 So we expect $x(t)$ to have a power spectral density per unit time given by
60 \begin{equation}
61   \PSD(x, \omega) = \frac{2 k_BT \beta}
62                    { \pi m \p[{(\omega_0^2-\omega^2)^2 + \beta^2\omega^2}] }\;.
63   \label{eq:DHO-psd}
64 \end{equation}
65 \index{PSD@\PSD}
66
67 As expected, the general form \cref{eq:DHO-psd} reduces to the
68 extremely overdamped form \cref{eq:ODHO-psd}.  Plugging in for
69 $\beta\equiv\gamma/m$ and $\omega_0\equiv\sqrt{k/m}$,
70 \begin{align}
71   \lim_{m\rightarrow 0} \PSD(x, \omega)
72     &= \lim_{m\rightarrow 0} \frac{2 k_BT \gamma}
73        { \pi m^2 \p[{(k/m-\omega^2)^2 + \gamma^2/m^2\omega^2}] }
74      = \lim_{m\rightarrow 0} \frac{2 k_BT \gamma}
75        { \pi \p[{(k-m\omega^2)^2 + \gamma^2\omega^2}] } \\
76     &= \frac{2}{\pi}
77                \cdot
78        \frac{\gamma k_BT}{k^2 + \gamma^2\omega^2} \;.
79 \end{align}