sci-biology/vienna-rna/metadata.xml

   1 <?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
   2 <!DOCTYPE pkgmetadata SYSTEM "https://www.gentoo.org/dtd/metadata.dtd">
   3 <pkgmetadata>
   4   <herd>sci-biology</herd>
   5   <longdescription>
   6         The Vienna RNA Package consists of a C code library and several
   7         stand-alone programs for the prediction and comparison of RNA secondary
   8         structures. RNA secondary structure prediction through energy
   9         minimization is the most used function in the package. We provide three
  10         kinds of dynamic programming algorithms for structure prediction: the
  11         minimum free energy algorithm of (Zuker and Stiegler 1981) which yields a
  12         single optimal structure, the partition function algorithm of
  13         (McCaskill 1990) which calculates base pair probabilities in the
  14         thermodynamic ensemble, and the suboptimal folding algorithm of
  15         (Wuchty et.al 1999) which generates all suboptimal structures within a
  16         given energy range of the optimal energy. For secondary structure
  17         comparison, the package contains several measures of distance
  18         (dissimilarities) using either string alignment or tree-editing
  19         (Shapiro and Zhang 1990). Finally, we provide an algorithm to design
  20         sequences with a predefined structure (inverse folding).
  21 </longdescription>
  22 </pkgmetadata>