sci-biology/bowtie/bowtie-0.12.8.ebuild

   1 # Copyright 1999-2013 Gentoo Foundation
   2 # Distributed under the terms of the GNU General Public License v2
   3 # $Id$
   4
   5 EAPI=4
   6
   7 inherit eutils toolchain-funcs
   8
   9 DESCRIPTION="An ultrafast memory-efficient short read aligner"
  10 HOMEPAGE="http://bowtie-bio.sourceforge.net/"
  11 SRC_URI="mirror://sourceforge/bowtie-bio/${P}-src.zip"
  12
  13 LICENSE="Artistic"
  14 SLOT="0"
  15 IUSE=""
  16 KEYWORDS="amd64 x86 ~x64-macos"
  17
  18 DEPEND="app-arch/unzip"
  19 RDEPEND=""
  20
  21 # NB: Bundles code from Maq (http://maq.sf.net) and the SeqAn library (http://www.seqan.de)
  22 # TODO: properly report system CFLAGS in -DCOMPILE_OPTIONS
  23
  24 src_prepare() {
  25         epatch "${FILESDIR}"/${P}-gcc-47.patch
  26 }
  27
  28 src_compile() {
  29         unset CFLAGS
  30         emake \
  31                 CC="$(tc-getCC)" \
  32                 CPP="$(tc-getCXX)" \
  33                 CXX="$(tc-getCXX)" \
  34                 EXTRA_FLAGS="${LDFLAGS}" \
  35                 RELEASE_FLAGS=""
  36 }
  37
  38 src_install() {
  39         dobin bowtie bowtie-*
  40         exeinto /usr/share/${PN}/scripts
  41         doexe scripts/*
  42         newman MANUAL bowtie.1
  43         dodoc AUTHORS NEWS TUTORIAL
  44 }