sci-biology/wgs-assembler/wgs-assembler-7.0-r2.ebuild

   1 # Copyright 1999-2018 Gentoo Foundation
   2 # Distributed under the terms of the GNU General Public License v2
   3
   4 EAPI=6
   5
   6 inherit eutils toolchain-funcs
   7
   8 DESCRIPTION="The Celera de novo whole-genome shotgun DNA sequence assembler, aka CABOG"
   9 HOMEPAGE="https://sourceforge.net/projects/wgs-assembler/"
  10 SRC_URI="mirror://sourceforge/${PN}/wgs-${PV}.tar.bz2"
  11
  12 LICENSE="GPL-2"
  13 SLOT="0"
  14 KEYWORDS="amd64 x86"
  15 IUSE="static-libs"
  16
  17 DEPEND="
  18         net-libs/libtirpc
  19         x11-libs/libXt
  20         !x11-terms/terminator"
  21 RDEPEND="${DEPEND}
  22         app-shells/tcsh
  23         dev-perl/Log-Log4perl"
  24
  25 S="${WORKDIR}/wgs-${PV}"
  26
  27 PATCHES=(
  28         "${FILESDIR}"/${P}-build.patch
  29         "${FILESDIR}"/${P}-libtirpc.patch
  30 )
  31
  32 src_prepare() {
  33         default
  34         tc-export CC CXX
  35 }
  36
  37 src_configure() {
  38         cd "${S}/kmer"
  39         ./configure.sh || die
  40 }
  41
  42 src_compile() {
  43         # not really an install target
  44         emake -C kmer -j1 install
  45         emake -C src -j1 SITE_NAME=LOCAL
  46 }
  47
  48 src_install() {
  49         OSTYPE=$(uname)
  50         MACHTYPE=$(uname -m)
  51         MACHTYPE=${MACHTYPE/x86_64/amd64}
  52         MY_S="${OSTYPE}-${MACHTYPE}"
  53         sed -i 's|#!/usr/local/bin/|#!/usr/bin/env |' $(find $MY_S -type f) || die
  54
  55         sed -i '/sub getBinDirectory ()/ a return "/usr/bin";' ${MY_S}/bin/runCA* || die
  56         sed -i '/sub getBinDirectoryShellCode ()/ a return "bin=/usr/bin\n";' ${MY_S}/bin/runCA* || die
  57         sed -i '1 a use lib "/usr/share/'${PN}'/lib";' $(find $MY_S -name '*.p*') || die
  58
  59         dobin kmer/${MY_S}/bin/*
  60         insinto /usr/$(get_libdir)/${PN}
  61         use static-libs && doins kmer/${MY_S}/lib/*
  62
  63         insinto /usr/include/${PN}
  64         doins kmer/${MY_S}/include/*
  65
  66         insinto /usr/share/${PN}/lib
  67         doins -r ${MY_S}/bin/TIGR
  68         rm -rf ${MY_S}/bin/TIGR || die
  69         dobin ${MY_S}/bin/*
  70         use static-libs && dolib.a ${MY_S}/lib/*
  71         dodoc README
  72 }