sci-physics/lammps/lammps-20151022.ebuild

   1 # Copyright 1999-2015 Gentoo Foundation
   2 # Distributed under the terms of the GNU General Public License v2
   3 # $Id$
   4
   5 EAPI=5
   6
   7 PYTHON_COMPAT=( python{2_7,3_3} )
   8
   9 inherit eutils flag-o-matic fortran-2 multilib python-r1
  10
  11 convert_month() {
  12         local months=( "" Jan Feb Mar Apr May Jun Jul Aug Sep Oct Nov Dec )
  13         echo ${months[${1#0}]}
  14 }
  15
  16 MY_P=${PN}-$((10#${PV:6:2}))$(convert_month ${PV:4:2})${PV:2:2}
  17
  18 DESCRIPTION="Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator"
  19 HOMEPAGE="http://lammps.sandia.gov/"
  20 SRC_URI="http://lammps.sandia.gov/tars/${MY_P}.tar.gz"
  21
  22 LICENSE="GPL-2"
  23 SLOT="0"
  24 KEYWORDS="~amd64 ~x86"
  25 IUSE="doc examples gzip lammps-memalign mpi python static-libs"
  26
  27 DEPEND="
  28         mpi? (
  29                 virtual/blas
  30                 virtual/lapack
  31                 virtual/mpi
  32         )
  33         gzip? ( app-arch/gzip )
  34         sci-libs/voro++
  35         python? ( ${PYTHON_DEPS} )
  36         "
  37 RDEPEND="${DEPEND}"
  38
  39 REQUIRED_USE="python? ( ${PYTHON_REQUIRED_USE} )"
  40
  41 S="${WORKDIR}/${MY_P}"
  42
  43 lmp_emake() {
  44         local LAMMPS_INCLUDEFLAGS
  45         LAMMPS_INCLUDEFLAGS="$(usex gzip '-DLAMMPS_GZIP' '')"
  46         LAMMPS_INCLUDEFLAGS+="$(usex lammps-memalign ' -DLAMMPS_MEMALIGN=64' '')"
  47
  48         # The lammps makefile uses CC to indicate the C++ compiler.
  49         emake \
  50                 ARCHIVE=$(tc-getAR) \
  51                 CC=$(usex mpi "mpic++" "$(tc-getCXX)") \
  52                 F90=$(usex mpi "mpif90" "$(tc-getFC)") \
  53                 LINK=$(usex mpi "mpic++" "$(tc-getCXX)") \
  54                 CCFLAGS="${CXXFLAGS}" \
  55                 F90FLAGS="${FCFLAGS}" \
  56                 LINKFLAGS="${LDFLAGS}" \
  57                 LMP_INC="${LAMMPS_INCLUDEFLAGS}" \
  58                 MPI_INC=$(usex mpi "" "-I../STUBS") \
  59                 MPI_PATH=$(usex mpi "" "-L../STUBS") \
  60                 MPI_LIB=$(usex mpi "" "-lmpi_stubs") \
  61                 user-atc_SYSLIB="$(usex mpi "$($(tc-getPKG_CONFIG) --libs blas) $($(tc-getPKG_CONFIG) --libs lapack)" '')"\
  62                 "$@"
  63 }
  64
  65 lmp_activate_packages() {
  66         # Build packages
  67         lmp_emake -C src yes-asphere
  68         lmp_emake -C src yes-body
  69         lmp_emake -C src yes-class2
  70         lmp_emake -C src yes-colloid
  71         lmp_emake -C src yes-coreshell
  72         lmp_emake -C src yes-dipole
  73         lmp_emake -C src yes-fld
  74         #lmp_emake -C src yes-gpu
  75         lmp_emake -C src yes-granular
  76         # Need OpenKIM external dependency.
  77         #lmp_emake -C src yes-kim
  78         # Need Kokkos external dependency.
  79         #lmp_emake -C src yes-kokkos
  80         lmp_emake -C src yes-kspace
  81         lmp_emake -C src yes-manybody
  82         lmp_emake -C src yes-mc
  83         lmp_emake -C src yes-meam
  84         lmp_emake -C src yes-misc
  85         lmp_emake -C src yes-molecule
  86         #lmp_emake -C src yes-mpiio
  87         lmp_emake -C src yes-opt
  88         lmp_emake -C src yes-peri
  89         lmp_emake -C src yes-poems
  90         lmp_emake -C src yes-qeq
  91         lmp_emake -C src yes-reax
  92         lmp_emake -C src yes-replica
  93         lmp_emake -C src yes-rigid
  94         lmp_emake -C src yes-shock
  95         lmp_emake -C src yes-snap
  96         lmp_emake -C src yes-srd
  97         lmp_emake -C src yes-voronoi
  98         lmp_emake -C src yes-xtc
  99
 100         if use mpi; then
 101                 lmp_emake -C src yes-user-atc
 102         fi
 103         lmp_emake -C src yes-user-eff
 104         lmp_emake -C src yes-user-fep
 105         use mpi && lmp_emake -C src yes-user-lb
 106         lmp_emake -C src yes-user-phonon
 107         lmp_emake -C src yes-user-sph
 108 }
 109
 110 lmp_build_packages() {
 111         lmp_emake -C lib/meam -j1 -f Makefile.gfortran
 112         lmp_emake -C lib/poems -f Makefile.g++
 113         lmp_emake -C lib/reax -j1 -f Makefile.gfortran
 114         use mpi && lmp_emake -C lib/atc -f Makefile.g++
 115 }
 116
 117 lmp_clean_packages() {
 118         lmp_emake -C lib/meam -f Makefile.gfortran clean
 119         lmp_emake -C lib/poems -f Makefile.g++ clean
 120         lmp_emake -C lib/reax -f Makefile.gfortran clean
 121         use mpi && lmp_emake -C lib/atc -f Makefile.g++ clean
 122 }
 123
 124 src_prepare() {
 125         # Fix inconsistent use of SHFLAGS.
