src/cantilever/simulations.tex

   1 \section{Simulations}
   2 \label{sec:cantilever:simulations}
   3
   4 As discussed in \cref{sec:sawsim:cantilever}, we can model the I27
   5 multimers as an array of Bell-model unfolders in series with a
   6 cantilever.  Any unfolded domains also contribute to the tension
   7 according to the WLC\index{WLC} tension formula.  Completing 1000
   8 simulated pulls for each cantilever/pulling-speed/multimer-number
   9 combination with our \sawsim\ Monte Carlo simulator yielded the
  10 following results
  11 (\cref{fig:cant:sim:v-dep,fig:cant:sim:load-dep,fig:cant:sim:i-dep}).
  12
  13 \begin{figure}
  14   \asyinclude{figures/cantilever-sim/v-dep}
  15   \caption{Unfolding force velocity dependence for different
  16     cantilevers.\label{fig:cant:sim:v-dep}}
  17 \end{figure}
  18
  19 \begin{figure}
  20   \asyinclude{figures/cantilever-sim/loading-rate}
  21   \caption{Unfolding force loading rate dependence simulations for
  22     different cantilevers.\label{fig:cant:sim:load-dep}}
  23 \end{figure}
  24
  25 \begin{figure}
  26   \asyinclude{figures/cantilever-sim/i-dep}
  27   \caption{Unfolding force peak index dependence simulations for
  28     different cantilevers.\label{fig:cant:sim:i-dep}}
  29 \end{figure}
  30
  31 %\begin{figure}
  32 %\begin{asy}
  33 %size(6cm,4cm,IgnoreAspect);
  34 %scale(Linear, Linear);
  35 %real xscale=1e9;
  36 %real yscale=1e12;
  37 %
  38 %graphFile("cantilever/stiffness_force-127_8", xscale, yscale, phard, m30, t=units("127","pN/nm"), dots=true);
  39 %graphFile("cantilever/stiffness_force-27_8", xscale, yscale, phard, m8, t=units("27","pN/nm"), dots=true);
  40 %
  41 %xlimits(0,200);
  42 %ylimits(0,350);
  43 %
  44 %label(sLabel("Sawtooth curves ("+units("v = 1","$\mu$m/s")+", 8 domains)"), point(N),N);
  45 %xaxis(sLabel("Distance (nm)"),BottomTop,LeftTicks);
  46 %yaxis(sLabel("Tension (pN)"),Left,RightTicks);
  47 %
  48 %picture q=secondaryY(new void(picture pic) {
  49 %  scale(pic,Linear,Linear);
  50 %  graphFile(pic, "cantilever/stiffness_stiffness-127_8", xscale, 1e3, pmed, m30, dots=true);
  51 %  graphFile(pic, "cantilever/stiffness_stiffness-27_8", xscale, 1e3, pmed, m8, dots=true);
  52 %  ylimits(pic, 0, 130);
  53 %  yaxis(pic, sLabel("Stiffness (pN/nm)"),Right, LeftTicks);
  54 %});
  55 %add(q);
  56 %
  57 %add(legend(),point(E)+(24pt,0),20E,UnFill);
  58 %\end{asy}
  59 %\end{figure}
  60