posts/sawsim.mdwn

   1 [[!template id=gitrepo repo=sawsim]]
   2
   3 Introduction
   4 ============
   5
   6 My [[thesis]] project investigates protein unfolding via the
   7 experimental technique of [force spectroscopy][fs].  In force
   8 spectroscopy, we mechanically stretch chains of proteins, usually by
   9 pulling one end of the chain away from a surface with an [AFM][].
  10
  11 For velocity clamp experiments (the simplest to carry out
  12 experimentally), the experiments produce "sawtooth" force-displacement
  13 curves.  As the protein stretches, the tension increases.  At some
  14 point, a protein domain unfolds, increasing the total length of the
  15 chain and relaxing the tension.  As we continue to stretch the
  16 protein, we see a series of unfolding peaks.  The [[GPLed|GPL]]
  17 program [[Hooke]] analyzes the sawtooth curves and extracts lists of
  18 unfolding forces.
  19
  20 Lists of unfolding forces are not particularly interesting by
  21 themselves.  The most common approach for extracting some physical
  22 insights from the unfolding curves is to take a guess at an
  23 explanatory model and check the predicted behavior of the model
  24 against the measured behavior of the protein.  If the model does a
  25 good job of explaining the protein behavior, it might be what's
  26 actually going on behind the scenes.  Sawsim is my ([published][]!)
  27 tool for simulating force spectroscopy experiments and matching the
  28 simulations to experimental results.
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  30 [fs]: http://en.wikipedia.org/wiki/Force_spectroscopy
  31 [AFM]: http://en.wikipedia.org/wiki/Atomic_force_microscopy
  32 [published]: http://dx.doi.org/10.1016/j.ijbiomac.2009.12.001
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  35 Getting started
  36 ===============
  37
  38 Sawsim should run anywhere you have a C compiler and Python 2.5+.
  39 I've tested it on Gentoo and Debian, and I'll write up a Gentoo ebuild
  40 soon.  It should also run fine on Windows, etc., but I don't have
  41 access to any Windows boxes with a C compiler, so I haven't tested
  42 that ([email me][/~wking/contact.shtml] if you have access to such
  43 a machine and want to try installing Sawsim).
  44
  45 See the [[README]] for more details.
  46
  47 [[!tag tags/papers]]
  48 [[!tag tags/programming]]
  49 [[!tag tags/sawsim]]
  50 [[!tag tags/theory]]