 126         sed -i \
 127                 -e 's:voronoi_SYSINC\s\+=.*$:voronoi_SYSINC = -I/usr/include/voro++:' \
 128                 -e 's:voronoi_SYSPATH\s\+=.*$:voronoi_SYSPATH =:' \
 129                 lib/voronoi/Makefile.lammps || die
 130
 131         # Fix missing .so name.
 132         sed -i \
 133                 -e 's:SHLIBFLAGS\s\+=\s\+:SHLIBFLAGS = -Wl,-soname,liblammps.so.0 :' \
 134                 src/MAKE/Makefile.serial || die
 135
 136         # Fix makefile in tools.
 137         sed -i \
 138                 -e 's:g++:$(CXX) $(CXXFLAGS):' \
 139                 -e 's:gcc:$(CC) $(CCFLAGS):' \
 140                 -e 's:ifort:$(FC) $(FCFLAGS):' \
 141                 tools/Makefile || die
 142
 143         # Patch python.
 144         epatch "${FILESDIR}/lammps-python3-r1.patch"
 145         epatch "${FILESDIR}/python-shebang.patch"
 146 }
 147
 148 src_compile() {
 149         # Fix atc...
 150         append-cxxflags -I../../src
 151
 152         # Acticate packages.
 153         elog "Activating lammps packages..."
 154         lmp_activate_packages
 155
 156         # Compile stubs for serial version.
 157         use mpi || lmp_emake -C src mpi-stubs
 158
 159         elog "Building packages..."
 160         lmp_build_packages
 161
 162         if use static-libs; then
 163                 # Build static library.
 164                 elog "Building static library..."
 165                 lmp_emake -C src mode=lib serial
 166         fi
 167
 168         # Clean out packages (that's not done by the build system with the clean
 169         # target), so we can rebuild the packages with -fPIC.
 170         elog "Cleaning packages..."
 171         lmp_clean_packages
 172
 173         # The build system does not rebuild the packages with -fPIC, adding flag
 174         # manually.
 175         append-cxxflags -fPIC
 176         append-fflags -fPIC
 177
 178         # Compile stubs for serial version.
 179         use mpi || lmp_emake -C src mpi-stubs
 180
 181         elog "Building packages..."
 182         lmp_build_packages
 183
 184         # Build shared library.
 185         elog "Building shared library..."
 186         lmp_emake -C src mode=shlib serial
 187
 188         # Compile main executable. The shared library is always built, and
 189         # mode=shexe is simply a way to re-use the object files built in the
 190         # "shlib" step when linking the executable. The executable is not actually
 191         # using the shared library. If we have built the static library, then we
 192         # link that into the executable.
 193         elog "Linking executable..."
 194         if use static-libs; then
 195                 lmp_emake -C src mode=exe serial
 196         else
 197                 lmp_emake -C src mode=shexe serial
 198         fi
 199
 200         # Compile tools.
 201         elog "Building tools..."
 202         lmp_emake -C tools binary2txt chain data2xmovie micelle2d
 203 }
 204
 205 src_install() {
 206         use static-libs && newlib.a src/liblammps_serial.a liblammps.a
 207         newlib.so src/liblammps_serial.so liblammps.so.0.0.0
 208         dosym liblammps.so.0.0.0 /usr/$(get_libdir)/liblammps.so
 209         dosym liblammps.so.0.0.0 /usr/$(get_libdir)/liblammps.so.0
 210         newbin src/lmp_serial lmp
 211         dobin tools/binary2txt
 212         dobin tools/chain
 213         dobin tools/data2xmovie
 214         dobin tools/micelle2d
 215         # Don't forget to add header files of optional packages as they are added
 216         # to this ebuild. There may also be .mod files from Fortran based
 217         # packages.
 218         insinto "/usr/include/${PN}"
 219         doins -r src/*.h lib/meam/*.mod
 220
 221         local LAMMPS_POTENTIALS="usr/share/${PN}/potentials"
 222         insinto "/${LAMMPS_POTENTIALS}"
 223         doins potentials/*
 224         echo "LAMMPS_POTENTIALS=${EROOT}${LAMMPS_POTENTIALS}" > 99lammps
 225         doenvd 99lammps
 226
 227         # Install python script.
 228         use python && python_foreach_impl python_domodule python/lammps.py
 229
 230         if use examples; then
 231                 local LAMMPS_EXAMPLES="/usr/share/${PN}/examples"
 232                 insinto "${LAMMPS_EXAMPLES}"
 233                 doins -r examples/*
 234         fi
 235
 236         dodoc README
 237         if use doc; then
 238                 dodoc doc/Manual.pdf
 239                 dohtml -r doc/*
 240         fi
 241 }