src/figures/order-dep/order-dep.asy

   1 import wtk_graph;
   2
   3 picture pic;
   4 size(pic, 15cm,5cm,IgnoreAspect);
   5
   6 scale(pic, Linear, Linear);
   7 real xscale=1;
   8 real fscale=1e12;
   9
  10 real g = 0.5772156649;
  11 real kB = 1.3806504e-23;
  12 real T = 300;
  13 real p = 3.7e-10;
  14 real v = 1e-6;
  15 real Kc = 0.05;
  16 real Kwlc = 0.18;
  17 real dx = 0.225e-9;
  18 real ko = 5e-5;
  19 real f = kB*T/dx;
  20
  21 real kappa(real i, real Kc=Kc, real Kwlc=Kwlc) {
  22   return 1.0/(1.0/Kc + i/Kwlc);
  23 }
  24
  25 real theory(real i, int N, real Kc=Kc, real Kwlc=Kwlc, real ko=ko, real dx=dx,
  26             real v=v, real T=T, real kB=kB, real g=g) {
  27   real f = kB*T/dx;
  28   return f*(log((kappa(i, Kc, Kwlc)*v)/((N-i)*ko*f)) - g);
  29 }
  30
  31 // todo: colorpen(N,i)
  32 graphFile(pic, "data/order.avg-4", xcol=-1, ycol=0,
  33           xscale=xscale, yscale=fscale, p=psoft, dots=true);
  34 graphFile(pic, "data/order.avg-8", xcol=-1, ycol=0,
  35           xscale=xscale, yscale=fscale, p=pmed, dots=true);
  36 graphFile(pic, "data/order.avg-12", xcol=-1, ycol=0,
  37           xscale=xscale, yscale=fscale, p=phard, dots=true);
  38 graphFile(pic, "data/order.avg-16", xcol=-1, ycol=0,
  39           xscale=xscale, yscale=fscale, p=black, dots=true);
  40 real fn(real x, real[] params) {return theory(i=x, N=4, Kwlc=params[0]);}
  41 fitFile(pic, "data/order.avg-4.fit.dat", f=fn, xmin=0, xmax=3,
  42         xscale=xscale, yscale=fscale, p=psoft);
  43 real fn(real x, real[] params) {return theory(i=x, N=8, Kwlc=params[0]);}
  44 fitFile(pic, "data/order.avg-8.fit.dat", f=fn, xmin=0, xmax=7,
  45         xscale=xscale, yscale=fscale, p=pmed);
  46 real fn(real x, real[] params) {return theory(i=x, N=12, Kwlc=params[0]);}
  47 fitFile(pic, "data/order.avg-12.fit.dat", f=fn, xmin=0, xmax=11,
  48         xscale=xscale, yscale=fscale, p=phard);
  49 real fn(real x, real[] params) {return theory(i=x, N=16, Kwlc=params[0]);}
  50 fitFile(pic, "data/order.avg-16.fit.dat", f=fn, xmin=0, xmax=15,
  51         xscale=xscale, yscale=fscale, p=black);
  52
  53 xaxis(pic, sLabel("Unfolding peak index $i=N_u$"), BottomTop, LeftTicks);
  54 yaxis(pic, sLabel("Force (pN)"), LeftRight, RightTicks);
  55
  56 picture hist_picture(string datafile,
  57                      real xmin=-infinity, real xmax=infinity,
  58                      real ymin=-infinity, real ymax=infinity) {
  59   picture pic;
  60   size(pic, 4cm, 3cm, IgnoreAspect);
  61   scale(pic, Linear, Log);
  62   histFile(pic, datafile, bin_scale=fscale, low=ymin);
  63   /* ^-- yscale b/c bins are in Force */
  64   xlimits(pic, xmin, xmax);
  65   ylimits(pic, ymin, ymax);
  66   xaxis(pic, sLabel("Force (pN)"), BottomTop, LeftTicks(N=3), above=true);
  67   yaxis(pic, sLabel("Frequency"), LeftRight, RightTicks, above=true);
  68   return pic;
  69 }
  70
  71 /* ensure consistent ranges across all histograms */
  72 real xmin = 100;
  73 real xmax = 380;
  74 real ymin = 1e-4;
  75 real ymax = 1;
  76
  77 add(pic.fit(), (0.0), S);
  78 add(hist_picture("data/hist3i.hist", xmin, xmax, ymin, ymax).fit(),
  79     5cm*W, N);
  80 add(hist_picture("data/hist3ii.hist", xmin, xmax, ymin, ymax).fit(),
  81     (0,0), N);
  82 add(hist_picture("data/hist3iii.hist", xmin, xmax, ymin, ymax).fit(),
  83     5cm*E, N);
  84 label(sLabel("Pulling speed dependence"), point(N)+(0,3cm), N);