sci-chemistry/pdbcat/metadata.xml

   1 <?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
   2 <!DOCTYPE pkgmetadata SYSTEM "https://www.gentoo.org/dtd/metadata.dtd">
   3 <pkgmetadata>
   4   <herd>sci-chemistry</herd>
   5   <maintainer>
   6     <email>jlec@gentoo.org</email>
   7   </maintainer>
   8   <longdescription>
   9 The Brookhaven Protein Data Bank stores atomic coordinate information
  10 for protein structures in a column based format.  This is designed to
  11 be read easily read by FORTRAN programs.  Indeed, if you get the
  12 format description (from anonymous ftp to ftp.pdb.bnl.gov, the file
  13 /pub/format.desc.ps) they show the single input line needed to read
  14 each record type.
  15 However, I am a C/C++ programmer in the Unix environment.  It is a
  16 easier for me to deal with field based input than column based ones.
  17 If the fields are white space delimited I can easily use awk and perl
  18 to manipulate the coordinate information.  So I needed some way to
  19 convert the ATOM and HETATM records of PDB files from the standard
  20 column based format to a field based one and back again.  It needed
  21 to denote missing fields if they exist.
  22 That converter is `pdbcat'.
  23 </longdescription>
  24 </pkgmetadata>